site/j2s/jalview/datamodel/Alignment.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AlignmentI", "$.HiddenSequences", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.LinkedHashSet"], "jalview.datamodel.Alignment", ["jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.CigarArray", "$.SeqCigar", "$.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "java.util.HashSet", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.dataset = null;\r
   5 this.sequences = null;\r
   6 this.groups = null;\r
   7 this.gapCharacter = '-';\r
   8 this.type = 1;\r
   9 this.$hasRNAStructure = false;\r
  10 this.annotations = null;\r
  11 this.hiddenSequences = null;\r
  12 this.alignmentProperties = null;\r
  13 this.codonFrameList = null;\r
  14 this.alignmentRefs = 0;\r
  15 this.seqrep = null;\r
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  17 }, jalview.datamodel, "Alignment", null, jalview.datamodel.AlignmentI);\r
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  19 this.groups = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());\r
  20 this.hiddenSequences =  new jalview.datamodel.HiddenSequences (this);\r
  21 this.codonFrameList =  new java.util.LinkedHashSet ();\r
  22 });\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "initAlignment", \r
  24  function (seqs) {\r
  25 var i = 0;\r
  26 if (jalview.util.Comparison.isNucleotide (seqs)) {\r
  27 this.type = 1;\r
  28 } else {\r
  29 this.type = 0;\r
  30 }this.sequences = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());\r
  31 for (i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  32 this.sequences.add (seqs[i]);\r
  33 }\r
  34 }, "~A");\r
  35 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  36 function (al) {\r
  37 var seqs = al.getSequencesArray ();\r
  38 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  39 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (seqs[i]);\r
  40 }\r
  41 this.codonFrameList = (al).codonFrameList;\r
  42 this.initAlignment (seqs);\r
  43 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  44 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  45 function (seqs) {\r
  46 this.initAlignment (seqs);\r
  47 }, "~A");\r
  48 c$.createAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "createAlignment", \r
  49 function (compactAlignment) {\r
  50 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.alignment_cigararray_not_implemented"));\r
  51 }, "jalview.datamodel.CigarArray");\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
  53 function () {\r
  54 return this.sequences;\r
  55 });\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
  57 function (hiddenReps) {\r
  58 return this.sequences;\r
  59 }, "java.util.Map");\r
  60 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesArray", \r
  61 function () {\r
  62 if (this.sequences == null) {\r
  63 return null;\r
  64 }{\r
  65 return this.sequences.toArray ( new Array (this.sequences.size ()));\r
  66 }});\r
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequencesByName", \r
  68 function () {\r
  69 return jalview.analysis.AlignmentUtils.getSequencesByName (this);\r
  70 });\r
  71 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceAt", \r
  72 function (i) {\r
  73 {\r
  74 if (i > -1 && i < this.sequences.size ()) {\r
  75 return this.sequences.get (i);\r
  76 }}return null;\r
  77 }, "~N");\r
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "addSequence", \r
  79 function (snew) {\r
  80 if (this.dataset != null) {\r
  81 if (snew.getDatasetSequence () != null) {\r
  82 this.getDataset ().addSequence (snew.getDatasetSequence ());\r
  83 } else {\r
  84 var adding = snew.deriveSequence ();\r
  85 this.getDataset ().addSequence (adding.getDatasetSequence ());\r
  86 snew = adding;\r
  87 }}if (this.sequences == null) {\r
  88 this.initAlignment ( Clazz.newArray (-1, [snew]));\r
  89 } else {\r
  90 {\r
