site/j2s/jalview/datamodel/DBRefEntry.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.DBRefEntry", ["jalview.datamodel.Mapping"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.source = "";\r
   5 this.version = "";\r
   6 this.accessionId = "";\r
   7 this.map = null;\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.datamodel, "DBRefEntry");\r
  10 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  11 function () {\r
  12 });\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function (source, version, accessionId) {\r
  15 this.construct (source, version, accessionId, null);\r
  16 }, "~S,~S,~S");\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function (source, version, accessionId, map) {\r
  19 this.source = source.toUpperCase ();\r
  20 this.version = version;\r
  21 this.accessionId = accessionId;\r
  22 this.map = map;\r
  23 }, "~S,~S,~S,jalview.datamodel.Mapping");\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (entry) {\r
  26 this.construct ((entry.source == null ? "" :  String.instantialize (entry.source)), (entry.version == null ? "" :  String.instantialize (entry.version)), (entry.accessionId == null ? "" :  String.instantialize (entry.accessionId)), (entry.map == null ? null :  new jalview.datamodel.Mapping (entry.map)));\r
  27 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "equals", \r
  29 function (o) {\r
  30 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.DBRefEntry))) {\r
  31 return false;\r
  32 }var entry = o;\r
  33 if (entry === this) {\r
  34 return true;\r
  35 }if (this.equalRef (entry) && ((this.map == null && entry.map == null) || (this.map != null && entry.map != null && this.map.equals (entry.map)))) {\r
  36 return true;\r
  37 }return false;\r
  38 }, "~O");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "equalRef", \r
  40 function (entry) {\r
  41 if (entry == null) {\r
  42 return false;\r
  43 }if (entry === this) {\r
  44 return true;\r
  45 }if ((this.source != null && entry.source != null && this.source.equalsIgnoreCase (entry.source)) && (this.accessionId != null && entry.accessionId != null && this.accessionId.equalsIgnoreCase (entry.accessionId)) && (this.version != null && entry.version != null && this.version.equalsIgnoreCase (entry.version))) {\r
  46 return true;\r
  47 }return false;\r
  48 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
  49 Clazz.defineMethod (c$, "getSource", \r
  50 function () {\r
  51 return this.source;\r
  52 });\r
  53 Clazz.defineMethod (c$, "getVersion", \r
  54 function () {\r
  55 return this.version;\r
  56 });\r
  57 Clazz.defineMethod (c$, "getAccessionId", \r
  58 function () {\r
  59 return this.accessionId;\r
  60 });\r
  61 Clazz.defineMethod (c$, "setAccessionId", \r
  62 function (accessionId) {\r
  63 this.accessionId = accessionId;\r
  64 }, "~S");\r
  65 Clazz.defineMethod (c$, "setSource", \r
  66 function (source) {\r
  67 this.source = source;\r
  68 }, "~S");\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setVersion", \r
  70 function (version) {\r
  71 this.version = version;\r
  72 }, "~S");\r
  73 Clazz.defineMethod (c$, "getMap", \r
  74 function () {\r
  75 return this.map;\r
  76 });\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "setMap", \r
  78 function (map) {\r
  79 this.map = map;\r
  80 }, "jalview.datamodel.Mapping");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "hasMap", \r
  82 function () {\r
  83 return this.map != null;\r
  84 });\r
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getSrcAccString", \r
  86 function () {\r
  87 return ((this.source != null) ? this.source : "") + ":" + ((this.accessionId != null) ? this.accessionId : "");\r
  88 });\r
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  90 function () {\r
  91 return this.getSrcAccString ();\r
  92 });\r
  93 });\r