site/j2s/jalview/appletgui/SeqPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.structure.SelectionListener", "$.SequenceListener", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.lang.Thread"], "jalview.appletgui.SeqPanel", ["jalview.api.AlignViewportI", "jalview.appletgui.APopupMenu", "$.AlignViewport", "$.PaintRefresher", "$.SeqCanvas", "$.SliderPanel", "$.Tooltip", "jalview.commands.EditCommand", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "jalview.util.Comparison", "$.MappingUtils", "$.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Font", "java.lang.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.seqCanvas = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.lastres = 0;
   7 this.startseq = 0;
   8 this.av = null;
   9 this.seqEditOccurred = false;
  10 this.scrollThread = null;
  11 this.mouseDragging = false;
  12 this.editingSeqs = false;
  13 this.groupEditing = false;
  14 this.oldSeq = -1;
  15 this.changeEndSeq = false;
  16 this.changeStartSeq = false;
  17 this.changeEndRes = false;
  18 this.changeStartRes = false;
  19 this.stretchGroup = null;
  20 this.keyboardNo1 = null;
  21 this.keyboardNo2 = null;
  22 this.mouseWheelPressed = false;
  23 this.lastMousePress = null;
  24 this.editCommand = null;
  25 this.ssm = null;
  26 this.startWrapBlock = -1;
  27 this.wrappedBlock = -1;
  28 this.lastMessage = null;
  29 this.tooltip = null;
  30 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread")) {
  31 jalview.appletgui.SeqPanel.$SeqPanel$ScrollThread$ ();
  32 }
  33 Clazz.instantialize (this, arguments);
  34 }, jalview.appletgui, "SeqPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseListener, jalview.structure.SequenceListener, jalview.structure.SelectionListener]);
  35 Clazz.makeConstructor (c$,
  36 function (avp, p) {
  37 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqPanel, []);
  38 this.av = avp;
  39 this.setName ("seqPanel");
  40 this.seqCanvas =  new jalview.appletgui.SeqCanvas (avp);
  41 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
  42 this.add (this.seqCanvas);
  43 this.ap = p;
  44 this.seqCanvas.addMouseMotionListener (this);
  45 this.seqCanvas.addMouseListener (this);
  46 this.ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet);
  47 this.ssm.addStructureViewerListener (this);
  48 this.ssm.addSelectionListener (this);
  49 this.seqCanvas.repaint ();
  50 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "endEditing",
  52 function () {
  53 if (this.editCommand != null && this.editCommand.getSize () > 0) {
  54 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (this.editCommand);
  55 this.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.av.getAlignment ().getSequences ());
  56 }this.startseq = -1;
  57 this.lastres = -1;
  58 this.editingSeqs = false;
  59 this.groupEditing = false;
  60 this.keyboardNo1 = null;
  61 this.keyboardNo2 = null;
  62 this.editCommand = null;
  63 });
  64 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorRow",
  65 function () {
  66 this.seqCanvas.cursorY = this.getKeyboardNo1 () - 1;
  67 this.scrollToVisible ();
  68 });
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorColumn",
  70 function () {
  71 this.seqCanvas.cursorX = this.getKeyboardNo1 () - 1;
  72 this.scrollToVisible ();
  73 });
  74 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorRowAndColumn",
  75 function () {
  76 if (this.keyboardNo2 == null) {
  77 this.keyboardNo2 =  new StringBuffer ();
  78 } else {
  79 this.seqCanvas.cursorX = this.getKeyboardNo1 () - 1;
  80 this.seqCanvas.cursorY = this.getKeyboardNo2 () - 1;
  81 this.scrollToVisible ();
  82 }});
  83 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorPosition",
  84 function () {
  85 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY);
  86 this.seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex (this.getKeyboardNo1 ()) - 1;
  87 this.scrollToVisible ();
  88 });
  89 Clazz.defineMethod (c$, "moveCursor",
  90 function (dx, dy) {
  91 this.seqCanvas.cursorX += dx;
  92 this.seqCanvas.cursorY += dy;
  93 if (this.av.hasHiddenColumns () && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX)) {
  94 var original = this.seqCanvas.cursorX - dx;
  95 var maxWidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
  96 while (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX) && this.seqCanvas.cursorX < maxWidth && this.seqCanvas.cursorX > 0) {
  97 this.seqCanvas.cursorX += dx;
  98 }
  99 if (this.seqCanvas.cursorX >= maxWidth || !this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX)) {
 100 this.seqCanvas.cursorX = original;
 101 }}this.scrollToVisible ();
 102 }, "~N,~N");
 103 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToVisible",
 104 function () {
 105 if (this.seqCanvas.cursorX < 0) {
 106 this.seqCanvas.cursorX = 0;
 107 } else if (this.seqCanvas.cursorX > this.av.getAlignment ().getWidth () - 1) {
 108 this.seqCanvas.cursorX = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;
 109 }if (this.seqCanvas.cursorY < 0) {
 110 this.seqCanvas.cursorY = 0;
 111 } else if (this.seqCanvas.cursorY > this.av.getAlignment ().getHeight () - 1) {
 112 this.seqCanvas.cursorY = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;
 113 }this.endEditing ();
 114 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 115 this.ap.scrollToWrappedVisible (this.seqCanvas.cursorX);
