site/j2s/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["java.util.HashMap"], "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", ["jalview.analysis.Rna", "jalview.datamodel.Annotation", "$.GraphLine", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.Double", "$.Error", "$.Long", "$.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Collections"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.autoCalculated = false;\r
   5 this.annotationId = null;\r
   6 this.sequenceRef = null;\r
   7 this.label = null;\r
   8 this.description = null;\r
   9 this.annotations = null;\r
  10 this.bps = null;\r
  11 this._rnasecstr = null;\r
  12 this.invalidrnastruc = -2;\r
  13 this.sequenceMapping = null;\r
  14 this.graphMin = 0;\r
  15 this.graphMax = 0;\r
  16 this.score = NaN;\r
  17 this.$hasScore = false;\r
  18 this.threshold = null;\r
  19 this.editable = false;\r
  20 this.hasIcons = false;\r
  21 this.hasText = false;\r
  22 this.visible = true;\r
  23 this.graphGroup = -1;\r
  24 this.height = 0;\r
  25 this.graph = 0;\r
  26 this.graphHeight = 40;\r
  27 this.padGaps = false;\r
  28 this.belowAlignment = true;\r
  29 this.groupRef = null;\r
  30 this.showAllColLabels = false;\r
  31 this.scaleColLabel = false;\r
  32 this.centreColLabels = false;\r
  33 this.isrna = false;\r
  34 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence")) {\r
  35 jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.$AlignmentAnnotation$AnnotCharSequence$ ();\r
  36 }\r
  37 this._lastrnaannot = -1;\r
  38 this.calcId = "";\r
  39 this.properties = null;\r
  40 this._linecolour = null;\r
  41 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  42 }, jalview.datamodel, "AlignmentAnnotation");\r
  43 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  44 this.properties =  new java.util.HashMap ();\r
  45 });\r
  46 Clazz.defineMethod (c$, "_updateRnaSecStr", \r
  47  function (RNAannot) {\r
  48 try {\r
  49 this._rnasecstr = jalview.analysis.Rna.GetBasePairs (RNAannot);\r
  50 this.bps = jalview.analysis.Rna.GetModeleBP (RNAannot);\r
  51 this.invalidrnastruc = -1;\r
  52 } catch (px) {\r
  53 if (Clazz.exceptionOf (px, jalview.analysis.WUSSParseException)) {\r
  54 this.invalidrnastruc = px.getProblemPos ();\r
  55 } else {\r
  56 throw px;\r
  57 }\r
  58 }\r
  59 if (this.invalidrnastruc > -1) {\r
  60 return;\r
  61 }jalview.analysis.Rna.HelixMap (this._rnasecstr);\r
  62 if (this._rnasecstr != null && this._rnasecstr.length > 0) {\r
  63 this.isrna = true;\r
  64 this.showAllColLabels = true;\r
  65 this.scaleColLabel = true;\r
  66 this._markRnaHelices ();\r
  67 }}, "CharSequence");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "_markRnaHelices", \r
  69  function () {\r
  70 var mxval = 0;\r
  71 for (var x = 0; x < this._rnasecstr.length; x++) {\r
  72 var val = 0;\r
  73 try {\r
  74 val = (Integer.$valueOf (this._rnasecstr[x].getFeatureGroup ())).intValue ();\r
  75 if (mxval < val) {\r
  76 mxval = val;\r
  77 }} catch (q) {\r
  78 if (Clazz.exceptionOf (q, NumberFormatException)) {\r
  79 } else {\r
  80 throw q;\r
  81 }\r
  82 }\r
  83 ;this.annotations[this._rnasecstr[x].getBegin ()].value = val;\r
  84 this.annotations[this._rnasecstr[x].getEnd ()].value = val;\r
  85 }\r
  86 this.setScore (mxval);\r
  87 });\r
  88 Clazz.defineMethod (c$, "finalize", \r
  89 function () {\r
  90 this.sequenceRef = null;\r
  91 this.groupRef = null;\r
  92 Clazz.superCall (this, jalview.datamodel.AlignmentAnnotation, "finalize", []);\r
  93 });\r
  94 c$.getGraphValueFromString = Clazz.defineMethod (c$, "getGraphValueFromString", \r
  95 function (string) {\r
  96 if (string.equalsIgnoreCase ("BAR_GRAPH")) {\r
  97 return 1;\r
  98 } else if (string.equalsIgnoreCase ("LINE_GRAPH")) {\r
  99 return 2;\r
 100 } else {\r
 101 return 0;\r
 102 }}, "~S");\r
 103 Clazz.defineMethod (c$, "ConcenStru", \r
 104 function (RNAannot) {\r
 105 this.bps = jalview.analysis.Rna.GetModeleBP (RNAannot);\r
 106 }, "CharSequence");\r
 107 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 108 function (label, description, annotations) {\r
