site/j2s/jalview/appletgui/PCAPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "awt2swing.Button", "$.CheckboxMenuItem", "$.Choice", "$.Label", "$.Menu", "$.MenuBar", "$.MenuItem", "$.Panel", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.PCAPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.RotatableCanvas", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.util.MessageManager", "jalview.viewmodel.PCAModel", "java.awt.Color", "$.Font", "java.lang.Thread"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.rc = null;\r
   5 this.av = null;\r
   6 this.pcaModel = null;\r
   7 this.top = 0;\r
   8 this.jPanel2 = null;\r
   9 this.jLabel1 = null;\r
  10 this.jLabel2 = null;\r
  11 this.jLabel3 = null;\r
  12 this.xCombobox = null;\r
  13 this.yCombobox = null;\r
  14 this.zCombobox = null;\r
  15 this.resetButton = null;\r
  16 this.flowLayout1 = null;\r
  17 this.borderLayout1 = null;\r
  18 this.menuBar1 = null;\r
  19 this.menu1 = null;\r
  20 this.menu2 = null;\r
  21 this.calcSettings = null;\r
  22 this.labels = null;\r
  23 this.protSetting = null;\r
  24 this.nuclSetting = null;\r
  25 this.values = null;\r
  26 this.inputData = null;\r
  27 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  28 }, jalview.appletgui, "PCAPanel", jalview.appletgui.EmbmenuFrame, [Runnable, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);\r
  29 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  30 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();\r
  31 this.jLabel1 =  new awt2swing.Label ();\r
  32 this.jLabel2 =  new awt2swing.Label ();\r
  33 this.jLabel3 =  new awt2swing.Label ();\r
  34 this.xCombobox =  new awt2swing.Choice ();\r
  35 this.yCombobox =  new awt2swing.Choice ();\r
  36 this.zCombobox =  new awt2swing.Choice ();\r
  37 this.resetButton =  new awt2swing.Button ();\r
  38 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();\r
  39 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  40 this.menuBar1 =  new awt2swing.MenuBar ();\r
  41 this.menu1 =  new awt2swing.Menu ();\r
  42 this.menu2 =  new awt2swing.Menu ();\r
  43 this.calcSettings =  new awt2swing.Menu ();\r
  44 this.labels =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  45 this.protSetting =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  46 this.nuclSetting =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  47 this.values =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  48 this.inputData =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  49 });\r
  50 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  51 function (av) {\r
  52 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.PCAPanel, []);\r
  53 try {\r
  54 this.jbInit ();\r
  55 } catch (e) {\r
  56 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  57 e.printStackTrace ();\r
  58 } else {\r
  59 throw e;\r
  60 }\r
  61 }\r
  62 for (var i = 1; i < 8; i++) {\r
  63 this.xCombobox.addItem ("dim " + i);\r
  64 this.yCombobox.addItem ("dim " + i);\r
  65 this.zCombobox.addItem ("dim " + i);\r
  66 }\r
  67 this.av = av;\r
  68 var selected = av.getSelectionGroup () != null && av.getSelectionGroup ().getSize () > 0;\r
  69 var seqstrings = av.getAlignmentView (selected);\r
  70 var nucleotide = av.getAlignment ().isNucleotide ();\r
  71 var seqs;\r
  72 if (!selected) {\r
  73 seqs = av.getAlignment ().getSequencesArray ();\r
  74 } else {\r
  75 seqs = av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (av.getAlignment ());\r
  76 }var sq = seqstrings.getSequences ();\r
  77 var length = sq[0].getWidth ();\r
  78 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  79 if (sq[i].getWidth () != length) {\r
  80 System.out.println ("Sequences must be equal length for PCA analysis");\r
  81 return;\r
  82 }}\r
  83 this.pcaModel =  new jalview.viewmodel.PCAModel (seqstrings, seqs, nucleotide);\r