 116 } else {
 117 while (this.seqCanvas.cursorY < this.av.startSeq) {
 118 this.ap.scrollUp (true);
 119 }
 120 while (this.seqCanvas.cursorY + 1 > this.av.endSeq) {
 121 this.ap.scrollUp (false);
 122 }
 123 while (this.seqCanvas.cursorX < this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (this.av.startRes)) {
 124 if (!this.ap.scrollRight (false)) {
 125 break;
 126 }}
 127 while (this.seqCanvas.cursorX > this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (this.av.endRes)) {
 128 if (!this.ap.scrollRight (true)) {
 129 break;
 130 }}
 131 }this.setStatusMessage (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY), this.seqCanvas.cursorX, this.seqCanvas.cursorY);
 132 this.seqCanvas.repaint ();
 133 });
 134 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionAreaAtCursor",
 135 function (topLeft) {
 136 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY);
 137 if (this.av.getSelectionGroup () != null) {
 138 var sg = this.av.getSelectionGroup ();
 139 var min = this.av.getAlignment ().getHeight ();
 140 var max = 0;
 141 for (var i = 0; i < sg.getSize (); i++) {
 142 var index = this.av.getAlignment ().findIndex (sg.getSequenceAt (i));
 143 if (index > max) {
 144 max = index;
 145 }if (index < min) {
 146 min = index;
 147 }}
 148 max++;
 149 if (topLeft) {
 150 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);
 151 if (sg.getEndRes () < this.seqCanvas.cursorX) {
 152 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);
 153 }min = this.seqCanvas.cursorY;
 154 } else {
 155 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);
 156 if (sg.getStartRes () > this.seqCanvas.cursorX) {
 157 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);
 158 }max = this.seqCanvas.cursorY + 1;
 159 }if (min > max) {
 160 this.av.setSelectionGroup (null);
 161 } else {
 162 sg.clear ();
 163 for (var i = min; i < max; i++) {
 164 sg.addSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i), false);
 165 }
 166 }}if (this.av.getSelectionGroup () == null) {
 167 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 168 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);
 169 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);
 170 sg.addSequence (sequence, false);
 171 this.av.setSelectionGroup (sg);
 172 }this.ap.paintAlignment (false);
 173 this.av.sendSelection ();
 174 }, "~B");
 175 Clazz.defineMethod (c$, "insertGapAtCursor",
 176 function (group) {
 177 this.groupEditing = group;
 178 this.startseq = this.seqCanvas.cursorY;
 179 this.lastres = this.seqCanvas.cursorX;
 180 this.editSequence (true, this.seqCanvas.cursorX + this.getKeyboardNo1 ());
 181 this.endEditing ();
 182 }, "~B");
 183 Clazz.defineMethod (c$, "deleteGapAtCursor",
 184 function (group) {
 185 this.groupEditing = group;
 186 this.startseq = this.seqCanvas.cursorY;
 187 this.lastres = this.seqCanvas.cursorX + this.getKeyboardNo1 ();
 188 this.editSequence (false, this.seqCanvas.cursorX);
 189 this.endEditing ();
 190 }, "~B");
 191 Clazz.defineMethod (c$, "numberPressed",
 192 function (value) {
 193 if (this.keyboardNo1 == null) {
 194 this.keyboardNo1 =  new StringBuffer ();
 195 }if (this.keyboardNo2 != null) {
 196 this.keyboardNo2.append (value);
 197 } else {
 198 this.keyboardNo1.append (value);
 199 }}, "~S");
 200 Clazz.defineMethod (c$, "getKeyboardNo1",
 201 function () {
 202 try {
 203 if (this.keyboardNo1 != null) {
 204 var value = Integer.parseInt (this.keyboardNo1.toString ());
 205 this.keyboardNo1 = null;
 206 return value;
 207 }} catch (x) {
 208 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
 209 } else {
 210 throw x;
 211 }
 212 }
 213 this.keyboardNo1 = null;
 214 return 1;
 215 });
 216 Clazz.defineMethod (c$, "getKeyboardNo2",
 217 function () {
 218 try {
 219 if (this.keyboardNo2 != null) {
 220 var value = Integer.parseInt (this.keyboardNo2.toString ());
 221 this.keyboardNo2 = null;
 222 return value;
 223 }} catch (x) {
 224 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
 225 } else {
 226 throw x;
 227 }
 228 }
 229 this.keyboardNo2 = null;
 230 return 1;
 231 });
 232 Clazz.defineMethod (c$, "setStatusMessage",
 233 function (sequence, res, seq) {
 234 var text =  new StringBuilder (32);
 235 var seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 236 text.append ("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName ());
 237 var residue = null;
 238 var displayChar = String.valueOf (sequence.getCharAt (res));
 239 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide ()) {
 240 residue = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideName.get (displayChar);
 241 if (residue != null) {
 242 text.append (" Nucleotide: ").append (residue);
 243 }} else {
 244 residue = "X".equalsIgnoreCase (displayChar) ? "X" : jalview.schemes.ResidueProperties.aa2Triplet.get (displayChar);
 245 if (residue != null) {
 246 text.append (" Residue: ").append (residue);
 247 }}var pos = -1;
 248 if (residue != null) {
 249 pos = sequence.findPosition (res);
 250 text.append (" (").append (Integer.toString (pos)).append (")");
 251 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());
 252 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "setStatusMessage",
 254  function (results) {
 255 var matches = results.getResults ();
 256 if (!matches.isEmpty ()) {
 257 var m = matches.get (0);
