site/j2s/jalview/commands/EditCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");\r
   2 Clazz.load (["jalview.commands.CommandI", "java.lang.Enum", "java.util.ArrayList"], "jalview.commands.EditCommand", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.ReverseListIterator", "$.StringUtils", "java.lang.StringBuffer", "java.util.HashMap", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.edits = null;\r
   5 this.description = null;\r
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.commands.EditCommand.Edit")) {\r
   7 jalview.commands.EditCommand.$EditCommand$Edit$ ();\r
   8 }\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.commands, "EditCommand", null, jalview.commands.CommandI);\r
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  12 this.edits =  new java.util.ArrayList ();\r
  13 });\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function () {\r
  16 });\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function (description) {\r
  19 this.description = description;\r
  20 }, "~S");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (description, command, seqs, position, number, al) {\r
  23 this.description = description;\r
  24 if (command === jalview.commands.EditCommand.Action.CUT || command === jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE) {\r
  25 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al));\r
  26 }this.performEdit (0, null);\r
  27 }, "~S,jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  28 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  29 function (description, command, replace, seqs, position, number, al) {\r
  30 this.description = description;\r
  31 if (command === jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE) {\r
  32 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al, replace));\r
  33 }this.performEdit (0, null);\r
  34 }, "~S,jalview.commands.EditCommand.Action,~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setEdit", \r
  36 function (e) {\r
  37 this.edits.clear ();\r
  38 this.edits.add (e);\r
  39 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "addEdit", \r
  41 function (e) {\r
  42 if (!jalview.commands.EditCommand.expandEdit (this.edits, e)) {\r
  43 this.edits.add (e);\r
  44 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
  45 c$.expandEdit = Clazz.defineMethod (c$, "expandEdit", \r
  46 function (edits, e) {\r
  47 if (edits == null || edits.isEmpty ()) {\r
  48 return false;\r
  49 }var lastEdit = edits.get (edits.size () - 1);\r
  50 var action = e.command;\r
  51 if (lastEdit.command !== action) {\r
  52 return false;\r
  53 }if (lastEdit.seqs.length != e.seqs.length) {\r
  54 return false;\r
  55 }for (var i = 0; i < e.seqs.length; i++) {\r
  56 if (lastEdit.seqs[i].getDatasetSequence () !== e.seqs[i].getDatasetSequence ()) {\r
  57 return false;\r
  58 }}\r
  59 var contiguous = (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP && e.position == lastEdit.position + lastEdit.number) || (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP && e.position + e.number == lastEdit.position);\r
  60 if (contiguous) {\r
  61 lastEdit.number += e.number;\r
  62 lastEdit.seqs = e.seqs;\r
  63 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {\r
  64 lastEdit.position--;\r
  65 }return true;\r
  66 }return false;\r
  67 }, "java.util.List,jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "clearEdits", \r
  69 function () {\r
  70 this.edits.clear ();\r
  71 });\r
  72 Clazz.defineMethod (c$, "getEdit", \r
  73 function (i) {\r
  74 if (i >= 0 && i < this.edits.size ()) {\r
  75 return this.edits.get (i);\r
  76 }return null;\r
  77 }, "~N");\r
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "getDescription", \r
