site/j2s/jalview/datamodel/CigarArray.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarBase"], "jalview.datamodel.CigarArray", ["jalview.datamodel.CigarCigar", "$.SeqCigar", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.refCigars = null;
   5 this.seqcigararray = false;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.datamodel, "CigarArray", jalview.datamodel.CigarBase);
   8 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqCigarArray",
   9 function () {
  10 return this.seqcigararray;
  11 });
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (cigars) {
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.CigarArray);
  15 this.seqcigararray = true;
  16 if (cigars != null && cigars.length > 0) {
  17 this.refCigars =  new Array (cigars.length);
  18 for (var c = 0; c < cigars.length; c++) {
  19 this.refCigars[c] = cigars[c];
  20 if (!((Clazz.instanceOf (cigars[c], jalview.datamodel.SeqCigar)) || Clazz.instanceOf (cigars[c], jalview.datamodel.CigarCigar))) {
  21 this.seqcigararray = false;
  22 }}
  23 }}, "~A");
  24 Clazz.makeConstructor (c$,
  25 function (alignment, columnSelection, selectionGroup) {
  26 this.construct (jalview.datamodel.CigarArray.constructSeqCigarArray (alignment, selectionGroup));
  27 this.constructFromAlignment (alignment, columnSelection != null ? columnSelection.getHiddenColumns () : null, selectionGroup);
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  29 c$._calcStartEndBounds = Clazz.defineMethod (c$, "_calcStartEndBounds",
  30  function (alignment, selectionGroup) {
  31 var startend =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0, 0]);
  32 if (selectionGroup != null) {
  33 startend[0] = selectionGroup.getSize ();
  34 startend[1] = selectionGroup.getStartRes ();
  35 startend[2] = selectionGroup.getEndRes ();
  36 } else {
  37 startend[0] = alignment.getHeight ();
  38 startend[2] = alignment.getWidth () - 1;
  39 }return startend;
  40 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  41 c$.constructSeqCigarArray = Clazz.defineMethod (c$, "constructSeqCigarArray",
  42 function (alignment, selectionGroup) {
  43 var seqs = null;
  44 var i;
  45 var iSize;
  46 var _startend = jalview.datamodel.CigarArray._calcStartEndBounds (alignment, selectionGroup);
  47 var start = _startend[1];
  48 var end = _startend[2];
  49 if (selectionGroup != null) {
  50 iSize = selectionGroup.getSize ();
  51 seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder (alignment);
  52 start = selectionGroup.getStartRes ();
  53 end = selectionGroup.getEndRes ();
  54 } else {
  55 iSize = alignment.getHeight ();
  56 seqs = alignment.getSequencesArray ();
  57 end = alignment.getWidth () - 1;
  58 }var selseqs =  new Array (iSize);
  59 for (i = 0; i < iSize; i++) {
  60 selseqs[i] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (seqs[i], start, end);
  61 }
  62 return selseqs;
  63 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  64 Clazz.defineMethod (c$, "constructFromAlignment",
  65  function (alignment, list, selectionGroup) {
  66 var _startend = jalview.datamodel.CigarArray._calcStartEndBounds (alignment, selectionGroup);
  67 var start = _startend[1];
  68 var end = _startend[2];
  69 if (list != null) {
  70 var region;
  71 var hideStart;
  72 var hideEnd;
  73 var last = start;
  74 for (var j = 0;  new Boolean (last < end & j < list.size ()).valueOf (); j++) {
  75 region = list.get (j);
  76 hideStart = region[0];
  77 hideEnd = region[1];
  78 if (hideStart < last) {
  79 if (hideEnd > last) {
  80 hideStart = last;
  81 } else {
  82 continue;
  83 }}if (hideStart > end) {
  84 break;
