site/j2s/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.TextArea", "java.awt.BorderLayout"], "jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer", ["awt2swing.Frame", "$.Label", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.api.ComplexAlignFile", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.AppletJmol", "$.JVDialog", "$.SplitFrame", "jalview.datamodel.PDBEntry", "jalview.io.AnnotationFile", "$.AppletFormatAdapter", "$.IdentifyFile", "$.NewickFile", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.TCoffeeColourScheme", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.pdbImport = false;\r
   5 this.treeImport = false;\r
   6 this.annotationImport = false;\r
   7 this.seq = null;\r
   8 this.alignFrame = null;\r
   9 this.source = null;\r
  10 this.textarea = null;\r
  11 this.accept = null;\r
  12 this.addSequences = null;\r
  13 this.$cancel = null;\r
  14 this.buttonPanel = null;\r
  15 this.borderLayout1 = null;\r
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  17 }, jalview.appletgui, "CutAndPasteTransfer", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  19 this.textarea =  new awt2swing.TextArea ();\r
  20 this.accept =  new awt2swing.Button ("New Window");\r
  21 this.addSequences =  new awt2swing.Button ("Add to Current Alignment");\r
  22 this.$cancel =  new awt2swing.Button ("Close");\r
  23 this.buttonPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  24 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  25 });\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (forImport, alignFrame) {\r
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer, []);\r
  29 try {\r
  30 this.jbInit ();\r
  31 } catch (e) {\r
  32 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  33 e.printStackTrace ();\r
  34 } else {\r
  35 throw e;\r
  36 }\r
  37 }\r
  38 this.alignFrame = alignFrame;\r
  39 if (!forImport) {\r
  40 this.buttonPanel.setVisible (false);\r
  41 }}, "~B,jalview.appletgui.AlignFrame");\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "getText", \r
  43 function () {\r
  44 return this.textarea.getText ();\r
  45 });\r
  46 Clazz.defineMethod (c$, "setText", \r
  47 function (text) {\r
  48 this.textarea.setText (text);\r
  49 }, "~S");\r
  50 Clazz.defineMethod (c$, "setPDBImport", \r
  51 function (seq) {\r
  52 this.seq = seq;\r
  53 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));\r
  54 this.addSequences.setVisible (false);\r
  55 this.pdbImport = true;\r
  56 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  57 Clazz.defineMethod (c$, "setTreeImport", \r
  58 function () {\r
  59 this.treeImport = true;\r
  60 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));\r
  61 this.addSequences.setVisible (false);\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationImport", \r
  64 function () {\r
  65 this.annotationImport = true;\r
  66 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));\r
  67 this.addSequences.setVisible (false);\r
  68 });\r
  69 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
  70 function (evt) {\r
  71 if (evt.getSource () === this.accept) {\r
  72 this.ok (true);\r
  73 } else if (evt.getSource () === this.addSequences) {\r
  74 this.ok (false);\r
  75 } else if (evt.getSource () === this.$cancel) {\r
  76 this.cancel ();\r
  77 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  78 Clazz.defineMethod (c$, "ok", \r
  79 function (newWindow) {\r
  80 var text = this.getText ();\r
  81 var length = text.length;\r
  82 this.textarea.append ("\n");\r
  83 if (this.textarea.getText ().length == length) {\r
  84 var warning = "\n\n#################################################\nWARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n\nCAN\'T INPUT FULL ALIGNMENT\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE\n#################################################\n";\r
  85 this.textarea.setText (text.substring (0, text.length - warning.length) + warning);\r
  86 this.textarea.setCaretPosition (text.length);\r
  87 }if (this.pdbImport) {\r
  88 this.openPdbViewer (text);\r
  89 } else if (this.treeImport) {\r
  90 if (!this.loadTree ()) {\r
  91 return;\r
  92 }} else if (this.annotationImport) {\r
  93 this.loadAnnotations ();\r