  79 function () {\r
  80 return this.description;\r
  81 });\r
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize", \r
  83 function () {\r
  84 return this.edits.size ();\r
  85 });\r
  86 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment", \r
  87 function () {\r
  88 return (this.edits.isEmpty () ? null : this.edits.get (0).al);\r
  89 });\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit", \r
  91 function (command, seqs, position, number, al, performEdit) {\r
  92 this.appendEdit (command, seqs, position, number, al, performEdit, null);\r
  93 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~B");\r
  94 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit", \r
  95 function (command, seqs, position, number, al, performEdit, views) {\r
  96 var edit = Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, command, seqs, position, number, al.getGapCharacter ());\r
  97 if (al.getHeight () == seqs.length) {\r
  98 edit.al = al;\r
  99 edit.fullAlignmentHeight = true;\r
 100 }this.addEdit (edit);\r
 101 if (performEdit) {\r
 102 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);\r
 103 }}, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~A");\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "appendEdit", \r
 105 function (edit, al, performEdit, views) {\r
 106 if (al.getHeight () == edit.seqs.length) {\r
 107 edit.al = al;\r
 108 edit.fullAlignmentHeight = true;\r
 109 }this.addEdit (edit);\r
 110 if (performEdit) {\r
 111 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);\r
 112 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit,jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~A");\r
 113 Clazz.defineMethod (c$, "performEdit", \r
 114 function (commandIndex, views) {\r
 115 var iterator = this.edits.listIterator (commandIndex);\r
 116 while (iterator.hasNext ()) {\r
 117 var edit = iterator.next ();\r
 118 jalview.commands.EditCommand.performEdit (edit, views);\r
 119 }\r
 120 }, "~N,~A");\r
 121 c$.performEdit = Clazz.defineMethod (c$, "performEdit", \r
 122 function (edit, views) {\r
 123 switch (edit.command) {\r
 124 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP:\r
 125 jalview.commands.EditCommand.insertGap (edit);\r
 126 break;\r
 127 case jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP:\r
 128 jalview.commands.EditCommand.deleteGap (edit);\r
 129 break;\r
 130 case jalview.commands.EditCommand.Action.CUT:\r
 131 jalview.commands.EditCommand.cut (edit, views);\r
 132 break;\r
 133 case jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE:\r
 134 jalview.commands.EditCommand.paste (edit, views);\r
 135 break;\r
 136 case jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE:\r
 137 jalview.commands.EditCommand.replace (edit);\r
 138 break;\r
 139 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_NUC:\r
 140 break;\r
 141 default:\r
 142 break;\r
 143 }\r
 144 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");\r
 145 Clazz.overrideMethod (c$, "doCommand", \r
 146 function (views) {\r
 147 this.performEdit (0, views);\r
 148 }, "~A");\r
 149 Clazz.overrideMethod (c$, "undoCommand", \r
 150 function (views) {\r
 151 var iterator = this.edits.listIterator (this.edits.size ());\r
 152 while (iterator.hasPrevious ()) {\r
 153 var e = iterator.previous ();\r
 154 switch (e.command) {\r
 155 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP:\r
 156 jalview.commands.EditCommand.deleteGap (e);\r
 157 break;\r
 158 case jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP:\r
 159 jalview.commands.EditCommand.insertGap (e);\r
 160 break;\r
 161 case jalview.commands.EditCommand.Action.CUT:\r
 162 jalview.commands.EditCommand.paste (e, views);\r
 163 break;\r
