site/j2s/jalview/controller/AlignViewController.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.controller");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignViewControllerI"], "jalview.controller.AlignViewController", ["jalview.analysis.AlignmentSorter", "$.Grouping", "jalview.commands.OrderCommand", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "jalview.io.FeaturesFile", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList", "$.BitSet"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.viewport = null;
   5 this.alignPanel = null;
   6 this.avcg = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.controller, "AlignViewController", null, jalview.api.AlignViewControllerI);
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize",
  10 function () {
  11 this.viewport = null;
  12 this.alignPanel = null;
  13 this.avcg = null;
  14 });
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (alignFrame, viewport, alignPanel) {
  17 this.avcg = alignFrame;
  18 this.viewport = viewport;
  19 this.alignPanel = alignPanel;
  20 }, "jalview.api.AlignViewControllerGuiI,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  21 Clazz.overrideMethod (c$, "setViewportAndAlignmentPanel",
  22 function (viewport, alignPanel) {
  23 this.alignPanel = alignPanel;
  24 this.viewport = viewport;
  25 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "makeGroupsFromSelection",
  27 function () {
  28 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();
  29 var cs = this.viewport.getColumnSelection ();
  30 var gps = null;
  31 if (sg != null && (cs == null || cs.getSelected () == null || cs.size () == 0)) {
  32 gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom (this.viewport.getSequenceSelection (), this.viewport.getAlignmentView (true).getSequenceStrings (this.viewport.getGapCharacter ()), this.viewport.getAlignment ().getGroups ());
  33 } else {
  34 if (cs != null) {
  35 gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols ((sg == null) ? this.viewport.getAlignment ().getSequencesArray () : sg.getSequences ().toArray ( new Array (0)), cs, this.viewport.getAlignment ().getGroups ());
  36 }}if (gps != null) {
  37 this.viewport.getAlignment ().deleteAllGroups ();
  38 this.viewport.clearSequenceColours ();
  39 this.viewport.setSelectionGroup (null);
  40 for (var g = 0; g < gps.length; g++) {
  41 gps[g].setshowSequenceLogo (this.viewport.isShowSequenceLogo ());
  42 this.viewport.getAlignment ().addGroup (gps[g]);
  43 var col =  new java.awt.Color (Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255));
  44 col = col.brighter ();
  45 for (var sq, $sq = gps[g].getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
  46 this.viewport.setSequenceColour (sq, col);
  47 }
  48 }
  49 return true;
  50 }return false;
  51 });
  52 Clazz.overrideMethod (c$, "createGroup",
  53 function () {
  54 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();
  55 if (sg != null) {
  56 this.viewport.getAlignment ().addGroup (sg);
  57 return true;
  58 }return false;
  59 });
  60 Clazz.overrideMethod (c$, "unGroup",
  61 function () {
  62 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();
  63 if (sg != null) {
  64 this.viewport.getAlignment ().deleteGroup (sg);
  65 return true;
  66 }return false;
  67 });
  68 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteGroups",
  69 function () {
  70 if (this.viewport.getAlignment ().getGroups () != null && this.viewport.getAlignment ().getGroups ().size () > 0) {
  71 this.viewport.getAlignment ().deleteAllGroups ();
  72 this.viewport.clearSequenceColours ();
  73 this.viewport.setSelectionGroup (null);
  74 return true;
  75 }return false;
  76 });
  77 Clazz.overrideMethod (c$, "markColumnsContainingFeatures",
  78 function (invert, extendCurrent, toggle, featureType) {
  79 var bs =  new java.util.BitSet ();
  80 var alw;
  81 var alStart;
  82 var sqcol = (this.viewport.getSelectionGroup () == null ? this.viewport.getAlignment () : this.viewport.getSelectionGroup ());
  83 alStart = sqcol.getStartRes ();
  84 alw = sqcol.getEndRes () + 1;
  85 var seqs = sqcol.getSequences ();
  86 var nseq = 0;
  87 for (var sq, $sq = seqs.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
  88 var tfeat = 0;
  89 if (sq != null) {
  90 var sf = sq.getSequenceFeatures ();
  91 if (sf != null) {
  92 var ist = sq.findIndex (sq.getStart ());
  93 var iend = sq.findIndex (sq.getEnd ());
  94 if (iend < alStart || ist > alw) {
  95 continue;
  96 }for (var sfpos, $sfpos = 0, $$sfpos = sf; $sfpos < $$sfpos.length && ((sfpos = $$sfpos[$sfpos]) || true); $sfpos++) {
  97 if (sfpos != null && (featureType.equals (sfpos.getType ()))) {
  98 tfeat++;