  91 this.sequences.add (snew);\r
  92 }}if (this.hiddenSequences != null) {\r
  93 this.hiddenSequences.adjustHeightSequenceAdded ();\r
  94 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  95 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceAt", \r
  96 function (i, snew) {\r
  97 {\r
  98 this.deleteSequence (i);\r
  99 this.sequences.set (i, snew);\r
 100 }}, "~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 101 Clazz.defineMethod (c$, "getGroups", \r
 102 function () {\r
 103 return this.groups;\r
 104 });\r
 105 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize", \r
 106 function () {\r
 107 if (this.getDataset () != null) {\r
 108 this.getDataset ().removeAlignmentRef ();\r
 109 }this.dataset = null;\r
 110 this.sequences = null;\r
 111 this.groups = null;\r
 112 this.annotations = null;\r
 113 this.hiddenSequences = null;\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "removeAlignmentRef", \r
 116  function () {\r
 117 if (--this.alignmentRefs == 0) {\r
 118 this.finalize ();\r
 119 }});\r
 120 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence", \r
 121 function (s) {\r
 122 this.deleteSequence (this.findIndex (s));\r
 123 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 124 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence", \r
 125 function (i) {\r
 126 if (i > -1 && i < this.getHeight ()) {\r
 127 {\r
 128 this.sequences.remove (i);\r
 129 this.hiddenSequences.adjustHeightSequenceDeleted (i);\r
 130 }}}, "~N");\r
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "findGroup", \r
 132 function (s) {\r
 133 {\r
 134 for (var i = 0; i < this.groups.size (); i++) {\r
 135 var sg = this.groups.get (i);\r
 136 if (sg.getSequences (null).contains (s)) {\r
 137 return sg;\r
 138 }}\r
 139 }return null;\r
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 141 Clazz.overrideMethod (c$, "findAllGroups", \r
 142 function (s) {\r
 143 var temp =  new java.util.ArrayList ();\r
 144 {\r
 145 var gSize = this.groups.size ();\r
 146 for (var i = 0; i < gSize; i++) {\r
 147 var sg = this.groups.get (i);\r
 148 if (sg == null || sg.getSequences () == null) {\r
 149 this.deleteGroup (sg);\r
 150 gSize--;\r
 151 continue;\r
 152 }if (sg.getSequences ().contains (s)) {\r
 153 temp.add (sg);\r
 154 }}\r
 155 }var ret =  new Array (temp.size ());\r
 156 return temp.toArray (ret);\r
 157 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 158 Clazz.overrideMethod (c$, "addGroup", \r
 159 function (sg) {\r
 160 {\r
 161 if (!this.groups.contains (sg)) {\r
 162 if (this.hiddenSequences.getSize () > 0) {\r
 163 var i;\r
 164 var iSize = sg.getSize ();\r
 165 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 166 if (!this.sequences.contains (sg.getSequenceAt (i))) {\r
 167 sg.deleteSequence (sg.getSequenceAt (i), false);\r
 168 iSize--;\r
 169 i--;\r
 170 }}\r
 171 if (sg.getSize () < 1) {\r
 172 return;\r
 173 }}sg.setContext (this);\r
 174 this.groups.add (sg);\r
 175 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 176 Clazz.defineMethod (c$, "removeAnnotationForGroup", \r
 177  function (gp) {\r
 178 if (this.annotations == null || this.annotations.length == 0) {\r
 179 return;\r
 180 }var t;\r
 181 var todelete =  new Array (this.annotations.length);\r
 182 var tokeep =  new Array (this.annotations.length);\r
 183 var i;\r
 184 var p;\r
 185 var k;\r
 186 if (gp == null) {\r
 187 for (i = 0, p = 0, k = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 188 if (this.annotations[i].groupRef != null) {\r
 189 todelete[p++] = this.annotations[i];\r
 190 } else {\r
 191 tokeep[k++] = this.annotations[i];\r
 192 }}\r
 193 } else {\r
 194 for (i = 0, p = 0, k = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 195 if (this.annotations[i].groupRef === gp) {\r
 196 todelete[p++] = this.annotations[i];\r
 197 } else {\r
 198 tokeep[k++] = this.annotations[i];\r
 199 }}\r
 200 }if (p > 0) {\r