 164 case jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE:\r
 165 jalview.commands.EditCommand.cut (e, views);\r
 166 break;\r
 167 case jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE:\r
 168 jalview.commands.EditCommand.replace (e);\r
 169 break;\r
 170 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_NUC:\r
 171 break;\r
 172 default:\r
 173 break;\r
 174 }\r
 175 }\r
 176 }, "~A");\r
 177 c$.insertGap = Clazz.defineMethod (c$, "insertGap", \r
 178  function (command) {\r
 179 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {\r
 180 command.seqs[s].insertCharAt (command.position, command.number, command.gapChar);\r
 181 }\r
 182 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, true, false, null);\r
 183 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
 184 c$.deleteGap = Clazz.defineMethod (c$, "deleteGap", \r
 185  function (command) {\r
 186 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {\r
 187 command.seqs[s].deleteChars (command.position, command.position + command.number);\r
 188 }\r
 189 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, false, false, null);\r
 190 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
 191 c$.cut = Clazz.defineMethod (c$, "cut", \r
 192 function (command, views) {\r
 193 var seqDeleted = false;\r
 194 command.string =  Clazz.newCharArray (command.seqs.length, '\0');\r
 195 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {\r
 196 var sequence = command.seqs[i];\r
 197 if (sequence.getLength () > command.position) {\r
 198 command.string[i] = sequence.getSequence (command.position, command.position + command.number);\r
 199 var oldds = sequence.getDatasetSequence ();\r
 200 if (command.oldds != null && command.oldds[i] != null) {\r
 201 sequence.setDatasetSequence (null);\r
 202 }sequence.deleteChars (command.position, command.position + command.number);\r
 203 if (command.oldds != null && command.oldds[i] != null) {\r
 204 sequence.setDatasetSequence (command.oldds[i]);\r
 205 command.oldds[i] = oldds;\r
 206 } else {\r
 207 if (oldds !== sequence.getDatasetSequence () || sequence.getSequenceFeatures () != null) {\r
 208 if (command.oldds == null) {\r
 209 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);\r
 210 }command.oldds[i] = oldds;\r
 211 jalview.commands.EditCommand.adjustFeatures (command, i, sequence.findPosition (command.position), sequence.findPosition (command.position + command.number), false);\r
 212 }}}if (sequence.getLength () < 1) {\r
 213 command.al.deleteSequence (sequence);\r
 214 seqDeleted = true;\r
 215 }}\r
 216 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, false, seqDeleted, views);\r
 217 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");\r
 218 c$.paste = Clazz.defineMethod (c$, "paste", \r
 219 function (command, views) {\r
 220 var tmp;\r
 221 var newDSNeeded;\r
 222 var newDSWasNeeded;\r
 223 var newstart;\r
 224 var newend;\r
 225 var seqWasDeleted = false;\r
 226 var start = 0;\r
 227 var end = 0;\r
 228 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {\r
 229 newDSNeeded = false;\r
 230 newDSWasNeeded = command.oldds != null && command.oldds[i] != null;\r
 231 if (command.seqs[i].getLength () < 1) {\r
 232 if (command.alIndex[i] < command.al.getHeight ()) {\r
 233 var sequences;\r
 234 {\r
 235 if (!(command.alIndex[i] < 0)) {\r
 236 sequences.add (command.alIndex[i], command.seqs[i]);\r
 237 }}} else {\r
 238 command.al.addSequence (command.seqs[i]);\r
 239 }seqWasDeleted = true;\r
 240 }newstart = command.seqs[i].getStart ();\r
 241 newend = command.seqs[i].getEnd ();\r
 242 tmp =  new StringBuffer ();\r
 243 tmp.append (command.seqs[i].getSequence ());\r
 244 if (command.string != null && command.string[i] != null) {\r
