site/j2s/jalview/datamodel/SearchResults.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList"], "jalview.datamodel.SearchResults", ["java.lang.StringBuilder", "java.util.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.matches = null;
   5 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.SearchResults.Match")) {
   6 jalview.datamodel.SearchResults.$SearchResults$Match$ ();
   7 }
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.datamodel, "SearchResults");
  10 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  11 this.matches =  new java.util.ArrayList ();
  12 });
  13 Clazz.defineMethod (c$, "addResult",
  14 function (seq, start, end) {
  15 this.matches.add (Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.SearchResults.Match, this, null, seq, start, end));
  16 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
  17 Clazz.defineMethod (c$, "involvesSequence",
  18 function (sequence) {
  19 var ds = sequence.getDatasetSequence ();
  20 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
  21 if (m.sequence != null && (m.sequence === sequence || m.sequence === ds)) {
  22 return true;
  23 }}
  24 return false;
  25 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  26 Clazz.defineMethod (c$, "getResults",
  27 function (sequence, start, end) {
  28 if (this.matches.isEmpty ()) {
  29 return null;
  30 }var result = null;
  31 var tmp = null;
  32 var resultLength;
  33 var matchStart = 0;
  34 var matchEnd = 0;
  35 var mfound;
  36 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
  37 mfound = false;
  38 if (m.sequence === sequence) {
  39 mfound = true;
  40 matchStart = sequence.findIndex (m.start) - 1;
  41 matchEnd = sequence.findIndex (m.end) - 1;
  42 } else if (m.sequence === sequence.getDatasetSequence ()) {
  43 mfound = true;
  44 matchStart = sequence.findIndex (m.start) - 1;
  45 matchEnd = sequence.findIndex (m.end) - 1;
  46 }if (mfound) {
  47 if (matchStart <= end && matchEnd >= start) {
  48 if (matchStart < start) {
  49 matchStart = start;
  50 }if (matchEnd > end) {
  51 matchEnd = end;
  52 }if (result == null) {
  53 result =  Clazz.newIntArray (-1, [matchStart, matchEnd]);
  54 } else {
  55 resultLength = result.length;
  56 tmp =  Clazz.newIntArray (resultLength + 2, 0);
  57 System.arraycopy (result, 0, tmp, 0, resultLength);
  58 result = tmp;
  59 result[resultLength] = matchStart;
  60 result[resultLength + 1] = matchEnd;
  61 }} else {
  62 }}}
  63 return result;
  64 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
  65 Clazz.defineMethod (c$, "getSize",
  66 function () {
  67 return this.matches.size ();
  68 });
  69 Clazz.defineMethod (c$, "getResultSequence",
  70 function (index) {
  71 return this.matches.get (index).sequence;
  72 }, "~N");
  73 Clazz.defineMethod (c$, "getResultStart",
  74 function (i) {
  75 return this.matches.get (i).start;
  76 }, "~N");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "getResultEnd",
  78 function (i) {
  79 return this.matches.get (i).end;
  80 }, "~N");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "isEmpty",
  82 function () {
  83 return this.matches.isEmpty ();
  84 });
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getResults",
  86 function () {
  87 return this.matches;
  88 });
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  90 function () {
  91 var result =  new StringBuilder (256);
  92 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
  93 result.append (m.toString ());
  94 }
  95 return result.toString ();
  96 });
  97 c$.$SearchResults$Match$ = function () {
  98 Clazz.pu$h(self.c$);
  99 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 100 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 101 this.sequence = null;
 102 this.start = 0;
 103 this.end = 0;
 104 Clazz.instantialize (this, arguments);
 105 }, jalview.datamodel.SearchResults, "Match");
 106 Clazz.makeConstructor (c$,
 107 function (a, b, c) {
 108 this.sequence = a;
 109 this.start = b;
 110 this.end = c;
 111 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
 112 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence",
 113 function () {
 114 return this.sequence;
 115 });
 116 Clazz.defineMethod (c$, "getStart",
 117 function () {
 118 return this.start;
 119 });
 120 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd",
 121 function () {
 122 return this.end;
 123 });
 124 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 125 function () {
 126 var a = this.sequence.getSequence ();
 127 var b = Math.max (this.start - 1, 0);
 128 var c = Math.min (this.end, a.length + 1);
 129 return String.valueOf (java.util.Arrays.copyOfRange (a, b, c));
 130 });
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence",
 132 function (a) {
 133 this.sequence = a;
 134 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 135 c$ = Clazz.p0p ();
 136 };
 137 });