 201 for (i = 0; i < p; i++) {\r
 202 this.unhookAnnotation (todelete[i]);\r
 203 todelete[i] = null;\r
 204 }\r
 205 t =  new Array (k);\r
 206 for (i = 0; i < k; i++) {\r
 207 t[i] = tokeep[i];\r
 208 }\r
 209 this.annotations = t;\r
 210 }}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 211 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteAllGroups", \r
 212 function () {\r
 213 {\r
 214 if (this.annotations != null) {\r
 215 this.removeAnnotationForGroup (null);\r
 216 }for (var sg, $sg = this.groups.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 217 sg.setContext (null);\r
 218 }\r
 219 this.groups.clear ();\r
 220 }});\r
 221 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteGroup", \r
 222 function (g) {\r
 223 {\r
 224 if (this.groups.contains (g)) {\r
 225 this.removeAnnotationForGroup (g);\r
 226 this.groups.remove (g);\r
 227 g.setContext (null);\r
 228 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "findName", \r
 230 function (name) {\r
 231 return this.findName (name, false);\r
 232 }, "~S");\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "findName", \r
 234 function (token, b) {\r
 235 return this.findName (null, token, b);\r
 236 }, "~S,~B");\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "findName", \r
 238 function (startAfter, token, b) {\r
 239 var i = 0;\r
 240 var sq = null;\r
 241 var sqname = null;\r
 242 if (startAfter != null) {\r
 243 var matched = false;\r
 244 while (i < this.sequences.size ()) {\r
 245 if (this.getSequenceAt (i++) === startAfter) {\r
 246 matched = true;\r
 247 break;\r
 248 }}\r
 249 if (!matched) {\r
 250 i = 0;\r
 251 }}while (i < this.sequences.size ()) {\r
 252 sq = this.getSequenceAt (i);\r
 253 sqname = sq.getName ();\r
 254 if (sqname.equals (token) || (b && (sqname.equalsIgnoreCase (token)))) {\r
 255 return this.getSequenceAt (i);\r
 256 }i++;\r
 257 }\r
 258 return null;\r
 259 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~B");\r
 260 Clazz.overrideMethod (c$, "findSequenceMatch", \r
 261 function (name) {\r
 262 var matches =  new java.util.Vector ();\r
 263 var i = 0;\r
 264 while (i < this.sequences.size ()) {\r
 265 if (this.getSequenceAt (i).getName ().equals (name)) {\r
 266 matches.addElement (this.getSequenceAt (i));\r
 267 }i++;\r
 268 }\r
 269 var result =  new Array (matches.size ());\r
 270 for (i = 0; i < result.length; i++) {\r
 271 result[i] = matches.elementAt (i);\r
 272 }\r
 273 return result;\r
 274 }, "~S");\r
 275 Clazz.defineMethod (c$, "findIndex", \r
 276 function (s) {\r
 277 var i = 0;\r
 278 while (i < this.sequences.size ()) {\r
 279 if (s === this.getSequenceAt (i)) {\r
 280 return i;\r
 281 }i++;\r
 282 }\r
 283 return -1;\r
 284 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 285 Clazz.defineMethod (c$, "findIndex", \r
 286 function (results) {\r
 287 var i = 0;\r
 288 while (i < this.sequences.size ()) {\r
 289 if (results.involvesSequence (this.getSequenceAt (i))) {\r
 290 return i;\r
 291 }i++;\r
 292 }\r
 293 return -1;\r
 294 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 295 Clazz.overrideMethod (c$, "getHeight", \r
 296 function () {\r
 297 return this.sequences.size ();\r
 298 });\r
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "getWidth", \r
 300 function () {\r
 301 var maxLength = -1;\r
 302 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 303 if (this.getSequenceAt (i).getLength () > maxLength) {\r
 304 maxLength = this.getSequenceAt (i).getLength ();\r
 305 }}\r
 306 return maxLength;\r
 307 });\r
 308 Clazz.overrideMethod (c$, "setGapCharacter", \r
 309 function (gc) {\r
 310 this.gapCharacter = gc;\r
 311 {\r
 312 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 313 seq.setSequence (seq.getSequenceAsString ().$replace ('.', gc).$replace ('-', gc).$replace (' ', gc));\r
 314 }\r
 315 }}, "~S");\r
 316 Clazz.defineMethod (c$, "getGapCharacter", \r
 317 function () {\r