 245 if (command.position >= tmp.length ()) {\r
 246 var length = command.position - tmp.length ();\r
 247 while (length > 0) {\r
 248 tmp.append (command.gapChar);\r
 249 length--;\r
 250 }\r
 251 }tmp.insert (command.position, command.string[i]);\r
 252 for (var s = 0; s < command.string[i].length; s++) {\r
 253 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[command.string[i][s].charCodeAt (0)] != 23) {\r
 254 if (!newDSNeeded) {\r
 255 newDSNeeded = true;\r
 256 start = command.seqs[i].findPosition (command.position);\r
 257 end = command.seqs[i].findPosition (command.position + command.number);\r
 258 }if (command.seqs[i].getStart () == start) {\r
 259 newstart--;\r
 260 } else {\r
 261 newend++;\r
 262 }}}\r
 263 command.string[i] = null;\r
 264 }command.seqs[i].setSequence (tmp.toString ());\r
 265 command.seqs[i].setStart (newstart);\r
 266 command.seqs[i].setEnd (newend);\r
 267 if (newDSNeeded) {\r
 268 if (command.seqs[i].getDatasetSequence () != null) {\r
 269 var ds;\r
 270 if (newDSWasNeeded) {\r
 271 ds = command.oldds[i];\r
 272 } else {\r
 273 ds =  new jalview.datamodel.Sequence (command.seqs[i].getName (), jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, command.seqs[i].getSequenceAsString ()), command.seqs[i].getStart (), command.seqs[i].getEnd ());\r
 274 ds.setDescription (command.seqs[i].getDescription ());\r
 275 }if (command.oldds == null) {\r
 276 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);\r
 277 }command.oldds[i] = command.seqs[i].getDatasetSequence ();\r
 278 command.seqs[i].setDatasetSequence (ds);\r
 279 }jalview.commands.EditCommand.adjustFeatures (command, i, start, end, true);\r
 280 }}\r
 281 jalview.commands.EditCommand.adjustAnnotations (command, true, seqWasDeleted, views);\r
 282 command.string = null;\r
 283 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~A");\r
 284 c$.replace = Clazz.defineMethod (c$, "replace", \r
 285 function (command) {\r
 286 var tmp;\r
 287 var oldstring;\r
 288 var start = command.position;\r
 289 var end = command.number;\r
 290 command.number = start + command.string[0].length;\r
 291 for (var i = 0; i < command.seqs.length; i++) {\r
 292 var newDSWasNeeded = command.oldds != null && command.oldds[i] != null;\r
 293 oldstring = command.seqs[i].getSequenceAsString ();\r
 294 tmp =  new StringBuffer (oldstring.substring (0, start));\r
 295 tmp.append (command.string[i]);\r
 296 var nogaprep = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (command.string[i]));\r
 297 var ipos = command.seqs[i].findPosition (start) - command.seqs[i].getStart ();\r
 298 tmp.append (oldstring.substring (end));\r
 299 command.seqs[i].setSequence (tmp.toString ());\r
 300 command.string[i] = oldstring.substring (start, end).toCharArray ();\r
 301 var nogapold = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (command.string[i]));\r
 302 if (!nogaprep.toLowerCase ().equals (nogapold.toLowerCase ())) {\r
 303 if (newDSWasNeeded) {\r
 304 var oldds = command.seqs[i].getDatasetSequence ();\r
 305 command.seqs[i].setDatasetSequence (command.oldds[i]);\r
 306 command.oldds[i] = oldds;\r
 307 } else {\r
 308 if (command.oldds == null) {\r
 309 command.oldds =  new Array (command.seqs.length);\r
 310 }command.oldds[i] = command.seqs[i].getDatasetSequence ();\r
 311 var newds =  new jalview.datamodel.Sequence (command.seqs[i].getDatasetSequence ());\r
 312 var fullseq;\r
 313 var osp = newds.getSequenceAsString ();\r
 314 fullseq = osp.substring (0, ipos) + nogaprep + osp.substring (ipos + nogaprep.length);\r
 315 newds.setSequence (fullseq.toUpperCase ());\r
 316 command.seqs[i].setDatasetSequence (newds);\r
 317 }}tmp = null;\r
 318 oldstring = null;\r
 319 }\r
