site/j2s/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.appletgui.AnnotationRowFilter", "$.TitledPanel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Checkbox", "$.Choice", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.CardLayout"], "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser", ["awt2swing.Frame", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.GraphLine", "jalview.util.MessageManager", "jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter", "java.awt.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.MouseAdapter", "$.TextListener", "java.lang.Float", "java.util.Vector", "javax.swing.JPanel"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.annotations = null;
   5 this.actionPanel = null;
   6 this.thresholdPanel = null;
   7 this.switchableViewsPanel = null;
   8 this.switchableViewsLayout = null;
   9 this.noGraphFilterView = null;
  10 this.graphFilterView = null;
  11 this.annotationComboBoxPanel = null;
  12 this.borderLayout1 = null;
  13 this.gBorderLayout = null;
  14 this.ngBorderLayout = null;
  15 this.threshold = null;
  16 this.gStructureFilterPanel = null;
  17 this.ngStructureFilterPanel = null;
  18 this.currentStructureFilterPanel = null;
  19 this.currentSearchPanel = null;
  20 this.gSearchPanel = null;
  21 this.ngSearchPanel = null;
  22 this.currentFurtherActionPanel = null;
  23 this.gFurtherActionPanel = null;
  24 this.ngFurtherActionPanel = null;
  25 this.actionOption = 1;
  26 this.oldColumnSelection = null;
  27 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel")) {
  28 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$FurtherActionPanel$ ();
  29 }
  30 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel")) {
  31 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$StructureFilterPanel$ ();
  32 }
  33 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel")) {
  34 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$ ();
  35 }
  36 Clazz.instantialize (this, arguments);
  37 }, jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser", jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);
  38 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  39 this.annotations =  new awt2swing.Choice ();
  40 this.actionPanel =  new awt2swing.Panel ();
  41 this.thresholdPanel =  new jalview.appletgui.TitledPanel ();
  42 this.switchableViewsPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.CardLayout ());
  43 this.switchableViewsLayout = (this.switchableViewsPanel.getLayout ());
  44 this.noGraphFilterView =  new awt2swing.Panel ();
  45 this.graphFilterView =  new awt2swing.Panel ();
  46 this.annotationComboBoxPanel =  new awt2swing.Panel ();
  47 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  48 this.gBorderLayout =  new java.awt.BorderLayout ();
  49 this.ngBorderLayout =  new java.awt.BorderLayout ();
  50 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();
  51 });
  52 Clazz.makeConstructor (c$,
  53 function () {
  54 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, []);
  55 try {
  56 this.jbInit ();
  57 } catch (ex) {
  58 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  59 ex.printStackTrace ();
  60 } else {
  61 throw ex;
  62 }
  63 }
  64 });
  65 Clazz.makeConstructor (c$,
  66 function (av, ap) {
  67 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, [av, ap]);
  68 this.frame =  new awt2swing.Frame ();
  69 this.frame.add (this);
  70 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_by_annotation"), 520, 215);
  71 this.slider.addAdjustmentListener (this);
  72 this.slider.addMouseListener (this);
  73 if (av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) {
  74 return;
  75 }this.setOldColumnSelection (av.getColumnSelection ());
  76 this.adjusting = true;
  77 var list =  new java.util.Vector ();
  78 var index = 1;
  79 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
  80 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;
  81 if (!list.contains (label)) {
  82 list.addElement (label);
  83 } else {
  84 list.addElement (label + "_" + (index++));
  85 }}
  86 for (var i = 0; i < list.size (); i++) {
  87 this.annotations.addItem (list.elementAt (i).toString ());
  88 }
  89 this.populateThresholdComboBox (this.threshold);
  90 if (av.getAnnotationColumnSelectionState () != null) {
  91 this.currentSearchPanel = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getCurrentSearchPanel ();
  92 this.currentStructureFilterPanel = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getCurrentStructureFilterPanel ();
  93 this.annotations.select (new Integer (av.getAnnotationColumnSelectionState ().getAnnotations ().getSelectedIndex ()));
  94 this.threshold.select (new Integer (av.getAnnotationColumnSelectionState ().getThreshold ().getSelectedIndex ()));
  95 this.actionOption = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getActionOption ();
  96 }try {
  97 this.jbInit ();