  85 }if (hideEnd > end) {
  86 hideEnd = end;
  87 }if (hideStart > hideEnd) {
  88 break;
  89 }if (last < hideStart) {
  90 this.addOperation ('M', hideStart - last);
  91 }this.addOperation ('D', 1 + hideEnd - hideStart);
  92 last = hideEnd + 1;
  93 }
  94 if (last < end) {
  95 this.addOperation ('M', end - last + 1);
  96 }} else {
  97 this.addOperation ('M', end - start + 1);
  98 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  99 Clazz.defineMethod (c$, "getArrayofSequenceAndDeletions",
 100 function (GapChar) {
 101 if (this.refCigars == null || this.refCigars.length == 0 || this.length == 0) {
 102 return null;
 103 }var sqanddels =  new Array (this.refCigars.length);
 104 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {
 105 var refString = this.refCigars[c].getSequenceString (GapChar);
 106 if (refString != null) {
 107 sqanddels[c] = this.getSequenceAndDeletions (refString, GapChar);
 108 } else {
 109 sqanddels[c] = null;
 110 }}
 111 return sqanddels;
 112 }, "~S");
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceString",
 114 function (GapChar) {
 115 if (this.length == 0 || this.refCigars == null) {
 116 return "";
 117 }var seqStrings =  new StringBuffer ();
 118 var sqanddels = this.getArrayofSequenceAndDeletions (GapChar);
 119 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {
 120 if (sqanddels[c] != null) {
 121 seqStrings.append (sqanddels[c][0]);
 122 sqanddels[c][0] = null;
 123 }seqStrings.append ('\n');
 124 }
 125 return seqStrings.toString ();
 126 }, "~S");
 127 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceStrings",
 128 function (GapChar) {
 129 if (this.length == 0 || this.refCigars == null || this.refCigars.length == 0) {
 130 return null;
 131 }var sqanddels = this.getArrayofSequenceAndDeletions (GapChar);
 132 var seqs =  new Array (sqanddels.length);
 133 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {
 134 seqs[c] = sqanddels[c][0];
 135 }
 136 return seqs;
 137 }, "~S");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "applyDeletions",
 139 function () {
 140 var delpos = null;
 141 if (this.length == 0) {
 142 return null;
 143 }var cursor = 0;
 144 var vcursor = 0;
 145 var offset = 0;
 146 var i = 0;
 147 while (i < this.length) {
 148 if (this.operation[i] != 'D') {
 149 if (this.operation[i] == 'M') {
 150 cursor += this.range[i];
 151 }vcursor += this.range[i++];
 152 } else {
 153 if (delpos == null) {
 154 delpos =  new java.util.Vector ();
 155 }var delstart = cursor;
 156 var delend = cursor + this.range[i] - 1;
 157 delpos.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [vcursor + offset, this.range[i]]));
 158 offset += this.range[i] - 1;
 159 System.arraycopy (this.operation, i + 1, this.operation, i, this.length - i);
 160 System.arraycopy (this.range, i + 1, this.range, i, this.length - i);
 161 this.length--;
 162 for (var s = 0; s < this.refCigars.length; s++) {
 163 var d = this.refCigars[s].deleteRange (delstart, delend);
 164 }
 165 }}
 166 if (delpos != null) {
 167 var pos =  Clazz.newIntArray (delpos.size () * 2, 0);
 168 for (var k = 0, l = delpos.size (); k < l; k++) {
 169 var dr = (delpos.elementAt (k));
 170 pos[k * 2] = dr[0];
 171 pos[k * 2 + 1] = dr[1];
 172 delpos.setElementAt (null, k);
 173 }
 174 delpos = null;
 175 return pos;
 176 }return null;
 177 });
 178 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqCigarArray",
 179 function () {
 180 if (!this.isSeqCigarArray ()) {
 181 return null;
 182 }var sa =  new Array (this.refCigars.length);
 183 for (var i = 0; i < this.refCigars.length; i++) {
 184 sa[i] = this.refCigars[i];
 185 }
 186 return sa;
 187 });
 188 });