 320 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
 321 c$.adjustAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "adjustAnnotations", \r
 322 function (command, insert, modifyVisibility, views) {\r
 323 var annotations = null;\r
 324 if (modifyVisibility && !insert) {\r
 325 command.deletedAnnotationRows =  new java.util.Hashtable ();\r
 326 }if (command.fullAlignmentHeight) {\r
 327 annotations = command.al.getAlignmentAnnotation ();\r
 328 } else {\r
 329 var aSize = 0;\r
 330 var tmp;\r
 331 for (var s = 0; s < command.seqs.length; s++) {\r
 332 if (modifyVisibility) {\r
 333 if (!insert) {\r
 334 tmp = command.seqs[s].getAnnotation ();\r
 335 if (tmp != null) {\r
 336 var alen = tmp.length;\r
 337 for (var aa = 0; aa < tmp.length; aa++) {\r
 338 if (!command.al.deleteAnnotation (tmp[aa])) {\r
 339 tmp[aa] = null;\r
 340 alen--;\r
 341 }}\r
 342 command.seqs[s].setAlignmentAnnotation (null);\r
 343 if (alen != tmp.length) {\r
 344 var saved =  new Array (alen);\r
 345 for (var aa = 0, aapos = 0; aa < tmp.length; aa++) {\r
 346 if (tmp[aa] != null) {\r
 347 saved[aapos++] = tmp[aa];\r
 348 tmp[aa] = null;\r
 349 }}\r
 350 tmp = saved;\r
 351 command.deletedAnnotationRows.put (command.seqs[s], saved);\r
 352 for (var alview = 0; views != null && alview < views.length; alview++) {\r
 353 if (views[alview] !== command.al) {\r
 354 var toremove = views[alview].getAlignmentAnnotation ();\r
 355 if (toremove == null || toremove.length == 0) {\r
 356 continue;\r
 357 }for (var aa = 0; aa < toremove.length; aa++) {\r
 358 if (toremove[aa].sequenceRef === command.seqs[s]) {\r
 359 views[alview].deleteAnnotation (toremove[aa]);\r
 360 }}\r
 361 }}\r
 362 } else {\r
 363 command.deletedAnnotationRows.put (command.seqs[s], tmp);\r
 364 }}} else {\r
 365 if (command.deletedAnnotationRows != null && command.deletedAnnotationRows.containsKey (command.seqs[s])) {\r
 366 var revealed = command.deletedAnnotationRows.get (command.seqs[s]);\r
 367 command.seqs[s].setAlignmentAnnotation (revealed);\r
 368 if (revealed != null) {\r
 369 for (var aa = 0; aa < revealed.length; aa++) {\r
 370 command.al.addAnnotation (revealed[aa]);\r
 371 }\r
 372 for (var aa = 0; aa < revealed.length; aa++) {\r
 373 command.al.setAnnotationIndex (revealed[aa], aa);\r
 374 }\r
 375 for (var vnum = 0; views != null && vnum < views.length; vnum++) {\r
 376 if (views[vnum] !== command.al) {\r
 377 var avwidth = views[vnum].getWidth () + 1;\r
 378 for (var a = 0; a < revealed.length; a++) {\r
 379 var newann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (revealed[a]);\r
 380 command.seqs[s].addAlignmentAnnotation (newann);\r
 381 newann.padAnnotation (avwidth);\r
 382 views[vnum].addAnnotation (newann);\r
 383 views[vnum].setAnnotationIndex (newann, a);\r
 384 }\r
 385 }}\r
 386 }}}continue;\r
 387 }if (command.seqs[s].getAnnotation () == null) {\r
 388 continue;\r
 389 }if (aSize == 0) {\r
 390 annotations = command.seqs[s].getAnnotation ();\r
 391 } else {\r
 392 tmp =  new Array (aSize + command.seqs[s].getAnnotation ().length);\r
 393 System.arraycopy (annotations, 0, tmp, 0, aSize);\r
 394 System.arraycopy (command.seqs[s].getAnnotation (), 0, tmp, aSize, command.seqs[s].getAnnotation ().length);\r
 395 annotations = tmp;\r
 396 }aSize = annotations.length;\r
 397 }\r
 398 }if (annotations == null) {\r
 399 return;\r
 400 }if (!insert) {\r
 401 command.deletedAnnotations =  new java.util.Hashtable ();\r
 402 }var aSize;\r
 403 var temp;\r
 404 for (var a = 0; a < annotations.length; a++) {\r
 405 if (annotations[a].autoCalculated || annotations[a].annotations == null) {\r
 406 continue;\r
 407 }var tSize = 0;\r
 408 aSize = annotations[a].annotations.length;\r
