site/j2s/jalview/appletgui/RotatableCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.api.RotatableCanvasI", "java.awt.event.KeyListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "jalview.math.RotatableMatrix"], "jalview.appletgui.RotatableCanvas", ["jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.idmat = null;\r
   5 this.objmat = null;\r
   6 this.rotmat = null;\r
   7 this.tooltip = null;\r
   8 this.toolx = 0;\r
   9 this.tooly = 0;\r
  10 this.$drawAxes = true;\r
  11 this.omx = 0;\r
  12 this.mx = 0;\r
  13 this.omy = 0;\r
  14 this.my = 0;\r
  15 this.img = null;\r
  16 this.ig = null;\r
  17 this.prefsize = null;\r
  18 this.centre = null;\r
  19 this.$width = null;\r
  20 this.max = null;\r
  21 this.min = null;\r
  22 this.maxwidth = 0;\r
  23 this.scale = 0;\r
  24 this.npoint = 0;\r
  25 this.points = null;\r
  26 this.orig = null;\r
  27 this.axes = null;\r
  28 this.startx = 0;\r
  29 this.starty = 0;\r
  30 this.lastx = 0;\r
  31 this.lasty = 0;\r
  32 this.rectx1 = 0;\r
  33 this.recty1 = 0;\r
  34 this.rectx2 = 0;\r
  35 this.recty2 = 0;\r
  36 this.scalefactor = 1;\r
  37 this.av = null;\r
  38 this.$showLabels = false;\r
  39 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  40 }, jalview.appletgui, "RotatableCanvas", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.KeyListener, jalview.api.RotatableCanvasI]);\r
  41 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  42 this.idmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);\r
  43 this.objmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);\r
  44 this.rotmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);\r
  45 this.centre =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
  46 this.$width =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
  47 this.max =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
  48 this.min =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
  49 });\r
  50 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  51 function (av) {\r
  52 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.RotatableCanvas, []);\r
  53 this.av = av;\r
  54 }, "jalview.viewmodel.AlignmentViewport");\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "showLabels", \r
  56 function (b) {\r
  57 this.$showLabels = b;\r
  58 this.repaint ();\r
  59 }, "~B");\r
  60 Clazz.overrideMethod (c$, "setPoints", \r
  61 function (points, npoint) {\r
  62 this.points = points;\r
  63 this.npoint = npoint;\r
  64 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
  65 this.prefsize = this.getPreferredSize ();\r
  66 this.orig =  Clazz.newFloatArray (npoint, 3, 0);\r
  67 for (var i = 0; i < npoint; i++) {\r
  68 var sp = points.elementAt (i);\r
  69 for (var j = 0; j < 3; j++) {\r
  70 this.orig[i][j] = sp.coord[j];\r
  71 }\r
  72 }\r
  73 for (var i = 0; i < 3; i++) {\r
  74 for (var j = 0; j < 3; j++) {\r
  75 if (i != j) {\r
  76 this.idmat.addElement (i, j, 0);\r
  77 this.objmat.addElement (i, j, 0);\r
  78 this.rotmat.addElement (i, j, 0);\r
  79 } else {\r
  80 this.idmat.addElement (i, j, 0);\r
  81 this.objmat.addElement (i, j, 0);\r
  82 this.rotmat.addElement (i, j, 0);\r
  83 }}\r
  84 }\r
  85 this.axes =  Clazz.newFloatArray (3, 3, 0);\r
  86 this.initAxes ();\r
  87 this.findCentre ();\r
  88 this.findWidth ();\r
  89 this.scale = this.findScale ();\r
  90 this.addMouseListener (this);\r
  91 this.addKeyListener (this);\r
  92 this.addMouseMotionListener (this);\r
  93 }, "java.util.Vector,~N");\r
  94 Clazz.defineMethod (c$, "initAxes", \r
  95 function () {\r
  96 for (var i = 0; i < 3; i++) {\r
  97 for (var j = 0; j < 3; j++) {\r
  98 if (i != j) {\r
  99 this.axes[i][j] = 0;\r
 100 } else {\r
 101 this.axes[i][j] = 1;\r
 102 }}\r
 103 }\r
 104 });\r
 105 Clazz.defineMethod (c$, "findWidth", \r
 106 function () {\r