 109 this.setAnnotationId ();\r
 110 this.editable = true;\r
 111 this.label = label;\r
 112 this.description = description;\r
 113 this.annotations = annotations;\r
 114 this.validateRangeAndDisplay ();\r
 115 }, "~S,~S,~A");\r
 116 Clazz.defineMethod (c$, "areLabelsSecondaryStructure", \r
 117 function () {\r
 118 var nonSSLabel = false;\r
 119 this.isrna = false;\r
 120 var rnastring =  new StringBuffer ();\r
 121 var firstChar = String.fromCharCode (0);\r
 122 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 123 if (this.annotations[i] == null) {\r
 124 continue;\r
 125 }if (this.annotations[i].secondaryStructure == 'H' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'E') {\r
 126 this.hasIcons = new Boolean (this.hasIcons | true).valueOf ();\r
 127 } else {\r
 128 if (this.annotations[i].secondaryStructure == '(' || this.annotations[i].secondaryStructure == '[' || this.annotations[i].secondaryStructure == '<' || this.annotations[i].secondaryStructure == '{' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'A' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'B' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'C' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'D' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'E' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'F' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'G' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'H' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'I' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'J' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'K' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'L' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'M' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'N' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'O' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'P' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Q' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'R' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'S' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'T' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'U' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'V' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'W' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'X' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Y' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Z') {\r
 129 this.hasIcons = new Boolean (this.hasIcons | true).valueOf ();\r
 130 this.isrna = new Boolean (this.isrna | true).valueOf ();\r
 131 }}if (this.annotations[i].displayCharacter == null || this.annotations[i].displayCharacter.length == 0) {\r
 132 rnastring.append ('.');\r
 133 continue;\r
 134 }if (this.annotations[i].displayCharacter.length == 1) {\r
 135 firstChar = this.annotations[i].displayCharacter.charAt (0);\r
 136 if (this.annotations[i].secondaryStructure != ' ' && !this.hasIcons && firstChar != ' ' && firstChar != '$' && firstChar.charCodeAt (0) != 0xCE && firstChar != '(' && firstChar != '[' && firstChar != '>' && firstChar != '{' && firstChar != 'A' && firstChar != 'B' && firstChar != 'C' && firstChar != 'D' && firstChar != 'E' && firstChar != 'F' && firstChar != 'G' && firstChar != 'H' && firstChar != 'I' && firstChar != 'J' && firstChar != 'K' && firstChar != 'L' && firstChar != 'M' && firstChar != 'N' && firstChar != 'O' && firstChar != 'P' && firstChar != 'Q' && firstChar != 'R' && firstChar != 'S' && firstChar != 'T' && firstChar != 'U' && firstChar != 'V' && firstChar != 'W' && firstChar != 'X' && firstChar != 'Y' && firstChar != 'Z' && firstChar != '-' && firstChar.charCodeAt (0) < jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex.length) {\r
 137 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[firstChar.charCodeAt (0)] < 23) {\r
 138 nonSSLabel = true;\r
 139 }}} else {\r
 140 rnastring.append (this.annotations[i].displayCharacter.charAt (1));\r
 141 }if (this.annotations[i].displayCharacter.length > 0) {\r
 142 this.hasText = true;\r
 143 }}\r
 144 if (nonSSLabel) {\r