  98 } catch (ex) {
  99 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 100 } else {
 101 throw ex;
 102 }
 103 }
 104 this.adjusting = false;
 105 this.updateView ();
 106 this.frame.invalidate ();
 107 this.frame.pack ();
 108 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
 109 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 110  function () {
 111 this.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.ok"));
 112 this.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cancel"));
 113 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 114 this.thresholdValue.setColumns (7);
 115 this.ok.addActionListener (this);
 116 this.cancel.addActionListener (this);
 117 this.annotations.addItemListener (this);
 118 this.thresholdValue.addActionListener (this);
 119 this.threshold.addItemListener (this);
 120 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);
 121 this.slider.setEnabled (false);
 122 this.slider.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (100, 32));
 123 this.thresholdPanel.setBackground (java.awt.Color.white);
 124 this.actionPanel.setBackground (java.awt.Color.white);
 125 this.graphFilterView.setLayout (this.gBorderLayout);
 126 this.graphFilterView.setBackground (java.awt.Color.white);
 127 this.noGraphFilterView.setLayout (this.ngBorderLayout);
 128 this.noGraphFilterView.setBackground (java.awt.Color.white);
 129 this.annotationComboBoxPanel.setBackground (java.awt.Color.white);
 130 this.gSearchPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, this, null, this);
 131 this.ngSearchPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, this, null, this);
 132 this.gFurtherActionPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, this, null, this);
 133 this.ngFurtherActionPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, this, null, this);
 134 this.gStructureFilterPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, this, null, this);
 135 this.ngStructureFilterPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, this, null, this);
 136 this.thresholdPanel.setTitle ("Threshold Filter");
 137 this.thresholdPanel.add (this.getThreshold ());
 138 this.thresholdPanel.add (this.slider);
 139 this.thresholdPanel.add (this.thresholdValue);
 140 this.actionPanel.add (this.ok);
 141 this.actionPanel.add (this.cancel);
 142 var staticPanel =  new javax.swing.JPanel ();
 143 staticPanel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 144 staticPanel.setBackground (java.awt.Color.white);
 145 staticPanel.add (this.gSearchPanel, "North");
 146 staticPanel.add (this.gStructureFilterPanel, "South");
 147 this.graphFilterView.add (staticPanel, "North");
 148 this.graphFilterView.add (this.thresholdPanel, "Center");
 149 this.graphFilterView.add (this.gFurtherActionPanel, "South");
 150 this.noGraphFilterView.add (this.ngSearchPanel, "First");
 151 this.noGraphFilterView.add (this.ngStructureFilterPanel, "Center");
 152 this.noGraphFilterView.add (this.ngFurtherActionPanel, "Center");
 153 this.annotationComboBoxPanel.add (this.getAnnotations ());
 154 this.switchableViewsPanel.add (this.noGraphFilterView, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.NO_GRAPH_VIEW);
 155 this.switchableViewsPanel.add (this.graphFilterView, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.GRAPH_VIEW);
 156 this.setLayout (this.borderLayout1);
 157 this.add (this.annotationComboBoxPanel, "First");
 158 this.add (this.switchableViewsPanel, "Center");
 159 this.add (this.actionPanel, "South");
 160 this.selectedAnnotationChanged ();
 161 this.validate ();
 162 });
 163 Clazz.overrideMethod (c$, "reset",
 164 function () {
 165 if (this.getOldColumnSelection () != null) {
 166 this.av.getColumnSelection ().clear ();
 167 if (this.av.getAnnotationColumnSelectionState () != null) {
 168 var oldSelection = this.av.getAnnotationColumnSelectionState ().getOldColumnSelection ();
 169 if (oldSelection != null && oldSelection.getHiddenColumns () != null && !oldSelection.getHiddenColumns ().isEmpty ()) {
 170 for (var itr = oldSelection.getHiddenColumns ().iterator (); itr.hasNext (); ) {
 171 var positions = itr.next ();
 172 this.av.hideColumns (positions[0], positions[1]);
 173 }
 174 }this.av.setColumnSelection (oldSelection);
 175 }this.ap.paintAlignment (true);
 176 }});
 177 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 178 function (evt) {
 179 if (!this.adjusting) {
 180 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");
 181 this.valueChanged (!this.sliderDragging);
 182 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 183 Clazz.defineMethod (c$, "addSliderMouseListeners",
 184 function () {
 185 this.slider.addMouseListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, this, null)));
 186 });
 187 Clazz.overrideMethod (c$, "valueChanged",
 188 function (updateAllAnnotation) {
 189 if (this.slider.isEnabled ()) {
 190 this.getCurrentAnnotation ().threshold.value = this.slider.getValue () / 1000;