  84 this.rc =  new jalview.appletgui.RotatableCanvas (av);\r
  85 this.embedMenuIfNeeded (this.rc);\r
  86 this.add (this.rc, "Center");\r
  87 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this, jalview.util.MessageManager.getString ("label.principal_component_analysis"), 475, 400);\r
  88 var worker =  new Thread (this);\r
  89 worker.start ();\r
  90 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  91 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
  92 function () {\r
  93 this.calcSettings.setEnabled (false);\r
  94 this.rc.setEnabled (false);\r
  95 try {\r
  96 this.nuclSetting.setState (this.pcaModel.isNucleotide ());\r
  97 this.protSetting.setState (!this.pcaModel.isNucleotide ());\r
  98 this.pcaModel.run ();\r
  99 this.xCombobox.select (new Integer (0));\r
 100 this.yCombobox.select (new Integer (1));\r
 101 this.zCombobox.select (new Integer (2));\r
 102 this.pcaModel.updateRc (this.rc);\r
 103 this.top = this.pcaModel.getTop ();\r
 104 } catch (x) {\r
 105 if (Clazz.exceptionOf (x, OutOfMemoryError)) {\r
 106 System.err.println ("Out of memory when calculating PCA.");\r
 107 return;\r
 108 } else {\r
 109 throw x;\r
 110 }\r
 111 }\r
 112 this.calcSettings.setEnabled (true);\r
 113 this.rc.setEnabled (true);\r
 114 this.rc.repaint ();\r
 115 this.repaint ();\r
 116 });\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "doDimensionChange", \r
 118 function () {\r
 119 if (this.top == 0) {\r
 120 return;\r
 121 }var dim1 = this.top - this.xCombobox.getSelectedIndex ();\r
 122 var dim2 = this.top - this.yCombobox.getSelectedIndex ();\r
 123 var dim3 = this.top - this.zCombobox.getSelectedIndex ();\r
 124 this.pcaModel.updateRcView (dim1, dim2, dim3);\r
 125 this.rc.img = null;\r
 126 this.rc.rotmat.setIdentity ();\r
 127 this.rc.initAxes ();\r
 128 this.rc.paint (this.rc.getGraphics ());\r
 129 });\r
 130 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 131 function (evt) {\r
 132 if (evt.getSource () === this.inputData) {\r
 133 this.showOriginalData ();\r
 134 }if (evt.getSource () === this.resetButton) {\r
 135 this.xCombobox.select (new Integer (0));\r
 136 this.yCombobox.select (new Integer (1));\r
 137 this.zCombobox.select (new Integer (2));\r
 138 this.doDimensionChange ();\r
 139 }if (evt.getSource () === this.values) {\r
 140 this.values_actionPerformed ();\r
 141 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 142 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 143 function (evt) {\r
 144 if (evt.getSource () === this.xCombobox) {\r
 145 this.xCombobox_actionPerformed ();\r
 146 } else if (evt.getSource () === this.yCombobox) {\r
 147 this.yCombobox_actionPerformed ();\r
 148 } else if (evt.getSource () === this.zCombobox) {\r
 149 this.zCombobox_actionPerformed ();\r
 150 } else if (evt.getSource () === this.labels) {\r
 151 this.labels_itemStateChanged (evt);\r
 152 } else if (evt.getSource () === this.nuclSetting) {\r
 153 if (!this.pcaModel.isNucleotide ()) {\r
 154 this.pcaModel.setNucleotide (true);\r
 155  new Thread (this).start ();\r
 156 }} else if (evt.getSource () === this.protSetting) {\r
 157 if (this.pcaModel.isNucleotide ()) {\r
 158 this.pcaModel.setNucleotide (false);\r
 159  new Thread (this).start ();\r
 160 }}}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 161 Clazz.defineMethod (c$, "xCombobox_actionPerformed", \r
 162 function () {\r
 163 this.doDimensionChange ();\r
 164 });\r
 165 Clazz.defineMethod (c$, "yCombobox_actionPerformed", \r
 166 function () {\r
 167 this.doDimensionChange ();\r
 168 });\r
 169 Clazz.defineMethod (c$, "zCombobox_actionPerformed", \r
 170 function () {\r
 171 this.doDimensionChange ();\r
 172 });\r
 173 Clazz.defineMethod (c$, "values_actionPerformed", \r
 174 function () {\r
 175 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, null);\r
 176 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 177 frame.add (cap);\r
