site/j2s/jalview/datamodel/SequenceGroup.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList"], "jalview.datamodel.SequenceGroup", ["jalview.analysis.AAFrequency", "$.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.groupName = null;
   5 this.description = null;
   6 this.conserve = null;
   7 this.aaFrequency = null;
   8 this.displayBoxes = true;
   9 this.displayText = true;
  10 this.colourText = false;
  11 this.showNonconserved = false;
  12 this.sequences = null;
  13 this.seqrep = null;
  14 this.width = -1;
  15 this.cs = null;
  16 this.startRes = 0;
  17 this.endRes = 0;
  18 this.outlineColour = null;
  19 this.idColour = null;
  20 this.thresholdTextColour = 0;
  21 this.textColour = null;
  22 this.textColour2 = null;
  23 this.ignoreGapsInConsensus = true;
  24 this.showSequenceLogo = false;
  25 this.normaliseSequenceLogo = false;
  26 this.consPercGaps = 25;
  27 this.consensusData = null;
  28 this.hidereps = false;
  29 this.hidecols = false;
  30 this.consensus = null;
  31 this.conservation = null;
  32 this.showConsensusHistogram = false;
  33 this.context = null;
  34 Clazz.instantialize (this, arguments);
  35 }, jalview.datamodel, "SequenceGroup", null, jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI);
  36 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  37 this.sequences =  new java.util.ArrayList ();
  38 this.outlineColour = java.awt.Color.black;
  39 this.textColour = java.awt.Color.black;
  40 this.textColour2 = java.awt.Color.white;
  41 });
  42 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceLogo",
  43 function () {
  44 return this.showSequenceLogo;
  45 });
  46 Clazz.makeConstructor (c$,
  47 function () {
  48 this.groupName = "JGroup:" + this.hashCode ();
  49 });
  50 Clazz.makeConstructor (c$,
  51 function (sequences, groupName, scheme, displayBoxes, displayText, colourText, start, end) {
  52 this.sequences = sequences;
  53 this.groupName = groupName;
  54 this.displayBoxes = displayBoxes;
  55 this.displayText = displayText;
  56 this.colourText = colourText;
  57 this.cs = scheme;
  58 this.startRes = start;
  59 this.endRes = end;
  60 this.recalcConservation ();
  61 }, "java.util.List,~S,jalview.schemes.ColourSchemeI,~B,~B,~B,~N,~N");
  62 Clazz.makeConstructor (c$,
  63 function (seqsel) {
  64 if (seqsel != null) {
  65 this.sequences =  new java.util.ArrayList ();
  66 this.sequences.addAll (seqsel.sequences);
  67 if (seqsel.groupName != null) {
  68 this.groupName =  String.instantialize (seqsel.groupName);
  69 }this.displayBoxes = seqsel.displayBoxes;
  70 this.displayText = seqsel.displayText;
  71 this.colourText = seqsel.colourText;
  72 this.startRes = seqsel.startRes;
  73 this.endRes = seqsel.endRes;
  74 this.cs = seqsel.cs;
  75 if (seqsel.description != null) {
  76 this.description =  String.instantialize (seqsel.description);
  77 }this.hidecols = seqsel.hidecols;
  78 this.hidereps = seqsel.hidereps;
  79 this.idColour = seqsel.idColour;
  80 this.outlineColour = seqsel.outlineColour;
  81 this.seqrep = seqsel.seqrep;
  82 this.textColour = seqsel.textColour;
  83 this.textColour2 = seqsel.textColour2;
  84 this.thresholdTextColour = seqsel.thresholdTextColour;
  85 this.width = seqsel.width;
  86 this.ignoreGapsInConsensus = seqsel.ignoreGapsInConsensus;
  87 if (seqsel.conserve != null) {
  88 this.recalcConservation ();
  89 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectionAsNewSequences",
  91 function (align) {
  92 var iSize = this.sequences.size ();
  93 var seqs =  new Array (iSize);
  94 var inorder = this.getSequencesInOrder (align);
  95 for (var i = 0, ipos = 0; i < inorder.length; i++) {
  96 var seq = inorder[i];