 191 this.updateView ();
 192 this.ap.paintAlignment (false);
 193 }}, "~B");
 194 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold",
 195 function () {
 196 return this.threshold;
 197 });
 198 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold",
 199 function (threshold) {
 200 this.threshold = threshold;
 201 }, "awt2swing.Choice");
 202 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotations",
 203 function () {
 204 return this.annotations;
 205 });
 206 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotations",
 207 function (annotations) {
 208 this.annotations = annotations;
 209 }, "awt2swing.Choice");
 210 Clazz.overrideMethod (c$, "updateView",
 211 function () {
 212 if (this.adjusting) {
 213 return;
 214 }var filterParams =  new jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter ();
 215 this.setCurrentAnnotation (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.getAnnotations ().getSelectedIndex ()]);
 216 var selectedThresholdItem = this.getSelectedThresholdItem (this.getThreshold ().getSelectedIndex ());
 217 this.slider.setEnabled (true);
 218 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 219 if (selectedThresholdItem == -1) {
 220 this.slider.setEnabled (false);
 221 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 222 this.thresholdValue.setText ("");
 223 } else if (selectedThresholdItem != -1) {
 224 if (this.getCurrentAnnotation ().threshold == null) {
 225 this.getCurrentAnnotation ().setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine ((this.getCurrentAnnotation ().graphMax - this.getCurrentAnnotation ().graphMin) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black));
 226 }this.adjusting = true;
 227 var range = this.getCurrentAnnotation ().graphMax * 1000 - this.getCurrentAnnotation ().graphMin * 1000;
 228 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().graphMin * 1000));
 229 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().graphMax * 1000));
 230 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value * 1000));
 231 this.thresholdValue.setText (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value + "");
 232 this.slider.setEnabled (true);
 233 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 234 this.adjusting = false;
 235 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.NO_THRESHOLD);
 236 if (this.getCurrentAnnotation ().graph != 0) {
 237 filterParams.setThresholdValue (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value);
 238 if (selectedThresholdItem == 1) {
 239 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.ABOVE_THRESHOLD);
 240 } else if (selectedThresholdItem == 0) {
 241 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.BELOW_THRESHOLD);
 242 }}}if (this.currentStructureFilterPanel != null) {
 243 if (this.currentStructureFilterPanel.alphaHelix.getState ()) {
 244 filterParams.setFilterAlphaHelix (true);
 245 }if (this.currentStructureFilterPanel.betaStrand.getState ()) {
 246 filterParams.setFilterBetaSheet (true);
 247 }if (this.currentStructureFilterPanel.turn.getState ()) {
 248 filterParams.setFilterTurn (true);
 249 }}if (this.currentSearchPanel != null) {
 250 if (!this.currentSearchPanel.searchBox.getText ().isEmpty ()) {
 251 this.currentSearchPanel.description.setEnabled (true);
 252 this.currentSearchPanel.displayName.setEnabled (true);
 253 filterParams.setRegexString (this.currentSearchPanel.searchBox.getText ());
 254 if (this.currentSearchPanel.displayName.getState ()) {
 255 filterParams.addRegexSearchField (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DISPLAY_STRING);
 256 }if (this.currentSearchPanel.description.getState ()) {
 257 filterParams.addRegexSearchField (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DESCRIPTION);
 258 }} else {
 259 this.currentSearchPanel.description.setEnabled (false);
 260 this.currentSearchPanel.displayName.setEnabled (false);
 261 }}this.av.getColumnSelection ().filterAnnotations (this.getCurrentAnnotation ().annotations, filterParams);
 262 this.av.showAllHiddenColumns ();
 263 if (this.getActionOption () == jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE) {
 264 this.av.hideSelectedColumns ();
 265 }filterParams = null;
 266 this.av.setAnnotationColumnSelectionState (this);
 267 this.ap.paintAlignment (true);
 268 });
 269 Clazz.defineMethod (c$, "getOldColumnSelection",
 270 function () {
 271 return this.oldColumnSelection;
 272 });
 273 Clazz.defineMethod (c$, "setOldColumnSelection",
 274 function (currentColumnSelection) {
 275 if (currentColumnSelection != null) {
 276 this.oldColumnSelection =  new jalview.datamodel.ColumnSelection (currentColumnSelection);
 277 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 278 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentFutherActionPanel",
 279 function () {
 280 return this.currentFurtherActionPanel;
 281 });
 282 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentFutherActionPanel",
