site/j2s/jalview/appletgui/SeqCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel"], "jalview.appletgui.SeqCanvas", ["jalview.appletgui.AnnotationPanel", "$.FeatureRenderer", "$.PaintRefresher", "$.SequenceRenderer", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.fr = null;\r
   5 this.sr = null;\r
   6 this.img = null;\r
   7 this.gg = null;\r
   8 this.imgWidth = 0;\r
   9 this.imgHeight = 0;\r
  10 this.av = null;\r
  11 this.searchResults = null;\r
  12 this.$fastPaint = false;\r
  13 this.cursorX = 0;\r
  14 this.cursorY = 0;\r
  15 this.avcharHeight = 0;\r
  16 this.avcharWidth = 0;\r
  17 this.lastsr = 0;\r
  18 this.LABEL_WEST = 0;\r
  19 this.LABEL_EAST = 0;\r
  20 this.annotations = null;\r
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  22 }, jalview.appletgui, "SeqCanvas", awt2swing.Panel);\r
  23 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  24 function (av) {\r
  25 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqCanvas, []);\r
  26 this.av = av;\r
  27 this.fr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (av);\r
  28 this.sr =  new jalview.appletgui.SequenceRenderer (av);\r
  29 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, av.getSequenceSetId ());\r
  30 this.updateViewport ();\r
  31 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "updateViewport", \r
  33  function () {\r
  34 this.avcharHeight = this.av.getCharHeight ();\r
  35 this.avcharWidth = this.av.getCharWidth ();\r
  36 });\r
  37 Clazz.defineMethod (c$, "getViewport", \r
  38 function () {\r
  39 return this.av;\r
  40 });\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureRenderer", \r
  42 function () {\r
  43 return this.fr;\r
  44 });\r
  45 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceRenderer", \r
  46 function () {\r
  47 return this.sr;\r
  48 });\r
  49 Clazz.defineMethod (c$, "drawNorthScale", \r
  50  function (g, startx, endx, ypos) {\r
  51 var scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  52 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
  53 for (var i = scalestartx; i < endx; i += 10) {\r
  54 var value = i;\r
  55 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
  56 value = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (value);\r
  57 }g.drawString (String.valueOf (value), (i - startx - 1) * this.avcharWidth, ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)));\r
  58 g.drawLine (((i - startx - 1) * this.avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2)), (ypos + 2) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ((i - startx - 1) * this.avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2)), ypos - 2);\r
  59 }\r
  60 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");\r
  61 Clazz.defineMethod (c$, "drawWestScale", \r
  62  function (g, startx, endx, ypos) {\r
  63 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
  64 ypos += this.avcharHeight;\r
  65 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
  66 startx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (startx);\r
  67 endx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endx);\r
  68 }var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
  69 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
  70 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;\r
  71 }for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getHeight (); i++) {\r
  72 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);\r
  73 var index = startx;\r
  74 var value = -1;\r
  75 while (index < endx) {\r
  76 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (index))) {\r
  77 index++;\r
  78 continue;\r
  79 }value = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i).findPosition (index);\r
  80 break;\r
  81 }\r
  82 if (value != -1) {\r
  83 var x = this.LABEL_WEST - fm.stringWidth (String.valueOf (value)) - Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2);\r
