site/j2s/jalview/datamodel/ColumnSelection.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], "jalview.datamodel.ColumnSelection", ["jalview.util.ShiftList", "jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Collections"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.selected = null;\r
   5 this.hiddenColumns = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.datamodel, "ColumnSelection");\r
   8 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
   9 this.selected =  new java.util.Vector ();\r
  10 });\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addElement", \r
  12 function (col) {\r
  13 var column =  new Integer (col);\r
  14 if (!this.selected.contains (column)) {\r
  15 this.selected.addElement (column);\r
  16 }}, "~N");\r
  17 Clazz.defineMethod (c$, "clear", \r
  18 function () {\r
  19 this.selected.removeAllElements ();\r
  20 });\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "removeElement", \r
  22 function (col) {\r
  23 var colInt =  new Integer (col);\r
  24 if (this.selected.contains (colInt)) {\r
  25 this.selected.removeElement (colInt);\r
  26 }}, "~N");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "removeElements", \r
  28 function (start, end) {\r
  29 var colInt;\r
  30 for (var i = start; i < end; i++) {\r
  31 colInt =  new Integer (i);\r
  32 if (this.selected.contains (colInt)) {\r
  33 this.selected.removeElement (colInt);\r
  34 }}\r
  35 }, "~N,~N");\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "getSelected", \r
  37 function () {\r
  38 return this.selected;\r
  39 });\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "contains", \r
  41 function (col) {\r
  42 return this.selected.contains ( new Integer (col));\r
  43 }, "~N");\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "columnAt", \r
  45 function (i) {\r
  46 return this.selected.elementAt (i).intValue ();\r
  47 }, "~N");\r
  48 Clazz.defineMethod (c$, "size", \r
  49 function () {\r
  50 return this.selected.size ();\r
  51 });\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "getMax", \r
  53 function () {\r
  54 var max = -1;\r
  55 for (var i = 0; i < this.selected.size (); i++) {\r
  56 if (this.columnAt (i) > max) {\r
  57 max = this.columnAt (i);\r
  58 }}\r
  59 return max;\r
  60 });\r
  61 Clazz.defineMethod (c$, "getMin", \r
  62 function () {\r
  63 var min = 1000000000;\r
  64 for (var i = 0; i < this.selected.size (); i++) {\r
  65 if (this.columnAt (i) < min) {\r
  66 min = this.columnAt (i);\r
  67 }}\r
  68 return min;\r
  69 });\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForEdit", \r
  71 function (start, change) {\r
  72 var deletedHiddenColumns = null;\r
  73 for (var i = 0; i < this.size (); i++) {\r
  74 var temp = this.columnAt (i);\r
  75 if (temp >= start) {\r
  76 this.selected.setElementAt ( new Integer (temp - change), i);\r
  77 }}\r
  78 if (this.hiddenColumns != null) {\r
  79 deletedHiddenColumns =  new java.util.ArrayList ();\r
  80 var hSize = this.hiddenColumns.size ();\r
  81 for (var i = 0; i < hSize; i++) {\r
  82 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
  83 if (region[0] > start && start + change > region[1]) {\r
  84 deletedHiddenColumns.add (region);\r
  85 this.hiddenColumns.removeElementAt (i);\r
  86 i--;\r
  87 hSize--;\r
  88 continue;\r
  89 }if (region[0] > start) {\r
  90 region[0] -= change;\r
  91 region[1] -= change;\r
  92 }if (region[0] < 0) {\r
  93 region[0] = 0;\r
  94 }}\r
  95 this.revealHiddenColumns (0);\r
  96 }return deletedHiddenColumns;\r
  97 }, "~N,~N");\r
  98 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForDelEdits", \r
  99  function (start, change) {\r
 100 for (var i = 0; i < this.size (); i++) {\r
 101 var temp = this.columnAt (i);\r