 409 if (insert) {\r
 410 temp =  new Array (aSize + command.number);\r
 411 if (annotations[a].padGaps) {\r
 412 for (var aa = 0; aa < temp.length; aa++) {\r
 413 temp[aa] =  new jalview.datamodel.Annotation (command.gapChar + "", null, ' ', 0);\r
 414 }\r
 415 }} else {\r
 416 if (command.position < aSize) {\r
 417 if (command.position + command.number >= aSize) {\r
 418 tSize = aSize;\r
 419 } else {\r
 420 tSize = aSize - command.number;\r
 421 }} else {\r
 422 tSize = aSize;\r
 423 }if (tSize < 0) {\r
 424 tSize = aSize;\r
 425 }temp =  new Array (tSize);\r
 426 }if (insert) {\r
 427 if (command.position < annotations[a].annotations.length) {\r
 428 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, command.position);\r
 429 if (command.deletedAnnotations != null && command.deletedAnnotations.containsKey (annotations[a].annotationId)) {\r
 430 var restore = command.deletedAnnotations.get (annotations[a].annotationId);\r
 431 System.arraycopy (restore, 0, temp, command.position, command.number);\r
 432 }System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, temp, command.position + command.number, aSize - command.position);\r
 433 } else {\r
 434 if (command.deletedAnnotations != null && command.deletedAnnotations.containsKey (annotations[a].annotationId)) {\r
 435 var restore = command.deletedAnnotations.get (annotations[a].annotationId);\r
 436 temp =  new Array (annotations[a].annotations.length + restore.length);\r
 437 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, annotations[a].annotations.length);\r
 438 System.arraycopy (restore, 0, temp, annotations[a].annotations.length, restore.length);\r
 439 } else {\r
 440 temp = annotations[a].annotations;\r
 441 }}} else {\r
 442 if (tSize != aSize || command.position < 2) {\r
 443 var copylen = Math.min (command.position, annotations[a].annotations.length);\r
 444 if (copylen > 0) {\r
 445 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, copylen);\r
 446 }var deleted =  new Array (command.number);\r
 447 if (copylen >= command.position) {\r
 448 copylen = Math.min (command.number, annotations[a].annotations.length - command.position);\r
 449 if (copylen > 0) {\r
 450 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, deleted, 0, copylen);\r
 451 }}command.deletedAnnotations.put (annotations[a].annotationId, deleted);\r
 452 if (annotations[a].annotations.length > command.position + command.number) {\r
 453 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position + command.number, temp, command.position, annotations[a].annotations.length - command.position - command.number);\r
 454 }} else {\r
 455 var dSize = aSize - command.position;\r
 456 if (dSize > 0) {\r
 457 var deleted =  new Array (command.number);\r
 458 System.arraycopy (annotations[a].annotations, command.position, deleted, 0, dSize);\r
 459 command.deletedAnnotations.put (annotations[a].annotationId, deleted);\r
 460 tSize = Math.min (annotations[a].annotations.length, command.position);\r
 461 temp =  new Array (tSize);\r
 462 System.arraycopy (annotations[a].annotations, 0, temp, 0, tSize);\r
 463 } else {\r
 464 temp = annotations[a].annotations;\r
 465 }}}annotations[a].annotations = temp;\r
 466 }\r
 467 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,~B,~A");\r
 468 c$.adjustFeatures = Clazz.defineMethod (c$, "adjustFeatures", \r
 469 function (command, index, i, j, insert) {\r
 470 var seq = command.seqs[index];\r
 471 var sequence = seq.getDatasetSequence ();\r
 472 if (sequence == null) {\r
 473 sequence = seq;\r
 474 }if (insert) {\r
 475 if (command.editedFeatures != null && command.editedFeatures.containsKey (seq)) {\r
 476 sequence.setSequenceFeatures (command.editedFeatures.get (seq));\r
 477 }return;\r