 258 var seq = m.getSequence ();
 259 var sequenceIndex = this.av.getAlignment ().findIndex (seq);
 260 var start = m.getStart () - 1;
 261 this.setStatusMessage (seq, start, sequenceIndex);
 262 }}, "jalview.datamodel.SearchResults");
 263 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 264 function (evt) {
 265 this.lastMousePress = evt.getPoint ();
 266 if ((evt.getModifiers () & 8) == 8 && !this.av.MAC) {
 267 this.mouseWheelPressed = true;
 268 return;
 269 }if (evt.isShiftDown () || evt.isControlDown () || evt.isAltDown ()) {
 270 if (evt.isControlDown () || evt.isAltDown ()) {
 271 this.groupEditing = true;
 272 }this.editingSeqs = true;
 273 } else {
 274 this.doMousePressedDefineMode (evt);
 275 return;
 276 }var seq = this.findSeq (evt);
 277 var res = this.findRes (evt);
 278 if (seq < 0 || res < 0) {
 279 return;
 280 }if ((seq < this.av.getAlignment ().getHeight ()) && (res < this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq).getLength ())) {
 281 this.startseq = seq;
 282 this.lastres = res;
 283 } else {
 284 this.startseq = -1;
 285 this.lastres = -1;
 286 }return;
 287 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 288 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 289 function (evt) {
 290 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.findSeq (evt));
 291 if (evt.getClickCount () > 1) {
 292 if (this.av.getSelectionGroup () != null && this.av.getSelectionGroup ().getSize () == 1 && this.av.getSelectionGroup ().getEndRes () - this.av.getSelectionGroup ().getStartRes () < 2) {
 293 this.av.setSelectionGroup (null);
 294 }var features = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (this.findRes (evt)));
 295 if (features != null && features.length > 0) {
 296 var highlight =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
 297 highlight.addResult (sequence, features[0].getBegin (), features[0].getEnd ());
 298 this.seqCanvas.highlightSearchResults (highlight);
 299 }if (features != null && features.length > 0) {
 300 this.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures ( Clazz.newArray (-1, [sequence]), features, false, this.ap);
 301 this.seqCanvas.highlightSearchResults (null);
 302 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 304 function (evt) {
 305 this.mouseDragging = false;
 306 this.mouseWheelPressed = false;
 307 this.ap.paintAlignment (true);
 308 if (!this.editingSeqs) {
 309 this.doMouseReleasedDefineMode (evt);
 310 return;
 311 }this.endEditing ();
 312 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 313 Clazz.defineMethod (c$, "findRes",
 314 function (evt) {
 315 var res = 0;
 316 var x = evt.getX ();
 317 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 318 var hgap = this.av.getCharHeight ();
 319 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {
 320 hgap += this.av.getCharHeight ();
 321 }var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.av.getCharHeight () + hgap + this.seqCanvas.getAnnotationHeight ();
 322 var y = evt.getY ();
 323 y -= hgap;
 324 x -= this.seqCanvas.LABEL_WEST;
 325 var cwidth = this.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.getSize ().width);
 326 if (cwidth < 1) {
 327 return 0;
 328 }this.wrappedBlock = Clazz.doubleToInt (y / cHeight);
 329 this.wrappedBlock += Clazz.doubleToInt (this.av.getStartRes () / cwidth);
 330 res = this.wrappedBlock * cwidth + Clazz.doubleToInt (x / this.av.getCharWidth ());
 331 } else {
 332 res = (Clazz.doubleToInt (x / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();
 333 }if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 334 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);
 335 }return res;
 336 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 337 Clazz.defineMethod (c$, "findSeq",
 338 function (evt) {
 339 var sqnum = this.findAlRow (evt);
 340 return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 342 Clazz.defineMethod (c$, "findAlRow",
 343  function (evt) {
 344 var seq = 0;
 345 var y = evt.getY ();
 346 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 347 var hgap = this.av.getCharHeight ();
 348 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {
 349 hgap += this.av.getCharHeight ();
 350 }var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.av.getCharHeight () + hgap + this.seqCanvas.getAnnotationHeight ();
 351 y -= hgap;
 352 seq = Math.min (Clazz.doubleToInt ((y % cHeight) / this.av.getCharHeight ()), this.av.getAlignment ().getHeight () - 1);
 353 if (seq < 0) {
 354 seq = -1;
 355 }} else {
 356 seq = Math.min ((Clazz.doubleToInt (y / this.av.getCharHeight ())) + this.av.getStartSeq (), this.av.getAlignment ().getHeight () - 1);
 357 if (seq < 0) {
 358 seq = -1;
 359 }}return seq;
 360 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 361 Clazz.defineMethod (c$, "doMousePressed",
 362 function (evt) {
 363 var seq = this.findSeq (evt);
 364 var res = this.findRes (evt);
 365 if (seq < this.av.getAlignment ().getHeight () && res < this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq).getLength ()) {
 366 this.startseq = seq;
 367 this.lastres = res;
 368 } else {
 369 this.startseq = -1;
 370 this.lastres = -1;
 371 }return;
 372 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 373 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseOverSequence",
 374 function (sequence, index, pos) {
 375 var tmp = sequence.hashCode () + index + "";