 102 if (temp >= start) {\r
 103 this.selected.setElementAt ( new Integer (temp - change), i);\r
 104 }}\r
 105 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 106 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 107 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 108 if (region[0] >= start) {\r
 109 region[0] -= change;\r
 110 }if (region[1] >= start) {\r
 111 region[1] -= change;\r
 112 }if (region[1] < region[0]) {\r
 113 this.hiddenColumns.removeElementAt (i--);\r
 114 }if (region[0] < 0) {\r
 115 region[0] = 0;\r
 116 }if (region[1] < 0) {\r
 117 region[1] = 0;\r
 118 }}\r
 119 }}, "~N,~N");\r
 120 Clazz.defineMethod (c$, "compensateForEdits", \r
 121 function (shiftrecord) {\r
 122 if (shiftrecord != null) {\r
 123 var shifts = shiftrecord.getShifts ();\r
 124 if (shifts != null && shifts.size () > 0) {\r
 125 var shifted = 0;\r
 126 for (var i = 0, j = shifts.size (); i < j; i++) {\r
 127 var sh = shifts.get (i);\r
 128 this.compensateForDelEdits (shifted + sh[0], sh[1]);\r
 129 shifted -= sh[1];\r
 130 }\r
 131 }return shiftrecord.getInverse ();\r
 132 }return null;\r
 133 }, "jalview.util.ShiftList");\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "pruneIntervalVector", \r
 135  function (shifts, intervals) {\r
 136 var pruned = false;\r
 137 var i = 0;\r
 138 var j = intervals.size () - 1;\r
 139 var s = 0;\r
 140 var t = shifts.size () - 1;\r
 141 var hr = intervals.elementAt (i);\r
 142 var sr = shifts.get (s);\r
 143 while (i <= j && s <= t) {\r
 144 var trailinghn = hr[1] >= sr[0];\r
 145 if (!trailinghn) {\r
 146 if (i < j) {\r
 147 hr = intervals.elementAt (++i);\r
 148 } else {\r
 149 i++;\r
 150 }continue;\r
 151 }var endshift = sr[0] + sr[1];\r
 152 if (endshift < hr[0] || endshift < sr[0]) {\r
 153 if (s < t) {\r
 154 sr = shifts.get (++s);\r
 155 } else {\r
 156 s++;\r
 157 }continue;\r
 158 }var leadinghn = hr[0] >= sr[0];\r
 159 var leadinghc = hr[0] < endshift;\r
 160 var trailinghc = hr[1] < endshift;\r
 161 if (leadinghn) {\r
 162 if (trailinghc) {\r
 163 intervals.removeElementAt (i);\r
 164 pruned = true;\r
 165 j--;\r
 166 if (i <= j) {\r
 167 hr = intervals.elementAt (i);\r
 168 }continue;\r
 169 }if (leadinghc) {\r
 170 hr[0] = endshift;\r
 171 leadinghn = !leadinghn;\r
 172 pruned = true;\r
 173 }}if (!leadinghn) {\r
 174 if (trailinghc) {\r
 175 if (trailinghn) {\r
 176 hr[1] = sr[0] - 1;\r
 177 pruned = true;\r
 178 }} else {\r
 179 if (s < t) {\r
 180 sr = shifts.get (++s);\r
 181 } else {\r
 182 s++;\r
 183 }continue;\r
 184 }}}\r
 185 return pruned;\r
 186 }, "java.util.List,java.util.Vector");\r
 187 Clazz.defineMethod (c$, "pruneColumnList", \r
 188  function (shifts, list) {\r
 189 var s = 0;\r
 190 var t = shifts.size ();\r
 191 var sr = shifts.get (s++);\r
 192 var pruned = false;\r
 193 var i = 0;\r
 194 var j = list.size ();\r
 195 while (i < j && s <= t) {\r
 196 var c = list.elementAt (i++).intValue ();\r
 197 if (sr[0] <= c) {\r
 198 if (sr[1] + sr[0] >= c) {\r
 199 list.removeElementAt (--i);\r
 200 j--;\r
 201 } else {\r
 202 if (s < t) {\r
 203 sr = shifts.get (s);\r
 204 }s++;\r
 205 }}}\r
 206 return pruned;\r
 207 }, "java.util.List,java.util.Vector");\r
 208 Clazz.defineMethod (c$, "pruneDeletions", \r
 209 function (deletions) {\r
 210 if (deletions != null) {\r
 211 var shifts = deletions.getShifts ();\r
 212 if (shifts != null && shifts.size () > 0) {\r
 213 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 214 this.pruneIntervalVector (shifts, this.hiddenColumns);\r
 215 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () == 0) {\r
 216 this.hiddenColumns = null;\r
 217 }}if (this.selected != null && this.selected.size () > 0) {\r
 218 this.pruneColumnList (shifts, this.selected);\r
