site/j2s/jalview/commands/RemoveGapsCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");\r
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.RemoveGapsCommand", ["jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.commands, "RemoveGapsCommand", jalview.commands.EditCommand);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function (description, seqs, al) {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapsCommand, []);\r
   7 this.description = description;\r
   8 var width = 0;\r
   9 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  10 if (seqs[i].getLength () > width) {\r
  11 width = seqs[i].getLength ();\r
  12 }}\r
  13 this.findGaps (seqs, 0, width, al);\r
  14 }, "~S,~A,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (description, seqs, start, end, al) {\r
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.RemoveGapsCommand, []);\r
  18 this.description = description;\r
  19 this.findGaps (seqs, start, end, al);\r
  20 }, "~S,~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "findGaps", \r
  22 function (seqs, start, end, al) {\r
  23 var startCol = -1;\r
  24 var endCol = -1;\r
  25 var deletedCols = 0;\r
  26 var j;\r
  27 var jSize;\r
  28 this.clearEdits ();\r
  29 var $delete = true;\r
  30 var sequence;\r
  31 for (var s = 0; s < seqs.length; s++) {\r
  32 deletedCols = 0;\r
  33 startCol = -1;\r
  34 endCol = -1;\r
  35 sequence = seqs[s].getSequence (start, end + 1);\r
  36 jSize = sequence.length;\r
  37 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  38 $delete = true;\r
  39 if (!jalview.util.Comparison.isGap (sequence[j])) {\r
  40 if ($delete) {\r
  41 endCol = j;\r
  42 }$delete = false;\r
  43 }if ($delete && startCol == -1) {\r
  44 startCol = j;\r
  45 }if (!$delete && startCol > -1) {\r
  46 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seqs[s]]), start + startCol - deletedCols, endCol - startCol, al, false, null);\r
  47 deletedCols += (endCol - startCol);\r
  48 startCol = -1;\r
  49 endCol = -1;\r
  50 }}\r
  51 if ($delete && startCol > -1) {\r
  52 this.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seqs[s]]), start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al, false, null);\r
  53 }}\r
  54 this.performEdit (0, null);\r
  55 }, "~A,~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  56 });\r