 107 this.max =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
 108 this.min =  Clazz.newFloatArray (3, 0);\r
 109 this.max[0] = -1.0E30;\r
 110 this.max[1] = -1.0E30;\r
 111 this.max[2] = -1.0E30;\r
 112 this.min[0] = 1e30;\r
 113 this.min[1] = 1e30;\r
 114 this.min[2] = 1e30;\r
 115 for (var i = 0; i < 3; i++) {\r
 116 for (var j = 0; j < this.npoint; j++) {\r
 117 var sp = this.points.elementAt (j);\r
 118 if (sp.coord[i] >= this.max[i]) {\r
 119 this.max[i] = sp.coord[i];\r
 120 }if (sp.coord[i] <= this.min[i]) {\r
 121 this.min[i] = sp.coord[i];\r
 122 }}\r
 123 }\r
 124 this.$width[0] = Math.abs (this.max[0] - this.min[0]);\r
 125 this.$width[1] = Math.abs (this.max[1] - this.min[1]);\r
 126 this.$width[2] = Math.abs (this.max[2] - this.min[2]);\r
 127 this.maxwidth = this.$width[0];\r
 128 if (this.$width[1] > this.$width[0]) {\r
 129 this.maxwidth = this.$width[1];\r
 130 }if (this.$width[2] > this.$width[1]) {\r
 131 this.maxwidth = this.$width[2];\r
 132 }});\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "findScale", \r
 134 function () {\r
 135 var dim;\r
 136 var width;\r
 137 var height;\r
 138 if (this.getSize ().width != 0) {\r
 139 width = this.getSize ().width;\r
 140 height = this.getSize ().height;\r
 141 } else {\r
 142 width = this.prefsize.width;\r
 143 height = this.prefsize.height;\r
 144 }if (width < height) {\r
 145 dim = width;\r
 146 } else {\r
 147 dim = height;\r
 148 }return dim * this.scalefactor / (2 * this.maxwidth);\r
 149 });\r
 150 Clazz.defineMethod (c$, "findCentre", \r
 151 function () {\r
 152 this.findWidth ();\r
 153 this.centre[0] = (this.max[0] + this.min[0]) / 2;\r
 154 this.centre[1] = (this.max[1] + this.min[1]) / 2;\r
 155 this.centre[2] = (this.max[2] + this.min[2]) / 2;\r
 156 });\r
 157 Clazz.overrideMethod (c$, "getPreferredSize", \r
 158 function () {\r
 159 if (this.prefsize != null) {\r
 160 return this.prefsize;\r
 161 } else {\r
 162 return  new java.awt.Dimension (400, 400);\r
 163 }});\r
 164 Clazz.overrideMethod (c$, "getMinimumSize", \r
 165 function () {\r
 166 return this.getPreferredSize ();\r
 167 });\r
 168 Clazz.overrideMethod (c$, "update", \r
 169 function (g) {\r
 170 this.paint (g);\r
 171 }, "java.awt.Graphics");\r
 172 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent", \r
 173 function (g) {\r
 174 if (this.points == null) {\r
 175 g.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 18));\r
 176 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.calculating_pca") + "....", 20, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2));\r
 177 } else {\r
 178 if ((this.img == null) || (this.prefsize.width != this.getSize ().width) || (this.prefsize.height != this.getSize ().height)) {\r
 179 this.prefsize.width = this.getSize ().width;\r
 180 this.prefsize.height = this.getSize ().height;\r
 181 this.scale = this.findScale ();\r
 182 this.img = this.createImage (this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
 183 this.ig = this.img.getGraphics ();\r
 184 }this.drawBackground (this.ig, java.awt.Color.black);\r
 185 this.drawScene (this.ig);\r
 186 if (this.$drawAxes == true) {\r
 187 this.drawAxes (this.ig);\r
 188 }if (this.tooltip != null) {\r
 189 this.ig.setColor (java.awt.Color.red);\r
 190 this.ig.drawString (this.tooltip, this.toolx, this.tooly);\r
 191 }g.drawImage (this.img, 0, 0, this);\r
 192 }}, "java.awt.Graphics");\r
 193 Clazz.defineMethod (c$, "drawAxes", \r
 194 function (g) {\r
 195 g.setColor (java.awt.Color.yellow);\r
 196 for (var i = 0; i < 3; i++) {\r
 197 g.drawLine (Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2), Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2), Clazz.floatToInt (this.axes[i][0] * this.scale * this.max[0] + Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2)), Clazz.floatToInt (this.axes[i][1] * this.scale * this.max[1] + Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2)));\r