  94 } else if (this.alignFrame != null) {\r
  95 this.loadAlignment (text, newWindow, this.alignFrame.getAlignViewport ());\r
  96 }if (Clazz.instanceOf (this.getParent (), awt2swing.Frame)) {\r
  97 (this.getParent ()).setVisible (false);\r
  98 } else {\r
  99 (this.getParent ()).setVisible (false);\r
 100 }}, "~B");\r
 101 Clazz.defineMethod (c$, "loadTree", \r
 102 function () {\r
 103 try {\r
 104 var fin =  new jalview.io.NewickFile (this.textarea.getText (), "Paste");\r
 105 fin.parse ();\r
 106 if (fin.getTree () != null) {\r
 107 this.alignFrame.loadTree (fin, "Pasted tree file");\r
 108 return true;\r
 109 }} catch (ex) {\r
 110 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 111 this.textarea.setText (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.could_not_parse_newick_file",  Clazz.newArray (-1, [ex.getMessage ()])));\r
 112 return false;\r
 113 } else {\r
 114 throw ex;\r
 115 }\r
 116 }\r
 117 return false;\r
 118 });\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "loadAlignment", \r
 120 function (text, newWindow, viewport) {\r
 121 var al = null;\r
 122 var format =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 123 var afa =  new jalview.io.AppletFormatAdapter (this.alignFrame.alignPanel);\r
 124 try {\r
 125 al = afa.readFile (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
 126 this.source = afa.getAlignFile ();\r
 127 } catch (ex) {\r
 128 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {\r
 129 ex.printStackTrace ();\r
 130 } else {\r
 131 throw ex;\r
 132 }\r
 133 }\r
 134 if (al != null) {\r
 135 al.setDataset (null);\r
 136 var allowSplitFrame = this.alignFrame.viewport.applet.getDefaultParameter ("enableSplitFrame", false);\r
 137 if (allowSplitFrame && this.openSplitFrame (al, format)) {\r
 138 return;\r
 139 }if (newWindow) {\r
 140 var af;\r
 141 if (Clazz.instanceOf (this.source, jalview.api.ComplexAlignFile)) {\r
 142 var colSel = (this.source).getColumnSelection ();\r
 143 var hiddenSeqs = (this.source).getHiddenSequences ();\r
 144 var showSeqFeatures = (this.source).isShowSeqFeatures ();\r
 145 var cs = (this.source).getColourScheme ();\r
 146 af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, hiddenSeqs, colSel, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false);\r
 147 af.getAlignViewport ().setShowSequenceFeatures (showSeqFeatures);\r
 148 af.changeColour (cs);\r
 149 } else {\r
 150 af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false);\r
 151 }af.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));\r
 152 } else {\r
 153 this.alignFrame.addSequences (al.getSequencesArray ());\r
 154 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_alignment_file"));\r
 155 }}}, "~S,~B,jalview.appletgui.AlignViewport");\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "openSplitFrame", \r
 157 function (al, format) {\r
 158 var thisAlignment = this.alignFrame.getAlignViewport ().getAlignment ();\r
 159 if (thisAlignment.isNucleotide () == al.isNucleotide ()) {\r
 160 return false;\r
 161 }var protein = thisAlignment.isNucleotide () ? al : thisAlignment;\r
 162 var dna = thisAlignment.isNucleotide () ? thisAlignment : al;\r
 163 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (protein, dna);\r
 164 if (!mapped) {\r
 165 return false;\r
 166 }var title = jalview.util.MessageManager.getString ("label.open_split_window");\r
 167 var dialog =  new jalview.appletgui.JVDialog (this.getParent (), title, true, 100, 400);\r
 168 dialog.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.yes"));\r
 169 dialog.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.no"));\r
 170 var question =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 171 var text = jalview.util.MessageManager.getString ("label.open_split_window?");\r
 172 question.add ( new awt2swing.Label (text, 0), "Center");\r
 173 dialog.setMainPanel (question);\r
 174 dialog.setVisible (true);\r
 175 dialog.toFront ();\r
 176 if (!dialog.accept) {\r
 177 return false;\r
 178 }var applet = this.alignFrame.viewport.applet;\r
 179 var copyFrame =  new jalview.appletgui.AlignFrame (this.alignFrame.viewport.getAlignment (), applet, this.alignFrame.getTitle (), false, false);\r
