site/j2s/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.SWScoreModel", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "SWScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances",
   5 function (seqData) {
   6 var sequenceString = seqData.getVisibleAlignment (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0)).getSequencesArray ();
   7 var noseqs = sequenceString.length;
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);
   9 var max = -1;
  10 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  11 for (var j = i; j < noseqs; j++) {
  12 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (sequenceString[i], sequenceString[j], seqData.isNa () ? "dna" : "pep");
  13 as.calcScoreMatrix ();
  14 as.traceAlignment ();
  15 as.printAlignment (System.out);
  16 distance[i][j] = as.maxscore;
  17 if (max < distance[i][j]) {
  18 max = distance[i][j];
  19 }}
  20 }
  21 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  22 for (var j = i; j < noseqs; j++) {
  23 distance[i][j] = max - distance[i][j];
  24 distance[j][i] = distance[i][j];
  25 }
  26 }
  27 return distance;
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");
  29 Clazz.overrideMethod (c$, "getName",
  30 function () {
  31 return "Smith Waterman Score";
  32 });
  33 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA",
  34 function () {
  35 return true;
  36 });
  37 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein",
  38 function () {
  39 return true;
  40 });
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  42 function () {
  43 return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  44 });
  45 });