 318 return this.gapCharacter;\r
 319 });\r
 320 Clazz.defineMethod (c$, "isAligned", \r
 321 function () {\r
 322 return this.isAligned (false);\r
 323 });\r
 324 Clazz.defineMethod (c$, "isAligned", \r
 325 function (includeHidden) {\r
 326 var width = this.getWidth ();\r
 327 if (this.hiddenSequences == null || this.hiddenSequences.getSize () == 0) {\r
 328 includeHidden = true;\r
 329 }for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 330 if (includeHidden || !this.hiddenSequences.isHidden (this.getSequenceAt (i))) {\r
 331 if (this.getSequenceAt (i).getLength () != width) {\r
 332 return false;\r
 333 }}}\r
 334 return true;\r
 335 }, "~B");\r
 336 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteAllAnnotations", \r
 337 function (includingAutoCalculated) {\r
 338 var result = false;\r
 339 for (var alan, $alan = 0, $$alan = this.getAlignmentAnnotation (); $alan < $$alan.length && ((alan = $$alan[$alan]) || true); $alan++) {\r
 340 if (!alan.autoCalculated || includingAutoCalculated) {\r
 341 this.deleteAnnotation (alan);\r
 342 result = true;\r
 343 }}\r
 344 return result;\r
 345 }, "~B");\r
 346 Clazz.defineMethod (c$, "deleteAnnotation", \r
 347 function (aa) {\r
 348 return this.deleteAnnotation (aa, true);\r
 349 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 350 Clazz.defineMethod (c$, "deleteAnnotation", \r
 351 function (aa, unhook) {\r
 352 var aSize = 1;\r
 353 if (this.annotations != null) {\r
 354 aSize = this.annotations.length;\r
 355 }if (aSize < 1) {\r
 356 return false;\r
 357 }var temp =  new Array (aSize - 1);\r
 358 var swap = false;\r
 359 var tIndex = 0;\r
 360 for (var i = 0; i < aSize; i++) {\r
 361 if (this.annotations[i] === aa) {\r
 362 swap = true;\r
 363 continue;\r
 364 }if (tIndex < temp.length) {\r
 365 temp[tIndex++] = this.annotations[i];\r
 366 }}\r
 367 if (swap) {\r
 368 this.annotations = temp;\r
 369 if (unhook) {\r
 370 this.unhookAnnotation (aa);\r
 371 }}return swap;\r
 372 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~B");\r
 373 Clazz.defineMethod (c$, "unhookAnnotation", \r
 374  function (aa) {\r
 375 if (aa.sequenceRef != null) {\r
 376 aa.sequenceRef.removeAlignmentAnnotation (aa);\r
 377 }if (aa.groupRef != null) {\r
 378 aa.groupRef = null;\r
 379 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 380 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotation", \r
 381 function (aa) {\r
 382 this.addAnnotation (aa, -1);\r
 383 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 384 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotation", \r
 385 function (aa, pos) {\r
 386 if (aa.getRNAStruc () != null) {\r
 387 this.$hasRNAStructure = true;\r
 388 }var aSize = 1;\r
 389 if (this.annotations != null) {\r
 390 aSize = this.annotations.length + 1;\r
 391 }var temp =  new Array (aSize);\r
 392 var i = 0;\r
 393 if (pos == -1 || pos >= aSize) {\r
 394 temp[aSize - 1] = aa;\r
 395 } else {\r
 396 temp[pos] = aa;\r
 397 }if (aSize > 1) {\r
 398 var p = 0;\r
 399 for (i = 0; i < (aSize - 1); i++, p++) {\r
 400 if (p == pos) {\r
 401 p++;\r
 402 }if (p < temp.length) {\r
 403 temp[p] = this.annotations[i];\r
 404 }}\r
 405 }this.annotations = temp;\r
 406 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");\r
 407 Clazz.overrideMethod (c$, "setAnnotationIndex", \r
 408 function (aa, index) {\r
 409 if (aa == null || this.annotations == null || this.annotations.length - 1 < index) {\r
 410 return;\r
 411 }var aSize = this.annotations.length;\r
 412 var temp =  new Array (aSize);\r
 413 temp[index] = aa;\r
 414 for (var i = 0; i < aSize; i++) {\r
 415 if (i == index) {\r
 416 continue;\r
 417 }if (i < index) {\r
 418 temp[i] = this.annotations[i];\r
 419 } else {\r
 420 temp[i] = this.annotations[i - 1];\r
 421 }}\r
 422 this.annotations = temp;\r
 423 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");\r
 424 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentAnnotation", \r