 219 if (this.selected != null && this.selected.size () == 0) {\r
 220 this.selected = null;\r
 221 }}this.compensateForEdits (deletions);\r
 222 }}}, "jalview.util.ShiftList");\r
 223 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenColumns", \r
 224 function () {\r
 225 return this.hiddenColumns == null ? java.util.Collections.emptyList () : this.hiddenColumns;\r
 226 });\r
 227 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForHiddenColumns", \r
 228 function (column) {\r
 229 var result = column;\r
 230 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 231 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 232 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 233 if (result >= region[0]) {\r
 234 result += region[1] - region[0] + 1;\r
 235 }}\r
 236 }return result;\r
 237 }, "~N");\r
 238 Clazz.defineMethod (c$, "findColumnPosition", \r
 239 function (hiddenColumn) {\r
 240 var result = hiddenColumn;\r
 241 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 242 var index = 0;\r
 243 var region;\r
 244 do {\r
 245 region = this.hiddenColumns.elementAt (index++);\r
 246 if (hiddenColumn > region[1]) {\r
 247 result -= region[1] + 1 - region[0];\r
 248 }} while ((hiddenColumn > region[1]) && (index < this.hiddenColumns.size ()));\r
 249 if (hiddenColumn > region[0] && hiddenColumn < region[1]) {\r
 250 return region[0] + hiddenColumn - result;\r
 251 }}return result;\r
 252 }, "~N");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "findHiddenRegionPosition", \r
 254 function (hiddenRegion) {\r
 255 var result = 0;\r
 256 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 257 var index = 0;\r
 258 var gaps = 0;\r
 259 do {\r
 260 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);\r
 261 if (hiddenRegion == 0) {\r
 262 return region[0];\r
 263 }gaps += region[1] + 1 - region[0];\r
 264 result = region[1] + 1;\r
 265 index++;\r
 266 } while (index < hiddenRegion + 1);\r
 267 result -= gaps;\r
 268 }return result;\r
 269 }, "~N");\r
 270 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenBoundaryRight", \r
 271 function (alPos) {\r
 272 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 273 var index = 0;\r
 274 do {\r
 275 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);\r
 276 if (alPos < region[0]) {\r
 277 return region[0];\r
 278 }index++;\r
 279 } while (index < this.hiddenColumns.size ());\r
 280 }return alPos;\r
 281 }, "~N");\r
 282 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenBoundaryLeft", \r
 283 function (alPos) {\r
 284 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 285 var index = this.hiddenColumns.size () - 1;\r
 286 do {\r
 287 var region = this.hiddenColumns.elementAt (index);\r
 288 if (alPos > region[1]) {\r
 289 return region[1];\r
 290 }index--;\r
 291 } while (index > -1);\r
 292 }return alPos;\r
 293 }, "~N");\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "hideSelectedColumns", \r
 295 function () {\r
 296 while (this.size () > 0) {\r
 297 var column = this.getSelected ().firstElement ().intValue ();\r
 298 this.hideColumns (column);\r
 299 }\r
 300 });\r
 301 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns", \r
 302 function (start, end) {\r
 303 if (this.hiddenColumns == null) {\r
 304 this.hiddenColumns =  new java.util.Vector ();\r
 305 }var added = false;\r
 306 var overlap = false;\r
 307 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 308 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 309 if (start <= region[1] && end >= region[0]) {\r
 310 this.hiddenColumns.removeElementAt (i);\r
 311 overlap = true;\r
 312 break;\r
 313 } else if (end < region[0] && start < region[0]) {\r
 314 this.hiddenColumns.insertElementAt ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]), i);\r