 376 if (this.lastMessage == null || !this.lastMessage.equals (tmp)) {
 377 this.ssm.mouseOverSequence (sequence, index, pos, this.av);
 378 }this.lastMessage = tmp;
 379 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
 380 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightSequence",
 381 function (results) {
 382 if (this.av.isFollowHighlight ()) {
 383 if (this.ap.scrollToPosition (results, true)) {
 384 this.ap.alignFrame.repaint ();
 385 }}this.setStatusMessage (results);
 386 this.seqCanvas.highlightSearchResults (results);
 387 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
 388 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource",
 389 function () {
 390 return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 391 });
 392 Clazz.overrideMethod (c$, "updateColours",
 393 function (seq, index) {
 394 System.out.println ("update the seqPanel colours");
 395 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 396 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 397 function (evt) {
 398 var res = this.findRes (evt);
 399 var seq = this.findSeq (evt);
 400 if (seq >= this.av.getAlignment ().getHeight () || seq < 0 || res < 0) {
 401 if (this.tooltip != null) {
 402 this.tooltip.setTip ("");
 403 }return;
 404 }var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
 405 if (res > sequence.getLength ()) {
 406 if (this.tooltip != null) {
 407 this.tooltip.setTip ("");
 408 }return;
 409 }var respos = sequence.findPosition (res);
 410 if (this.ssm != null) {
 411 this.mouseOverSequence (sequence, res, respos);
 412 }var text =  new StringBuilder ();
 413 text.append ("Sequence ").append (Integer.toString (seq + 1)).append (" ID: ").append (sequence.getName ());
 414 var obj = null;
 415 var ch = String.valueOf (sequence.getCharAt (res));
 416 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide ()) {
 417 obj = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideName.get (ch);
 418 if (obj != null) {
 419 text.append (" Nucleotide: ").append (obj);
 420 }} else {
 421 obj = "X".equalsIgnoreCase (ch) ? "X" : jalview.schemes.ResidueProperties.aa2Triplet.get (ch);
 422 if (obj != null) {
 423 text.append (" Residue: ").append (obj);
 424 }}if (obj != null) {
 425 text.append (" (").append (Integer.toString (respos)).append (")");
 426 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());
 427 var tooltipText =  new StringBuilder ();
 428 var groups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (sequence);
 429 if (groups != null) {
 430 for (var g = 0; g < groups.length; g++) {
 431 if (groups[g].getStartRes () <= res && groups[g].getEndRes () >= res) {
 432 if (!groups[g].getName ().startsWith ("JTreeGroup") && !groups[g].getName ().startsWith ("JGroup")) {
 433 tooltipText.append (groups[g].getName ()).append (" ");
 434 }if (groups[g].getDescription () != null) {
 435 tooltipText.append (groups[g].getDescription ());
 436 }tooltipText.append ("\n");
 437 }}
 438 }var allFeatures = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (res));
 439 var index = 0;
 440 while (index < allFeatures.length) {
 441 var sf = allFeatures[index];
 442 tooltipText.append (sf.getType () + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 443 if (sf.getDescription () != null) {
 444 tooltipText.append (" " + sf.getDescription ());
 445 }if (sf.getValue ("status") != null) {
 446 var status = sf.getValue ("status").toString ();
 447 if (status.length > 0) {
 448 tooltipText.append (" (" + sf.getValue ("status") + ")");
 449 }}tooltipText.append ("\n");
 450 index++;
 451 }
 452 if (this.tooltip == null) {
 453 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (tooltipText.toString (), this.seqCanvas);
 454 } else {
 455 this.tooltip.setTip (tooltipText.toString ());
 456 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 457 Clazz.defineMethod (c$, "findFeaturesAtRes",
 458 function (sequence, res) {
 459 var tmp =  new java.util.Vector ();
 460 var features = sequence.getSequenceFeatures ();
 461 if (features != null) {
 462 for (var i = 0; i < features.length; i++) {
 463 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null || !this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (features[i].getType ())) {
 464 continue;
 465 }if (features[i].featureGroup != null && !this.seqCanvas.fr.checkGroupVisibility (features[i].featureGroup, false)) {
 466 continue;
 467 }if ((features[i].getBegin () <= res) && (features[i].getEnd () >= res)) {
 468 tmp.addElement (features[i]);
 469 }}
 470 }features =  new Array (tmp.size ());
 471 tmp.copyInto (features);
 472 return features;
 473 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 474 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 475 function (evt) {
 476 if (this.mouseWheelPressed) {
 477 var oldWidth = this.av.getCharWidth ();
 478 if (Math.abs (evt.getY () - this.lastMousePress.y) > Math.abs (evt.getX () - this.lastMousePress.x)) {
 479 var fontSize = this.av.font.getSize ();
 480 if (evt.getY () < this.lastMousePress.y && this.av.getCharHeight () > 1) {
 481 fontSize--;
 482 } else if (evt.getY () > this.lastMousePress.y) {
 483 fontSize++;
 484 }if (fontSize < 1) {
 485 fontSize = 1;
 486 }this.av.setFont ( new java.awt.Font (this.av.font.getName (), this.av.font.getStyle (), fontSize));
 487 this.av.setCharWidth (oldWidth);
 488 } else {