  97 seqs[ipos] = seq.getSubSequence (this.startRes, this.endRes + 1);
  98 if (seqs[ipos] != null) {
  99 seqs[ipos].setDescription (seq.getDescription ());
 100 seqs[ipos].setDBRef (seq.getDBRef ());
 101 seqs[ipos].setSequenceFeatures (seq.getSequenceFeatures ());
 102 if (seq.getDatasetSequence () != null) {
 103 seqs[ipos].setDatasetSequence (seq.getDatasetSequence ());
 104 }if (seq.getAnnotation () != null) {
 105 var alann = align.getAlignmentAnnotation ();
 106 for (var a = 0; a < seq.getAnnotation ().length; a++) {
 107 var tocopy = seq.getAnnotation ()[a];
 108 if (alann != null) {
 109 var found = false;
 110 for (var pos = 0; pos < alann.length; pos++) {
 111 if (alann[pos] === tocopy) {
 112 found = true;
 113 break;
 114 }}
 115 if (!found) {
 116 continue;
 117 }}var newannot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (seq.getAnnotation ()[a]);
 118 newannot.restrict (this.startRes, this.endRes);
 119 newannot.setSequenceRef (seqs[ipos]);
 120 newannot.adjustForAlignment ();
 121 seqs[ipos].addAlignmentAnnotation (newannot);
 122 }
 123 }ipos++;
 124 } else {
 125 iSize--;
 126 }}
 127 if (iSize != inorder.length) {
 128 var nseqs =  new Array (iSize);
 129 System.arraycopy (seqs, 0, nseqs, 0, iSize);
 130 seqs = nseqs;
 131 }return seqs;
 132 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 133 Clazz.defineMethod (c$, "findEndRes",
 134 function (seq) {
 135 var eres = 0;
 136 var ch;
 137 for (var j = 0; j < this.endRes + 1 && j < seq.getLength (); j++) {
 138 ch = seq.getCharAt (j);
 139 if (!jalview.util.Comparison.isGap ((ch))) {
 140 eres++;
 141 }}
 142 if (eres > 0) {
 143 eres += seq.getStart () - 1;
 144 }return eres;
 145 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 146 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
 147 function () {
 148 return this.sequences;
 149 });
 150 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
 151 function (hiddenReps) {
 152 if (hiddenReps == null) {
 153 return this.sequences;
 154 } else {
 155 var allSequences =  new java.util.ArrayList ();
 156 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 157 allSequences.add (seq);
 158 if (hiddenReps.containsKey (seq)) {
 159 var hsg = hiddenReps.get (seq);
 160 for (var seq2, $seq2 = hsg.getSequences ().iterator (); $seq2.hasNext () && ((seq2 = $seq2.next ()) || true);) {
 161 if (seq2 !== seq && !allSequences.contains (seq2)) {
 162 allSequences.add (seq2);
 163 }}
 164 }}
 165 return allSequences;
 166 }}, "java.util.Map");
 167 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesAsArray",
 168 function (map) {
 169 var tmp = this.getSequences (map);
 170 if (tmp == null) {
 171 return null;
 172 }return tmp.toArray ( new Array (tmp.size ()));
 173 }, "java.util.Map");
 174 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForRemoveLeft",
 175 function (col) {
 176 if (this.startRes >= col) {
 177 this.startRes = this.startRes - col;
 178 }if (this.endRes >= col) {
 179 this.endRes = this.endRes - col;
 180 if (this.startRes > this.endRes) {
 181 this.startRes = 0;
 182 }} else {
 183 return false;
 184 }return true;
 185 }, "~N");
 186 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForRemoveRight",
 187 function (col) {
 188 if (this.startRes > col) {
 189 return false;
 190 }if (this.endRes >= col) {
 191 this.endRes = col;
 192 }return true;
 193 }, "~N");
 194 Clazz.defineMethod (c$, "getName",
 195 function () {
 196 return this.groupName;
 197 });
 198 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription",
 199 function () {
 200 return this.description;
 201 });
 202 Clazz.defineMethod (c$, "setName",
 203 function (name) {
 204 this.groupName = name;
 205 }, "~S");