 425 function () {\r
 426 return this.annotations;\r
 427 });\r
 428 Clazz.overrideMethod (c$, "setNucleotide", \r
 429 function (b) {\r
 430 if (b) {\r
 431 this.type = 1;\r
 432 } else {\r
 433 this.type = 0;\r
 434 }}, "~B");\r
 435 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide", \r
 436 function () {\r
 437 if (this.type == 1) {\r
 438 return true;\r
 439 } else {\r
 440 return false;\r
 441 }});\r
 442 Clazz.overrideMethod (c$, "hasRNAStructure", \r
 443 function () {\r
 444 return this.$hasRNAStructure;\r
 445 });\r
 446 Clazz.overrideMethod (c$, "setDataset", \r
 447 function (data) {\r
 448 if (this.dataset == null && data == null) {\r
 449 var seqs =  new Array (this.getHeight ());\r
 450 var currentSeq;\r
 451 for (var i = 0; i < this.getHeight (); i++) {\r
 452 currentSeq = this.getSequenceAt (i);\r
 453 if (currentSeq.getDatasetSequence () != null) {\r
 454 seqs[i] = currentSeq.getDatasetSequence ();\r
 455 } else {\r
 456 seqs[i] = currentSeq.createDatasetSequence ();\r
 457 }}\r
 458 this.dataset =  new jalview.datamodel.Alignment (seqs);\r
 459 } else if (this.dataset == null && data != null) {\r
 460 this.dataset = data;\r
 461 for (var i = 0; i < this.getHeight (); i++) {\r
 462 var currentSeq = this.getSequenceAt (i);\r
 463 var dsq = currentSeq.getDatasetSequence ();\r
 464 if (dsq == null) {\r
 465 dsq = currentSeq.createDatasetSequence ();\r
 466 this.dataset.addSequence (dsq);\r
 467 } else {\r
 468 while (dsq.getDatasetSequence () != null) {\r
 469 dsq = dsq.getDatasetSequence ();\r
 470 }\r
 471 if (this.dataset.findIndex (dsq) == -1) {\r
 472 this.dataset.addSequence (dsq);\r
 473 }}}\r
 474 }this.dataset.addAlignmentRef ();\r
 475 }, "jalview.datamodel.Alignment");\r
 476 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentRef", \r
 477  function () {\r
 478 this.alignmentRefs++;\r
 479 });\r
 480 Clazz.overrideMethod (c$, "getDataset", \r
 481 function () {\r
 482 return this.dataset;\r
 483 });\r
 484 Clazz.overrideMethod (c$, "padGaps", \r
 485 function () {\r
 486 var modified = false;\r
 487 var maxLength = -1;\r
 488 var current;\r
 489 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 490 current = this.getSequenceAt (i);\r
 491 for (var j = current.getLength (); j > maxLength; j--) {\r
 492 if (j > maxLength && !jalview.util.Comparison.isGap (current.getCharAt (j))) {\r
 493 maxLength = j;\r
 494 break;\r
 495 }}\r
 496 }\r
 497 maxLength++;\r
 498 var cLength;\r
 499 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 500 current = this.getSequenceAt (i);\r
 501 cLength = current.getLength ();\r
 502 if (cLength < maxLength) {\r
 503 current.insertCharAt (cLength, maxLength - cLength, this.gapCharacter);\r
 504 modified = true;\r
 505 } else if (current.getLength () > maxLength) {\r
 506 current.deleteChars (maxLength, current.getLength ());\r
 507 }}\r
 508 return modified;\r
 509 });\r
 510 Clazz.overrideMethod (c$, "justify", \r
 511 function (right) {\r
 512 var modified = false;\r
 513 var maxLength = -1;\r
 514 var ends =  Clazz.newIntArray (this.sequences.size () * 2, 0);\r
 515 var current;\r
 516 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 517 current = this.getSequenceAt (i);\r
 518 ends[i * 2] = current.findIndex (current.getStart ());\r
 519 ends[i * 2 + 1] = current.findIndex (current.getStart () + current.getLength ());\r
 520 var hitres = false;\r
 521 for (var j = 0, rs = 0, ssiz = current.getLength (); j < ssiz; j++) {\r
 522 if (!jalview.util.Comparison.isGap (current.getCharAt (j))) {\r
 523 if (!hitres) {\r
 524 ends[i * 2] = j;\r
 525 hitres = true;\r
 526 } else {\r
 527 ends[i * 2 + 1] = j;\r
 528 if (j - ends[i * 2] > maxLength) {\r
 529 maxLength = j - ends[i * 2];\r
 530 }}}}\r
 531 }\r
 532 maxLength++;\r
 533 var cLength;\r
 534 var extent;\r
 535 var diff;\r
 536 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