  84 g.drawString (value + "", x, (ypos + (i * this.avcharHeight)) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));\r
  85 }}\r
  86 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "drawEastScale", \r
  88  function (g, startx, endx, ypos) {\r
  89 ypos += this.avcharHeight;\r
  90 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
  91 endx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endx);\r
  92 }var seq;\r
  93 for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getHeight (); i++) {\r
  94 seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);\r
  95 var index = endx;\r
  96 var value = -1;\r
  97 while (index > startx) {\r
  98 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (index))) {\r
  99 index--;\r
 100 continue;\r
 101 }value = seq.findPosition (index);\r
 102 break;\r
 103 }\r
 104 if (value != -1) {\r
 105 g.drawString (String.valueOf (value), 0, (ypos + (i * this.avcharHeight)) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));\r
 106 }}\r
 107 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");\r
 108 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint", \r
 109 function (horizontal, vertical) {\r
 110 if (this.$fastPaint || this.gg == null) {\r
 111 return;\r
 112 }this.updateViewport ();\r
 113 if (this.lastsr + horizontal != this.av.startRes) {\r
 114 horizontal = this.av.startRes - this.lastsr;\r
 115 }this.lastsr = this.av.startRes;\r
 116 this.$fastPaint = true;\r
 117 this.gg.copyArea (horizontal * this.avcharWidth, vertical * this.avcharHeight, this.imgWidth - horizontal * this.avcharWidth, this.imgHeight - vertical * this.avcharHeight, -horizontal * this.avcharWidth, -vertical * this.avcharHeight);\r
 118 var sr = this.av.startRes;\r
 119 var er = this.av.endRes;\r
 120 var ss = this.av.startSeq;\r
 121 var es = this.av.endSeq;\r
 122 var transX = 0;\r
 123 var transY = 0;\r
 124 if (horizontal > 0) {\r
 125 transX = (er - sr - horizontal) * this.avcharWidth;\r
 126 sr = er - horizontal;\r
 127 } else if (horizontal < 0) {\r
 128 er = sr - horizontal;\r
 129 } else if (vertical > 0) {\r
 130 ss = es - vertical;\r
 131 if (ss < this.av.startSeq) {\r
 132 ss = this.av.startSeq;\r
 133 } else {\r
 134 transY = this.imgHeight - vertical * this.avcharHeight;\r
 135 }} else if (vertical < 0) {\r
 136 es = ss - vertical;\r
 137 if (es > this.av.endSeq) {\r
 138 es = this.av.endSeq;\r
 139 }}this.gg.translate (transX, transY);\r
 140 this.drawPanel (this.gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 141 this.gg.translate (-transX, -transY);\r
 142 this.repaint ();\r
 143 }, "~N,~N");\r
 144 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 145 function (g) {\r
 146 if (this.img != null && (this.$fastPaint || (this.getSize ().width != g.getClipBounds ().width) || (this.getSize ().height != g.getClipBounds ().height))) {\r
 147 g.drawImage (this.img, 0, 0, this);\r
 148 this.$fastPaint = false;\r
 149 return;\r
 150 }if (this.$fastPaint) {\r
 151 g.drawImage (this.img, 0, 0, this);\r
 152 this.$fastPaint = false;\r
 153 return;\r
 154 }this.updateViewport ();\r
 155 this.imgWidth = this.getSize ().width;\r
 156 this.imgHeight = this.getSize ().height;\r
 157 this.imgWidth -= this.imgWidth % this.avcharWidth;\r
 158 this.imgHeight -= this.imgHeight % this.avcharHeight;\r
 159 if (this.imgWidth < 1 || this.imgHeight < 1) {\r
 160 return;\r
 161 }if (this.img == null || this.imgWidth != this.img.getWidth (this) || this.imgHeight != this.img.getHeight (this)) {\r
 162 this.img = this.createImage (this.imgWidth, this.imgHeight);\r
 163 this.gg = this.img.getGraphics ();\r
 164 this.gg.setFont (this.av.getFont ());\r
 165 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);\r
 166 this.gg.fillRect (0, 0, this.imgWidth, this.imgHeight);\r
 167 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 168 this.drawWrappedPanel (this.gg, this.imgWidth, this.imgHeight, this.av.startRes);\r
 169 } else {\r
 170 this.drawPanel (this.gg, this.av.startRes, this.av.endRes, this.av.startSeq, this.av.endSeq, 0);\r