  99 var i = sq.findIndex (sfpos.getBegin ());
 100 var j = sq.findIndex (sfpos.getEnd ());
 101 if (j < alStart || i > alw) {
 102 continue;
 103 }if (i < alStart) {
 104 i = alStart;
 105 }if (i < ist) {
 106 i = ist;
 107 }if (j > alw) {
 108 j = alw;
 109 }for (; i <= j; i++) {
 110 bs.set (i - 1);
 111 }
 112 }}
 113 }if (tfeat > 0) {
 114 nseq++;
 115 }}}
 116 var cs = this.viewport.getColumnSelection ();
 117 if (bs.cardinality () > 0 || invert) {
 118 if (cs == null) {
 119 cs =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 120 } else {
 121 if (!extendCurrent) {
 122 cs.clear ();
 123 }}if (invert) {
 124 for (var i = bs.nextClearBit (alStart), ibs = bs.nextSetBit (alStart); i >= alStart && i < (alw); ) {
 125 if (ibs < 0 || i < ibs) {
 126 if (toggle && cs.contains (i)) {
 127 cs.removeElement (i++);
 128 } else {
 129 cs.addElement (i++);
 130 }} else {
 131 i = bs.nextClearBit (ibs);
 132 ibs = bs.nextSetBit (i);
 133 }}
 134 } else {
 135 for (var i = bs.nextSetBit (alStart); i >= alStart; i = bs.nextSetBit (i + 1)) {
 136 if (toggle && cs.contains (i)) {
 137 cs.removeElement (i);
 138 } else {
 139 cs.addElement (i);
 140 }}
 141 }this.viewport.setColumnSelection (cs);
 142 this.alignPanel.paintAlignment (true);
 143 this.avcg.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.view_controller_toggled_marked",  Clazz.newArray (-1, [(toggle ? jalview.util.MessageManager.getString ("label.toggled") : jalview.util.MessageManager.getString ("label.marked")), (invert ? (Integer.$valueOf ((alw - alStart) - bs.cardinality ()).toString ()) : (Integer.$valueOf (bs.cardinality ()).toString ())), featureType, Integer.$valueOf (nseq).toString ()])));
 144 return true;
 145 } else {
 146 this.avcg.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.no_feature_of_type_found",  Clazz.newArray (-1, [featureType])));
 147 if (!extendCurrent && cs != null) {
 148 cs.clear ();
 149 this.alignPanel.paintAlignment (true);
 150 }return false;
 151 }}, "~B,~B,~B,~S");
 152 Clazz.overrideMethod (c$, "sortAlignmentByFeatureDensity",
 153 function (typ) {
 154 this.sortBy (typ, "Sort by Density", jalview.analysis.AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 155 }, "~A");
 156 Clazz.defineMethod (c$, "sortBy",
 157 function (typ, methodText, method) {
 158 var fr = this.alignPanel.getFeatureRenderer ();
 159 if (typ == null) {
 160 typ = fr == null ? null : fr.getDisplayedFeatureTypes ();
 161 }var gps = null;
 162 gps = fr == null ? null : fr.getDisplayedFeatureGroups ();
 163 if (typ != null) {
 164 var types =  new java.util.ArrayList ();
 165 for (var i = 0; i < typ.length; i++) {
 166 if (typ[i] != null) {
 167 types.add (typ[i]);
 168 }typ =  new Array (types.size ());
 169 types.toArray (typ);
 170 }
 171 }if (gps != null) {
 172 var grps =  new java.util.ArrayList ();
 173 for (var i = 0; i < gps.length; i++) {
 174 if (gps[i] != null) {
 175 grps.add (gps[i]);
 176 }}
 177 gps =  new Array (grps.size ());
 178 grps.toArray (gps);
 179 }var al = this.viewport.getAlignment ();
 180 var start;
 181 var stop;
 182 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();
 183 if (sg != null) {
 184 start = sg.getStartRes ();
 185 stop = sg.getEndRes ();
 186 } else {
 187 start = 0;
 188 stop = al.getWidth ();
 189 }var oldOrder = al.getSequencesArray ();
 190 jalview.analysis.AlignmentSorter.sortByFeature (typ, gps, start, stop, al, method);
 191 this.avcg.addHistoryItem ( new jalview.commands.OrderCommand (methodText, oldOrder, this.viewport.getAlignment ()));
 192 this.alignPanel.paintAlignment (true);
 193 }, "~A,~S,~S");
 194 Clazz.overrideMethod (c$, "sortAlignmentByFeatureScore",
 195 function (typ) {
 196 this.sortBy (typ, "Sort by Feature Score", jalview.analysis.AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 197 }, "~A");
 198 Clazz.overrideMethod (c$, "parseFeaturesFile",
 199 function (file, protocol, relaxedIdMatching) {
 200 var featuresFile = false;
 201 try {
 202 featuresFile =  new jalview.io.FeaturesFile (file, protocol).parse (this.viewport.getAlignment ().getDataset (), this.alignPanel.getFeatureRenderer ().getFeatureColours (), false, relaxedIdMatching);
 203 } catch (ex) {
 204 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 205 ex.printStackTrace ();
 206 } else {
 207 throw ex;
 208 }
 209 }
 210 if (featuresFile) {
 211 this.avcg.refreshFeatureUI (true);
 212 if (this.alignPanel.getFeatureRenderer () != null) {
 213 this.alignPanel.getFeatureRenderer ().findAllFeatures (true);
 214 }if (this.avcg.getFeatureSettingsUI () != null) {
 215 this.avcg.getFeatureSettingsUI ().discoverAllFeatureData ();
 216 }this.alignPanel.paintAlignment (true);
 217 }return featuresFile;
 218 }, "~S,~S,~B");
 219 });