site/j2s/jalview/appletgui/FeatureSettings.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Checkbox", "$.Panel", "jalview.api.FeatureSettingsControllerI", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.FeatureSettings", ["awt2swing.Button", "$.Frame", "$.Label", "$.MenuItem", "$.PopupMenu", "$.ScrollPane", "$.Scrollbar", "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", "$.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.schemes.GraduatedColor", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Font", "$.GridLayout", "$.Toolkit", "java.awt.event.WindowAdapter", "java.lang.Boolean", "$.Error", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.fr = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.av = null;\r
   7 this.frame = null;\r
   8 this.groupPanel = null;\r
   9 this.featurePanel = null;\r
  10 this.scrollPane = null;\r
  11 this.linkImage = null;\r
  12 this.transparency = null;\r
  13 this.groupItemListener = null;\r
  14 this.selectedCheck = null;\r
  15 this.dragging = false;\r
  16 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox")) {\r
  17 jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$MyCheckbox$ ();\r
  18 }\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, jalview.appletgui, "FeatureSettings", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, jalview.api.FeatureSettingsControllerI]);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.featurePanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  23 this.groupItemListener = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$1") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$1, this, null));\r
  24 });\r
  25 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  26 function (ap) {\r
  27 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureSettings, []);\r
  28 this.ap = ap;\r
  29 this.av = ap.av;\r
  30 ap.av.featureSettings = this;\r
  31 this.fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ();\r
  32 this.transparency =  new awt2swing.Scrollbar (0, 100 - Clazz.floatToInt (this.fr.getTransparency () * 100), 1, 1, 100);\r
  33 if (this.fr.isTransparencyAvailable ()) {\r
  34 this.transparency.addAdjustmentListener (this);\r
  35 } else {\r
  36 this.transparency.setEnabled (false);\r
  37 }var url = this.getClass ().getResource ("/images/link.gif");\r
  38 if (url != null) {\r
  39 this.linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit ().getImage (url);\r
  40 }if (this.av.isShowSequenceFeatures () || !this.fr.hasRenderOrder ()) {\r
  41 this.fr.findAllFeatures (true);\r
  42 }this.discoverAllFeatureData ();\r
  43 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  44 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();\r
  45 this.scrollPane.add (this.featurePanel);\r
  46 if (this.fr.getAllFeatureColours () != null && this.fr.getAllFeatureColours ().size () > 0) {\r
  47 this.add (this.scrollPane, "Center");\r
  48 }var invert =  new awt2swing.Button ("Invert Selection");\r
  49 invert.addActionListener (this);\r
  50 var lowerPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (2, 1, 5, 10));\r
  51 lowerPanel.add (invert);\r
  52 var tPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  53 if (this.fr.isTransparencyAvailable ()) {\r
  54 tPanel.add (this.transparency, "Center");\r
  55 tPanel.add ( new awt2swing.Label ("Transparency"), "East");\r
  56 } else {\r
  57 tPanel.add ( new awt2swing.Label ("Transparency not available in this web browser"), "Center");\r
  58 }lowerPanel.add (tPanel, "South");\r
  59 this.add (lowerPanel, "South");\r
  60 if (this.groupPanel != null) {\r
  61 this.groupPanel.setLayout ( new java.awt.GridLayout (Clazz.doubleToInt ((this.fr.getFeatureGroupsSize ()) / 4) + 1, 4));\r
  62 this.groupPanel.validate ();\r
  63 this.add (this.groupPanel, "North");\r
  64 }this.frame =  new awt2swing.Frame ();\r
  65 this.frame.add (this);\r
  66 var me = this;\r
  67 this.frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$2") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$2, this, Clazz.cloneFinals ("me", me))));\r
  68 var height = this.featurePanel.getComponentCount () * 50 + 60;\r
  69 height = Math.max (200, height);\r
  70 height = Math.min (400, height);\r
  71 var width = 300;\r
  72 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.feature_settings"), width, height);\r
  73 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent", \r