 489 if (evt.getX () < this.lastMousePress.x && this.av.getCharWidth () > 1) {
 490 this.av.setCharWidth (this.av.getCharWidth () - 1);
 491 } else if (evt.getX () > this.lastMousePress.x) {
 492 this.av.setCharWidth (this.av.getCharWidth () + 1);
 493 }if (this.av.getCharWidth () < 1) {
 494 this.av.setCharWidth (1);
 495 }}this.ap.fontChanged ();
 496 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 497 this.av.validCharWidth = fm.charWidth ('M') <= this.av.getCharWidth ();
 498 this.lastMousePress = evt.getPoint ();
 499 this.ap.paintAlignment (false);
 500 this.ap.annotationPanel.image = null;
 501 return;
 502 }if (!this.editingSeqs) {
 503 this.doMouseDraggedDefineMode (evt);
 504 return;
 505 }var res = this.findRes (evt);
 506 if (res < 0) {
 507 res = 0;
 508 }if ((this.lastres == -1) || (this.lastres == res)) {
 509 return;
 510 }if ((res < this.av.getAlignment ().getWidth ()) && (res < this.lastres)) {
 511 this.editSequence (false, res);
 512 } else {
 513 this.editSequence (true, res);
 514 }this.mouseDragging = true;
 515 if (this.scrollThread != null) {
 516 this.scrollThread.setEvent (evt);
 517 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 518 Clazz.defineMethod (c$, "editSequence",
 519 function (insertGap, startres) {
 520 var fixedLeft = -1;
 521 var fixedRight = -1;
 522 var fixedColumns = false;
 523 var sg = this.av.getSelectionGroup ();
 524 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.startseq);
 525 if (!this.groupEditing && this.av.hasHiddenRows ()) {
 526 if (this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {
 527 sg = this.av.getRepresentedSequences (seq);
 528 this.groupEditing = true;
 529 }}var message =  new StringBuffer ();
 530 if (this.groupEditing) {
 531 message.append (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group")).append (":");
 532 if (this.editCommand == null) {
 533 this.editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group"));
 534 }} else {
 535 message.append (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequence")).append (" " + seq.getName ());
 536 var label = seq.getName ();
 537 if (label.length > 10) {
 538 label = label.substring (0, 10);
 539 }if (this.editCommand == null) {
 540 this.editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.edit_params",  Clazz.newArray (-1, [label])));
 541 }}if (insertGap) {
 542 message.append (" insert ");
 543 } else {
 544 message.append (" delete ");
 545 }message.append (Math.abs (startres - this.lastres) + " gaps.");
 546 this.ap.alignFrame.setStatus (message.toString ());
 547 if (this.groupEditing || (sg != null && sg.getSequences (this.av.getHiddenRepSequences ()).contains (seq))) {
 548 fixedColumns = true;
 549 if (sg == null) {
 550 if (!this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {
 551 this.endEditing ();
 552 return;
 553 }sg = this.av.getRepresentedSequences (seq);
 554 }fixedLeft = sg.getStartRes ();
 555 fixedRight = sg.getEndRes ();
 556 if ((startres < fixedLeft && this.lastres >= fixedLeft) || (startres >= fixedLeft && this.lastres < fixedLeft) || (startres > fixedRight && this.lastres <= fixedRight) || (startres <= fixedRight && this.lastres > fixedRight)) {
 557 this.endEditing ();
 558 return;
 559 }if (fixedLeft > startres) {
 560 fixedRight = fixedLeft - 1;
 561 fixedLeft = 0;
 562 } else if (fixedRight < startres) {
 563 fixedLeft = fixedRight;
 564 fixedRight = -1;
 565 }}if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 566 fixedColumns = true;
 567 var y1 = this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryLeft (startres);
 568 var y2 = this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryRight (startres);
 569 if ((insertGap && startres > y1 && this.lastres < y1) || (!insertGap && startres < y2 && this.lastres > y2)) {
 570 this.endEditing ();
 571 return;
 572 }if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1)) {
 573 if (startres >= y2) {
 574 fixedLeft = y2;
 575 } else {
 576 fixedRight = y2 - 1;
 577 }}}if (this.groupEditing) {
 578 var groupSeqs = sg.getSequences (this.av.getHiddenRepSequences ()).toArray ( new Array (0));
 579 if (insertGap) {
 580 if (sg.getStartRes () == 0 && sg.getEndRes () == fixedRight && sg.getEndRes () == this.av.getAlignment ().getWidth () - 1) {
 581 sg.setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () + startres - this.lastres);
 582 fixedRight = sg.getEndRes ();
 583 }var blank = false;
 584 for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > this.lastres; fixedRight--) {
 585 blank = true;
 586 for (var gs, $gs = 0, $$gs = groupSeqs; $gs < $$gs.length && ((gs = $$gs[$gs]) || true); $gs++) {
 587 for (var j = 0; j < startres - this.lastres; j++) {
 588 if (!jalview.util.Comparison.isGap (gs.getCharAt (fixedRight - j))) {
 589 blank = false;
 590 break;
 591 }}
 592 }
 593 if (blank) {
 594 break;
 595 }}
 596 if (!blank) {
 597 if (sg.getSize () == this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
 598 if ((this.av.hasHiddenColumns () && startres < this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryRight (startres))) {
 599 this.endEditing ();
 600 return;
 601 }var alWidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
 602 if (this.av.hasHiddenRows ()) {
 603 var hwidth = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().getWidth ();
 604 if (hwidth > alWidth) {
 605 alWidth = hwidth;