 537 current = this.getSequenceAt (i);\r
 538 cLength = 1 + ends[i * 2 + 1] - ends[i * 2];\r
 539 diff = maxLength - cLength;\r
 540 extent = current.getLength ();\r
 541 if (right) {\r
 542 if (extent > ends[i * 2 + 1]) {\r
 543 current.deleteChars (ends[i * 2 + 1] + 1, extent);\r
 544 modified = true;\r
 545 }if (ends[i * 2] > diff) {\r
 546 current.deleteChars (0, ends[i * 2] - diff);\r
 547 modified = true;\r
 548 } else {\r
 549 if (ends[i * 2] < diff) {\r
 550 current.insertCharAt (0, diff - ends[i * 2], this.gapCharacter);\r
 551 modified = true;\r
 552 }}} else {\r
 553 if (ends[i * 2] > 0) {\r
 554 current.deleteChars (0, ends[i * 2]);\r
 555 modified = true;\r
 556 ends[i * 2 + 1] -= ends[i * 2];\r
 557 extent -= ends[i * 2];\r
 558 }if (extent > maxLength) {\r
 559 current.deleteChars (maxLength + 1, extent);\r
 560 modified = true;\r
 561 } else {\r
 562 if (extent < maxLength) {\r
 563 current.insertCharAt (extent, maxLength - extent, this.gapCharacter);\r
 564 modified = true;\r
 565 }}}}\r
 566 return modified;\r
 567 }, "~B");\r
 568 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenSequences", \r
 569 function () {\r
 570 return this.hiddenSequences;\r
 571 });\r
 572 Clazz.overrideMethod (c$, "getCompactAlignment", \r
 573 function () {\r
 574 {\r
 575 var alseqs =  new Array (this.sequences.size ());\r
 576 var i = 0;\r
 577 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 578 alseqs[i++] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (seq);\r
 579 }\r
 580 var cal =  new jalview.datamodel.CigarArray (alseqs);\r
 581 cal.addOperation ('M', this.getWidth ());\r
 582 return cal;\r
 583 }});\r
 584 Clazz.overrideMethod (c$, "setProperty", \r
 585 function (key, value) {\r
 586 if (this.alignmentProperties == null) {\r
 587 this.alignmentProperties =  new java.util.Hashtable ();\r
 588 }this.alignmentProperties.put (key, value);\r
 589 }, "~O,~O");\r
 590 Clazz.defineMethod (c$, "getProperty", \r
 591 function (key) {\r
 592 if (this.alignmentProperties != null) {\r
 593 return this.alignmentProperties.get (key);\r
 594 } else {\r
 595 return null;\r
 596 }}, "~O");\r
 597 Clazz.defineMethod (c$, "getProperties", \r
 598 function () {\r
 599 return this.alignmentProperties;\r
 600 });\r
 601 Clazz.overrideMethod (c$, "addCodonFrame", \r
 602 function (codons) {\r
 603 if (codons != null) {\r
 604 this.codonFrameList.add (codons);\r
 605 }}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 606 Clazz.overrideMethod (c$, "getCodonFrame", \r
 607 function (seq) {\r
 608 if (seq == null) {\r
 609 return null;\r
 610 }var cframes =  new java.util.ArrayList ();\r
 611 for (var acf, $acf = this.codonFrameList.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 612 if (acf.involvesSequence (seq)) {\r
 613 cframes.add (acf);\r
 614 }}\r
 615 return cframes;\r
 616 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 617 Clazz.overrideMethod (c$, "setCodonFrames", \r
 618 function (acfs) {\r
 619 this.codonFrameList = acfs;\r
 620 }, "java.util.Set");\r
 621 Clazz.defineMethod (c$, "getCodonFrames", \r
 622 function () {\r
 623 return this.codonFrameList;\r
 624 });\r
 625 Clazz.overrideMethod (c$, "removeCodonFrame", \r
 626 function (codons) {\r
 627 if (codons == null || this.codonFrameList == null) {\r
 628 return false;\r
 629 }return this.codonFrameList.remove (codons);\r
 630 }, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 631 Clazz.overrideMethod (c$, "append", \r
 632 function (toappend) {\r
 633 if (toappend === this) {\r
 634 System.err.println ("Self append may cause a deadlock.");\r
 635 }var samegap = toappend.getGapCharacter () == this.getGapCharacter ();\r
 636 var oldc = toappend.getGapCharacter ();\r
 637 var hashidden = toappend.getHiddenSequences () != null && toappend.getHiddenSequences ().hiddenSequences != null;\r
 638 var sqs = (hashidden) ? toappend.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequences () : toappend.getSequences ();\r
