site/j2s/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.PIDScoreModel", ["jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "PIDScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);\r
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances", \r
   5 function (seqData) {\r
   6 var sequenceString = seqData.getSequenceStrings (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0));\r
   7 var noseqs = sequenceString.length;\r
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);\r
   9 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  10 for (var j = i; j < noseqs; j++) {\r
  11 if (j == i) {\r
  12 distance[i][i] = 0;\r
  13 } else {\r
  14 distance[i][j] = 100 - jalview.util.Comparison.PID (sequenceString[i], sequenceString[j]);\r
  15 distance[j][i] = distance[i][j];\r
  16 }}\r
  17 }\r
  18 return distance;\r
  19 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");\r
  20 Clazz.overrideMethod (c$, "getName", \r
  21 function () {\r
  22 return "PID";\r
  23 });\r
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA", \r
  25 function () {\r
  26 return true;\r
  27 });\r
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein", \r
  29 function () {\r
  30 return true;\r
  31 });\r
  32 });\r