 283 function (currentFutherActionPanel) {
 284 this.currentFurtherActionPanel = currentFutherActionPanel;
 285 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel");
 286 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentSearchPanel",
 287 function () {
 288 return this.currentSearchPanel;
 289 });
 290 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentSearchPanel",
 291 function (currentSearchPanel) {
 292 this.currentSearchPanel = currentSearchPanel;
 293 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel");
 294 Clazz.defineMethod (c$, "getActionOption",
 295 function () {
 296 return this.actionOption;
 297 });
 298 Clazz.defineMethod (c$, "setActionOption",
 299 function (actionOption) {
 300 this.actionOption = actionOption;
 301 }, "~N");
 302 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentStructureFilterPanel",
 303 function () {
 304 return this.currentStructureFilterPanel;
 305 });
 306 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentStructureFilterPanel",
 307 function (currentStructureFilterPanel) {
 308 this.currentStructureFilterPanel = currentStructureFilterPanel;
 309 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel");
 310 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 311 function (e) {
 312 if (e.getSource () === this.annotations) {
 313 this.selectedAnnotationChanged ();
 314 } else if (e.getSource () === this.threshold) {
 315 this.threshold_actionPerformed (null);
 316 }}, "java.awt.event.ItemEvent");
 317 Clazz.defineMethod (c$, "selectedAnnotationChanged",
 318 function () {
 319 var currentView = jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.NO_GRAPH_VIEW;
 320 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.getAnnotations ().getSelectedIndex ()].graph != 0) {
 321 currentView = jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.GRAPH_VIEW;
 322 }this.gSearchPanel.syncState ();
 323 this.gFurtherActionPanel.syncState ();
 324 this.gStructureFilterPanel.syncState ();
 325 this.ngSearchPanel.syncState ();
 326 this.ngFurtherActionPanel.syncState ();
 327 this.ngStructureFilterPanel.syncState ();
 328 this.switchableViewsLayout.show (this.switchableViewsPanel, currentView);
 329 this.updateView ();
 330 });
 331 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 332 function (evt) {
 333 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {
 334 try {
 335 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();
 336 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));
 337 this.adjustmentValueChanged (null);
 338 } catch (ex) {
 339 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 340 } else {
 341 throw ex;
 342 }
 343 }
 344 } else if (evt.getSource () === this.ok) {
 345 this.ok_actionPerformed (null);
 346 } else if (evt.getSource () === this.cancel) {
 347 this.cancel_actionPerformed (null);
 348 } else if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {
 349 this.thresholdValue_actionPerformed (null);
 350 } else {
 351 this.updateView ();
 352 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 353 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 354 function (e) {
 355 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 356 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 357 function (e) {
 358 if (e.getSource () === this.slider) {
 359 this.updateView ();
 360 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 361 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 362 function (e) {
 363 if (e.getSource () === this.slider) {
 364 this.updateView ();
 365 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 366 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 367 function (e) {
 368 if (e.getSource () === this.slider) {
 369 this.updateView ();
 370 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 371 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 372 function (e) {
 373 if (e.getSource () === this.slider) {
 374 this.updateView ();
 375 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 376 c$.$AnnotationColumnChooser$FurtherActionPanel$ = function () {
 377 Clazz.pu$h(self.c$);
 378 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 379 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 380 this.aColChooser = null;
 381 this.furtherAction = null;
 382 Clazz.instantialize (this, arguments);
 383 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "FurtherActionPanel", awt2swing.Panel, java.awt.event.ItemListener);
 384 Clazz.prepareFields (c$, function () {
 385 this.furtherAction =  new awt2swing.Choice ();
 386 });
 387 Clazz.makeConstructor (c$,
 388 function (a) {
 389 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, []);
 390 this.aColChooser = a;
 391 this.furtherAction.addItem ("Select");
 392 this.furtherAction.addItem ("Hide");
 393 this.furtherAction.addItemListener (this);
 394 this.syncState ();
 395 this.add (this.furtherAction);
