site/j2s/jalview/appletgui/AnnotationPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.renderer.AwtRenderPanelI", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.awt.Color"], "jalview.appletgui.AnnotationPanel", ["awt2swing.MenuItem", "$.PopupMenu", "jalview.appletgui.EditNameDialog", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.Annotation", "jalview.renderer.AnnotationRenderer", "jalview.util.MessageManager", "$.Platform", "java.awt.Dimension", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.activeRow = -1;\r
   7 this.HELIX = "Helix";\r
   8 this.SHEET = "Sheet";\r
   9 this.STEM = "RNA Helix";\r
  10 this.LABEL = "Label";\r
  11 this.REMOVE = "Remove Annotation";\r
  12 this.COLOUR = "Colour";\r
  13 this.HELIX_COLOUR = null;\r
  14 this.SHEET_COLOUR = null;\r
  15 this.image = null;\r
  16 this.gg = null;\r
  17 this.fm = null;\r
  18 this.imgWidth = 0;\r
  19 this.$fastPaint = false;\r
  20 this.graphStretch = -1;\r
  21 this.graphStretchY = -1;\r
  22 this.mouseDragging = false;\r
  23 this.MAC = false;\r
  24 this.renderer = null;\r
  25 this.needValidating = false;\r
  26 this.scrollOffset = 0;\r
  27 this.$bounds = null;\r
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  29 }, jalview.appletgui, "AnnotationPanel", awt2swing.Panel, [jalview.renderer.AwtRenderPanelI, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);\r
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  31 this.HELIX_COLOUR = java.awt.Color.red.darker ();\r
  32 this.SHEET_COLOUR = java.awt.Color.green.darker ().darker ();\r
  33 this.$bounds =  Clazz.newIntArray (2, 0);\r
  34 });\r
  35 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  36 function (ap) {\r
  37 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationPanel, []);\r
  38 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();\r
  39 this.ap = ap;\r
  40 this.av = ap.av;\r
  41 this.setLayout (null);\r
  42 var height = this.adjustPanelHeight ();\r
  43 ap.apvscroll.setValues (0, this.getSize ().height, 0, height);\r
  44 this.addMouseMotionListener (this);\r
  45 this.addMouseListener (this);\r
  46 this.renderer =  new jalview.renderer.AnnotationRenderer ();\r
  47 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  48 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  49 function (av) {\r
  50 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationPanel, []);\r
  51 this.av = av;\r
  52 this.renderer =  new jalview.renderer.AnnotationRenderer ();\r
  53 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  54 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
  55 function (evt) {\r
  56 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
  57 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
  58 function (evt) {\r
  59 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
  60 if (aa == null) {\r
  61 return;\r
  62 }var anot = aa[this.activeRow].annotations;\r
  63 if (anot.length < this.av.getColumnSelection ().getMax ()) {\r
  64 var temp =  new Array (this.av.getColumnSelection ().getMax () + 2);\r
  65 System.arraycopy (anot, 0, temp, 0, anot.length);\r
  66 anot = temp;\r
  67 aa[this.activeRow].annotations = anot;\r
  68 }var label = "";\r
  69 if (this.av.getColumnSelection () != null && this.av.getColumnSelection ().size () > 0 && anot[this.av.getColumnSelection ().getMin ()] != null) {\r
  70 label = anot[this.av.getColumnSelection ().getMin ()].displayCharacter;\r
  71 }if (evt.getActionCommand ().equals ("Remove Annotation")) {\r
  72 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {\r
  73 anot[this.av.getColumnSelection ().columnAt (i)] = null;\r
  74 }\r
  75 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Label")) {\r
  76 label = this.enterLabel (label, "Enter Label");\r
  77 if (label == null) {\r
  78 return;\r
  79 }if ((label.length > 0) && !aa[this.activeRow].hasText) {\r
  80 aa[this.activeRow].hasText = true;\r
  81 }for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {\r
  82 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);\r
  83 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {\r
  84 continue;\r
  85 }if (anot[index] == null) {\r
  86 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation (label, "", ' ', 0);\r
  87 }anot[index].displayCharacter = label;\r
  88 }\r
  89 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Colour")) {\r
  90 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, java.awt.Color.black, this.ap.alignFrame);\r
  91 var col = udc.getColor ();\r
  92 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {\r
  93 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);\r
  94 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {\r
  95 continue;\r
  96 }if (anot[index] == null) {\r
  97 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation ("", "", ' ', 0);\r
  98 }anot[index].colour = col;\r
  99 }\r
 100 } else {\r
 101 var type = String.fromCharCode (0);\r
 102 var symbol = "\u03B1";\r
 103 if (evt.getActionCommand ().equals ("Helix")) {\r
 104 type = 'H';\r
 105 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Sheet")) {\r
 106 type = 'E';\r
 107 symbol = "\u03B2";\r
 108 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("RNA Helix")) {\r
 109 type = 'S';\r
 110 symbol = "\u03C3";\r
