site/j2s/jalview/appletgui/Finder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Label", "$.TextField", "java.awt.GridLayout"], "jalview.appletgui.Finder", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.Finder", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.SequenceFeature", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Font", "$.Rectangle", "java.awt.event.KeyAdapter", "$.WindowAdapter"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.frame = null;\r
   7 this.searchResults = null;\r
   8 this.seqIndex = 0;\r
   9 this.resIndex = -1;\r
  10 this.jLabel1 = null;\r
  11 this.textfield = null;\r
  12 this.findAll = null;\r
  13 this.findNext = null;\r
  14 this.actionsPanel = null;\r
  15 this.gridLayout1 = null;\r
  16 this.createNewGroup = null;\r
  17 this.caseSensitive = null;\r
  18 this.searchDescription = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, jalview.appletgui, "Finder", awt2swing.Panel, java.awt.event.ActionListener);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.jLabel1 =  new awt2swing.Label ();\r
  23 this.textfield =  new awt2swing.TextField ();\r
  24 this.findAll =  new awt2swing.Button ();\r
  25 this.findNext =  new awt2swing.Button ();\r
  26 this.actionsPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  27 this.gridLayout1 =  new java.awt.GridLayout ();\r
  28 this.createNewGroup =  new awt2swing.Button ();\r
  29 this.caseSensitive =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  30 this.searchDescription =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  31 });\r
  32 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  33 function (ap) {\r
  34 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.Finder, []);\r
  35 try {\r
  36 this.jbInit ();\r
  37 } catch (e) {\r
  38 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  39 e.printStackTrace ();\r
  40 } else {\r
  41 throw e;\r
  42 }\r
  43 }\r
  44 this.av = ap.av;\r
  45 this.ap = ap;\r
  46 this.frame =  new awt2swing.Frame ();\r
  47 this.frame.add (this);\r
  48 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("action.find"), 340, 120);\r
  49 this.frame.repaint ();\r
  50 this.frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.Finder$1") ? 0 : jalview.appletgui.Finder.$Finder$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.Finder$1, this, Clazz.cloneFinals ("ap", ap))));\r
  51 this.textfield.requestFocus ();\r
  52 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  53 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
  54 function (evt) {\r
  55 if (evt.getSource () === this.textfield) {\r
  56 this.doSearch (false);\r
  57 } else if (evt.getSource () === this.findNext) {\r
  58 this.doSearch (false);\r
  59 } else if (evt.getSource () === this.findAll) {\r
  60 this.resIndex = -1;\r
  61 this.seqIndex = 0;\r
  62 this.doSearch (true);\r
  63 } else if (evt.getSource () === this.createNewGroup) {\r
  64 this.createNewGroup_actionPerformed ();\r
  65 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  66 Clazz.defineMethod (c$, "createNewGroup_actionPerformed", \r
  67 function () {\r
  68 var seqs =  new Array (this.searchResults.getSize ());\r
  69 var features =  new Array (this.searchResults.getSize ());\r
  70 for (var i = 0; i < this.searchResults.getSize (); i++) {\r
  71 seqs[i] = this.searchResults.getResultSequence (i);\r
  72 features[i] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (this.textfield.getText ().trim (), "Search Results", null, this.searchResults.getResultStart (i), this.searchResults.getResultEnd (i), "Search Results");\r
  73 }\r
  74 if (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures (seqs, features, true, this.ap)) {\r
  75 this.ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState (true);\r
  76 this.av.setShowSequenceFeatures (true);\r
  77 this.ap.highlightSearchResults (null);\r
  78 }});\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "doSearch", \r
  80 function (findAll) {\r
  81 if (this.ap.av.applet.currentAlignFrame != null) {\r
  82 this.ap = this.ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;\r
  83 this.av = this.ap.av;\r
  84 }this.createNewGroup.setEnabled (false);\r
  85 var finder =  new jalview.analysis.Finder (this.av.getAlignment (), this.av.getSelectionGroup (), this.seqIndex, this.resIndex);\r
  86 finder.setCaseSensitive (this.caseSensitive.getState ());\r
  87 finder.setIncludeDescription (this.searchDescription.getState ());\r
  88 finder.setFindAll (findAll);\r
  89 var searchString = this.textfield.getText ();\r
  90 finder.find (searchString);\r
  91 this.seqIndex = finder.getSeqIndex ();\r
  92 this.resIndex = finder.getResIndex ();\r
  93 this.searchResults = finder.getSearchResults ();\r
  94 var idMatch = finder.getIdMatch ();\r
