site/j2s/jalview/appletgui/SequenceRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.api.SequenceRenderer"], "jalview.appletgui.SequenceRenderer", ["jalview.util.Comparison", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.fm = null;
   6 this.renderGaps = true;
   7 this.currentSequenceGroup = null;
   8 this.allGroups = null;
   9 this.resBoxColour = null;
  10 this.graphics = null;
  11 this.forOverview = false;
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.appletgui, "SequenceRenderer", null, jalview.api.SequenceRenderer);
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (av) {
  16 this.av = av;
  17 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  18 Clazz.defineMethod (c$, "prepare",
  19 function (g, renderGaps) {
  20 this.graphics = g;
  21 this.fm = g.getFontMetrics ();
  22 this.renderGaps = renderGaps;
  23 }, "java.awt.Graphics,~B");
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "getResidueBoxColour",
  25 function (seq, i) {
  26 this.allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (seq);
  27 if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {
  28 if (this.currentSequenceGroup.getDisplayBoxes ()) {
  29 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);
  30 }} else if (this.av.getShowBoxes ()) {
  31 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);
  32 }return this.resBoxColour;
  33 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
  34 Clazz.overrideMethod (c$, "getResidueColour",
  35 function (seq, position, fr) {
  36 var col = this.getResidueBoxColour (seq, position);
  37 if (fr != null) {
  38 col = fr.findFeatureColour (col, seq, position);
  39 }return col;
  40 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.api.FeatureRenderer");
  41 Clazz.defineMethod (c$, "getBoxColour",
  42 function (cs, seq, i) {
  43 if (cs != null) {
  44 this.resBoxColour = cs.findColour (seq.getCharAt (i), i, seq);
  45 } else if (this.forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (i))) {
  46 this.resBoxColour = java.awt.Color.lightGray;
  47 } else {
  48 this.resBoxColour = java.awt.Color.white;
  49 }}, "jalview.schemes.ColourSchemeI,jalview.datamodel.SequenceI,~N");
  50 Clazz.defineMethod (c$, "findSequenceColour",
  51 function (seq, i) {
  52 this.allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (seq);
  53 this.drawBoxes (seq, i, i, 0);
  54 return this.resBoxColour;
  55 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
  56 Clazz.defineMethod (c$, "drawSequence",
  57 function (seq, sg, start, end, y1) {
  58 if (seq == null) {
  59 return;
  60 }this.allGroups = sg;
  61 this.drawBoxes (seq, start, end, y1);
  62 if (this.av.validCharWidth) {
  63 this.drawText (seq, start, end, y1);
  64 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~N,~N,~N");
  65 Clazz.defineMethod (c$, "drawBoxes",
  66 function (seq, start, end, y1) {
  67 var i = start;
  68 var length = seq.getLength ();
  69 var curStart = -1;
  70 var curWidth = this.av.getCharWidth ();
  71 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();
  72 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();
  73 var tempColour = null;
  74 while (i <= end) {
  75 this.resBoxColour = java.awt.Color.white;
  76 if (i < length) {
  77 if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {
  78 if (this.currentSequenceGroup.getDisplayBoxes ()) {
  79 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);
  80 }} else if (this.av.getShowBoxes ()) {
  81 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);
  82 }}if (this.resBoxColour !== tempColour) {
  83 if (tempColour != null) {
  84 this.graphics.fillRect (avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avCharHeight);
  85 }this.graphics.setColor (this.resBoxColour);
  86 curStart = i;
  87 curWidth = avCharWidth;
  88 tempColour = this.resBoxColour;
  89 } else {
  90 curWidth += avCharWidth;
  91 }i++;
  92 }
  93 this.graphics.fillRect (avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avCharHeight);
  94 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");
  95 Clazz.defineMethod (c$, "drawText",
  96 function (seq, start, end, y1) {
  97 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();
  98 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();
  99 var boldFont = null;
 100 var bold = false;
 101 if (this.av.isUpperCasebold ()) {