 180 var newFrame =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false, false);\r
 181 var dnaFrame = al.isNucleotide () ? newFrame : copyFrame;\r
 182 var proteinFrame = al.isNucleotide () ? copyFrame : newFrame;\r
 183 var sf =  new jalview.appletgui.SplitFrame (dnaFrame, proteinFrame);\r
 184 sf.addToDisplay (false, applet);\r
 185 return true;\r
 186 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S");\r
 187 Clazz.defineMethod (c$, "loadAnnotations", \r
 188 function () {\r
 189 var tcf = null;\r
 190 try {\r
 191 tcf = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("TCoffeeScoreFile", [this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE]);\r
 192 if (tcf.isValid ()) {\r
 193 if (tcf.annotateAlignment (this.alignFrame.viewport.getAlignment (), true)) {\r
 194 this.alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled (true);\r
 195 this.alignFrame.alignPanel.fontChanged ();\r
 196 this.alignFrame.changeColour ( new jalview.schemes.TCoffeeColourScheme (this.alignFrame.viewport.getAlignment ()));\r
 197 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));\r
 198 } else {\r
 199 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.failed_add_tcoffee_scores",  Clazz.newArray (-1, [(tcf.getWarningMessage () != null ? tcf.getWarningMessage () : "")])));\r
 200 }} else {\r
 201 tcf = null;\r
 202 }} catch (x) {\r
 203 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
 204 tcf = null;\r
 205 } else {\r
 206 throw x;\r
 207 }\r
 208 }\r
 209 if (tcf == null) {\r
 210 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (this.alignFrame.viewport, this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 211 this.alignFrame.alignPanel.fontChanged ();\r
 212 this.alignFrame.alignPanel.setScrollValues (0, 0);\r
 213 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));\r
 214 } else {\r
 215 if (!this.alignFrame.parseFeaturesFile (this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 216 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));\r
 217 }}}});\r
 218 Clazz.defineMethod (c$, "openPdbViewer", \r
 219 function (text) {\r
 220 var pdb =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();\r
 221 pdb.setFile (text);\r
 222  new jalview.appletgui.AppletJmol (pdb,  Clazz.newArray (-1, [this.seq]), null, this.alignFrame.alignPanel, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 223 }, "~S");\r
 224 Clazz.defineMethod (c$, "cancel", \r
 225 function () {\r
 226 this.textarea.setText ("");\r
 227 if (Clazz.instanceOf (this.getParent (), awt2swing.Frame)) {\r
 228 (this.getParent ()).setVisible (false);\r
 229 } else {\r
 230 (this.getParent ()).setVisible (false);\r
 231 }});\r
 232 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 233  function () {\r
 234 this.textarea.setFont ( new java.awt.Font ("Monospaced", 0, 10));\r
 235 this.textarea.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_your_alignment_file"));\r
 236 this.textarea.addMouseListener (this);\r
 237 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
 238 this.accept.addActionListener (this);\r
 239 this.addSequences.addActionListener (this);\r
 240 this.$cancel.addActionListener (this);\r
 241 this.add (this.buttonPanel, "South");\r
 242 this.buttonPanel.add (this.accept, null);\r
 243 this.buttonPanel.add (this.addSequences);\r
 244 this.buttonPanel.add (this.$cancel, null);\r
 245 this.add (this.textarea, "Center");\r
 246 });\r
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 248 function (evt) {\r
 249 if (this.textarea.getText ().startsWith (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_your"))) {\r
 250 this.textarea.setText ("");\r
 251 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 252 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 253 function (evt) {\r
 254 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 255 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 256 function (evt) {\r
 257 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 258 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 259 function (evt) {\r
 260 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 261 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 262 function (evt) {\r
 263 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 264 });\r