 206 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription",
 207 function (desc) {
 208 this.description = desc;
 209 }, "~S");
 210 Clazz.defineMethod (c$, "getConservation",
 211 function () {
 212 return this.conserve;
 213 });
 214 Clazz.defineMethod (c$, "setConservation",
 215 function (c) {
 216 this.conserve = c;
 217 }, "jalview.analysis.Conservation");
 218 Clazz.defineMethod (c$, "addSequence",
 219 function (s, recalc) {
 220 {
 221 if (s != null && !this.sequences.contains (s)) {
 222 this.sequences.add (s);
 223 }if (recalc) {
 224 this.recalcConservation ();
 225 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");
 226 Clazz.defineMethod (c$, "getConsPercGaps",
 227 function () {
 228 return this.consPercGaps;
 229 });
 230 Clazz.defineMethod (c$, "setConsPercGaps",
 231 function (consPercGaps) {
 232 this.consPercGaps = consPercGaps;
 233 }, "~N");
 234 Clazz.defineMethod (c$, "recalcConservation",
 235 function () {
 236 if (this.cs == null && this.consensus == null && this.conservation == null) {
 237 return;
 238 }try {
 239 var cnsns = jalview.analysis.AAFrequency.calculate (this.sequences, this.startRes, this.endRes + 1, this.showSequenceLogo);
 240 if (this.consensus != null) {
 241 this._updateConsensusRow (cnsns, this.sequences.size ());
 242 }if (this.cs != null) {
 243 this.cs.setConsensus (cnsns);
 244 }if ((this.conservation != null) || (this.cs != null && this.cs.conservationApplied ())) {
 245 var c =  new jalview.analysis.Conservation (this.groupName, jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.sequences, this.startRes, this.endRes + 1);
 246 c.calculate ();
 247 c.verdict (false, this.consPercGaps);
 248 if (this.conservation != null) {
 249 this._updateConservationRow (c);
 250 }if (this.cs != null) {
 251 if (this.cs.conservationApplied ()) {
 252 this.cs.setConservation (c);
 253 }}}if (this.cs != null) {
 254 this.cs.alignmentChanged (this.context != null ? this.context : this, null);
 255 }} catch (err) {
 256 if (Clazz.exceptionOf (err, OutOfMemoryError)) {
 257 System.out.println ("Out of memory loading groups: " + err);
 258 } else {
 259 throw err;
 260 }
 261 }
 262 });
 263 Clazz.defineMethod (c$, "_updateConservationRow",
 264  function (c) {
 265 if (this.conservation == null) {
 266 this.getConservation ();
 267 }this.conservation.label = "Conservation for " + this.getName ();
 268 this.conservation.description = "Conservation for group " + this.getName () + " less than " + this.consPercGaps + "% gaps";
 269 var aWidth = (this.conservation.annotations != null) ? (this.endRes < this.conservation.annotations.length ? this.conservation.annotations.length : this.endRes + 1) : this.endRes + 1;
 270 this.conservation.annotations = null;
 271 this.conservation.annotations =  new Array (aWidth);
 272 c.completeAnnotations (this.conservation, null, this.startRes, this.endRes + 1);
 273 }, "jalview.analysis.Conservation");
 274 Clazz.defineMethod (c$, "_updateConsensusRow",
 275  function (cnsns, nseq) {
 276 if (this.consensus == null) {
 277 this.getConsensus ();
 278 }this.consensus.label = "Consensus for " + this.getName ();
 279 this.consensus.description = "Percent Identity";
 280 this.consensusData = cnsns;
 281 var aWidth = (this.consensus.annotations != null) ? (this.endRes < this.consensus.annotations.length ? this.consensus.annotations.length : this.endRes + 1) : this.endRes + 1;
 282 this.consensus.annotations = null;
 283 this.consensus.annotations =  new Array (aWidth);
 284 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (this.consensus, cnsns, this.startRes, this.endRes + 1, this.ignoreGapsInConsensus, this.showSequenceLogo, nseq);
 285 }, "~A,~N");
 286 Clazz.defineMethod (c$, "addOrRemove",