  75 function (g) {\r
  76 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
  77 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);\r
  78 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10, 40);\r
  79 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10, 60);\r
  80 }, "java.awt.Graphics");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "popupSort", \r
  82 function (check, minmax, x, y) {\r
  83 var type = check.type;\r
  84 var typeCol = this.fr.getFeatureStyle (type);\r
  85 var men =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.settings_for_type",  Clazz.newArray (-1, [type])));\r
  86 var scr =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sort_by_score"));\r
  87 men.add (scr);\r
  88 var me = this;\r
  89 scr.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$3") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$3, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "type", type))));\r
  90 var dens =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sort_by_density"));\r
  91 dens.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$4") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$4, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "type", type))));\r
  92 men.add (dens);\r
  93 if (minmax != null) {\r
  94 var typeMinMax = minmax.get (type);\r
  95 if (typeMinMax != null && (typeMinMax)[0] != null) {\r
  96 var mxcol =  new awt2swing.MenuItem ((Clazz.instanceOf (typeCol, java.awt.Color)) ? "Graduated Colour" : "Single Colour");\r
  97 men.add (mxcol);\r
  98 mxcol.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$5") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$5, this, Clazz.cloneFinals ("typeCol", typeCol, "me", me, "type", type, "check", check))));\r
  99 }}this.featurePanel.add (men);\r
 100 men.show (this.featurePanel, x, y);\r
 101 }, "jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox,java.util.Hashtable,~N,~N");\r
 102 Clazz.overrideMethod (c$, "discoverAllFeatureData", \r
 103 function () {\r
 104 if (this.fr.getAllFeatureColours () != null && this.fr.getAllFeatureColours ().size () > 0) {\r
 105 this.rebuildGroups ();\r
 106 }this.resetTable (false);\r
 107 });\r
 108 Clazz.defineMethod (c$, "rebuildGroups", \r
 109 function () {\r
 110 var rdrw = false;\r
 111 if (this.groupPanel == null) {\r
 112 this.groupPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
 113 } else {\r
 114 rdrw = true;\r
 115 this.groupPanel.removeAll ();\r
 116 }for (var group, $group = this.fr.getFeatureGroups ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {\r
 117 var vis = this.fr.checkGroupVisibility (group, false);\r
 118 var check = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, this, null, group, vis, (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (group)));\r
 119 check.addMouseListener (this);\r
 120 check.setFont ( new java.awt.Font ("Serif", 1, 12));\r
 121 check.addItemListener (this.groupItemListener);\r
 122 check.setVisible (vis);\r
 123 this.groupPanel.add (check);\r
 124 }\r
 125 if (rdrw) {\r
 126 this.groupPanel.validate ();\r
 127 }});\r
 128 Clazz.defineMethod (c$, "resetTable", \r
 129 function (groupsChanged) {\r
 130 var tmpfeatures;\r
 131 var group = null;\r
 132 var type;\r
 133 var visibleChecks =  new java.util.Vector ();\r
 134 var alignment = this.av.getAlignment ();\r
 135 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {\r
 136 if (alignment.getSequenceAt (i).getSequenceFeatures () == null) {\r
 137 continue;\r
 138 }tmpfeatures = alignment.getSequenceAt (i).getSequenceFeatures ();\r
 139 var index = 0;\r
 140 while (index < tmpfeatures.length) {\r
 141 group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 142 if (group == null || this.fr.checkGroupVisibility (group, true)) {\r
 143 type = tmpfeatures[index].getType ();\r
 144 if (!visibleChecks.contains (type)) {\r
 145 visibleChecks.addElement (type);\r
 146 }}index++;\r
 147 }\r
 148 }\r
 149 var comps;\r
 150 var cSize = this.featurePanel.getComponentCount ();\r
 151 var check;\r
 152 for (var i = 0; i < cSize; i++) {\r
 153 comps = this.featurePanel.getComponents ();\r
 154 check = comps[i];\r
 155 if (!visibleChecks.contains (check.type)) {\r
 156 this.featurePanel.remove (i);\r
 157 cSize--;\r
 158 i--;\r
 159 }}\r
 160 if (this.fr.getRenderOrder () != null) {\r
 161 var rol = this.fr.getRenderOrder ();\r