 606 }}sg.setEndRes (sg.getEndRes () + startres - this.lastres);
 607 fixedRight = alWidth + startres - this.lastres;
 608 } else {
 609 this.endEditing ();
 610 return;
 611 }}} else if (!insertGap) {
 612 for (var gs, $gs = 0, $$gs = groupSeqs; $gs < $$gs.length && ((gs = $$gs[$gs]) || true); $gs++) {
 613 for (var j = startres; j < this.lastres; j++) {
 614 if (gs.getLength () <= j) {
 615 continue;
 616 }if (!jalview.util.Comparison.isGap (gs.getCharAt (j))) {
 617 this.endEditing ();
 618 return;
 619 }}
 620 }
 621 }if (insertGap) {
 622 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {
 623 for (var j = this.lastres; j < startres; j++) {
 624 this.insertChar (j, groupSeqs, fixedRight);
 625 }
 626 } else {
 627 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres - this.lastres, this.av.getAlignment (), true);
 628 }} else {
 629 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {
 630 for (var j = this.lastres; j > startres; j--) {
 631 this.deleteChar (startres, groupSeqs, fixedRight);
 632 }
 633 } else {
 634 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, this.lastres - startres, this.av.getAlignment (), true);
 635 }}} else {
 636 if (insertGap) {
 637 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {
 638 for (var j = this.lastres; j < startres; j++) {
 639 this.insertChar (j,  Clazz.newArray (-1, [seq]), fixedRight);
 640 }
 641 } else {
 642 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seq]), this.lastres, startres - this.lastres, this.av.getAlignment (), true);
 643 }} else {
 644 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {
 645 for (var j = this.lastres; j > startres; j--) {
 646 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (startres))) {
 647 this.endEditing ();
 648 break;
 649 }this.deleteChar (startres,  Clazz.newArray (-1, [seq]), fixedRight);
 650 }
 651 } else {
 652 var max = 0;
 653 for (var m = startres; m < this.lastres; m++) {
 654 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (m))) {
 655 break;
 656 }max++;
 657 }
 658 if (max > 0) {
 659 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seq]), startres, max, this.av.getAlignment (), true);
 660 }}}}this.lastres = startres;
 661 this.seqCanvas.repaint ();
 662 }, "~B,~N");
 663 Clazz.defineMethod (c$, "insertChar",
 664 function (j, seq, fixedColumn) {
 665 var blankColumn = fixedColumn;
 666 for (var s = 0; s < seq.length; s++) {
 667 for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--) {
 668 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq[s].getCharAt (blankColumn))) {
 669 break;
 670 }}
 671 if (blankColumn <= j) {
 672 blankColumn = fixedColumn;
 673 this.endEditing ();
 674 return;
 675 }}
 676 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1, this.av.getAlignment (), true);
 677 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, this.av.getAlignment (), true);
 678 }, "~N,~A,~N");
 679 Clazz.defineMethod (c$, "deleteChar",
 680 function (j, seq, fixedColumn) {
 681 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, this.av.getAlignment (), true);
 682 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1, this.av.getAlignment (), true);
 683 }, "~N,~A,~N");
 684 Clazz.defineMethod (c$, "doMousePressedDefineMode",
 685 function (evt) {
 686 if (this.scrollThread != null) {
 687 this.scrollThread.running = false;
 688 this.scrollThread = null;
 689 }var res = this.findRes (evt);
 690 var seq = this.findSeq (evt);
 691 this.oldSeq = seq;
 692 this.startWrapBlock = this.wrappedBlock;
 693 if (seq == -1) {
 694 return;
 695 }var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
 696 if (sequence == null || res > sequence.getLength ()) {
 697 return;
 698 }this.stretchGroup = this.av.getSelectionGroup ();
 699 if (this.stretchGroup == null) {
 700 this.stretchGroup = this.av.getAlignment ().findGroup (sequence);
 701 if (this.stretchGroup != null && res > this.stretchGroup.getStartRes () && res < this.stretchGroup.getEndRes ()) {
 702 this.av.setSelectionGroup (this.stretchGroup);
 703 } else {
 704 this.stretchGroup = null;
 705 }} else if (!this.stretchGroup.getSequences (null).contains (sequence) || this.stretchGroup.getStartRes () > res || this.stretchGroup.getEndRes () < res) {
 706 this.stretchGroup = null;
 707 var allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (sequence);
 708 if (allGroups != null) {
 709 for (var i = 0; i < allGroups.length; i++) {
 710 if (allGroups[i].getStartRes () <= res && allGroups[i].getEndRes () >= res) {
 711 this.stretchGroup = allGroups[i];
 712 break;
 713 }}
 714 }this.av.setSelectionGroup (this.stretchGroup);
 715 }if ((evt.getModifiers () & 4) == 4) {
 716 var allFeatures = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (res));
 717 var links = null;
 718 if (allFeatures != null) {
 719 for (var i = 0; i < allFeatures.length; i++) {
 720 if (allFeatures[i].links != null) {
 721 if (links == null) {
 722 links =  new java.util.Vector ();
 723 }for (var j = 0; j < allFeatures[i].links.size (); j++) {
 724 links.addElement (allFeatures[i].links.elementAt (j));
 725 }
 726 }}
 727 }var popup =  new jalview.appletgui.APopupMenu (this.ap, null, links);
 728 this.add (popup);
 729 popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
 730 return;
 731 }if (this.av.cursorMode) {
 732 this.seqCanvas.cursorX = this.findRes (evt);
 733 this.seqCanvas.cursorY = this.findSeq (evt);
