site/j2s/jalview/appletgui/RotatableCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.api.RotatableCanvasI", "java.awt.event.KeyListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "jalview.math.RotatableMatrix"], "jalview.appletgui.RotatableCanvas", ["awt2swing.Util", "jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.idmat = null;
   5 this.objmat = null;
   6 this.rotmat = null;
   7 this.tooltip = null;
   8 this.toolx = 0;
   9 this.tooly = 0;
  10 this.$drawAxes = true;
  11 this.omx = 0;
  12 this.mx = 0;
  13 this.omy = 0;
  14 this.my = 0;
  15 this.img = null;
  16 this.ig = null;
  17 this.prefsize = null;
  18 this.centre = null;
  19 this.$width = null;
  20 this.max = null;
  21 this.min = null;
  22 this.maxwidth = 0;
  23 this.scale = 0;
  24 this.npoint = 0;
  25 this.points = null;
  26 this.orig = null;
  27 this.axes = null;
  28 this.startx = 0;
  29 this.starty = 0;
  30 this.lastx = 0;
  31 this.lasty = 0;
  32 this.rectx1 = 0;
  33 this.recty1 = 0;
  34 this.rectx2 = 0;
  35 this.recty2 = 0;
  36 this.scalefactor = 1;
  37 this.av = null;
  38 this.$showLabels = false;
  39 Clazz.instantialize (this, arguments);
  40 }, jalview.appletgui, "RotatableCanvas", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.KeyListener, jalview.api.RotatableCanvasI]);
  41 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  42 this.idmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);
  43 this.objmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);
  44 this.rotmat =  new jalview.math.RotatableMatrix (3, 3);
  45 this.centre =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
  46 this.$width =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
  47 this.max =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
  48 this.min =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
  49 });
  50 Clazz.makeConstructor (c$,
  51 function (av) {
  52 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.RotatableCanvas, []);
  53 this.av = av;
  54 }, "jalview.viewmodel.AlignmentViewport");
  55 Clazz.defineMethod (c$, "showLabels",
  56 function (b) {
  57 this.$showLabels = b;
  58 this.repaint ();
  59 }, "~B");
  60 Clazz.overrideMethod (c$, "setPoints",
  61 function (points, npoint) {
  62 this.points = points;
  63 this.npoint = npoint;
  64 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, this.av.getSequenceSetId ());
  65 this.prefsize = this.getPreferredSize ();
  66 this.orig =  Clazz.newFloatArray (npoint, 3, 0);
  67 for (var i = 0; i < npoint; i++) {
  68 var sp = points.elementAt (i);
  69 for (var j = 0; j < 3; j++) {
  70 this.orig[i][j] = sp.coord[j];
  71 }
  72 }
  73 for (var i = 0; i < 3; i++) {
  74 for (var j = 0; j < 3; j++) {
  75 if (i != j) {
  76 this.idmat.addElement (i, j, 0);
  77 this.objmat.addElement (i, j, 0);
  78 this.rotmat.addElement (i, j, 0);
  79 } else {
  80 this.idmat.addElement (i, j, 0);
  81 this.objmat.addElement (i, j, 0);
  82 this.rotmat.addElement (i, j, 0);
  83 }}
  84 }
  85 this.axes =  Clazz.newFloatArray (3, 3, 0);
  86 this.initAxes ();
  87 this.findCentre ();
  88 this.findWidth ();
  89 this.scale = this.findScale ();
  90 this.addMouseListener (this);
  91 this.addKeyListener (this);
  92 this.addMouseMotionListener (this);
  93 }, "java.util.Vector,~N");
  94 Clazz.defineMethod (c$, "initAxes",
  95 function () {
  96 for (var i = 0; i < 3; i++) {
  97 for (var j = 0; j < 3; j++) {
  98 if (i != j) {
  99 this.axes[i][j] = 0;
 100 } else {
 101 this.axes[i][j] = 1;
 102 }}
 103 }
 104 });
 105 Clazz.defineMethod (c$, "findWidth",
 106 function () {
 107 this.max =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
 108 this.min =  Clazz.newFloatArray (3, 0);
 109 this.max[0] = -1.0E30;
 110 this.max[1] = -1.0E30;
 111 this.max[2] = -1.0E30;
 112 this.min[0] = 1e30;
 113 this.min[1] = 1e30;
 114 this.min[2] = 1e30;
 115 for (var i = 0; i < 3; i++) {
 116 for (var j = 0; j < this.npoint; j++) {
 117 var sp = this.points.elementAt (j);
 118 if (sp.coord[i] >= this.max[i]) {
 119 this.max[i] = sp.coord[i];
 120 }if (sp.coord[i] <= this.min[i]) {
 121 this.min[i] = sp.coord[i];
 122 }}
 123 }
 124 this.$width[0] = Math.abs (this.max[0] - this.min[0]);
 125 this.$width[1] = Math.abs (this.max[1] - this.min[1]);
 126 this.$width[2] = Math.abs (this.max[2] - this.min[2]);
 127 this.maxwidth = this.$width[0];
 128 if (this.$width[1] > this.$width[0]) {
 129 this.maxwidth = this.$width[1];
 130 }if (this.$width[2] > this.$width[1]) {
 131 this.maxwidth = this.$width[2];
 132 }});
 133 Clazz.defineMethod (c$, "findScale",
 134 function () {
 135 var dim;
 136 var width;
 137 var height;
 138 if (this.getSize ().width != 0) {
 139 width = this.getSize ().width;
 140 height = this.getSize ().height;
 141 } else {
 142 width = this.prefsize.width;