 396 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");
 397 Clazz.defineMethod (c$, "syncState",
 398 function () {
 399 if (this.aColChooser.getActionOption () == jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE) {
 400 this.furtherAction.select ("Hide");
 401 } else {
 402 this.furtherAction.select ("Select");
 403 }});
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 405 function (a) {
 406 this.aColChooser.setCurrentFutherActionPanel (this);
 407 if (this.furtherAction.getSelectedItem ().toString ().equalsIgnoreCase ("Select")) {
 408 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].setActionOption (1);
 409 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].updateView ();
 410 } else {
 411 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].setActionOption (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE);
 412 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].updateView ();
 413 }}, "java.awt.event.ItemEvent");
 414 c$ = Clazz.p0p ();
 415 };
 416 c$.$AnnotationColumnChooser$StructureFilterPanel$ = function () {
 417 Clazz.pu$h(self.c$);
 418 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 419 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 420 this.aColChooser = null;
 421 this.alphaHelix = null;
 422 this.betaStrand = null;
 423 this.turn = null;
 424 this.all = null;
 425 Clazz.instantialize (this, arguments);
 426 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "StructureFilterPanel", jalview.appletgui.TitledPanel, java.awt.event.ItemListener);
 427 Clazz.prepareFields (c$, function () {
 428 this.alphaHelix =  new awt2swing.Checkbox ();
 429 this.betaStrand =  new awt2swing.Checkbox ();
 430 this.turn =  new awt2swing.Checkbox ();
 431 this.all =  new awt2swing.Checkbox ();
 432 });
 433 Clazz.makeConstructor (c$,
 434 function (a) {
 435 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, []);
 436 this.aColChooser = a;
 437 this.alphaHelix.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.alpha_helix"));
 438 this.alphaHelix.setBackground (java.awt.Color.white);
 439 this.alphaHelix.addItemListener (this);
 440 this.betaStrand.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.beta_strand"));
 441 this.betaStrand.setBackground (java.awt.Color.white);
 442 this.betaStrand.addItemListener (this);
 443 this.turn.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.turn"));
 444 this.turn.setBackground (java.awt.Color.white);
 445 this.turn.addItemListener (this);
 446 this.all.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_all"));
 447 this.all.setBackground (java.awt.Color.white);
 448 this.all.addItemListener (this);
 449 this.setBackground (java.awt.Color.white);
 450 this.setTitle ("Structure Filter");
 451 this.add (this.all);
 452 this.add (this.alphaHelix);
 453 this.add (this.betaStrand);
 454 this.add (this.turn);
 455 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");
 456 Clazz.defineMethod (c$, "alphaHelix_actionPerformed",
 457 function () {
 458 this.updateSelectAllState ();
 459 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);
 460 this.aColChooser.updateView ();
 461 });
 462 Clazz.defineMethod (c$, "betaStrand_actionPerformed",
 463 function () {
 464 this.updateSelectAllState ();
 465 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);
 466 this.aColChooser.updateView ();
 467 });
 468 Clazz.defineMethod (c$, "turn_actionPerformed",
 469 function () {
 470 this.updateSelectAllState ();
 471 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);
 472 this.aColChooser.updateView ();
 473 });
 474 Clazz.defineMethod (c$, "all_actionPerformed",
 475 function () {
 476 if (this.all.getState ()) {
 477 this.alphaHelix.setState (true);
 478 this.betaStrand.setState (true);
 479 this.turn.setState (true);
 480 } else {
 481 this.alphaHelix.setState (false);
 482 this.betaStrand.setState (false);
 483 this.turn.setState (false);
 484 }this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);
 485 this.aColChooser.updateView ();
 486 });
 487 Clazz.defineMethod (c$, "updateSelectAllState",
 488 function () {
 489 if (this.alphaHelix.getState () && this.betaStrand.getState () && this.turn.getState ()) {
 490 this.all.setState (true);
 491 } else {
 492 this.all.setState (false);
 493 }});
 494 Clazz.defineMethod (c$, "syncState",
 495 function () {
 496 var a = this.aColChooser.getCurrentStructureFilterPanel ();
 497 if (a != null) {
 498 this.alphaHelix.setState (a.alphaHelix.getState ());
 499 this.betaStrand.setState (a.betaStrand.getState ());
 500 this.turn.setState (a.turn.getState ());
 501 if (a.all.getState ()) {
 502 this.all.setState (true);
 503 this.alphaHelix.setState (true);
 504 this.betaStrand.setState (true);
 505 this.turn.setState (true);
 506 }}});
 507 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 508 function (a) {
 509 if (a.getSource () === this.alphaHelix) {
 510 this.alphaHelix_actionPerformed ();
 511 } else if (a.getSource () === this.betaStrand) {