 639 if (sqs != null) {\r
 640 {\r
 641 for (var addedsq, $addedsq = sqs.iterator (); $addedsq.hasNext () && ((addedsq = $addedsq.next ()) || true);) {\r
 642 if (!samegap) {\r
 643 var oldseq = addedsq.getSequence ();\r
 644 for (var c = 0; c < oldseq.length; c++) {\r
 645 if (oldseq[c] == oldc) {\r
 646 oldseq[c] = this.gapCharacter;\r
 647 }}\r
 648 }this.addSequence (addedsq);\r
 649 }\r
 650 }}var alan = toappend.getAlignmentAnnotation ();\r
 651 for (var a = 0; alan != null && a < alan.length; a++) {\r
 652 this.addAnnotation (alan[a]);\r
 653 }\r
 654 this.codonFrameList.addAll (toappend.getCodonFrames ());\r
 655 var sg = toappend.getGroups ();\r
 656 if (sg != null) {\r
 657 for (var _sg, $_sg = sg.iterator (); $_sg.hasNext () && ((_sg = $_sg.next ()) || true);) {\r
 658 this.addGroup (_sg);\r
 659 }\r
 660 }if (toappend.getHiddenSequences () != null) {\r
 661 var hs = toappend.getHiddenSequences ();\r
 662 if (this.hiddenSequences == null) {\r
 663 this.hiddenSequences =  new jalview.datamodel.HiddenSequences (this);\r
 664 }if (hs.hiddenSequences != null) {\r
 665 for (var s = 0; s < hs.hiddenSequences.length; s++) {\r
 666 if (hs.hiddenSequences[s] != null) {\r
 667 this.hiddenSequences.hideSequence (hs.hiddenSequences[s]);\r
 668 }}\r
 669 }}if (toappend.getProperties () != null) {\r
 670 var key = toappend.getProperties ().keys ();\r
 671 while (key.hasMoreElements ()) {\r
 672 var k = key.nextElement ();\r
 673 var ourval = this.getProperty (k);\r
 674 var toapprop = toappend.getProperty (k);\r
 675 if (ourval != null) {\r
 676 if (ourval.getClass ().equals (toapprop.getClass ()) && !ourval.equals (toapprop)) {\r
 677 if (Clazz.instanceOf (ourval, String)) {\r
 678 this.setProperty (k, (ourval) + "; " + (toapprop));\r
 679 } else {\r
 680 if (Clazz.instanceOf (ourval, java.util.Vector)) {\r
 681 var theirv = (toapprop).elements ();\r
 682 while (theirv.hasMoreElements ()) {\r
 683 (ourval).addElement (theirv);\r
 684 }\r
 685 }}}} else {\r
 686 this.setProperty (k, toapprop);\r
 687 }}\r
 688 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 689 Clazz.overrideMethod (c$, "findOrCreateAnnotation", \r
 690 function (name, calcId, autoCalc, seqRef, groupRef) {\r
 691 if (this.annotations != null) {\r
 692 for (var annot, $annot = 0, $$annot = this.getAlignmentAnnotation (); $annot < $$annot.length && ((annot = $$annot[$annot]) || true); $annot++) {\r
 693 if (annot.autoCalculated == autoCalc && (name.equals (annot.label)) && (calcId == null || annot.getCalcId ().equals (calcId)) && annot.sequenceRef === seqRef && annot.groupRef === groupRef) {\r
 694 return annot;\r
 695 }}\r
 696 }var annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (name, name,  new Array (1), 0, 0, 1);\r
 697 annot.hasText = false;\r
 698 annot.setCalcId ( String.instantialize (calcId));\r
 699 annot.autoCalculated = autoCalc;\r
 700 if (seqRef != null) {\r
 701 annot.setSequenceRef (seqRef);\r
 702 }annot.groupRef = groupRef;\r
 703 this.addAnnotation (annot);\r
 704 return annot;\r
 705 }, "~S,~S,~B,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 706 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotation", \r
 707 function (calcId) {\r
 708 var aa =  new java.util.ArrayList ();\r
 709 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {\r
 710 if (a.getCalcId () === calcId || (a.getCalcId () != null && calcId != null && a.getCalcId ().equals (calcId))) {\r
 711 aa.add (a);\r
 712 }}\r
 713 return aa;\r
 714 }, "~S");\r
 715 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotations", \r
 716 function (seq, calcId, label) {\r
 717 var aa =  new java.util.ArrayList ();\r
 718 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {\r
 719 if (ann.getCalcId () != null && ann.getCalcId ().equals (calcId) && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef === seq && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {\r