 162 for (var ro = rol.size () - 1; ro > -1; ro--) {\r
 163 var item = rol.get (ro);\r
 164 if (!visibleChecks.contains (item)) {\r
 165 continue;\r
 166 }visibleChecks.removeElement (item);\r
 167 this.addCheck (false, item);\r
 168 }\r
 169 }var en = visibleChecks.elements ();\r
 170 while (en.hasMoreElements ()) {\r
 171 this.addCheck (groupsChanged, en.nextElement ().toString ());\r
 172 }\r
 173 this.featurePanel.setLayout ( new java.awt.GridLayout (this.featurePanel.getComponentCount (), 1, 10, 5));\r
 174 this.featurePanel.validate ();\r
 175 if (this.scrollPane != null) {\r
 176 this.scrollPane.validate ();\r
 177 }this.itemStateChanged (null);\r
 178 }, "~B");\r
 179 Clazz.defineMethod (c$, "addCheck", \r
 180 function (groupsChanged, type) {\r
 181 var addCheck;\r
 182 var comps = this.featurePanel.getComponents ();\r
 183 var check;\r
 184 addCheck = true;\r
 185 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {\r
 186 check = comps[i];\r
 187 if (check.type.equals (type)) {\r
 188 addCheck = false;\r
 189 break;\r
 190 }}\r
 191 if (addCheck) {\r
 192 var selected = false;\r
 193 if (groupsChanged || this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (type)) {\r
 194 selected = true;\r
 195 }check = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, this, null, type, selected, (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (type)), this.fr.getFeatureStyle (type));\r
 196 check.addMouseListener (this);\r
 197 check.addMouseMotionListener (this);\r
 198 check.addItemListener (this);\r
 199 if (groupsChanged) {\r
 200 this.featurePanel.add (check, 0);\r
 201 } else {\r
 202 this.featurePanel.add (check);\r
 203 }}}, "~B,~S");\r
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 205 function (evt) {\r
 206 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {\r
 207 var check = this.featurePanel.getComponent (i);\r
 208 check.setState (!check.getState ());\r
 209 }\r
 210 this.selectionChanged ();\r
 211 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 212 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 213 function (evt) {\r
 214 this.selectionChanged ();\r
 215 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 216 Clazz.defineMethod (c$, "selectionChanged", \r
 217 function () {\r
 218 var comps = this.featurePanel.getComponents ();\r
 219 var cSize = comps.length;\r
 220 var tmp =  Clazz.newArray (cSize, 3, null);\r
 221 var tmpSize = 0;\r
 222 for (var i = 0; i < cSize; i++) {\r
 223 var check = comps[i];\r
 224 tmp[tmpSize][0] = check.type;\r
 225 tmp[tmpSize][1] = this.fr.getFeatureStyle (check.type);\r
 226 tmp[tmpSize][2] =  new Boolean (check.getState ());\r
 227 tmpSize++;\r
 228 }\r
 229 var data =  Clazz.newArray (tmpSize, 3, null);\r
 230 System.arraycopy (tmp, 0, data, 0, tmpSize);\r
 231 this.fr.setFeaturePriority (data);\r
 232 this.ap.paintAlignment (true);\r
 233 });\r
 234 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 235 function (evt) {\r
 236 this.selectedCheck = evt.getSource ();\r
 237 if (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (this.selectedCheck.type)) {\r
 238 if (evt.getX () > this.selectedCheck.stringWidth + 20) {\r
 239 evt.consume ();\r
 240 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 241 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 242 function (evt) {\r
 243 if ((evt.getSource ()).getParent () !== this.featurePanel) {\r
 244 return;\r
 245 }this.dragging = true;\r
 246 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 248 function (evt) {\r
 249 if ((evt.getSource ()).getParent () !== this.featurePanel) {\r
 250 return;\r
 251 }var comp = null;\r
 252 var target = null;\r
 253 var height = evt.getY () + evt.getComponent ().getLocation ().y;\r
 254 if (height > this.featurePanel.getSize ().height) {\r
 255 comp = this.featurePanel.getComponent (this.featurePanel.getComponentCount () - 1);\r
 256 } else if (height < 0) {\r
 257 comp = this.featurePanel.getComponent (0);\r
 258 } else {\r
 259 comp = this.featurePanel.getComponentAt (evt.getX (), evt.getY () + evt.getComponent ().getLocation ().y);\r
 260 }if (comp != null && Clazz.instanceOf (comp, awt2swing.Checkbox)) {\r
 261 target = comp;\r
 262 }if (this.selectedCheck != null && target != null && this.selectedCheck !== target) {\r
 263 var targetIndex = -1;\r
 264 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {\r
 265 if (target === this.featurePanel.getComponent (i)) {\r