 171 }g.drawImage (this.img, 0, 0, this);\r
 172 }, "java.awt.Graphics");\r
 173 Clazz.defineMethod (c$, "getWrappedCanvasWidth", \r
 174 function (cwidth) {\r
 175 cwidth -= cwidth % this.av.getCharWidth ();\r
 176 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
 177 this.LABEL_EAST = 0;\r
 178 this.LABEL_WEST = 0;\r
 179 if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {\r
 180 this.LABEL_EAST = fm.stringWidth (this.getMask ());\r
 181 }if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {\r
 182 this.LABEL_WEST = fm.stringWidth (this.getMask ());\r
 183 }return Clazz.doubleToInt ((cwidth - this.LABEL_EAST - this.LABEL_WEST) / this.av.getCharWidth ());\r
 184 }, "~N");\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "getMask", \r
 186 function () {\r
 187 var mask = "0";\r
 188 var maxWidth = 0;\r
 189 var tmp;\r
 190 var alignment = this.av.getAlignment ();\r
 191 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {\r
 192 tmp = alignment.getSequenceAt (i).getEnd ();\r
 193 if (tmp > maxWidth) {\r
 194 maxWidth = tmp;\r
 195 }}\r
 196 for (var i = maxWidth; i > 0; i /= 10) {\r
 197 mask += "0";\r
 198 }\r
 199 return mask;\r
 200 });\r
 201 Clazz.defineMethod (c$, "drawWrappedPanel", \r
 202  function (g, canvasWidth, canvasHeight, startRes) {\r
 203 var al = this.av.getAlignment ();\r
 204 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
 205 if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {\r
 206 this.LABEL_EAST = fm.stringWidth (this.getMask ());\r
 207 }if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {\r
 208 this.LABEL_WEST = fm.stringWidth (this.getMask ());\r
 209 }var hgap = this.avcharHeight;\r
 210 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {\r
 211 hgap += this.avcharHeight;\r
 212 }var cWidth = Clazz.doubleToInt ((canvasWidth - this.LABEL_EAST - this.LABEL_WEST) / this.avcharWidth);\r
 213 var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.avcharHeight;\r
 214 this.av.setWrappedWidth (cWidth);\r
 215 this.av.endRes = this.av.startRes + cWidth;\r
 216 var endx;\r
 217 var ypos = hgap;\r
 218 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;\r
 219 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 220 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;\r
 221 }while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth)) {\r
 222 endx = startRes + cWidth - 1;\r
 223 if (endx > maxwidth) {\r
 224 endx = maxwidth;\r
 225 }g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 226 if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {\r
 227 this.drawWestScale (g, startRes, endx, ypos);\r
 228 }if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {\r
 229 g.translate (canvasWidth - this.LABEL_EAST, 0);\r
 230 this.drawEastScale (g, startRes, endx, ypos);\r
 231 g.translate (-(canvasWidth - this.LABEL_EAST), 0);\r
 232 }g.translate (this.LABEL_WEST, 0);\r
 233 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {\r
 234 this.drawNorthScale (g, startRes, endx, ypos);\r
 235 }if (this.av.hasHiddenColumns () && this.av.getShowHiddenMarkers ()) {\r
 236 g.setColor (java.awt.Color.blue);\r
 237 var res;\r
 238 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().size (); i++) {\r
 239 res = this.av.getColumnSelection ().findHiddenRegionPosition (i) - startRes;\r
 240 if (res < 0 || res > endx - startRes) {\r
 241 continue;\r
 242 }this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [res * this.avcharWidth - Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), res * this.avcharWidth + Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), res * this.avcharWidth]),  Clazz.newIntArray (-1, [ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)) + 8]), 3);\r
 243 }\r
 244 }if (g.getClip () == null) {\r
 245 g.setClip (0, 0, cWidth * this.avcharWidth, canvasHeight);\r
 246 }this.drawPanel (g, startRes, endx, 0, al.getHeight (), ypos);\r
 247 g.setClip (null);\r