 734 this.seqCanvas.repaint ();
 735 return;
 736 }if (this.stretchGroup == null) {
 737 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 738 sg.setStartRes (res);
 739 sg.setEndRes (res);
 740 sg.addSequence (sequence, false);
 741 this.av.setSelectionGroup (sg);
 742 this.stretchGroup = sg;
 743 if (this.av.getConservationSelected ()) {
 744 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, this.av.getGlobalColourScheme (), "Background");
 745 }if (this.av.getAbovePIDThreshold ()) {
 746 jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, this.av.getGlobalColourScheme (), "Background");
 747 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 748 Clazz.defineMethod (c$, "doMouseReleasedDefineMode",
 749 function (evt) {
 750 if (this.stretchGroup == null) {
 751 return;
 752 }this.stretchGroup.recalcConservation ();
 753 if (this.stretchGroup.cs != null) {
 754 this.stretchGroup.cs.alignmentChanged (this.stretchGroup, this.av.getHiddenRepSequences ());
 755 if (this.stretchGroup.cs.conservationApplied ()) {
 756 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, this.stretchGroup.cs, this.stretchGroup.getName ());
 757 } else {
 758 jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, this.stretchGroup.cs, this.stretchGroup.getName ());
 759 }}this.changeEndRes = false;
 760 this.changeStartRes = false;
 761 this.stretchGroup = null;
 762 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.av.getSequenceSetId ());
 763 this.ap.paintAlignment (true);
 764 this.av.sendSelection ();
 765 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 766 Clazz.defineMethod (c$, "doMouseDraggedDefineMode",
 767 function (evt) {
 768 var res = this.findRes (evt);
 769 var y = this.findSeq (evt);
 770 if (this.wrappedBlock != this.startWrapBlock) {
 771 return;
 772 }if (this.stretchGroup == null) {
 773 return;
 774 }this.mouseDragging = true;
 775 if (y > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
 776 y = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;
 777 }if (res >= this.av.getAlignment ().getWidth ()) {
 778 res = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;
 779 }if (this.stretchGroup.getEndRes () == res) {
 780 this.changeEndRes = true;
 781 } else if (this.stretchGroup.getStartRes () == res) {
 782 this.changeStartRes = true;
 783 }if (res < 0) {
 784 res = 0;
 785 }if (this.changeEndRes) {
 786 if (res > (this.stretchGroup.getStartRes () - 1)) {
 787 this.stretchGroup.setEndRes (res);
 788 }} else if (this.changeStartRes) {
 789 if (res < (this.stretchGroup.getEndRes () + 1)) {
 790 this.stretchGroup.setStartRes (res);
 791 }}var dragDirection = 0;
 792 if (y > this.oldSeq) {
 793 dragDirection = 1;
 794 } else if (y < this.oldSeq) {
 795 dragDirection = -1;
 796 }while ((y != this.oldSeq) && (this.oldSeq > -1) && (y < this.av.getAlignment ().getHeight ())) {
 797 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.oldSeq);
 798 this.oldSeq += dragDirection;
 799 if (this.oldSeq < 0) {
 800 break;
 801 }var nextSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.oldSeq);
 802 if (this.stretchGroup.getSequences (null).contains (nextSeq)) {
 803 this.stretchGroup.deleteSequence (seq, false);
 804 } else {
 805 if (seq != null) {
 806 this.stretchGroup.addSequence (seq, false);
 807 }this.stretchGroup.addSequence (nextSeq, false);
 808 }}
 809 if (this.oldSeq < 0) {
 810 this.oldSeq = -1;
 811 }if (res > this.av.endRes || res < this.av.startRes || y < this.av.startSeq || y > this.av.endSeq) {
 812 this.mouseExited (evt);
 813 }if (this.scrollThread != null) {
 814 this.scrollThread.setEvent (evt);
 815 }this.seqCanvas.repaint ();
 816 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 817 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 818 function (e) {
 819 if (this.oldSeq < 0) {
 820 this.oldSeq = 0;
 821 }if (this.scrollThread != null) {
 822 this.scrollThread.running = false;
 823 this.scrollThread = null;
 824 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 825 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 826 function (e) {
 827 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 828 return;
 829 }if (this.mouseDragging && this.scrollThread == null) {
 830 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, this, null);
 831 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 832 Clazz.defineMethod (c$, "scrollCanvas",
 833 function (evt) {
 834 if (evt == null) {
 835 if (this.scrollThread != null) {
 836 this.scrollThread.running = false;
 837 this.scrollThread = null;
 838 }this.mouseDragging = false;
 839 } else {
 840 if (this.scrollThread == null) {
 841 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, this, null);
 842 }this.mouseDragging = true;
 843 this.scrollThread.setEvent (evt);
 844 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 845 Clazz.overrideMethod (c$, "selection",
 846 function (seqsel, colsel, source) {
 847 if (this.av != null && (this.av === source || !this.av.followSelection || (Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignViewport) && (source).getSequenceSetId ().equals (this.av.getSequenceSetId ())))) {
 848 return;
 849 }if (this.selectionFromTranslation (seqsel, colsel, source)) {
 850 return;
 851 }var repaint = false;
 852 var copycolsel = true;
 853 if (this.av.getSelectionGroup () == null || !this.av.isSelectionGroupChanged (true)) {