 111 }if (!aa[this.activeRow].hasIcons) {\r
 112 aa[this.activeRow].hasIcons = true;\r
 113 }label = this.enterLabel (symbol, "Enter Label");\r
 114 if (label == null) {\r
 115 return;\r
 116 }if ((label.length > 0) && !aa[this.activeRow].hasText) {\r
 117 aa[this.activeRow].hasText = true;\r
 118 if (evt.getActionCommand ().equals ("RNA Helix")) {\r
 119 aa[this.activeRow].showAllColLabels = true;\r
 120 }}for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {\r
 121 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);\r
 122 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {\r
 123 continue;\r
 124 }if (anot[index] == null) {\r
 125 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation (label, "", type, 0);\r
 126 }anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type : label.length == 0 ? ' ' : label.charAt (0);\r
 127 anot[index].displayCharacter = label;\r
 128 }\r
 129 }this.av.getAlignment ().validateAnnotation (aa[this.activeRow]);\r
 130 this.ap.alignmentChanged ();\r
 131 this.adjustPanelHeight ();\r
 132 this.repaint ();\r
 133 return;\r
 134 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 135 Clazz.defineMethod (c$, "enterLabel", \r
 136 function (text, label) {\r
 137 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (text, null, label, null, this.ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);\r
 138 if (dialog.accept) {\r
 139 return dialog.getName ();\r
 140 } else {\r
 141 return null;\r
 142 }}, "~S,~S");\r
 143 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 144 function (evt) {\r
 145 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 146 if (aa == null) {\r
 147 return;\r
 148 }var height = -this.scrollOffset;\r
 149 this.activeRow = -1;\r
 150 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
 151 if (aa[i].visible) {\r
 152 height += aa[i].height;\r
 153 }if (evt.getY () < height) {\r
 154 if (aa[i].editable) {\r
 155 this.activeRow = i;\r
 156 } else if (aa[i].graph > 0) {\r
 157 this.graphStretch = i;\r
 158 this.graphStretchY = evt.getY ();\r
 159 }break;\r
 160 }}\r
 161 if ((evt.getModifiers () & 4) == 4 && this.activeRow != -1) {\r
 162 if (this.av.getColumnSelection () == null) {\r
 163 return;\r
 164 }var pop =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.structure_type"));\r
 165 var item;\r
 166 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide () == true) {\r
 167 item =  new awt2swing.MenuItem ("RNA Helix");\r
 168 item.addActionListener (this);\r
 169 pop.add (item);\r
 170 } else {\r
 171 item =  new awt2swing.MenuItem ("Helix");\r
 172 item.addActionListener (this);\r
 173 pop.add (item);\r
 174 item =  new awt2swing.MenuItem ("Sheet");\r
 175 item.addActionListener (this);\r
 176 pop.add (item);\r
 177 }item =  new awt2swing.MenuItem ("Label");\r
 178 item.addActionListener (this);\r
 179 pop.add (item);\r
 180 item =  new awt2swing.MenuItem ("Colour");\r
 181 item.addActionListener (this);\r
 182 pop.add (item);\r
 183 item =  new awt2swing.MenuItem ("Remove Annotation");\r
 184 item.addActionListener (this);\r
 185 pop.add (item);\r
 186 this.ap.alignFrame.add (pop);\r
 187 pop.show (this, evt.getX (), evt.getY ());\r
 188 return;\r
 189 }this.ap.scalePanel.mousePressed (evt);\r
 190 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 191 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 192 function (evt) {\r
 193 this.graphStretch = -1;\r
 194 this.graphStretchY = -1;\r
 195 this.mouseDragging = false;\r
 196 if (this.needValidating) {\r
 197 this.ap.validate ();\r
 198 this.needValidating = false;\r
 199 }this.ap.scalePanel.mouseReleased (evt);\r
 200 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 201 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 202 function (evt) {\r
 203 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 205 function (evt) {\r
 206 if (this.graphStretch > -1) {\r
 207 this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight += this.graphStretchY - evt.getY ();\r
 208 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight < 0) {\r
 209 this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight = 0;\r
 210 }this.graphStretchY = evt.getY ();\r
 211 this.av.calcPanelHeight ();\r
 212 this.needValidating = true;\r
 213 this.ap.paintAlignment (true);\r
 214 } else {\r
 215 this.ap.scalePanel.mouseDragged (evt);\r
 216 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 217 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 218 function (evt) {\r
 219 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 220 if (aa == null) {\r
 221 return;\r
 222 }var row = -1;\r
 223 var height = -this.scrollOffset;\r
 224 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
 225 if (aa[i].visible) {\r
 226 height += aa[i].height;\r
 227 }if (evt.getY () < height) {\r
 228 row = i;\r
 229 break;\r
 230 }}\r
 231 var res = Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ()) + this.av.getStartRes ();\r
 232 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 233 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);\r
 234 }if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null) {\r
 235 var text =  new StringBuffer ("Sequence position " + (res + 1));\r
 236 if (aa[row].annotations[res].description != null) {\r
