site/j2s/jalview/appletgui/FeatureRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer"], "jalview.appletgui.FeatureRenderer", ["awt2swing.Button", "$.Choice", "$.Label", "$.ScrollPane", "$.TextArea", "$.TextField", "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", "$.JVDialog", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.SearchResults", "jalview.io.FeaturesFile", "jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Font", "$.GridLayout", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "$.MouseAdapter", "java.lang.Error"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.featureLinks = null;
   5 this.featureIndex = 0;
   6 this.deleteFeature = false;
   7 this.colourPanel = null;
   8 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel")) {
   9 jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$FeatureColourPanel$ ();
  10 }
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);
  12 }, jalview.appletgui, "FeatureRenderer", jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer);
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function (av) {
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureRenderer);
  16 this.av = av;
  17 this.setTransparencyAvailable (!System.getProperty ("java.version").startsWith ("1.1"));
  18 }, "jalview.viewmodel.AlignmentViewport");
  19 Clazz.defineMethod (c$, "amendFeatures",
  20 function (sequences, features, newFeatures, ap) {
  21 var bigPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());
  22 var name =  new awt2swing.TextField (16);
  23 var source =  new awt2swing.TextField (16);
  24 var description =  new awt2swing.TextArea (3, 35);
  25 var start =  new awt2swing.TextField (8);
  26 var end =  new awt2swing.TextField (8);
  27 var overlaps;
  28 var deleteButton =  new awt2swing.Button ("Delete");
  29 this.deleteFeature = false;
  30 this.colourPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel, this, null);
  31 this.colourPanel.setSize (110, 15);
  32 var fr = this;
  33 var panel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (3, 1));
  34 this.featureIndex = 0;
  35 var tmp;
  36 if (!newFeatures && features.length > 1) {
  37 panel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (4, 1));
  38 tmp =  new awt2swing.Panel ();
  39 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Select Feature: "));
  40 overlaps =  new awt2swing.Choice ();
  41 for (var i = 0; i < features.length; i++) {
  42 var item = features[i].getType () + "/" + features[i].getBegin () + "-" + features[i].getEnd ();
  43 if (features[i].getFeatureGroup () != null) {
  44 item += " (" + features[i].getFeatureGroup () + ")";
  45 }overlaps.addItem (item);
  46 }
  47 tmp.add (overlaps);
  48 overlaps.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$1") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$1, this, Clazz.cloneFinals ("overlaps", overlaps, "name", name, "features", features, "description", description, "source", source, "start", start, "end", end, "sequences", sequences, "ap", ap))));
  49 panel.add (tmp);
  50 }tmp =  new awt2swing.Panel ();
  51 panel.add (tmp);
  52 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Name: ", 4));
  53 tmp.add (name);
  54 tmp =  new awt2swing.Panel ();
  55 panel.add (tmp);
  56 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Group: ", 4));
  57 tmp.add (source);
  58 tmp =  new awt2swing.Panel ();
  59 panel.add (tmp);
  60 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Colour: ", 4));
  61 tmp.add (this.colourPanel);
  62 bigPanel.add (panel, "North");
  63 panel =  new awt2swing.Panel ();
  64 panel.add ( new awt2swing.Label ("Description: ", 4));
  65 panel.add ( new awt2swing.ScrollPane ().add (description));
  66 if (!newFeatures) {
  67 bigPanel.add (panel, "South");
  68 panel =  new awt2swing.Panel ();
  69 panel.add ( new awt2swing.Label (" Start:", 4));
  70 panel.add (start);
  71 panel.add ( new awt2swing.Label ("  End:", 4));
  72 panel.add (end);
  73 bigPanel.add (panel, "Center");
  74 } else {
  75 bigPanel.add (panel, "Center");
  76 }if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded == null) {
  77 if (features[0].type != null) {
  78 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = features[0].type;
  79 } else {
  80 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = "feature_1";
  81 }}if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded == null) {
  82 if (features[0].featureGroup != null) {
  83 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = features[0].featureGroup;
  84 } else {
  85 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = "Jalview";