 198 }\r
 199 }, "java.awt.Graphics");\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "drawBackground", \r
 201 function (g, col) {\r
 202 g.setColor (col);\r
 203 g.fillRect (0, 0, this.prefsize.width, this.prefsize.height);\r
 204 }, "java.awt.Graphics,java.awt.Color");\r
 205 Clazz.defineMethod (c$, "drawScene", \r
 206 function (g) {\r
 207 var halfwidth = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2);\r
 208 var halfheight = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2);\r
 209 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {\r
 210 var sp = this.points.elementAt (i);\r
 211 var x = Clazz.floatToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale) + halfwidth;\r
 212 var y = Clazz.floatToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale) + halfheight;\r
 213 var z = sp.coord[1] - this.centre[2];\r
 214 if (this.av.getSequenceColour (sp.sequence) === java.awt.Color.black) {\r
 215 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 216 } else {\r
 217 g.setColor (this.av.getSequenceColour (sp.sequence));\r
 218 }if (this.av.getSelectionGroup () != null) {\r
 219 if (this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains ((this.points.elementAt (i)).sequence)) {\r
 220 g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 221 }}if (z < 0) {\r
 222 g.setColor (g.getColor ().darker ());\r
 223 }g.fillRect (x - 3, y - 3, 6, 6);\r
 224 if (this.$showLabels) {\r
 225 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 226 g.drawString ((this.points.elementAt (i)).sequence.getName (), x - 3, y - 4);\r
 227 }}\r
 228 }, "java.awt.Graphics");\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "minimumsize", \r
 230 function () {\r
 231 return this.prefsize;\r
 232 });\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "preferredsize", \r
 234 function () {\r
 235 return this.prefsize;\r
 236 });\r
 237 Clazz.overrideMethod (c$, "keyTyped", \r
 238 function (evt) {\r
 239 }, "java.awt.event.KeyEvent");\r
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "keyReleased", \r
 241 function (evt) {\r
 242 }, "java.awt.event.KeyEvent");\r
 243 Clazz.overrideMethod (c$, "keyPressed", \r
 244 function (evt) {\r
 245 if (evt.getKeyCode () == 38) {\r
 246 this.scalefactor = (this.scalefactor * 1.1);\r
 247 this.scale = this.findScale ();\r
 248 } else if (evt.getKeyCode () == 40) {\r
 249 this.scalefactor = (this.scalefactor * 0.9);\r
 250 this.scale = this.findScale ();\r
 251 } else if (evt.getKeyChar () == 's') {\r
 252 System.err.println ("DEBUG: Rectangle selection");\r
 253 if (this.rectx2 != -1 && this.recty2 != -1) {\r
 254 this.rectSelect (this.rectx1, this.recty1, this.rectx2, this.recty2);\r
 255 }}this.repaint ();\r
 256 }, "java.awt.event.KeyEvent");\r
 257 Clazz.defineMethod (c$, "printPoints", \r
 258 function () {\r
 259 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {\r
 260 var sp = this.points.elementAt (i);\r
 261 jalview.util.Format.printLong (System.out, "%5d ", i);\r
 262 for (var j = 0; j < 3; j++) {\r
 263 jalview.util.Format.printDouble (System.out, "%13.3f  ", sp.coord[j]);\r
 264 }\r
 265 System.out.println ();\r
 266 }\r
 267 });\r
 268 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 269 function (evt) {\r
 270 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 271 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 272 function (evt) {\r
 273 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 274 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 275 function (evt) {\r
 276 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 277 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 278 function (evt) {\r
 279 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 280 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 281 function (evt) {\r