 145 this.hasIcons = false;\r
 146 for (var j = 0; j < this.annotations.length; j++) {\r
 147 if (this.annotations[j] != null && this.annotations[j].secondaryStructure != ' ') {\r
 148 this.annotations[j].displayCharacter = String.valueOf (this.annotations[j].secondaryStructure);\r
 149 this.annotations[j].secondaryStructure = ' ';\r
 150 }}\r
 151 } else {\r
 152 if (this.isrna) {\r
 153 this._updateRnaSecStr (Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null));\r
 154 }}});\r
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getRNAStruc", \r
 156 function () {\r
 157 if (this.isrna) {\r
 158 var rnastruc = Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null).toString ();\r
 159 if (this._lastrnaannot != rnastruc.hashCode ()) {\r
 160 this._lastrnaannot = rnastruc.hashCode ();\r
 161 this._updateRnaSecStr (rnastruc);\r
 162 }return rnastruc;\r
 163 }return null;\r
 164 });\r
 165 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 166 function (label, description, annotations, min, max, graphType) {\r
 167 this.setAnnotationId ();\r
 168 this.editable = graphType == 0;\r
 169 this.label = label;\r
 170 this.description = description;\r
 171 this.annotations = annotations;\r
 172 this.graph = graphType;\r
 173 this.graphMin = min;\r
 174 this.graphMax = max;\r
 175 this.validateRangeAndDisplay ();\r
 176 }, "~S,~S,~A,~N,~N,~N");\r
 177 Clazz.defineMethod (c$, "validateRangeAndDisplay", \r
 178 function () {\r
 179 if (this.annotations == null) {\r
 180 this.visible = false;\r
 181 return;\r
 182 }var graphType = this.graph;\r
 183 var min = this.graphMin;\r
 184 var max = this.graphMax;\r
 185 var drawValues = true;\r
 186 this._linecolour = null;\r
 187 if (min == max) {\r
 188 min = 999999999;\r
 189 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 190 if (this.annotations[i] == null) {\r
 191 continue;\r
 192 }if (drawValues && this.annotations[i].displayCharacter != null && this.annotations[i].displayCharacter.length > 1) {\r
 193 drawValues = false;\r
 194 }if (this.annotations[i].value > max) {\r
 195 max = this.annotations[i].value;\r
 196 }if (this.annotations[i].value < min) {\r
 197 min = this.annotations[i].value;\r
 198 }if (this._linecolour == null && this.annotations[i].colour != null) {\r
 199 this._linecolour = this.annotations[i].colour;\r
 200 }}\r
 201 if (min > 0) {\r
 202 min = 0;\r
 203 } else {\r
 204 if (max < 0) {\r
 205 max = 0;\r
 206 }}}this.graphMin = min;\r
 207 this.graphMax = max;\r
 208 this.areLabelsSecondaryStructure ();\r
 209 if (!drawValues && graphType != 0) {\r
 210 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 211 if (this.annotations[i] != null) {\r
 212 this.annotations[i].displayCharacter = "";\r
 213 }}\r
 214 }});\r
 215 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 216 function (annotation) {\r
 217 this.setAnnotationId ();\r
 218 this.label =  String.instantialize (annotation.label);\r
 219 if (annotation.description != null) {\r
 220 this.description =  String.instantialize (annotation.description);\r
 221 }this.graphMin = annotation.graphMin;\r
 222 this.graphMax = annotation.graphMax;\r
 223 this.graph = annotation.graph;\r
 224 this.graphHeight = annotation.graphHeight;\r
 225 this.graphGroup = annotation.graphGroup;\r
 226 this.groupRef = annotation.groupRef;\r
 227 this.editable = annotation.editable;\r
 228 this.autoCalculated = annotation.autoCalculated;\r
 229 this.hasIcons = annotation.hasIcons;\r
 230 this.hasText = annotation.hasText;\r
 231 this.height = annotation.height;\r
 232 this.label = annotation.label;\r
 233 this.padGaps = annotation.padGaps;\r
 234 this.visible = annotation.visible;\r
 235 this.centreColLabels = annotation.centreColLabels;\r
 236 this.scaleColLabel = annotation.scaleColLabel;\r
 237 this.showAllColLabels = annotation.showAllColLabels;\r
 238 this.calcId = annotation.calcId;\r
 239 if (annotation.properties != null) {\r
 240 this.properties =  new java.util.HashMap ();\r
 241 for (var val, $val = annotation.properties.entrySet ().iterator (); $val.hasNext () && ((val = $val.next ()) || true);) {\r