 287 function (s, recalc) {
 288 {
 289 if (this.sequences.contains (s)) {
 290 this.deleteSequence (s, recalc);
 291 } else {
 292 this.addSequence (s, recalc);
 293 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");
 294 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence",
 295 function (s, recalc) {
 296 {
 297 this.sequences.remove (s);
 298 if (recalc) {
 299 this.recalcConservation ();
 300 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");
 301 Clazz.overrideMethod (c$, "getStartRes",
 302 function () {
 303 return this.startRes;
 304 });
 305 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes",
 306 function () {
 307 return this.endRes;
 308 });
 309 Clazz.defineMethod (c$, "setStartRes",
 310 function (i) {
 311 this.startRes = i;
 312 }, "~N");
 313 Clazz.defineMethod (c$, "setEndRes",
 314 function (i) {
 315 this.endRes = i;
 316 }, "~N");
 317 Clazz.defineMethod (c$, "getSize",
 318 function () {
 319 return this.sequences.size ();
 320 });
 321 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAt",
 322 function (i) {
 323 return this.sequences.get (i);
 324 }, "~N");
 325 Clazz.defineMethod (c$, "setColourText",
 326 function (state) {
 327 this.colourText = state;
 328 }, "~B");
 329 Clazz.defineMethod (c$, "getColourText",
 330 function () {
 331 return this.colourText;
 332 });
 333 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayText",
 334 function (state) {
 335 this.displayText = state;
 336 }, "~B");
 337 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayText",
 338 function () {
 339 return this.displayText;
 340 });
 341 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayBoxes",
 342 function (state) {
 343 this.displayBoxes = state;
 344 }, "~B");
 345 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayBoxes",
 346 function () {
 347 return this.displayBoxes;
 348 });
 349 Clazz.overrideMethod (c$, "getWidth",
 350 function () {
 351 {
 352 var first = true;
 353 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 354 if (first || seq.getLength () > this.width) {
 355 this.width = seq.getLength ();
 356 first = false;
 357 }}
 358 return this.width;
 359 }});
 360 Clazz.defineMethod (c$, "setOutlineColour",
 361 function (c) {
 362 this.outlineColour = c;
 363 }, "java.awt.Color");
 364 Clazz.defineMethod (c$, "getOutlineColour",
 365 function () {
 366 return this.outlineColour;
 367 });
 368 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesInOrder",
 369 function (al) {
 370 return this.getSequencesInOrder (al, true);
 371 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 372 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesInOrder",
 373 function (al, trim) {
 374 {
 375 var sSize = this.sequences.size ();
 376 var alHeight = al.getHeight ();
 377 var seqs =  new Array ((trim) ? sSize : alHeight);
 378 var index = 0;
 379 for (var i = 0; i < alHeight && index < sSize; i++) {
 380 if (this.sequences.contains (al.getSequenceAt (i))) {
 381 seqs[(trim) ? index : i] = al.getSequenceAt (i);
 382 index++;
 383 }}
 384 if (index == 0) {
 385 return null;
 386 }if (!trim) {
 387 return seqs;
 388 }if (index < seqs.length) {
 389 var dummy = seqs;
 390 seqs =  new Array (index);
 391 while (--index >= 0) {
 392 seqs[index] = dummy[index];
 393 dummy[index] = null;
 394 }
 395 }return seqs;
 396 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B");
 397 Clazz.defineMethod (c$, "getIdColour",
 398 function () {
 399 return this.idColour;
 400 });
 401 Clazz.defineMethod (c$, "setIdColour",
 402 function (idColour) {
 403 this.idColour = idColour;
 404 }, "java.awt.Color");
 405 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeqrep",
 406 function () {
 407 return this.seqrep;