 478 }var sf = sequence.getSequenceFeatures ();\r
 479 if (sf == null) {\r
 480 return;\r
 481 }var oldsf =  new Array (sf.length);\r
 482 var cSize = j - i;\r
 483 for (var s = 0; s < sf.length; s++) {\r
 484 var copy =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf[s]);\r
 485 oldsf[s] = copy;\r
 486 if (sf[s].getEnd () < i) {\r
 487 continue;\r
 488 }if (sf[s].getBegin () > j) {\r
 489 sf[s].setBegin (copy.getBegin () - cSize);\r
 490 sf[s].setEnd (copy.getEnd () - cSize);\r
 491 continue;\r
 492 }if (sf[s].getBegin () >= i) {\r
 493 sf[s].setBegin (i);\r
 494 }if (sf[s].getEnd () < j) {\r
 495 sf[s].setEnd (j - 1);\r
 496 }sf[s].setEnd (sf[s].getEnd () - (cSize));\r
 497 if (sf[s].getBegin () > sf[s].getEnd ()) {\r
 498 sequence.deleteFeature (sf[s]);\r
 499 }}\r
 500 if (command.editedFeatures == null) {\r
 501 command.editedFeatures =  new java.util.Hashtable ();\r
 502 }command.editedFeatures.put (seq, oldsf);\r
 503 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~N,~N,~N,~B");\r
 504 Clazz.defineMethod (c$, "getEdits", \r
 505 function () {\r
 506 return this.edits;\r
 507 });\r
 508 Clazz.defineMethod (c$, "priorState", \r
 509 function (forUndo) {\r
 510 var result =  new java.util.HashMap ();\r
 511 if (this.getEdits () == null) {\r
 512 return result;\r
 513 }if (forUndo) {\r
 514 for (var e, $e = this.getEdits ().iterator (); $e.hasNext () && ((e = $e.next ()) || true);) {\r
 515 for (var seq, $seq = 0, $$seq = e.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
 516 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
 517 var preEdit = result.get (ds);\r
 518 if (preEdit == null) {\r
 519 preEdit =  new jalview.datamodel.Sequence ("", seq.getSequenceAsString ());\r
 520 preEdit.setDatasetSequence (ds);\r
 521 result.put (ds, preEdit);\r
 522 }}\r
 523 }\r
 524 return result;\r
 525 }var edits =  new jalview.util.ReverseListIterator (this.getEdits ());\r
 526 while (edits.hasNext ()) {\r
 527 var oldEdit = edits.next ();\r
 528 var action = oldEdit.getAction ();\r
 529 var position = oldEdit.getPosition ();\r
 530 var number = oldEdit.getNumber ();\r
 531 var gap = oldEdit.getGapCharacter ();\r
 532 for (var seq, $seq = 0, $$seq = oldEdit.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
 533 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
 534 var preEdit = result.get (ds);\r
 535 if (preEdit == null) {\r
 536 preEdit =  new jalview.datamodel.Sequence ("", seq.getSequenceAsString ());\r
 537 preEdit.setDatasetSequence (ds);\r
 538 result.put (ds, preEdit);\r
 539 }if (ds != null) {\r
 540 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {\r
 541 preEdit.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (preEdit.getSequence (), position, number, gap)));\r
 542 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {\r
 543 preEdit.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (preEdit.getSequence (), position, position + number)));\r
 544 } else {\r
 545 System.err.println ("Can't undo edit action " + action);\r
 546 }}}\r
 547 }\r
 548 return result;\r
 549 }, "~B");\r
 550 Clazz.defineMethod (c$, "getEditIterator", \r
 551 function (forwards) {\r
 552 if (forwards) {\r
 553 return this.getEdits ().iterator ();\r
 554 } else {\r
 555 return  new jalview.util.ReverseListIterator (this.getEdits ());\r
 556 }}, "~B");\r
 557 c$.$EditCommand$Edit$ = function () {\r
 558 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 559 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 560 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 561 this.oldds = null;\r
 562 this.fullAlignmentHeight = false;\r
 563 this.deletedAnnotationRows = null;\r
 564 this.deletedAnnotations = null;\r
 565 this.editedFeatures = null;\r