 237 text.append ("  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 238 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());\r
 239 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 241 function (evt) {\r
 242 this.ap.scalePanel.mouseEntered (evt);\r
 243 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 244 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 245 function (evt) {\r
 246 this.ap.scalePanel.mouseExited (evt);\r
 247 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 248 Clazz.defineMethod (c$, "adjustPanelHeight", \r
 249 function () {\r
 250 return this.adjustPanelHeight (true);\r
 251 });\r
 252 Clazz.defineMethod (c$, "adjustPanelHeight", \r
 253 function (repaint) {\r
 254 var height = this.av.calcPanelHeight ();\r
 255 this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.getSize ().width, height));\r
 256 if (repaint) {\r
 257 this.repaint ();\r
 258 }return height;\r
 259 }, "~B");\r
 260 Clazz.defineMethod (c$, "addEditableColumn", \r
 261 function (i) {\r
 262 if (this.activeRow == -1) {\r
 263 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 264 if (aa == null) {\r
 265 return;\r
 266 }for (var j = 0; j < aa.length; j++) {\r
 267 if (aa[j].editable) {\r
 268 this.activeRow = j;\r
 269 break;\r
 270 }}\r
 271 }}, "~N");\r
 272 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 273 function (g) {\r
 274 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.av.isShowAnnotation ()) return;\r
 275 var d = this.getSize ();\r
 276 this.imgWidth = d.width;\r
 277 if (this.imgWidth < 1 || d.height < 1) {\r
 278 return;\r
 279 }if (this.image == null || this.imgWidth != this.image.getWidth (this) || d.height != this.image.getHeight (this)) {\r
 280 this.image = this.createImage (this.imgWidth, d.height);\r
 281 this.gg = this.image.getGraphics ();\r
 282 this.gg.setFont (this.av.getFont ());\r
 283 this.fm = this.gg.getFontMetrics ();\r
 284 this.$fastPaint = false;\r
 285 }if (this.$fastPaint) {\r
 286 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);\r
 287 this.$fastPaint = false;\r
 288 return;\r
 289 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);\r
 290 this.gg.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
 291 this.drawComponent (this.gg, this.av.startRes, this.av.endRes + 1);\r
 292 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);\r
 293 }, "java.awt.Graphics");\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint", \r
 295 function (horizontal) {\r
 296 if (horizontal == 0 || this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null || this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length < 1) {\r
 297 this.repaint ();\r
 298 return;\r
 299 }this.gg.copyArea (0, 0, this.imgWidth, this.getSize ().height, -horizontal * this.av.getCharWidth (), 0);\r
 300 var sr = this.av.startRes;\r
 301 var er = this.av.endRes + 1;\r
 302 var transX = 0;\r
 303 if (horizontal > 0) {\r
 304 transX = (er - sr - horizontal) * this.av.getCharWidth ();\r
 305 sr = er - horizontal;\r
 306 } else if (horizontal < 0) {\r
 307 er = sr - horizontal;\r
 308 }this.gg.translate (transX, 0);\r
 309 this.drawComponent (this.gg, sr, er);\r
 310 this.gg.translate (-transX, 0);\r
 311 this.$fastPaint = true;\r
 312 this.repaint ();\r
 313 }, "~N");\r
 314 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent", \r
 315 function (g, startRes, endRes) {\r
 316 var ofont = this.av.getFont ();\r
 317 g.setFont (ofont);\r
 318 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 319 g.fillRect (0, 0, (endRes - startRes) * this.av.getCharWidth (), this.getSize ().height);\r
 320 if (this.fm == null) {\r
 321 this.fm = g.getFontMetrics ();\r
 322 }if ((this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) || (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length < 1)) {\r
 323 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 324 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
 325 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 326 if (this.av.validCharWidth) {\r
 327 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);\r
 328 }return;\r
 329 }g.translate (0, -this.scrollOffset);\r
 330 this.renderer.drawComponent (this, this.av, g, this.activeRow, startRes, endRes);\r
 331 g.translate (0, +this.scrollOffset);\r
 332 }, "java.awt.Graphics,~N,~N");\r
 333 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollOffset", \r
 334 function (value, repaint) {\r
 335 this.scrollOffset = value;\r
 336 if (repaint) {\r
 337 this.repaint ();\r
 338 }}, "~N,~B");\r
 339 Clazz.defineMethod (c$, "getFontMetrics", \r
 340 function () {\r
 341 return this.fm;\r
 342 });\r
 343 Clazz.overrideMethod (c$, "getFadedImage", \r
 344 function () {\r
 345 return this.image;\r
 346 });\r
 347 Clazz.overrideMethod (c$, "getFadedImageWidth", \r
 348 function () {\r
 349 return this.imgWidth;\r
 350 });\r
 351 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleVRange", \r
 352 function () {\r
 353 if (this.ap != null && this.ap.alabels != null) {\r
 354 var sOffset = -this.ap.alabels.scrollOffset;\r
 355 var visHeight = sOffset + this.ap.annotationPanelHolder.getHeight ();\r
 356 this.$bounds[0] = sOffset;\r
 357 this.$bounds[1] = visHeight;\r
 358 return this.$bounds;\r
 359 } else {\r
 360 return null;\r
 361 }});\r
 362 Clazz.defineStatics (c$,\r
 363 "GRAPH_HEIGHT", 40);\r
 364 });\r