 248 if (this.av.isShowAnnotation ()) {\r
 249 g.translate (0, cHeight + ypos + 4);\r
 250 if (this.annotations == null) {\r
 251 this.annotations =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);\r
 252 }this.annotations.drawComponent (g, startRes, endx + 1);\r
 253 g.translate (0, -cHeight - ypos - 4);\r
 254 }g.translate (-this.LABEL_WEST, 0);\r
 255 ypos += cHeight + this.getAnnotationHeight () + hgap;\r
 256 startRes += cWidth;\r
 257 }\r
 258 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");\r
 259 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationHeight", \r
 260 function () {\r
 261 if (!this.av.isShowAnnotation ()) {\r
 262 return 0;\r
 263 }if (this.annotations == null) {\r
 264 this.annotations =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);\r
 265 }return this.annotations.adjustPanelHeight ();\r
 266 });\r
 267 Clazz.defineMethod (c$, "drawPanel", \r
 268  function (g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {\r
 269 if (!this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 270 this.draw (g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 271 } else {\r
 272 var screenY = 0;\r
 273 var blockStart = startRes;\r
 274 var blockEnd = endRes;\r
 275 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 276 for (var region, $region = this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().iterator (); $region.hasNext () && ((region = $region.next ()) || true);) {\r
 277 var hideStart = region[0];\r
 278 var hideEnd = region[1];\r
 279 if (hideStart <= blockStart) {\r
 280 blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 281 continue;\r
 282 }blockEnd = hideStart - 1;\r
 283 g1.translate (screenY * this.avcharWidth, 0);\r
 284 this.draw (g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 285 if (this.av.getShowHiddenMarkers ()) {\r
 286 g1.setColor (java.awt.Color.blue);\r
 287 g1.drawLine ((blockEnd - blockStart + 1) * this.avcharWidth - 1, 0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * this.avcharWidth - 1, (endSeq - startSeq) * this.avcharHeight + offset);\r
 288 }g1.translate (-screenY * this.avcharWidth, 0);\r
 289 screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 290 blockStart = hideEnd + 1;\r
 291 }\r
 292 }if (screenY <= (endRes - startRes)) {\r
 293 blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 294 g1.translate (screenY * this.avcharWidth, 0);\r
 295 this.draw (g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 296 g1.translate (-screenY * this.avcharWidth, 0);\r
 297 }}}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 298 Clazz.defineMethod (c$, "draw", \r
 299 function (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {\r
 300 g.setFont (this.av.getFont ());\r
 301 this.sr.prepare (g, this.av.isRenderGaps ());\r
 302 this.updateViewport ();\r
 303 var nextSeq;\r
 304 for (var i = startSeq; i < endSeq; i++) {\r
 305 nextSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);\r
 306 if (nextSeq == null) {\r
 307 continue;\r
 308 }this.sr.drawSequence (nextSeq, this.av.getAlignment ().findAllGroups (nextSeq), startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));\r
 309 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {\r
 310 this.fr.drawSequence (g, nextSeq, startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));\r
 311 }if (this.searchResults != null) {\r
 312 var visibleResults = this.searchResults.getResults (nextSeq, startRes, endRes);\r
 313 if (visibleResults != null) {\r
 314 for (var r = 0; r < visibleResults.length; r += 2) {\r
 315 this.sr.drawHighlightedText (nextSeq, visibleResults[r], visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes) * this.avcharWidth, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));\r
 316 }\r
 317 }}if (this.av.cursorMode && this.cursorY == i && this.cursorX >= startRes && this.cursorX <= endRes) {\r
 318 this.sr.drawCursor (nextSeq, this.cursorX, (this.cursorX - startRes) * this.avcharWidth, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));\r