 566 this.al = null;\r
 567 this.command = null;\r
 568 this.string = null;\r
 569 this.seqs = null;\r
 570 this.alIndex = null;\r
 571 this.position = 0;\r
 572 this.number = 0;\r
 573 this.gapChar = '\0';\r
 574 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 575 }, jalview.commands.EditCommand, "Edit");\r
 576 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 577 function (a, b, c, d, e) {\r
 578 this.command = a;\r
 579 this.seqs = b;\r
 580 this.position = c;\r
 581 this.number = d;\r
 582 this.gapChar = e;\r
 583 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,~S");\r
 584 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 585 function (a, b, c, d, e) {\r
 586 this.gapChar = e.getGapCharacter ();\r
 587 this.command = a;\r
 588 this.seqs = b;\r
 589 this.position = c;\r
 590 this.number = d;\r
 591 this.al = e;\r
 592 this.alIndex =  Clazz.newIntArray (b.length, 0);\r
 593 for (var f = 0; f < b.length; f++) {\r
 594 this.alIndex[f] = e.findIndex (b[f]);\r
 595 }\r
 596 this.fullAlignmentHeight = (e.getHeight () == b.length);\r
 597 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 598 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 599 function (a, b, c, d, e, f) {\r
 600 this.command = a;\r
 601 this.seqs = b;\r
 602 this.position = c;\r
 603 this.number = d;\r
 604 this.al = e;\r
 605 this.gapChar = e.getGapCharacter ();\r
 606 this.string =  Clazz.newCharArray (b.length, '\0');\r
 607 for (var g = 0; g < b.length; g++) {\r
 608 this.string[g] = f.toCharArray ();\r
 609 }\r
 610 this.fullAlignmentHeight = (e.getHeight () == b.length);\r
 611 }, "jalview.commands.EditCommand.Action,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,~S");\r
 612 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
 613 function () {\r
 614 return this.seqs;\r
 615 });\r
 616 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition", \r
 617 function () {\r
 618 return this.position;\r
 619 });\r
 620 Clazz.defineMethod (c$, "getAction", \r
 621 function () {\r
 622 return this.command;\r
 623 });\r
 624 Clazz.defineMethod (c$, "getNumber", \r
 625 function () {\r
 626 return this.number;\r
 627 });\r
 628 Clazz.defineMethod (c$, "getGapCharacter", \r
 629 function () {\r
 630 return this.gapChar;\r
 631 });\r
 632 c$ = Clazz.p0p ();\r
 633 };\r
 634 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 635 c$ = Clazz.declareType (jalview.commands.EditCommand, "Action", Enum);\r
 636 Clazz.defineMethod (c$, "getUndoAction", \r
 637 function () {\r
 638 switch (this) {\r
 639 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP:\r
 640 return jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP;\r
 641 case jalview.commands.EditCommand.Action.CUT:\r
 642 return jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE;\r
 643 case jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP:\r
 644 return jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP;\r
 645 case jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_NUC:\r
 646 return null;\r
 647 case jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE:\r
 648 return jalview.commands.EditCommand.Action.CUT;\r
 649 case jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE:\r
 650 return jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE;\r
 651 }\r
 652 return null;\r
 653 });\r
 654 Clazz.defineEnumConstant (c$, "INSERT_GAP", 0, []);\r
 655 Clazz.defineEnumConstant (c$, "DELETE_GAP", 1, []);\r
 656 Clazz.defineEnumConstant (c$, "CUT", 2, []);\r
 657 Clazz.defineEnumConstant (c$, "PASTE", 3, []);\r
 658 Clazz.defineEnumConstant (c$, "REPLACE", 4, []);\r
 659 Clazz.defineEnumConstant (c$, "INSERT_NUC", 5, []);\r
 660 c$ = Clazz.p0p ();\r
 661 });\r