 315 added = true;\r
 316 break;\r
 317 }}\r
 318 if (overlap) {\r
 319 this.hideColumns (start, end);\r
 320 } else if (!added) {\r
 321 this.hiddenColumns.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]));\r
 322 }}, "~N,~N");\r
 323 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns", \r
 324 function (col) {\r
 325 var min = col;\r
 326 var max = col + 1;\r
 327 while (this.contains (min)) {\r
 328 this.removeElement (min);\r
 329 min--;\r
 330 }\r
 331 while (this.contains (max)) {\r
 332 this.removeElement (max);\r
 333 max++;\r
 334 }\r
 335 min++;\r
 336 max--;\r
 337 if (min > max) {\r
 338 min = max;\r
 339 }this.hideColumns (min, max);\r
 340 }, "~N");\r
 341 Clazz.defineMethod (c$, "revealAllHiddenColumns", \r
 342 function () {\r
 343 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 344 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 345 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 346 for (var j = region[0]; j < region[1] + 1; j++) {\r
 347 this.addElement (j);\r
 348 }\r
 349 }\r
 350 }this.hiddenColumns = null;\r
 351 });\r
 352 Clazz.defineMethod (c$, "revealHiddenColumns", \r
 353 function (res) {\r
 354 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 355 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 356 if (res == region[0]) {\r
 357 for (var j = region[0]; j < region[1] + 1; j++) {\r
 358 this.addElement (j);\r
 359 }\r
 360 this.hiddenColumns.removeElement (region);\r
 361 break;\r
 362 }}\r
 363 if (this.hiddenColumns.size () == 0) {\r
 364 this.hiddenColumns = null;\r
 365 }}, "~N");\r
 366 Clazz.defineMethod (c$, "isVisible", \r
 367 function (column) {\r
 368 if (this.hiddenColumns != null) {\r
 369 for (var i = 0; i < this.hiddenColumns.size (); i++) {\r
 370 var region = this.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 371 if (column >= region[0] && column <= region[1]) {\r
 372 return false;\r
 373 }}\r
 374 }return true;\r
 375 }, "~N");\r
 376 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 377 function (copy) {\r
 378 if (copy != null) {\r
 379 if (copy.selected != null) {\r
 380 this.selected =  new java.util.Vector ();\r
 381 for (var i = 0, j = copy.selected.size (); i < j; i++) {\r
 382 this.selected.addElement (copy.selected.elementAt (i));\r
 383 }\r
 384 }if (copy.hiddenColumns != null) {\r
 385 this.hiddenColumns =  new java.util.Vector (copy.hiddenColumns.size ());\r
 386 for (var i = 0, j = copy.hiddenColumns.size (); i < j; i++) {\r
 387 var rh;\r
 388 var cp;\r
 389 rh = copy.hiddenColumns.elementAt (i);\r
 390 if (rh != null) {\r
 391 cp =  Clazz.newIntArray (rh.length, 0);\r
 392 System.arraycopy (rh, 0, cp, 0, rh.length);\r
 393 this.hiddenColumns.addElement (cp);\r
 394 }}\r
 395 }}}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 396 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 397 function () {\r
 398 });\r
 399 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleSequenceStrings", \r
 400 function (start, end, seqs) {\r
 401 var i;\r
 402 var iSize = seqs.length;\r
 403 var selection =  new Array (iSize);\r
 404 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {\r
 405 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 406 var visibleSeq =  new StringBuffer ();\r
 407 var regions = this.getHiddenColumns ();\r
 408 var blockStart = start;\r
 409 var blockEnd = end;\r
 410 var region;\r
 411 var hideStart;\r
 412 var hideEnd;\r
 413 for (var j = 0; j < regions.size (); j++) {\r
 414 region = regions.get (j);\r
 415 hideStart = region[0];\r
 416 hideEnd = region[1];\r
 417 if (hideStart < start) {\r
 418 continue;\r
 419 }blockStart = Math.min (blockStart, hideEnd + 1);\r
 420 blockEnd = Math.min (blockEnd, hideStart);\r
 421 if (blockStart > blockEnd) {\r