 242 this.properties.put (val.getKey (), val.getValue ());\r
 243 }\r
 244 }if (this.$hasScore = annotation.$hasScore) {\r
 245 this.score = annotation.score;\r
 246 }if (annotation.threshold != null) {\r
 247 this.threshold =  new jalview.datamodel.GraphLine (annotation.threshold);\r
 248 }var ann = annotation.annotations;\r
 249 if (annotation.annotations != null) {\r
 250 this.annotations =  new Array (ann.length);\r
 251 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {\r
 252 if (ann[i] != null) {\r
 253 this.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (ann[i]);\r
 254 if (this._linecolour != null) {\r
 255 this._linecolour = this.annotations[i].colour;\r
 256 }}}\r
 257 }if (annotation.sequenceRef != null) {\r
 258 this.sequenceRef = annotation.sequenceRef;\r
 259 if (annotation.sequenceMapping != null) {\r
 260 var p = null;\r
 261 this.sequenceMapping =  new java.util.HashMap ();\r
 262 var pos = annotation.sequenceMapping.keySet ().iterator ();\r
 263 while (pos.hasNext ()) {\r
 264 p = pos.next ();\r
 265 var a = annotation.sequenceMapping.get (p);\r
 266 if (a == null) {\r
 267 continue;\r
 268 }if (ann != null) {\r
 269 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {\r
 270 if (ann[i] === a) {\r
 271 this.sequenceMapping.put (p, this.annotations[i]);\r
 272 }}\r
 273 }}\r
 274 } else {\r
 275 this.sequenceMapping = null;\r
 276 }}{\r
 277 }this.validateRangeAndDisplay ();\r
 278 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 279 Clazz.defineMethod (c$, "restrict", \r
 280 function (startRes, endRes) {\r
 281 if (this.annotations == null) {\r
 282 return;\r
 283 }if (startRes < 0) {\r
 284 startRes = 0;\r
 285 }if (startRes >= this.annotations.length) {\r
 286 startRes = this.annotations.length - 1;\r
 287 }if (endRes >= this.annotations.length) {\r
 288 endRes = this.annotations.length - 1;\r
 289 }if (this.annotations == null) {\r
 290 return;\r
 291 }var temp =  new Array (endRes - startRes + 1);\r
 292 if (startRes < this.annotations.length) {\r
 293 System.arraycopy (this.annotations, startRes, temp, 0, endRes - startRes + 1);\r
 294 }if (this.sequenceRef != null) {\r
 295 var spos = this.sequenceRef.findPosition (startRes);\r
 296 var epos = this.sequenceRef.findPosition (endRes);\r
 297 if (this.sequenceMapping != null) {\r
 298 var newmapping =  new java.util.HashMap ();\r
 299 var e = this.sequenceMapping.keySet ().iterator ();\r
 300 while (e.hasNext ()) {\r
 301 var pos = e.next ();\r
 302 if (pos.intValue () >= spos && pos.intValue () <= epos) {\r
 303 newmapping.put (pos, this.sequenceMapping.get (pos));\r
 304 }}\r
 305 this.sequenceMapping.clear ();\r
 306 this.sequenceMapping = newmapping;\r
 307 }}this.annotations = temp;\r
 308 }, "~N,~N");\r
 309 Clazz.defineMethod (c$, "padAnnotation", \r
 310 function (length) {\r
 311 if (this.annotations == null) {\r
 312 return true;\r
 313 }if (this.annotations.length < length) {\r
 314 var na =  new Array (length);\r
 315 System.arraycopy (this.annotations, 0, na, 0, this.annotations.length);\r
 316 this.annotations = na;\r
 317 return true;\r
 318 }return this.annotations.length > length;\r
 319 }, "~N");\r
 320 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 321 function () {\r
 322 var buffer =  new StringBuilder (256);\r
 323 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 324 if (this.annotations[i] != null) {\r
 325 if (this.graph != 0) {\r
 326 buffer.append (this.annotations[i].value);\r
 327 } else if (this.hasIcons) {\r
 328 buffer.append (this.annotations[i].secondaryStructure);\r
 329 } else {\r
 330 buffer.append (this.annotations[i].displayCharacter);\r
 331 }}buffer.append (", ");\r
 332 }\r
 333 if (this.label.indexOf ("Consensus") == 0) {\r
 334 buffer.append ("\n");\r
 335 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 336 if (this.annotations[i] != null) {\r
 337 buffer.append (this.annotations[i].description);\r
 338 }buffer.append (", ");\r
 339 }\r
 340 }return buffer.toString ();\r
 341 });\r
 342 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold", \r
 343 function (line) {\r