  95 var haveResults = false;\r
  96 if ((idMatch.size () > 0)) {\r
  97 haveResults = true;\r
  98 this.ap.idPanel.highlightSearchResults (idMatch);\r
  99 } else {\r
 100 this.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);\r
 101 }if (this.searchResults.getSize () > 0) {\r
 102 haveResults = true;\r
 103 this.createNewGroup.setEnabled (true);\r
 104 } else {\r
 105 this.searchResults = null;\r
 106 }this.ap.highlightSearchResults (this.searchResults);\r
 107 if (!haveResults) {\r
 108 this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.finished_searching"));\r
 109 this.resIndex = -1;\r
 110 this.seqIndex = 0;\r
 111 } else {\r
 112 if (findAll) {\r
 113 var message = (idMatch.size () > 0) ? "" + idMatch.size () + " IDs" : "";\r
 114 if (idMatch.size () > 0 && this.searchResults != null && this.searchResults.getSize () > 0) {\r
 115 message += " and ";\r
 116 }if (this.searchResults != null) {\r
 117 message += this.searchResults.getSize () + " subsequence matches.";\r
 118 }this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.search_results",  Clazz.newArray (-1, [searchString, message])));\r
 119 } else {\r
 120 this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.found_match_for",  Clazz.newArray (-1, [searchString])));\r
 121 }}}, "~B");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 123  function () {\r
 124 this.jLabel1.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 125 this.jLabel1.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find"));\r
 126 this.jLabel1.setBounds ( new java.awt.Rectangle (3, 30, 34, 15));\r
 127 this.setLayout (null);\r
 128 this.textfield.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));\r
 129 this.textfield.setText ("");\r
 130 this.textfield.setBounds ( new java.awt.Rectangle (40, 17, 133, 21));\r
 131 this.textfield.addKeyListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.Finder$2") ? 0 : jalview.appletgui.Finder.$Finder$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.Finder$2, this, null)));\r
 132 this.textfield.addActionListener (this);\r
 133 this.findAll.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));\r
 134 this.findAll.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find_all"));\r
 135 this.findAll.addActionListener (this);\r
 136 this.findNext.setEnabled (false);\r
 137 this.findNext.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));\r
 138 this.findNext.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find_next"));\r
 139 this.findNext.addActionListener (this);\r
 140 this.actionsPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (195, 5, 141, 64));\r
 141 this.actionsPanel.setLayout (this.gridLayout1);\r
 142 this.gridLayout1.setHgap (0);\r
 143 this.gridLayout1.setRows (3);\r
 144 this.gridLayout1.setVgap (2);\r
 145 this.createNewGroup.setEnabled (false);\r
 146 this.createNewGroup.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));\r
 147 this.createNewGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.new_feature"));\r
 148 this.createNewGroup.addActionListener (this);\r
 149 this.caseSensitive.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.match_case"));\r
 150 this.caseSensitive.setBounds ( new java.awt.Rectangle (30, 39, 126, 23));\r
 151 this.searchDescription.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.include_description"));\r
 152 this.searchDescription.setBounds ( new java.awt.Rectangle (30, 59, 170, 23));\r
 153 this.actionsPanel.add (this.findNext, null);\r
 154 this.actionsPanel.add (this.findAll, null);\r
 155 this.actionsPanel.add (this.createNewGroup, null);\r
 156 this.add (this.caseSensitive);\r
 157 this.add (this.textfield, null);\r
 158 this.add (this.jLabel1, null);\r
 159 this.add (this.actionsPanel, null);\r
 160 this.add (this.searchDescription);\r
 161 });\r
 162 Clazz.defineMethod (c$, "textfield_keyTyped", \r
 163 function (e) {\r
 164 this.findNext.setEnabled (true);\r
 165 }, "java.awt.event.KeyEvent");\r
 166 c$.$Finder$1$ = function () {\r
 167 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 168 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "Finder$1", java.awt.event.WindowAdapter);\r
 169 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
 170 function (evt) {\r
 171 this.f$.ap.highlightSearchResults (null);\r
 172 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 173 c$ = Clazz.p0p ();\r
 174 };\r
 175 c$.$Finder$2$ = function () {\r
 176 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 177 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "Finder$2", java.awt.event.KeyAdapter);\r
 178 Clazz.overrideMethod (c$, "keyTyped", \r
 179 function (e) {\r
 180 this.b$["jalview.appletgui.Finder"].textfield_keyTyped (e);\r
 181 }, "java.awt.event.KeyEvent");\r
 182 c$ = Clazz.p0p ();\r
 183 };\r
 184 });\r