 102 boldFont =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 1, avCharHeight);
 103 this.graphics.setFont (this.av.getFont ());
 104 }y1 += avCharHeight - Clazz.doubleToInt (avCharHeight / 5);
 105 var charOffset = 0;
 106 if (end + 1 >= seq.getLength ()) {
 107 end = seq.getLength () - 1;
 108 }var s = ' ';
 109 var srep = this.av.isDisplayReferenceSeq ();
 110 for (var i = start; i <= end; i++) {
 111 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);
 112 s = seq.getCharAt (i);
 113 if (!this.renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap (s)) {
 114 continue;
 115 }if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {
 116 if (!this.currentSequenceGroup.getDisplayText ()) {
 117 continue;
 118 }if (this.currentSequenceGroup.getColourText ()) {
 119 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 120 this.graphics.setColor (this.resBoxColour.darker ());
 121 }if (this.currentSequenceGroup.getShowNonconserved ()) {
 122 s = this.getDisplayChar (srep, i, s, '.');
 123 }} else {
 124 if (!this.av.getShowText ()) {
 125 continue;
 126 }if (this.av.getColourText ()) {
 127 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);
 128 if (this.av.getShowBoxes ()) {
 129 this.graphics.setColor (this.resBoxColour.darker ());
 130 } else {
 131 this.graphics.setColor (this.resBoxColour);
 132 }}if (this.av.getShowUnconserved ()) {
 133 s = this.getDisplayChar (srep, i, s, '.');
 134 }}if (this.av.isUpperCasebold ()) {
 135 this.fm = this.graphics.getFontMetrics ();
 136 if ('A' <= s && s <= 'Z') {
 137 if (!bold) {
 138 this.graphics.setFont (boldFont);
 139 }bold = true;
 140 } else if (bold) {
 141 this.graphics.setFont (this.av.font);
 142 bold = false;
 143 }}charOffset = Clazz.doubleToInt ((avCharWidth - this.fm.charWidth (s)) / 2);
 144 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + avCharWidth * (i - start), y1);
 145 }
 146 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayChar",
 148  function (usesrep, position, s, c) {
 149 var conschar = (usesrep) ? this.av.getAlignment ().getSeqrep ().getCharAt (position) : this.av.getAlignmentConsensusAnnotation ().annotations[position].displayCharacter.charAt (0);
 150 if (conschar != '-' && s == conschar) {
 151 s = c;
 152 }return s;
 153 }, "~B,~N,~S,~S");
 154 Clazz.defineMethod (c$, "inCurrentSequenceGroup",
 155 function (res) {
 156 if (this.allGroups == null) {
 157 return false;
 158 }for (var i = 0; i < this.allGroups.length; i++) {
 159 if (this.allGroups[i].getStartRes () <= res && this.allGroups[i].getEndRes () >= res) {
 160 this.currentSequenceGroup = this.allGroups[i];
 161 return true;
 162 }}
 163 return false;
 164 }, "~N");
 165 Clazz.defineMethod (c$, "drawHighlightedText",
 166 function (seq, start, end, x1, y1) {
 167 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();
 168 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();
 169 var pady = Clazz.doubleToInt (avCharHeight / 5);
 170 var charOffset = 0;
 171 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);
 172 this.graphics.fillRect (x1, y1, avCharWidth * (end - start + 1), avCharHeight);
 173 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);
 174 var s = '~';
 175 if (this.av.validCharWidth) {
 176 for (var i = start; i <= end; i++) {
 177 if (i < seq.getLength ()) {
 178 s = seq.getCharAt (i);
 179 }charOffset = Clazz.doubleToInt ((avCharWidth - this.fm.charWidth (s)) / 2);
 180 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + x1 + avCharWidth * (i - start), y1 + avCharHeight - pady);
 181 }
 182 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N,~N");
 183 Clazz.defineMethod (c$, "drawCursor",
 184 function (seq, res, x1, y1) {
 185 var pady = Clazz.doubleToInt (this.av.getCharHeight () / 5);
 186 var charOffset = 0;
 187 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);
 188 this.graphics.fillRect (x1, y1, this.av.getCharWidth (), this.av.getCharHeight ());
 189 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);
 190 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);
 191 var s = seq.getCharAt (res);
 192 if (this.av.validCharWidth) {
 193 charOffset = Clazz.doubleToInt ((this.av.getCharWidth () - this.fm.charWidth (s)) / 2);
 194 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + x1, (y1 + this.av.getCharHeight ()) - pady);
 195 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");
 196 });