  86 }}var title = newFeatures ? jalview.util.MessageManager.getString ("label.create_new_sequence_features") : jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.amend_delete_features",  Clazz.newArray (-1, [sequences[0].getName ()]));
  87 var dialog =  new jalview.appletgui.JVDialog (ap.alignFrame, title, true, 385, 240);
  88 dialog.setMainPanel (bigPanel);
  89 if (newFeatures) {
  90 name.setText (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);
  91 source.setText (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded);
  92 } else {
  93 dialog.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.amend"));
  94 dialog.buttonPanel.add (deleteButton, 1);
  95 deleteButton.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$2") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$2, this, Clazz.cloneFinals ("dialog", dialog))));
  96 name.setText (features[0].getType ());
  97 source.setText (features[0].getFeatureGroup ());
  98 }start.setText (features[0].getBegin () + "");
  99 end.setText (features[0].getEnd () + "");
 100 description.setText (features[0].getDescription ());
 101 var col = this.getColour (name.getText ());
 102 if (col == null) {
 103 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme ().createColourFromName (name.getText ());
 104 }var fcol = this.getFeatureStyle (name.getText ());
 105 this.colourPanel.updateColor (fcol);
 106 dialog.setResizable (true);
 107 this.colourPanel.addMouseListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$3") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$3, this, Clazz.cloneFinals ("fr", fr, "ap", ap, "name", name, "dialog", dialog))));
 108 dialog.setVisible (true);
 109 var ffile =  new jalview.io.FeaturesFile ();
 110 if (dialog.accept) {
 111 this.lastSeq = null;
 112 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = name.getText ().trim ();
 113 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = source.getText ().trim ();
 114 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded = description.getText ().$replace ('\n', ' ');
 115 }if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded != null && jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded.length < 1) {
 116 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = null;
 117 }if (!newFeatures) {
 118 var sf = features[this.featureIndex];
 119 if (dialog.accept) {
 120 sf.type = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded;
 121 sf.featureGroup = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded;
 122 sf.description = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded;
 123 if (!this.colourPanel.isGcol) {
 124 this.setColour (sf.type, this.colourPanel.getBackground ());
 125 }try {
 126 sf.begin = Integer.parseInt (start.getText ());
 127 sf.end = Integer.parseInt (end.getText ());
 128 } catch (ex) {
 129 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 130 } else {
 131 throw ex;
 132 }
 133 }
 134 ffile.parseDescriptionHTML (sf, false);
 135 this.setVisible (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);
 136 }if (this.deleteFeature) {
 137 sequences[0].deleteFeature (sf);
 138 }} else {
 139 if (dialog.accept && name.getText ().length > 0) {
 140 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {
 141 features[i].type = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded;
 142 features[i].featureGroup = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded;
 143 features[i].description = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded;
 144 sequences[i].addSequenceFeature (features[i]);
 145 ffile.parseDescriptionHTML (features[i], false);
 146 }
 147 var newColour = this.colourPanel.getBackground ();
 148 if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded != null) {
 149 this.setGroupVisibility (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded, true);
 150 }this.setColour (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded, newColour);
 151 this.setVisible (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);
 152 this.findAllFeatures (false);
 153 } else {
 154 return false;
 155 }}if ((this.av).featureSettings != null) {
 156 (this.av).featureSettings.refreshTable ();
 157 }ap.paintAlignment (true);
 158 return true;
 159 }, "~A,~A,~B,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
 160 c$.$FeatureRenderer$FeatureColourPanel$ = function () {
 161 Clazz.pu$h(self.c$);
 162 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 163 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 164 this.label = "";
 165 this.maxCol = null;
 166 this.isColourByLabel = false;
 167 this.isGcol = false;