 319 }}\r
 320 if (this.av.getSelectionGroup () != null || this.av.getAlignment ().getGroups ().size () > 0) {\r
 321 this.drawGroupsBoundaries (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 322 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 323 Clazz.defineMethod (c$, "drawGroupsBoundaries", \r
 324  function (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {\r
 325 var group = this.av.getSelectionGroup ();\r
 326 var sx = -1;\r
 327 var sy = -1;\r
 328 var ex = -1;\r
 329 var groupIndex = -1;\r
 330 if ((group == null) && (this.av.getAlignment ().getGroups ().size () > 0)) {\r
 331 group = this.av.getAlignment ().getGroups ().get (0);\r
 332 groupIndex = 0;\r
 333 }if (group != null) {\r
 334 do {\r
 335 var oldY = -1;\r
 336 var i = 0;\r
 337 var inGroup = false;\r
 338 var top = -1;\r
 339 var bottom = -1;\r
 340 var alHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;\r
 341 for (i = startSeq; i < endSeq; i++) {\r
 342 sx = (group.getStartRes () - startRes) * this.avcharWidth;\r
 343 sy = offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight);\r
 344 ex = (((group.getEndRes () + 1) - group.getStartRes ()) * this.avcharWidth) - 1;\r
 345 if (sx + ex < 0 || sx > this.imgWidth) {\r
 346 continue;\r
 347 }if ((sx <= (endRes - startRes) * this.avcharWidth) && group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i))) {\r
 348 if ((bottom == -1) && (i >= alHeight || !group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i + 1)))) {\r
 349 bottom = sy + this.avcharHeight;\r
 350 }if (!inGroup) {\r
 351 if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i - 1))) {\r
 352 top = sy;\r
 353 }oldY = sy;\r
 354 inGroup = true;\r
 355 if (group === this.av.getSelectionGroup ()) {\r
 356 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 357 } else {\r
 358 g.setColor (group.getOutlineColour ());\r
 359 }}} else {\r
 360 if (inGroup) {\r
 361 if (sx >= 0 && sx < this.imgWidth) {\r
 362 g.drawLine (sx, oldY, sx, sy);\r
 363 }if (sx + ex < this.imgWidth) {\r
 364 g.drawLine (sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 365 }if (sx < 0) {\r
 366 ex += sx;\r
 367 sx = 0;\r
 368 }if (sx + ex > this.imgWidth) {\r
 369 ex = this.imgWidth;\r
 370 } else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth) {\r
 371 ex = (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth;\r
 372 }if (top != -1) {\r
 373 g.drawLine (sx, top, sx + ex, top);\r
 374 top = -1;\r
 375 }if (bottom != -1) {\r
 376 g.drawLine (sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 377 bottom = -1;\r
 378 }inGroup = false;\r
 379 }}}\r
 380 if (inGroup) {\r
 381 sy = offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight);\r
 382 if (sx >= 0 && sx < this.imgWidth) {\r
 383 g.drawLine (sx, oldY, sx, sy);\r
 384 }if (sx + ex < this.imgWidth) {\r
 385 g.drawLine (sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 386 }if (sx < 0) {\r
 387 ex += sx;\r
 388 sx = 0;\r
 389 }if (sx + ex > this.imgWidth) {\r
 390 ex = this.imgWidth;\r
 391 } else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth) {\r
 392 ex = (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth;\r
 393 }if (top != -1) {\r
 394 g.drawLine (sx, top, sx + ex, top);\r
 395 top = -1;\r
 396 }if (bottom != -1) {\r
 397 g.drawLine (sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 398 bottom = -1;\r
 399 }inGroup = false;\r
 400 }groupIndex++;\r
 401 if (groupIndex >= this.av.getAlignment ().getGroups ().size ()) {\r
 402 break;\r
 403 }group = this.av.getAlignment ().getGroups ().get (groupIndex);\r
 404 } while (groupIndex < this.av.getAlignment ().getGroups ().size ());\r
 405 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 406 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults", \r
 407 function (results) {\r
 408 this.searchResults = results;\r
 409 this.repaint ();\r
 410 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 411 });\r