 344 this.threshold = line;\r
 345 }, "jalview.datamodel.GraphLine");\r
 346 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold", \r
 347 function () {\r
 348 return this.threshold;\r
 349 });\r
 350 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceMapping", \r
 351 function (seqRef, startRes, alreadyMapped) {\r
 352 if (seqRef == null) {\r
 353 return;\r
 354 }this.sequenceRef = seqRef;\r
 355 if (this.annotations == null) {\r
 356 return;\r
 357 }this.sequenceMapping =  new java.util.HashMap ();\r
 358 var seqPos;\r
 359 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 360 if (this.annotations[i] != null) {\r
 361 if (alreadyMapped) {\r
 362 seqPos = seqRef.findPosition (i);\r
 363 } else {\r
 364 seqPos = i + startRes;\r
 365 }this.sequenceMapping.put ( new Integer (seqPos), this.annotations[i]);\r
 366 }}\r
 367 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~B");\r
 368 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForAlignment", \r
 369 function () {\r
 370 if (this.sequenceRef == null) {\r
 371 return;\r
 372 }if (this.annotations == null) {\r
 373 return;\r
 374 }var a = 0;\r
 375 var aSize = this.sequenceRef.getLength ();\r
 376 if (aSize == 0) {\r
 377 return;\r
 378 }var position;\r
 379 var temp =  new Array (aSize);\r
 380 var index;\r
 381 for (a = this.sequenceRef.getStart (); a <= this.sequenceRef.getEnd (); a++) {\r
 382 index =  new Integer (a);\r
 383 if (this.sequenceMapping.containsKey (index)) {\r
 384 position = this.sequenceRef.findIndex (a) - 1;\r
 385 temp[position] = this.sequenceMapping.get (index);\r
 386 }}\r
 387 this.annotations = temp;\r
 388 });\r
 389 Clazz.defineMethod (c$, "compactAnnotationArray", \r
 390 function () {\r
 391 var i = 0;\r
 392 var iSize = this.annotations.length;\r
 393 while (i < iSize) {\r
 394 if (this.annotations[i] == null) {\r
 395 if (i + 1 < iSize) {\r
 396 System.arraycopy (this.annotations, i + 1, this.annotations, i, iSize - i - 1);\r
 397 }iSize--;\r
 398 } else {\r
 399 i++;\r
 400 }}\r
 401 var ann = this.annotations;\r
 402 this.annotations =  new Array (i);\r
 403 System.arraycopy (ann, 0, this.annotations, 0, i);\r
 404 ann = null;\r
 405 return iSize;\r
 406 });\r
 407 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceRef", \r
 408 function (sequenceI) {\r
 409 if (sequenceI != null) {\r
 410 if (this.sequenceRef != null) {\r
 411 var rIsDs = this.sequenceRef.getDatasetSequence () == null;\r
 412 var tIsDs = sequenceI.getDatasetSequence () == null;\r
 413 if (this.sequenceRef !== sequenceI && (rIsDs && !tIsDs && this.sequenceRef !== sequenceI.getDatasetSequence ()) && (!rIsDs && tIsDs && this.sequenceRef.getDatasetSequence () !== sequenceI) && (!rIsDs && !tIsDs && this.sequenceRef.getDatasetSequence () !== sequenceI.getDatasetSequence ()) && !this.sequenceRef.equals (sequenceI)) {\r
 414 this.sequenceRef = null;\r
 415 if (this.sequenceMapping != null) {\r
 416 this.sequenceMapping = null;\r
 417 }this.createSequenceMapping (sequenceI, 1, true);\r
 418 this.adjustForAlignment ();\r
 419 } else {\r
 420 this.sequenceRef = sequenceI;\r
 421 }} else {\r
 422 this.createSequenceMapping (sequenceI, 1, true);\r
 423 this.adjustForAlignment ();\r
 424 }} else {\r
 425 this.sequenceMapping = null;\r
 426 this.sequenceRef = null;\r
 427 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 428 Clazz.defineMethod (c$, "getScore", \r
 429 function () {\r
 430 return this.score;\r
 431 });\r
 432 Clazz.defineMethod (c$, "setScore", \r
 433 function (score) {\r
 434 this.$hasScore = true;\r
 435 this.score = score;\r
 436 }, "~N");\r
 437 Clazz.defineMethod (c$, "hasScore", \r
 438 function () {\r
 439 return this.$hasScore || !Double.isNaN (this.score);\r
 440 });\r
 441 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 442 function (label, description, score) {\r
 443 this.construct (label, description, null);\r
 444 this.setScore (score);\r
 445 }, "~S,~S,~N");\r
 446 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 447 function (alignmentAnnotation, colSel) {\r
 448 this.construct (alignmentAnnotation);\r
 449 if (this.annotations == null) {\r