 422 break;\r
 423 }visibleSeq.append (seqs[i].getSequence (blockStart, blockEnd));\r
 424 blockStart = hideEnd + 1;\r
 425 blockEnd = end;\r
 426 }\r
 427 if (end > blockStart) {\r
 428 visibleSeq.append (seqs[i].getSequence (blockStart, end));\r
 429 }selection[i] = visibleSeq.toString ();\r
 430 }\r
 431 } else {\r
 432 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 433 selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString (start, end);\r
 434 }\r
 435 }return selection;\r
 436 }, "~N,~N,~A");\r
 437 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs", \r
 438 function (start, end) {\r
 439 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {\r
 440 var visiblecontigs =  new java.util.ArrayList ();\r
 441 var regions = this.getHiddenColumns ();\r
 442 var vstart = start;\r
 443 var region;\r
 444 var hideStart;\r
 445 var hideEnd;\r
 446 for (var j = 0; vstart < end && j < regions.size (); j++) {\r
 447 region = regions.get (j);\r
 448 hideStart = region[0];\r
 449 hideEnd = region[1];\r
 450 if (hideEnd < vstart) {\r
 451 continue;\r
 452 }if (hideStart > vstart) {\r
 453 visiblecontigs.add ( Clazz.newIntArray (-1, [vstart, hideStart - 1]));\r
 454 }vstart = hideEnd + 1;\r
 455 }\r
 456 if (vstart < end) {\r
 457 visiblecontigs.add ( Clazz.newIntArray (-1, [vstart, end - 1]));\r
 458 }var vcontigs =  Clazz.newIntArray (visiblecontigs.size () * 2, 0);\r
 459 for (var i = 0, j = visiblecontigs.size (); i < j; i++) {\r
 460 var vc = visiblecontigs.get (i);\r
 461 visiblecontigs.set (i, null);\r
 462 vcontigs[i * 2] = vc[0];\r
 463 vcontigs[i * 2 + 1] = vc[1];\r
 464 }\r
 465 visiblecontigs.clear ();\r
 466 return vcontigs;\r
 467 } else {\r
 468 return  Clazz.newIntArray (-1, [start, end - 1]);\r
 469 }}, "~N,~N");\r
 470 Clazz.defineMethod (c$, "makeVisibleAnnotation", \r
 471 function (alignmentAnnotation) {\r
 472 this.makeVisibleAnnotation (-1, -1, alignmentAnnotation);\r
 473 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 474 Clazz.defineMethod (c$, "makeVisibleAnnotation", \r
 475 function (start, end, alignmentAnnotation) {\r
 476 if (alignmentAnnotation.annotations == null) {\r
 477 return;\r
 478 }if (start == end && end == -1) {\r
 479 start = 0;\r
 480 end = alignmentAnnotation.annotations.length;\r
 481 }if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {\r
 482 var annels =  new java.util.Vector ();\r
 483 var els = null;\r
 484 var regions = this.getHiddenColumns ();\r
 485 var blockStart = start;\r
 486 var blockEnd = end;\r
 487 var region;\r
 488 var hideStart;\r
 489 var hideEnd;\r
 490 var w = 0;\r
 491 for (var j = 0; j < regions.size (); j++) {\r
 492 region = regions.get (j);\r
 493 hideStart = region[0];\r
 494 hideEnd = region[1];\r
 495 if (hideStart < start) {\r
 496 continue;\r
 497 }blockStart = Math.min (blockStart, hideEnd + 1);\r
 498 blockEnd = Math.min (blockEnd, hideStart);\r
 499 if (blockStart > blockEnd) {\r
 500 break;\r
 501 }annels.addElement (els =  new Array (blockEnd - blockStart));\r
 502 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, els.length);\r
 503 w += els.length;\r
 504 blockStart = hideEnd + 1;\r
 505 blockEnd = end;\r
 506 }\r
 507 if (end > blockStart) {\r
 508 annels.addElement (els =  new Array (end - blockStart + 1));\r
 509 if ((els.length + blockStart) <= alignmentAnnotation.annotations.length) {\r
 510 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, els.length);\r
 511 } else {\r
 512 System.arraycopy (alignmentAnnotation.annotations, blockStart, els, 0, (alignmentAnnotation.annotations.length - blockStart));\r
 513 }w += els.length;\r
 514 }if (w == 0) {\r
 515 return;\r
 516 }alignmentAnnotation.annotations =  new Array (w);\r
 517 w = 0;\r