 720 aa.add (ann);\r
 721 }}\r
 722 return aa;\r
 723 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");\r
 724 Clazz.overrideMethod (c$, "moveSelectedSequencesByOne", \r
 725 function (sg, map, up) {\r
 726 {\r
 727 if (up) {\r
 728 for (var i = 1, iSize = this.sequences.size (); i < iSize; i++) {\r
 729 var seq = this.sequences.get (i);\r
 730 if (!sg.getSequences (map).contains (seq)) {\r
 731 continue;\r
 732 }var temp = this.sequences.get (i - 1);\r
 733 if (sg.getSequences (null).contains (temp)) {\r
 734 continue;\r
 735 }this.sequences.set (i, temp);\r
 736 this.sequences.set (i - 1, seq);\r
 737 }\r
 738 } else {\r
 739 for (var i = this.sequences.size () - 2; i > -1; i--) {\r
 740 var seq = this.sequences.get (i);\r
 741 if (!sg.getSequences (map).contains (seq)) {\r
 742 continue;\r
 743 }var temp = this.sequences.get (i + 1);\r
 744 if (sg.getSequences (map).contains (temp)) {\r
 745 continue;\r
 746 }this.sequences.set (i, temp);\r
 747 this.sequences.set (i + 1, seq);\r
 748 }\r
 749 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,java.util.Map,~B");\r
 750 Clazz.overrideMethod (c$, "validateAnnotation", \r
 751 function (alignmentAnnotation) {\r
 752 alignmentAnnotation.validateRangeAndDisplay ();\r
 753 if (this.isNucleotide () && alignmentAnnotation.isValidStruc ()) {\r
 754 this.$hasRNAStructure = true;\r
 755 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 756 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeqrep", \r
 757 function () {\r
 758 return this.seqrep;\r
 759 });\r
 760 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeqrep", \r
 761 function (seqrep) {\r
 762 this.seqrep = seqrep;\r
 763 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 764 Clazz.overrideMethod (c$, "hasSeqrep", \r
 765 function () {\r
 766 return this.seqrep != null;\r
 767 });\r
 768 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes", \r
 769 function () {\r
 770 return this.getWidth () - 1;\r
 771 });\r
 772 Clazz.overrideMethod (c$, "getStartRes", \r
 773 function () {\r
 774 return 0;\r
 775 });\r
 776 Clazz.overrideMethod (c$, "getContext", \r
 777 function () {\r
 778 return this.dataset;\r
 779 });\r
 780 Clazz.defineMethod (c$, "alignAs", \r
 781 function (al) {\r
 782 return this.alignAs (al, false, true);\r
 783 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 784 Clazz.defineMethod (c$, "alignAs", \r
 785 function (al, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {\r
 786 var count = 0;\r
 787 var thisIsNucleotide = this.isNucleotide ();\r
 788 var thatIsProtein = !al.isNucleotide ();\r
 789 if (!thatIsProtein && !thisIsNucleotide) {\r
 790 return jalview.analysis.AlignmentUtils.alignProteinAsDna (this, al);\r
 791 }var thisGapChar = this.getGapCharacter ();\r
 792 var gap = thisIsNucleotide && thatIsProtein ? String.valueOf ( Clazz.newCharArray (-1, [thisGapChar, thisGapChar, thisGapChar])) : String.valueOf (thisGapChar);\r
 793 for (var alignTo, $alignTo = this.getSequences ().iterator (); $alignTo.hasNext () && ((alignTo = $alignTo.next ()) || true);) {\r
 794 count += jalview.analysis.AlignmentUtils.alignSequenceAs (alignTo, al, gap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) ? 1 : 0;\r
 795 }\r
 796 return count;\r
 797 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~B");\r
 798 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceNames", \r
 799 function () {\r
 800 var names =  new java.util.HashSet ();\r
 801 for (var seq, $seq = this.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 802 names.add (seq.getName ());\r
 803 }\r
 804 return names;\r
 805 });\r
 806 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 807 function () {\r
 808 var seq = this.getSequencesArray ();\r
 809 {\r
 810 return "" + JSON.stringify(seq);\r
 811 }});\r
 812 Clazz.defineStatics (c$,\r
 813 "PROTEIN", 0,\r
 814 "NUCLEOTIDE", 1);\r
 815 });\r