 450 return;\r
 451 }colSel.makeVisibleAnnotation (this);\r
 452 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 453 Clazz.defineMethod (c$, "setPadGaps", \r
 454 function (padgaps, gapchar) {\r
 455 this.padGaps = padgaps;\r
 456 if (padgaps) {\r
 457 this.hasText = true;\r
 458 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {\r
 459 if (this.annotations[i] == null) {\r
 460 this.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (String.valueOf (gapchar), null, ' ', 0, null);\r
 461 } else if (this.annotations[i].displayCharacter == null || this.annotations[i].displayCharacter.equals (" ")) {\r
 462 this.annotations[i].displayCharacter = String.valueOf (gapchar);\r
 463 }}\r
 464 }}, "~B,~S");\r
 465 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription", \r
 466 function (seqname) {\r
 467 if (seqname && this.sequenceRef != null) {\r
 468 var i = this.description.toLowerCase ().indexOf ("<html>");\r
 469 if (i > -1) {\r
 470 return "<html>" + this.sequenceRef.getName () + " : " + this.description.substring (i + 6);\r
 471 }return this.sequenceRef.getName () + " : " + this.description;\r
 472 }return this.description;\r
 473 }, "~B");\r
 474 Clazz.defineMethod (c$, "isValidStruc", \r
 475 function () {\r
 476 return this.invalidrnastruc == -1;\r
 477 });\r
 478 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidStrucPos", \r
 479 function () {\r
 480 return this.invalidrnastruc;\r
 481 });\r
 482 Clazz.defineMethod (c$, "getCalcId", \r
 483 function () {\r
 484 return this.calcId;\r
 485 });\r
 486 Clazz.defineMethod (c$, "setCalcId", \r
 487 function (calcId) {\r
 488 this.calcId = calcId;\r
 489 }, "~S");\r
 490 Clazz.defineMethod (c$, "isRNA", \r
 491 function () {\r
 492 return this.isrna;\r
 493 });\r
 494 Clazz.defineMethod (c$, "liftOver", \r
 495 function (sq, sp2sq) {\r
 496 if (sp2sq.getMappedWidth () != sp2sq.getWidth ()) {\r
 497 throw  new Error ("liftOver currently not implemented for transfer of annotation between different types of seqeunce");\r
 498 }var mapIsTo = (sp2sq != null) ? (sp2sq.getTo () === sq || sp2sq.getTo () === sq.getDatasetSequence ()) : false;\r
 499 var mapForsq =  new java.util.HashMap ();\r
 500 if (this.sequenceMapping != null) {\r
 501 if (sp2sq != null) {\r
 502 for (var ie, $ie = this.sequenceMapping.entrySet ().iterator (); $ie.hasNext () && ((ie = $ie.next ()) || true);) {\r
 503 var mpos = Integer.$valueOf (mapIsTo ? sp2sq.getMappedPosition ((ie.getKey ()).intValue ()) : sp2sq.getPosition ((ie.getKey ()).intValue ()));\r
 504 if ((mpos).intValue () >= sq.getStart () && (mpos).intValue () <= sq.getEnd ()) {\r
 505 mapForsq.put (mpos, ie.getValue ());\r
 506 }}\r
 507 this.sequenceMapping = mapForsq;\r
 508 this.sequenceRef = sq;\r
 509 this.adjustForAlignment ();\r
 510 } else {\r
 511 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.Mapping");\r
 512 Clazz.defineMethod (c$, "remap", \r
 513 function (newref, mapping, from, to, idxoffset) {\r
 514 if (mapping != null) {\r
 515 var old = this.sequenceMapping;\r
 516 var remap =  new java.util.HashMap ();\r
 517 var index = -1;\r
 518 for (var mp, $mp = 0, $$mp = mapping; $mp < $$mp.length && ((mp = $$mp[$mp]) || true); $mp++) {\r
 519 if (index++ < 0) {\r
 520 continue;\r
 521 }var ann = null;\r
 522 if (from == -1) {\r
 523 ann = this.sequenceMapping.get (Integer.$valueOf (idxoffset + index));\r
 524 } else {\r
 525 if (mp != null && mp.length > from) {\r
 526 ann = this.sequenceMapping.get (Integer.$valueOf (mp[from]));\r
 527 }}if (ann != null) {\r
 528 if (to == -1) {\r
 529 remap.put (Integer.$valueOf (idxoffset + index), ann);\r
 530 } else {\r
 531 if (to > -1 && to < mp.length) {\r
 532 remap.put (Integer.$valueOf (mp[to]), ann);\r
 533 }}}}\r
 534 this.sequenceMapping = remap;\r
 535 old.clear ();\r
 536 if (newref != null) {\r
 537 this.sequenceRef = newref;\r
 538 }this.adjustForAlignment ();\r
 539 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~N,~N,~N");\r
 540 Clazz.defineMethod (c$, "getProperty", \r
 541 function (property) {\r
 542 if (this.properties == null) {\r
