site/j2s/jalview/datamodel/AlignmentOrder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignmentOrder", ["java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.Type = 0;
   5 this.Name = null;
   6 this.Order = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.datamodel, "AlignmentOrder");
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function () {
  11 });
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (anOrder) {
  14 this.Order = anOrder;
  15 }, "java.util.List");
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (orderFrom) {
  18 this.Order =  new java.util.ArrayList ();
  19 for (var seq, $seq = orderFrom.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
  20 this.Order.add (seq);
  21 }
  22 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  23 Clazz.makeConstructor (c$,
  24 function (orderFrom) {
  25 this.Order =  new java.util.ArrayList (java.util.Arrays.asList (orderFrom));
  26 }, "~A");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "setType",
  28 function (Type) {
  29 this.Type = Type;
  30 }, "~N");
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getType",
  32 function () {
  33 return this.Type;
  34 });
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setName",
  36 function (Name) {
  37 this.Name = Name;
  38 }, "~S");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "getName",
  40 function () {
  41 return this.Name;
  42 });
  43 Clazz.defineMethod (c$, "setOrder",
  44 function (Order) {
  45 this.Order = Order;
  46 }, "java.util.List");
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getOrder",
  48 function () {
  49 return this.Order;
  50 });
  51 Clazz.defineMethod (c$, "updateSequence",
  52 function (oldref, newref) {
  53 var found = this.Order.indexOf (oldref);
  54 if (found > -1) {
  55 this.Order.set (found, newref);
  56 }return found > -1;
  57 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
  58 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
  59 function (o) {
  60 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.AlignmentOrder))) {
  61 return false;
  62 }return this.equals (o, true);
  63 }, "~O");
  64 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
  65 function (o, identity) {
  66 if (o !== this) {
  67 if (o == null) {
  68 return false;
  69 }if (this.Order != null && o.Order != null && this.Order.size () == o.Order.size ()) {
  70 if (!identity) {
  71 throw  new Error ("Weak sequenceI equivalence not yet implemented.");
  72 } else {
  73 for (var i = 0, j = o.Order.size (); i < j; i++) {
  74 if (this.Order.get (i) !== o.Order.get (i)) {
  75 return false;
  76 }}
  77 }} else {
  78 return false;
  79 }}return true;
  80 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder,~B");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "isConsistent",
  82 function (o) {
  83 return this.isConsistent (o, true);
  84 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder");
  85 Clazz.defineMethod (c$, "isConsistent",
  86 function (o, identity) {
  87 if (o !== this) {
  88 if (o == null) {
  89 return false;
  90 }if (this.Order != null && o.Order != null) {
  91 var c;
  92 var s;
  93 if (o.Order.size () > this.Order.size ()) {
  94 c = o.Order;
  95 s = this.Order;
  96 } else {
  97 c = this.Order;
  98 s = o.Order;
  99 }if (!identity) {
 100 throw  new Error ("Weak sequenceI equivalence not yet implemented.");
 101 } else {
 102 var last = -1;
 103 for (var i = 0, j = s.size (); i < j; i++) {
 104 var pos = c.indexOf (s.get (i));
 105 if (pos > last) {
 106 last = pos;
 107 } else {
 108 return false;
 109 }}
 110 }} else {
 111 return false;
 112 }}return true;
 113 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder,~B");
 114 Clazz.defineStatics (c$,
 115 "FILE", 0,
 116 "MSA", 1,
 117 "USER", 2);
 118 });