 266 targetIndex = i;\r
 267 break;\r
 268 }}\r
 269 this.featurePanel.remove (this.selectedCheck);\r
 270 this.featurePanel.add (this.selectedCheck, targetIndex);\r
 271 this.featurePanel.validate ();\r
 272 this.itemStateChanged (null);\r
 273 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 274 Clazz.defineMethod (c$, "setUserColour", \r
 275 function (feature, originalColour) {\r
 276 if (Clazz.instanceOf (originalColour, java.awt.Color) || Clazz.instanceOf (originalColour, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 277 this.fr.setColour (feature, originalColour);\r
 278 } else {\r
 279 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object"));\r
 280 }this.refreshTable ();\r
 281 }, "~S,~O");\r
 282 Clazz.defineMethod (c$, "refreshTable", \r
 283 function () {\r
 284 this.featurePanel.removeAll ();\r
 285 this.resetTable (false);\r
 286 this.ap.paintAlignment (true);\r
 287 });\r
 288 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 289 function (evt) {\r
 290 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 291 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 292 function (evt) {\r
 293 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 294 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 295 function (evt) {\r
 296 var check = evt.getSource ();\r
 297 if ((evt.getModifiers () & 4) != 0) {\r
 298 this.popupSort (check, this.fr.getMinMax (), evt.getX (), evt.getY ());\r
 299 }if (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (check.type)) {\r
 300 if (evt.getX () > check.stringWidth + 20) {\r
 301 evt.consume ();\r
 302 var link = this.fr.featureLinks.get (check.type).toString ();\r
 303 this.ap.alignFrame.showURL (link.substring (link.indexOf ("|") + 1), link.substring (0, link.indexOf ("|")));\r
 304 }}if (check.getParent () !== this.featurePanel) {\r
 305 return;\r
 306 }if (evt.getClickCount () > 1) {\r
 307 var fcol = this.fr.getFeatureStyle (check.type);\r
 308 if (Clazz.instanceOf (fcol, java.awt.Color)) {\r
 309  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, check.type, fcol);\r
 310 } else {\r
 311  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this, check.type);\r
 312 check.updateColor (this.fr.getFeatureStyle (check.type));\r
 313 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 314 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 315 function (evt) {\r
 316 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 317 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 318 function (evt) {\r
 319 this.fr.setTransparency ((100 - this.transparency.getValue ()) / 100);\r
 320 this.ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();\r
 321 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 322 c$.$FeatureSettings$MyCheckbox$ = function () {\r
 323 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 324 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 325 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 326 this.type = null;\r
 327 this.stringWidth = 0;\r
 328 this.hasLink = false;\r
 329 this.gcol = null;\r
 330 this.col = null;\r
 331 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 332 }, jalview.appletgui.FeatureSettings, "MyCheckbox", awt2swing.Checkbox);\r
 333 Clazz.defineMethod (c$, "updateColor", \r
 334 function (a) {\r
 335 if (Clazz.instanceOf (a, java.awt.Color)) {\r
 336 this.col = a;\r
 337 this.gcol = null;\r
 338 } else if (Clazz.instanceOf (a, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 339 this.gcol = a;\r
 340 this.col = null;\r
 341 } else {\r
 342 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));\r
 343 }if (this.col != null) {\r
 344 this.setBackground (this.col);\r
 345 } else {\r
 346 var b = this.type;\r
 347 if (this.gcol.getThreshType () != -1) {\r
 348 b += " " + ((this.gcol.getThreshType () == 1) ? "(>)" : "(<)");\r
 349 }if (this.gcol.isColourByLabel ()) {\r
 350 this.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 351 b += " (by Label)";\r
 352 } else {\r
 353 this.setBackground (this.gcol.getMinColor ());\r
 354 }this.setLabel (b);\r
 355 }this.repaint ();\r
 356 }, "~O");\r
 357 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 358 function (a, b, c) {\r
 359 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, [a, b]);\r
 360 this.type = a;\r
 361 var d = this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].av.nullFrame.getFontMetrics (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].av.nullFrame.getFont ());\r