 543 return null;\r
 544 }return this.properties.get (property);\r
 545 }, "~S");\r
 546 Clazz.defineMethod (c$, "setProperty", \r
 547 function (property, value) {\r
 548 if (this.properties == null) {\r
 549 this.properties =  new java.util.HashMap ();\r
 550 }this.properties.put (property, value);\r
 551 }, "~S,~S");\r
 552 Clazz.defineMethod (c$, "hasProperties", \r
 553 function () {\r
 554 return this.properties != null && this.properties.size () > 0;\r
 555 });\r
 556 Clazz.defineMethod (c$, "getProperties", \r
 557 function () {\r
 558 if (this.properties == null) {\r
 559 return java.util.Collections.emptyList ();\r
 560 }return this.properties.keySet ();\r
 561 });\r
 562 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationForPosition", \r
 563 function (position) {\r
 564 return this.sequenceMapping == null ? null : this.sequenceMapping.get (new Integer (position));\r
 565 }, "~N");\r
 566 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationId", \r
 567 function () {\r
 568 this.annotationId = "ann" + Long.toString (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.nextId ());\r
 569 });\r
 570 c$.nextId = Clazz.defineMethod (c$, "nextId", \r
 571 function () {\r
 572 return jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.counter++;\r
 573 });\r
 574 c$.$AlignmentAnnotation$AnnotCharSequence$ = function () {\r
 575 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 576 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 577 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 578 this.offset = 0;\r
 579 this.max = 0;\r
 580 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 581 }, jalview.datamodel.AlignmentAnnotation, "AnnotCharSequence", null, CharSequence);\r
 582 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 583 function () {\r
 584 this.construct (0, this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations.length);\r
 585 });\r
 586 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 587 function (a, b) {\r
 588 this.offset = a;\r
 589 this.max = b;\r
 590 }, "~N,~N");\r
 591 Clazz.overrideMethod (c$, "subSequence", \r
 592 function (a, b) {\r
 593 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null, this.offset + a, this.offset + b);\r
 594 }, "~N,~N");\r
 595 Clazz.overrideMethod (c$, "length", \r
 596 function () {\r
 597 return this.max - this.offset;\r
 598 });\r
 599 Clazz.overrideMethod (c$, "charAt", \r
 600 function (a) {\r
 601 return ((a + this.offset < 0) || (a + this.offset) >= this.max || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset] == null || (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].secondaryStructure <= ' ') ? ' ' : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter == null || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter.length == 0 ? this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].secondaryStructure : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter.charAt (0));\r
 602 }, "~N");\r
 603 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 604 function () {\r
 605 var a =  Clazz.newCharArray (this.max - this.offset, '\0');\r
 606 var b = this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations.length;\r
 607 for (var c = this.offset; c < b; c++) {\r
 608 a[c] = (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c] == null || ((this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].secondaryStructure).charCodeAt (0) <= 32)) ? ' ' : (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter == null || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter.length == 0 ? this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].secondaryStructure : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter.charAt (0));\r
 609 }\r
 610 return  String.instantialize (a);\r
 611 });\r
 612 c$ = Clazz.p0p ();\r
 613 };\r
 614 Clazz.defineStatics (c$,\r
 615 "ANNOTATION_ID_PREFIX", "ann",\r
 616 "SEQUENCE_PROFILE", 0,\r
 617 "STRUCTURE_PROFILE", 1,\r
 618 "CDNA_PROFILE", 2,\r
 619 "counter", 0,\r
 620 "NO_GRAPH", 0,\r
 621 "BAR_GRAPH", 1,\r
 622 "LINE_GRAPH", 2);\r
 623 });\r