 518 for (var chnk, $chnk = annels.iterator (); $chnk.hasNext () && ((chnk = $chnk.next ()) || true);) {\r
 519 System.arraycopy (chnk, 0, alignmentAnnotation.annotations, w, chnk.length);\r
 520 w += chnk.length;\r
 521 }\r
 522 } else {\r
 523 alignmentAnnotation.restrict (start, end);\r
 524 }}, "~N,~N,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 525 Clazz.defineMethod (c$, "invertColumnSelection", \r
 526 function (first, width) {\r
 527 var hasHidden = this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0;\r
 528 for (var i = first; i < width; i++) {\r
 529 if (this.contains (i)) {\r
 530 this.removeElement (i);\r
 531 } else {\r
 532 if (!hasHidden || this.isVisible (i)) {\r
 533 this.addElement (i);\r
 534 }}}\r
 535 }, "~N,~N");\r
 536 Clazz.defineMethod (c$, "addElementsFrom", \r
 537 function (colsel) {\r
 538 if (colsel != null && colsel.size () > 0) {\r
 539 for (var col, $col = colsel.getSelected ().iterator (); $col.hasNext () && ((col = $col.next ()) || true);) {\r
 540 if (this.hiddenColumns != null && this.isVisible (col.intValue ())) {\r
 541 if (!this.selected.contains (col)) {\r
 542 this.selected.addElement (col);\r
 543 }}}\r
 544 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 545 Clazz.defineMethod (c$, "setElementsFrom", \r
 546 function (colsel) {\r
 547 this.selected =  new java.util.Vector ();\r
 548 if (colsel.selected != null && colsel.selected.size () > 0) {\r
 549 if (this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0) {\r
 550 this.addElementsFrom (colsel);\r
 551 } else {\r
 552 for (var col, $col = colsel.getSelected ().iterator (); $col.hasNext () && ((col = $col.next ()) || true);) {\r
 553 this.addElement ((col).intValue ());\r
 554 }\r
 555 }}}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 556 c$.propagateInsertions = Clazz.defineMethod (c$, "propagateInsertions", \r
 557 function (profileseq, al, input) {\r
 558 var profsqpos = 0;\r
 559 var gc = al.getGapCharacter ();\r
 560 var alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection (gc);\r
 561 var nview = alandcolsel[1];\r
 562 var origseq = (alandcolsel[0])[profsqpos];\r
 563 nview.propagateInsertions (profileseq, al, origseq);\r
 564 return nview;\r
 565 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentView");\r
 566 Clazz.defineMethod (c$, "propagateInsertions", \r
 567 function (profileseq, al, origseq) {\r
 568 var gc = al.getGapCharacter ();\r
 569 this.pruneDeletions (jalview.util.ShiftList.parseMap (origseq.gapMap ()));\r
 570 var viscontigs = this.getVisibleContigs (0, profileseq.getLength ());\r
 571 var spos = 0;\r
 572 var offset = 0;\r
 573 for (var v = 0; v < viscontigs.length; v += 2) {\r
 574 if (viscontigs[v] > spos) {\r
 575 var sb =  new StringBuffer ();\r
 576 for (var s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++) {\r
 577 sb.append (gc);\r
 578 }\r
 579 for (var s = 0, ns = al.getHeight (); s < ns; s++) {\r
 580 var sqobj = al.getSequenceAt (s);\r
 581 if (sqobj !== profileseq) {\r
 582 var sq = al.getSequenceAt (s).getSequenceAsString ();\r
 583 if (sq.length <= spos + offset) {\r
 584 var diff = spos + offset - sq.length - 1;\r
 585 if (diff > 0) {\r
 586 sq = sq + sb;\r
 587 while ((diff = spos + offset - sq.length - 1) > 0) {\r
 588 if (diff >= sb.length ()) {\r
 589 sq += sb.toString ();\r
 590 } else {\r
 591 var buf =  Clazz.newCharArray (diff, '\0');\r
 592 sb.getChars (0, diff, buf, 0);\r
 593 sq += buf.toString ();\r
 594 }}\r
 595 }sq += sb.toString ();\r
 596 } else {\r
 597 al.getSequenceAt (s).setSequence (sq.substring (0, spos + offset) + sb.toString () + sq.substring (spos + offset));\r
 598 }}}\r
 599 }spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
 600 }\r
 601 if ((offset + spos) < profileseq.getLength ()) {\r