 143 height = this.prefsize.height;
 144 }if (width < height) {
 145 dim = width;
 146 } else {
 147 dim = height;
 148 }return dim * this.scalefactor / (2 * this.maxwidth);
 149 });
 150 Clazz.defineMethod (c$, "findCentre",
 151 function () {
 152 this.findWidth ();
 153 this.centre[0] = (this.max[0] + this.min[0]) / 2;
 154 this.centre[1] = (this.max[1] + this.min[1]) / 2;
 155 this.centre[2] = (this.max[2] + this.min[2]) / 2;
 156 });
 157 Clazz.overrideMethod (c$, "getPreferredSize",
 158 function () {
 159 if (this.prefsize != null) {
 160 return this.prefsize;
 161 } else {
 162 return  new java.awt.Dimension (400, 400);
 163 }});
 164 Clazz.overrideMethod (c$, "getMinimumSize",
 165 function () {
 166 return this.getPreferredSize ();
 167 });
 168 Clazz.overrideMethod (c$, "update",
 169 function (g) {
 170 this.paint (g);
 171 }, "java.awt.Graphics");
 172 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent",
 173 function (g) {
 174 if (this.points == null) {
 175 g.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 18));
 176 awt2swing.Util.drawString (g, jalview.util.MessageManager.getString ("label.calculating_pca") + "....", 20, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2));
 177 } else {
 178 if ((this.img == null) || (this.prefsize.width != this.getSize ().width) || (this.prefsize.height != this.getSize ().height)) {
 179 this.prefsize.width = this.getSize ().width;
 180 this.prefsize.height = this.getSize ().height;
 181 this.scale = this.findScale ();
 182 this.img = this.createImage (this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 183 this.ig = this.img.getGraphics ();
 184 }this.drawBackground (this.ig, java.awt.Color.black);
 185 this.drawScene (this.ig);
 186 if (this.$drawAxes == true) {
 187 this.drawAxes (this.ig);
 188 }if (this.tooltip != null) {
 189 this.ig.setColor (java.awt.Color.red);
 190 awt2swing.Util.drawString (this.ig, this.tooltip, this.toolx, this.tooly);
 191 }g.drawImage (this.img, 0, 0, this);
 192 }}, "java.awt.Graphics");
 193 Clazz.defineMethod (c$, "drawAxes",
 194 function (g) {
 195 g.setColor (java.awt.Color.yellow);
 196 for (var i = 0; i < 3; i++) {
 197 g.drawLine (Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2), Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2), Clazz.floatToInt (this.axes[i][0] * this.scale * this.max[0] + Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2)), Clazz.floatToInt (this.axes[i][1] * this.scale * this.max[1] + Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2)));
 198 }
 199 }, "java.awt.Graphics");
 200 Clazz.defineMethod (c$, "drawBackground",
 201 function (g, col) {
 202 g.setColor (col);
 203 g.fillRect (0, 0, this.prefsize.width, this.prefsize.height);
 204 }, "java.awt.Graphics,java.awt.Color");
 205 Clazz.defineMethod (c$, "drawScene",
 206 function (g) {
 207 var halfwidth = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2);
 208 var halfheight = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2);
 209 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {
 210 var sp = this.points.elementAt (i);
 211 var x = Clazz.floatToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale) + halfwidth;
 212 var y = Clazz.floatToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale) + halfheight;
 213 var z = sp.coord[1] - this.centre[2];
 214 if (this.av.getSequenceColour (sp.sequence) === java.awt.Color.black) {
 215 g.setColor (java.awt.Color.white);
 216 } else {
 217 g.setColor (this.av.getSequenceColour (sp.sequence));
 218 }if (this.av.getSelectionGroup () != null) {
 219 if (this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains ((this.points.elementAt (i)).sequence)) {
 220 g.setColor (java.awt.Color.gray);
 221 }}if (z < 0) {
 222 g.setColor (g.getColor ().darker ());
 223 }g.fillRect (x - 3, y - 3, 6, 6);
 224 if (this.$showLabels) {
 225 g.setColor (java.awt.Color.red);
 226 awt2swing.Util.drawString (g, (this.points.elementAt (i)).sequence.getName (), x - 3, y - 4);
 227 }}
 228 }, "java.awt.Graphics");
 229 Clazz.defineMethod (c$, "minimumsize",
 230 function () {
 231 return this.prefsize;
 232 });
 233 Clazz.defineMethod (c$, "preferredsize",
 234 function () {
 235 return this.prefsize;
 236 });
 237 Clazz.overrideMethod (c$, "keyTyped",
 238 function (evt) {
 239 }, "java.awt.event.KeyEvent");
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "keyReleased",
 241 function (evt) {
 242 }, "java.awt.event.KeyEvent");
 243 Clazz.overrideMethod (c$, "keyPressed",
 244 function (evt) {
 245 if (evt.getKeyCode () == 38) {
 246 this.scalefactor = (this.scalefactor * 1.1);
 247 this.scale = this.findScale ();
 248 } else if (evt.getKeyCode () == 40) {
 249 this.scalefactor = (this.scalefactor * 0.9);
 250 this.scale = this.findScale ();
 251 } else if (evt.getKeyChar () == 's') {
 252 System.err.println ("DEBUG: Rectangle selection");