 282 var x = evt.getX ();\r
 283 var y = evt.getY ();\r
 284 this.mx = x;\r
 285 this.my = y;\r
 286 this.omx = this.mx;\r
 287 this.omy = this.my;\r
 288 this.startx = x;\r
 289 this.starty = y;\r
 290 this.rectx1 = x;\r
 291 this.recty1 = y;\r
 292 this.rectx2 = -1;\r
 293 this.recty2 = -1;\r
 294 var found = this.findPoint (x, y);\r
 295 if (found != null) {\r
 296 if (this.av.getSelectionGroup () != null) {\r
 297 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (found, true);\r
 298 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
 299 } else {\r
 300 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());\r
 301 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (found, true);\r
 302 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
 303 }jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
 304 this.av.sendSelection ();\r
 305 }this.repaint ();\r
 306 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 307 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 308 function (evt) {\r
 309 var found = this.findPoint (evt.getX (), evt.getY ());\r
 310 if (found == null) {\r
 311 this.tooltip = null;\r
 312 } else {\r
 313 this.tooltip = found.getName ();\r
 314 this.toolx = evt.getX ();\r
 315 this.tooly = evt.getY ();\r
 316 }this.repaint ();\r
 317 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 318 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 319 function (evt) {\r
 320 this.mx = evt.getX ();\r
 321 this.my = evt.getY ();\r
 322 this.rotmat.setIdentity ();\r
 323 this.rotmat.rotate (this.my - this.omy, 'x');\r
 324 this.rotmat.rotate (this.mx - this.omx, 'y');\r
 325 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {\r
 326 var sp = this.points.elementAt (i);\r
 327 sp.coord[0] -= this.centre[0];\r
 328 sp.coord[1] -= this.centre[1];\r
 329 sp.coord[2] -= this.centre[2];\r
 330 sp.coord = this.rotmat.vectorMultiply (sp.coord);\r
 331 sp.coord[0] += this.centre[0];\r
 332 sp.coord[1] += this.centre[1];\r
 333 sp.coord[2] += this.centre[2];\r
 334 }\r
 335 for (var i = 0; i < 3; i++) {\r
 336 this.axes[i] = this.rotmat.vectorMultiply (this.axes[i]);\r
 337 }\r
 338 this.omx = this.mx;\r
 339 this.omy = this.my;\r
 340 this.paint (this.getGraphics ());\r
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 342 Clazz.defineMethod (c$, "rectSelect", \r
 343 function (x1, y1, x2, y2) {\r
 344 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {\r
 345 var sp = this.points.elementAt (i);\r
 346 var tmp1 = Clazz.doubleToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale + this.getSize ().width / 2.0);\r
 347 var tmp2 = Clazz.doubleToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale + this.getSize ().height / 2.0);\r
 348 if (tmp1 > x1 && tmp1 < x2 && tmp2 > y1 && tmp2 < y2) {\r
 349 if (this.av != null) {\r
 350 if (!this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (sp.sequence)) {\r
 351 this.av.getSelectionGroup ().addSequence (sp.sequence, true);\r
 352 }}}}\r
 353 }, "~N,~N,~N,~N");\r
 354 Clazz.defineMethod (c$, "findPoint", \r
 355 function (x, y) {\r
 356 var halfwidth = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2);\r
 357 var halfheight = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2);\r
 358 var found = -1;\r
 359 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {\r
 360 var sp = this.points.elementAt (i);\r
 361 var px = Clazz.floatToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale) + halfwidth;\r
 362 var py = Clazz.floatToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale) + halfheight;\r
 363 if (Math.abs (px - x) < 3 && Math.abs (py - y) < 3) {\r
 364 found = i;\r
 365 }}\r
 366 if (found != -1) {\r
 367 return (this.points.elementAt (found)).sequence;\r
 368 } else {\r
 369 return null;\r
 370 }}, "~N,~N");\r
 371 });\r