 602 var sb =  new StringBuffer ();\r
 603 for (var s = 0, ns = profileseq.getLength () - spos - offset; s < ns; s++) {\r
 604 sb.append (gc);\r
 605 }\r
 606 for (var s = 0, ns = al.getHeight (); s < ns; s++) {\r
 607 var sqobj = al.getSequenceAt (s);\r
 608 if (sqobj === profileseq) {\r
 609 continue;\r
 610 }var sq = sqobj.getSequenceAsString ();\r
 611 var diff = origseq.getLength () - sq.length;\r
 612 while (diff > 0) {\r
 613 if (diff >= sb.length ()) {\r
 614 sq += sb.toString ();\r
 615 } else {\r
 616 var buf =  Clazz.newCharArray (diff, '\0');\r
 617 sb.getChars (0, diff, buf, 0);\r
 618 sq += buf.toString ();\r
 619 }diff = origseq.getLength () - sq.length;\r
 620 }\r
 621 }\r
 622 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 623 Clazz.defineMethod (c$, "hasSelectedColumns", \r
 624 function () {\r
 625 return (this.selected != null && this.selected.size () > 0);\r
 626 });\r
 627 Clazz.defineMethod (c$, "hasHiddenColumns", \r
 628 function () {\r
 629 return this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 0;\r
 630 });\r
 631 Clazz.defineMethod (c$, "hasManyHiddenColumns", \r
 632 function () {\r
 633 return this.hiddenColumns != null && this.hiddenColumns.size () > 1;\r
 634 });\r
 635 Clazz.defineMethod (c$, "hideInsertionsFor", \r
 636 function (sr) {\r
 637 var inserts = sr.getInsertions ();\r
 638 for (var r, $r = inserts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {\r
 639 this.hideColumns (r[0], r[1]);\r
 640 }\r
 641 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 642 Clazz.defineMethod (c$, "filterAnnotations", \r
 643 function (annotations, filterParams) {\r
 644 this.revealAllHiddenColumns ();\r
 645 this.clear ();\r
 646 var count = 0;\r
 647 do {\r
 648 if (annotations[count] != null) {\r
 649 var itemMatched = false;\r
 650 if (filterParams.getThresholdType () === jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.ABOVE_THRESHOLD && annotations[count].value >= filterParams.getThresholdValue ()) {\r
 651 itemMatched = true;\r
 652 }if (filterParams.getThresholdType () === jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.BELOW_THRESHOLD && annotations[count].value <= filterParams.getThresholdValue ()) {\r
 653 itemMatched = true;\r
 654 }if (filterParams.isFilterAlphaHelix () && annotations[count].secondaryStructure == 'H') {\r
 655 itemMatched = true;\r
 656 }if (filterParams.isFilterBetaSheet () && annotations[count].secondaryStructure == 'E') {\r
 657 itemMatched = true;\r
 658 }if (filterParams.isFilterTurn () && annotations[count].secondaryStructure == 'S') {\r
 659 itemMatched = true;\r
 660 }var regexSearchString = filterParams.getRegexString ();\r
 661 if (regexSearchString != null && !filterParams.getRegexSearchFields ().isEmpty ()) {\r
 662 var fields = filterParams.getRegexSearchFields ();\r
 663 try {\r
 664 if (fields.contains (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DISPLAY_STRING) && annotations[count].displayCharacter.matches (regexSearchString)) {\r
 665 itemMatched = true;\r
 666 }} catch (pse) {\r
 667 if (Clazz.exceptionOf (pse, java.util.regex.PatternSyntaxException)) {\r
 668 if (annotations[count].displayCharacter.equals (regexSearchString)) {\r
 669 itemMatched = true;\r
 670 }} else {\r
 671 throw pse;\r
 672 }\r
 673 }\r
 674 if (fields.contains (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DESCRIPTION) && annotations[count].description != null && annotations[count].description.matches (regexSearchString)) {\r
 675 itemMatched = true;\r
 676 }}if (itemMatched) {\r
 677 this.addElement (count);\r
 678 }}count++;\r
 679 } while (count < annotations.length);\r
 680 return false;\r
 681 }, "~A,jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter");\r
 682 });\r