 512 this.betaStrand_actionPerformed ();
 513 } else if (a.getSource () === this.turn) {
 514 this.turn_actionPerformed ();
 515 } else if (a.getSource () === this.all) {
 516 this.all_actionPerformed ();
 517 }}, "java.awt.event.ItemEvent");
 518 c$ = Clazz.p0p ();
 519 };
 520 c$.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$ = function () {
 521 Clazz.pu$h(self.c$);
 522 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 523 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 524 this.aColChooser = null;
 525 this.displayName = null;
 526 this.description = null;
 527 this.searchBox = null;
 528 Clazz.instantialize (this, arguments);
 529 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "SearchPanel", jalview.appletgui.TitledPanel, java.awt.event.ItemListener);
 530 Clazz.prepareFields (c$, function () {
 531 this.displayName =  new awt2swing.Checkbox ();
 532 this.description =  new awt2swing.Checkbox ();
 533 this.searchBox =  new awt2swing.TextField (10);
 534 });
 535 Clazz.makeConstructor (c$,
 536 function (a) {
 537 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, []);
 538 this.aColChooser = a;
 539 this.searchBox.addTextListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1, this, null)));
 540 this.displayName.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.display_name"));
 541 this.displayName.setEnabled (false);
 542 this.displayName.addItemListener (this);
 543 this.description.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.description"));
 544 this.description.setEnabled (false);
 545 this.description.addItemListener (this);
 546 this.setTitle ("Search Filter");
 547 this.syncState ();
 548 this.add (this.searchBox);
 549 this.add (this.displayName);
 550 this.add (this.description);
 551 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");
 552 Clazz.defineMethod (c$, "displayNameCheckboxAction",
 553 function () {
 554 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);
 555 this.aColChooser.updateView ();
 556 });
 557 Clazz.defineMethod (c$, "discriptionCheckboxAction",
 558 function () {
 559 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);
 560 this.aColChooser.updateView ();
 561 });
 562 Clazz.defineMethod (c$, "searchStringAction",
 563 function () {
 564 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);
 565 this.aColChooser.updateView ();
 566 });
 567 Clazz.defineMethod (c$, "syncState",
 568 function () {
 569 var a = this.aColChooser.getCurrentSearchPanel ();
 570 if (a != null) {
 571 this.description.setEnabled (a.description.isEnabled ());
 572 this.description.setState (a.description.getState ());
 573 this.displayName.setEnabled (a.displayName.isEnabled ());
 574 this.displayName.setState (a.displayName.getState ());
 575 this.searchBox.setText (a.searchBox.getText ());
 576 }});
 577 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 578 function (a) {
 579 if (a.getSource () === this.displayName) {
 580 this.displayNameCheckboxAction ();
 581 } else if (a.getSource () === this.description) {
 582 this.discriptionCheckboxAction ();
 583 }}, "java.awt.event.ItemEvent");
 584 c$.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1$ = function () {
 585 Clazz.pu$h(self.c$);
 586 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1", null, java.awt.event.TextListener);
 587 Clazz.overrideMethod (c$, "textValueChanged",
 588 function (a) {
 589 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel"].searchStringAction ();
 590 }, "java.awt.event.TextEvent");
 591 c$ = Clazz.p0p ();
 592 };
 593 c$ = Clazz.p0p ();
 594 };
 595 c$.$AnnotationColumnChooser$1$ = function () {
 596 Clazz.pu$h(self.c$);
 597 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser$1", java.awt.event.MouseAdapter);
 598 Clazz.defineMethod (c$, "mousePressed",
 599 function (e) {
 600 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = true;
 601 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, "mousePressed", [e]);
 602 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 603 Clazz.defineMethod (c$, "mouseDragged",
 604 function (e) {
 605 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = true;
 606 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, "mouseDragged", [e]);
 607 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 608 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 609 function (evt) {
 610 if (this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging) {
 611 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = false;
 612 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].valueChanged (true);
 613 }this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].ap.paintAlignment (true);
 614 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 615 c$ = Clazz.p0p ();
 616 };
 617 Clazz.defineStatics (c$,
 618 "ACTION_OPTION_SELECT", 1,
 619 "ACTION_OPTION_HIDE", 2,
 620 "NO_GRAPH_VIEW", "0",
 621 "GRAPH_VIEW", "1");
 622 });