 168 Clazz.instantialize (this, arguments);
 169 }, jalview.appletgui.FeatureRenderer, "FeatureColourPanel", awt2swing.Panel);
 170 Clazz.defineMethod (c$, "updateColor",
 171 function (a) {
 172 var b;
 173 var c = null;
 174 var d = null;
 175 var e = "";
 176 if (Clazz.instanceOf (a, java.awt.Color)) {
 177 this.isGcol = false;
 178 c = a;
 179 d = null;
 180 } else if (Clazz.instanceOf (a, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 181 this.isGcol = true;
 182 d = a;
 183 c = null;
 184 } else {
 185 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));
 186 }if (c != null) {
 187 this.setBackground (b = c);
 188 } else {
 189 if (d.getThreshType () != -1) {
 190 e += " " + ((d.getThreshType () == 1) ? "(>)" : "(<)");
 191 }if (this.isColourByLabel = d.isColourByLabel ()) {
 192 this.setBackground (b = java.awt.Color.white);
 193 e += " (by Label)";
 194 } else {
 195 this.setBackground (b = d.getMinColor ());
 196 this.maxCol = d.getMaxColor ();
 197 }}this.label = e;
 198 this.setBackground (b);
 199 this.repaint ();
 200 }, "~O");
 201 Clazz.makeConstructor (c$,
 202 function () {
 203 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel, [null]);
 204 });
 205 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent",
 206 function (a) {
 207 var b = this.getSize ();
 208 if (this.isGcol) {
 209 if (this.isColourByLabel) {
 210 a.setColor (java.awt.Color.white);
 211 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);
 212 a.setColor (java.awt.Color.black);
 213 var c =  new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10);
 214 a.setFont (c);
 215 a.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.label"), 0, 0);
 216 } else {
 217 a.setColor (this.maxCol);
 218 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);
 219 }}}, "java.awt.Graphics");
 220 c$ = Clazz.p0p ();
 221 };
 222 c$.$FeatureRenderer$1$ = function () {
 223 Clazz.pu$h(self.c$);
 224 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$1", null, java.awt.event.ItemListener);
 225 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 226 function (e) {
 227 var index = this.f$.overlaps.getSelectedIndex ();
 228 if (index != -1) {
 229 this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].featureIndex = index;
 230 this.f$.name.setText (this.f$.features[index].getType ());
 231 this.f$.description.setText (this.f$.features[index].getDescription ());
 232 this.f$.source.setText (this.f$.features[index].getFeatureGroup ());
 233 this.f$.start.setText (this.f$.features[index].getBegin () + "");
 234 this.f$.end.setText (this.f$.features[index].getEnd () + "");
 235 var highlight =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
 236 highlight.addResult (this.f$.sequences[0], this.f$.features[index].getBegin (), this.f$.features[index].getEnd ());
 237 this.f$.ap.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults (highlight);
 238 }var col = this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].getFeatureStyle (this.f$.name.getText ());
 239 if (col == null) {
 240 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme ().createColourFromName (this.f$.name.getText ());
 241 }this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].colourPanel.updateColor (col);
 242 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 243 c$ = Clazz.p0p ();
 244 };
 245 c$.$FeatureRenderer$2$ = function () {
 246 Clazz.pu$h(self.c$);
 247 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$2", null, java.awt.event.ActionListener);
 248 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 249 function (evt) {
 250 this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].deleteFeature = true;
 251 this.f$.dialog.setVisible (false);
 252 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 253 c$ = Clazz.p0p ();
 254 };
 255 c$.$FeatureRenderer$3$ = function () {
 256 Clazz.pu$h(self.c$);
 257 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$3", java.awt.event.MouseAdapter);
 258 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 259 function (evt) {
 260 if (!this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].colourPanel.isGcol) {
 261  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.f$.fr, this.f$.ap.alignFrame);
 262 } else {
 263 var fcc =  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this.f$.ap.alignFrame, this.f$.name.getText ());
 264 this.f$.dialog.transferFocus ();
 265 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 266 c$ = Clazz.p0p ();
 267 };
 268 Clazz.defineStatics (c$,
 269 "lastFeatureAdded", null,
 270 "lastFeatureGroupAdded", null,
 271 "lastDescriptionAdded", null);
 272 });