 362 this.stringWidth = d.stringWidth (a);\r
 363 this.hasLink = c;\r
 364 }, "~S,~B,~B");\r
 365 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 366 function (a, b, c, d) {\r
 367 this.construct (a, b, c);\r
 368 this.updateColor (d);\r
 369 }, "~S,~B,~B,~O");\r
 370 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent", \r
 371 function (a) {\r
 372 var b = this.getSize ();\r
 373 if (this.gcol != null) {\r
 374 if (this.gcol.isColourByLabel ()) {\r
 375 a.setColor (java.awt.Color.white);\r
 376 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);\r
 377 } else {\r
 378 var c = this.gcol.getMaxColor ();\r
 379 a.setColor (c);\r
 380 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);\r
 381 }}if (this.hasLink) {\r
 382 a.drawImage (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].linkImage, this.stringWidth + 25, Clazz.doubleToInt ((this.getSize ().height - this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].linkImage.getHeight (this)) / 2), this);\r
 383 }}, "java.awt.Graphics");\r
 384 c$ = Clazz.p0p ();\r
 385 };\r
 386 c$.$FeatureSettings$1$ = function () {\r
 387 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 388 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$1", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 389 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 390 function (evt) {\r
 391 var source = evt.getSource ();\r
 392 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].fr.setGroupVisibility (source.getLabel (), source.getState ());\r
 393 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();\r
 394 if (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.overviewPanel != null) {\r
 395 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.overviewPanel.updateOverviewImage ();\r
 396 }this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].resetTable (true);\r
 397 return;\r
 398 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 399 c$ = Clazz.p0p ();\r
 400 };\r
 401 c$.$FeatureSettings$2$ = function () {\r
 402 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 403 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$2", java.awt.event.WindowAdapter);\r
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
 405 function (e) {\r
 406 if (this.f$.me.av.featureSettings === this.f$.me) {\r
 407 this.f$.me.av.featureSettings = null;\r
 408 this.f$.me.ap = null;\r
 409 this.f$.me.av = null;\r
 410 }}, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 411 c$ = Clazz.p0p ();\r
 412 };\r
 413 c$.$FeatureSettings$3$ = function () {\r
 414 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 415 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$3", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 416 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 417 function (e) {\r
 418 this.f$.me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureScore ( Clazz.newArray (-1, [this.f$.type]));\r
 419 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 420 c$ = Clazz.p0p ();\r
 421 };\r
 422 c$.$FeatureSettings$4$ = function () {\r
 423 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 424 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$4", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 425 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 426 function (e) {\r
 427 this.f$.me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureDensity ( Clazz.newArray (-1, [this.f$.type]));\r
 428 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 429 c$ = Clazz.p0p ();\r
 430 };\r
 431 c$.$FeatureSettings$5$ = function () {\r
 432 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 433 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$5", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 434 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 435 function (e) {\r
 436 if (Clazz.instanceOf (this.f$.typeCol, java.awt.Color)) {\r
 437  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this.f$.me, this.f$.type);\r
 438 this.f$.check.updateColor (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].fr.getFeatureStyle (this.f$.type));\r
 439 } else {\r
 440  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.f$.me, this.f$.check.type, (this.f$.typeCol));\r
 441 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 442 c$ = Clazz.p0p ();\r
 443 };\r
 444 });\r