 854 var sgroup = null;
 855 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {
 856 if (this.av.getAlignment () == null) {
 857 System.out.println ("Selection message: alignviewport av SeqSetId=" + this.av.getSequenceSetId () + " ViewId=" + this.av.getViewId () + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
 858 return;
 859 }sgroup = seqsel.intersect (this.av.getAlignment (), (this.av.hasHiddenRows ()) ? this.av.getHiddenRepSequences () : null);
 860 if ((sgroup == null || sgroup.getSize () == 0) && (colsel == null || colsel.size () == 0)) {
 861 copycolsel = false;
 862 }}if (sgroup != null && sgroup.getSize () > 0) {
 863 this.av.setSelectionGroup (sgroup);
 864 } else {
 865 this.av.setSelectionGroup (null);
 866 }repaint = this.av.isSelectionGroupChanged (true);
 867 }if (copycolsel && (this.av.getColumnSelection () == null || !this.av.isColSelChanged (true))) {
 868 if (colsel == null || colsel.size () == 0) {
 869 if (this.av.getColumnSelection () != null) {
 870 this.av.getColumnSelection ().clear ();
 871 }} else {
 872 if (this.av.getColumnSelection () == null) {
 873 this.av.setColumnSelection ( new jalview.datamodel.ColumnSelection (colsel));
 874 } else {
 875 this.av.getColumnSelection ().setElementsFrom (colsel);
 876 }}repaint = new Boolean (repaint | this.av.isColSelChanged (true)).valueOf ();
 877 }if (copycolsel && this.av.hasHiddenColumns () && (this.av.getColumnSelection () == null || this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns () == null)) {
 878 System.err.println ("Bad things");
 879 }if (repaint) {
 880 this.ap.scalePanelHolder.repaint ();
 881 this.ap.repaint ();
 882 }}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");
 883 Clazz.defineMethod (c$, "scrollTo",
 884 function (row, column) {
 885 row = row < 0 ? this.ap.av.startSeq : row;
 886 column = column < 0 ? this.ap.av.startRes : column;
 887 this.ap.scrollTo (column, column, row, true, true);
 888 }, "~N,~N");
 889 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToRow",
 890 function (row) {
 891 row = row < 0 ? this.ap.av.startSeq : row;
 892 this.ap.scrollTo (this.ap.av.startRes, this.ap.av.startRes, row, true, true);
 893 }, "~N");
 894 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToColumn",
 895 function (column) {
 896 column = column < 0 ? this.ap.av.startRes : column;
 897 this.ap.scrollTo (column, column, this.ap.av.startSeq, true, true);
 898 }, "~N");
 899 Clazz.defineMethod (c$, "selectionFromTranslation",
 900 function (seqsel, colsel, source) {
 901 if (!(Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignViewportI))) {
 902 return false;
 903 }var sourceAv = source;
 904 if (sourceAv.getCodingComplement () !== this.av && this.av.getCodingComplement () !== sourceAv) {
 905 return false;
 906 }var sg = jalview.util.MappingUtils.mapSequenceGroup (seqsel, sourceAv, this.av);
 907 this.av.setSelectionGroup (sg);
 908 this.av.isSelectionGroupChanged (true);
 909 var cs = jalview.util.MappingUtils.mapColumnSelection (colsel, sourceAv, this.av);
 910 this.av.setColumnSelection (cs);
 911 this.av.isColSelChanged (true);
 912 this.ap.scalePanelHolder.repaint ();
 913 this.ap.repaint ();
 914 return true;
 915 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");
 916 c$.$SeqPanel$ScrollThread$ = function () {
 917 Clazz.pu$h(self.c$);
 918 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 919 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 920 this.evt = null;
 921 this.running = false;
 922 Clazz.instantialize (this, arguments);
 923 }, jalview.appletgui.SeqPanel, "ScrollThread", Thread);
 924 Clazz.makeConstructor (c$,
 925 function () {
 926 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, []);
 927 this.start ();
 928 });
 929 Clazz.defineMethod (c$, "setEvent",
 930 function (a) {
 931 this.evt = a;
 932 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 933 Clazz.defineMethod (c$, "stopScrolling",
 934 function () {
 935 this.running = false;
 936 });
 937 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
 938 function () {
 939 this.running = true;
 940 while (this.running) {
 941 if (this.evt != null) {
 942 if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getY () < 0 && this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getStartSeq () > 0) {
 943 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollUp (true);
 944 }if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getY () >= this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].getSize ().height && this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getAlignment ().getHeight () > this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getEndSeq ()) {
 945 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollUp (false);
 946 }if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getX () < 0) {
 947 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollRight (false);
 948 } else if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getX () >= this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].getSize ().width) {
 949 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollRight (true);
 950 }}try {
 951 Thread.sleep (75);
 952 } catch (ex) {
 953 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 954 } else {
 955 throw ex;
 956 }
 957 }
 958 }
 959 });
 960 c$ = Clazz.p0p ();
 961 };
 962 });