 178 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.pca_details"), 500, 500);\r
 179 cap.setText (this.pcaModel.getDetails ());\r
 180 });\r
 181 Clazz.defineMethod (c$, "showOriginalData", \r
 182 function () {\r
 183 var gc = '-';\r
 184 try {\r
 185 gc = this.av.getGapCharacter ();\r
 186 } catch (ex) {\r
 187 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 188 } else {\r
 189 throw ex;\r
 190 }\r
 191 }\r
 192 ;var alAndColsel = this.pcaModel.getSeqtrings ().getAlignmentAndColumnSelection (gc);\r
 193 if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null) {\r
 194 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (alAndColsel[0]);\r
 195 var af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.av.applet, "Original Data for PCA", false);\r
 196 af.viewport.setHiddenColumns (alAndColsel[1]);\r
 197 }});\r
 198 Clazz.defineMethod (c$, "labels_itemStateChanged", \r
 199 function (itemEvent) {\r
 200 this.rc.showLabels (this.labels.getState ());\r
 201 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 202 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 203  function () {\r
 204 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
 205 this.jPanel2.setLayout (this.flowLayout1);\r
 206 this.jLabel1.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 207 this.jLabel1.setText ("x=");\r
 208 this.jLabel2.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 209 this.jLabel2.setText ("y=");\r
 210 this.jLabel3.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 211 this.jLabel3.setText ("z=");\r
 212 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 213 this.zCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 214 this.zCombobox.addItemListener (this);\r
 215 this.yCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 216 this.yCombobox.addItemListener (this);\r
 217 this.xCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 218 this.xCombobox.addItemListener (this);\r
 219 this.resetButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 220 this.resetButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reset"));\r
 221 this.resetButton.addActionListener (this);\r
 222 this.setMenuBar (this.menuBar1);\r
 223 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.file"));\r
 224 this.menu2.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.view"));\r
 225 this.calcSettings.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.change_params"));\r
 226 this.labels.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.labels"));\r
 227 this.labels.addItemListener (this);\r
 228 this.values.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.output_values"));\r
 229 this.values.addActionListener (this);\r
 230 this.inputData.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.input_data"));\r
 231 this.nuclSetting.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.nucleotide_matrix"));\r
 232 this.nuclSetting.addItemListener (this);\r
 233 this.protSetting.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.protein_matrix"));\r
 234 this.protSetting.addItemListener (this);\r
 235 this.add (this.jPanel2, "South");\r
 236 this.jPanel2.add (this.jLabel1, null);\r
 237 this.jPanel2.add (this.xCombobox, null);\r
 238 this.jPanel2.add (this.jLabel2, null);\r
 239 this.jPanel2.add (this.yCombobox, null);\r
 240 this.jPanel2.add (this.jLabel3, null);\r
 241 this.jPanel2.add (this.zCombobox, null);\r
 242 this.jPanel2.add (this.resetButton, null);\r
 243 this.menuBar1.add (this.menu1);\r
 244 this.menuBar1.add (this.menu2);\r
 245 this.menuBar1.add (this.calcSettings);\r
 246 this.menu2.add (this.labels);\r
 247 this.menu1.add (this.values);\r
 248 this.menu1.add (this.inputData);\r
 249 this.calcSettings.add (this.nuclSetting);\r
 250 this.calcSettings.add (this.protSetting);\r
 251 this.inputData.addActionListener (this);\r
 252 });\r
 253 });\r