 253 if (this.rectx2 != -1 && this.recty2 != -1) {
 254 this.rectSelect (this.rectx1, this.recty1, this.rectx2, this.recty2);
 255 }}this.repaint ();
 256 }, "java.awt.event.KeyEvent");
 257 Clazz.defineMethod (c$, "printPoints",
 258 function () {
 259 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {
 260 var sp = this.points.elementAt (i);
 261 jalview.util.Format.printLong (System.out, "%5d ", i);
 262 for (var j = 0; j < 3; j++) {
 263 jalview.util.Format.printDouble (System.out, "%13.3f  ", sp.coord[j]);
 264 }
 265 System.out.println ();
 266 }
 267 });
 268 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 269 function (evt) {
 270 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 271 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 272 function (evt) {
 273 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 274 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 275 function (evt) {
 276 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 277 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 278 function (evt) {
 279 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 280 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 281 function (evt) {
 282 var x = evt.getX ();
 283 var y = evt.getY ();
 284 this.mx = x;
 285 this.my = y;
 286 this.omx = this.mx;
 287 this.omy = this.my;
 288 this.startx = x;
 289 this.starty = y;
 290 this.rectx1 = x;
 291 this.recty1 = y;
 292 this.rectx2 = -1;
 293 this.recty2 = -1;
 294 var found = this.findPoint (x, y);
 295 if (found != null) {
 296 if (this.av.getSelectionGroup () != null) {
 297 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (found, true);
 298 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
 299 } else {
 300 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());
 301 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (found, true);
 302 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
 303 }jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());
 304 this.av.sendSelection ();
 305 }this.repaint ();
 306 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 307 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 308 function (evt) {
 309 var found = this.findPoint (evt.getX (), evt.getY ());
 310 if (found == null) {
 311 this.tooltip = null;
 312 } else {
 313 this.tooltip = found.getName ();
 314 this.toolx = evt.getX ();
 315 this.tooly = evt.getY ();
 316 }this.repaint ();
 317 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 318 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 319 function (evt) {
 320 this.mx = evt.getX ();
 321 this.my = evt.getY ();
 322 this.rotmat.setIdentity ();
 323 this.rotmat.rotate (this.my - this.omy, 'x');
 324 this.rotmat.rotate (this.mx - this.omx, 'y');
 325 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {
 326 var sp = this.points.elementAt (i);
 327 sp.coord[0] -= this.centre[0];
 328 sp.coord[1] -= this.centre[1];
 329 sp.coord[2] -= this.centre[2];
 330 sp.coord = this.rotmat.vectorMultiply (sp.coord);
 331 sp.coord[0] += this.centre[0];
 332 sp.coord[1] += this.centre[1];
 333 sp.coord[2] += this.centre[2];
 334 }
 335 for (var i = 0; i < 3; i++) {
 336 this.axes[i] = this.rotmat.vectorMultiply (this.axes[i]);
 337 }
 338 this.omx = this.mx;
 339 this.omy = this.my;
 340 this.paint (this.getGraphics ());
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 342 Clazz.defineMethod (c$, "rectSelect",
 343 function (x1, y1, x2, y2) {
 344 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {
 345 var sp = this.points.elementAt (i);
 346 var tmp1 = Clazz.doubleToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale + this.getSize ().width / 2.0);
 347 var tmp2 = Clazz.doubleToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale + this.getSize ().height / 2.0);
 348 if (tmp1 > x1 && tmp1 < x2 && tmp2 > y1 && tmp2 < y2) {
 349 if (this.av != null) {
 350 if (!this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (sp.sequence)) {
 351 this.av.getSelectionGroup ().addSequence (sp.sequence, true);
 352 }}}}
 353 }, "~N,~N,~N,~N");
 354 Clazz.defineMethod (c$, "findPoint",
 355 function (x, y) {
 356 var halfwidth = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().width / 2);
 357 var halfheight = Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2);
 358 var found = -1;
 359 for (var i = 0; i < this.npoint; i++) {
 360 var sp = this.points.elementAt (i);
 361 var px = Clazz.floatToInt ((sp.coord[0] - this.centre[0]) * this.scale) + halfwidth;
 362 var py = Clazz.floatToInt ((sp.coord[1] - this.centre[1]) * this.scale) + halfheight;
 363 if (Math.abs (px - x) < 3 && Math.abs (py - y) < 3) {
 364 found = i;
 365 }}
 366 if (found != -1) {
 367 return (this.points.elementAt (found)).sequence;
 368 } else {
 369 return null;
 370 }}, "~N,~N");
 371 });