 408 });
 409 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeqrep",
 410 function (seqrep) {
 411 this.seqrep = seqrep;
 412 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 413 Clazz.overrideMethod (c$, "hasSeqrep",
 414 function () {
 415 return this.seqrep != null;
 416 });
 417 Clazz.defineMethod (c$, "setHidereps",
 418 function (visibility) {
 419 this.hidereps = visibility;
 420 }, "~B");
 421 Clazz.defineMethod (c$, "isHidereps",
 422 function () {
 423 return this.hidereps;
 424 });
 425 Clazz.defineMethod (c$, "setHideCols",
 426 function (visibility) {
 427 this.hidecols = visibility;
 428 }, "~B");
 429 Clazz.defineMethod (c$, "isHideCols",
 430 function () {
 431 return this.hidecols;
 432 });
 433 Clazz.defineMethod (c$, "intersect",
 434 function (alignment, map) {
 435 var sgroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (this);
 436 var insect = this.getSequencesInOrder (alignment);
 437 sgroup.sequences =  new java.util.ArrayList ();
 438 for (var s = 0; insect != null && s < insect.length; s++) {
 439 if (map == null || map.containsKey (insect[s])) {
 440 sgroup.sequences.add (insect[s]);
 441 }}
 442 return sgroup;
 443 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map");
 444 Clazz.defineMethod (c$, "getShowNonconserved",
 445 function () {
 446 return this.showNonconserved;
 447 });
 448 Clazz.defineMethod (c$, "setShowNonconserved",
 449 function (displayNonconserved) {
 450 this.showNonconserved = displayNonconserved;
 451 }, "~B");
 452 Clazz.defineMethod (c$, "setConsensus",
 453 function (aan) {
 454 if (this.consensus == null) {
 455 this.consensus = aan;
 456 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 457 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensus",
 458 function () {
 459 var aWidth = this.getWidth ();
 460 if (aWidth < 0) {
 461 return null;
 462 }if (this.consensus == null) {
 463 this.consensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", "",  new Array (1), 0, 100, 1);
 464 this.consensus.hasText = true;
 465 this.consensus.autoCalculated = true;
 466 this.consensus.groupRef = this;
 467 this.consensus.label = "Consensus for " + this.getName ();
 468 this.consensus.description = "Percent Identity";
 469 }return this.consensus;
 470 });
 471 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationRow",
 472 function (aan) {
 473 if (this.conservation == null) {
 474 this.conservation = aan;
 475 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 476 Clazz.defineMethod (c$, "getConservationRow",
 477 function () {
 478 if (this.conservation == null) {
 479 this.conservation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", "",  new Array (1), 0, 11, 1);
 480 }this.conservation.hasText = true;
 481 this.conservation.autoCalculated = true;
 482 this.conservation.groupRef = this;
 483 this.conservation.label = "Conservation for " + this.getName ();
 484 this.conservation.description = "Conservation for group " + this.getName () + " less than " + this.consPercGaps + "% gaps";
 485 return this.conservation;
 486 });
 487 Clazz.defineMethod (c$, "hasAnnotationRows",
 488 function () {
 489 return this.consensus != null || this.conservation != null;
 490 });
 491 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusSeq",
 492 function () {
 493 this.getConsensus ();
 494 var seqs =  new StringBuffer ();
 495 for (var i = 0; i < this.consensus.annotations.length; i++) {
 496 if (this.consensus.annotations[i] != null) {
 497 if (this.consensus.annotations[i].description.charAt (0) == '[') {
 498 seqs.append (this.consensus.annotations[i].description.charAt (1));
 499 } else {
 500 seqs.append (this.consensus.annotations[i].displayCharacter);
 501 }}}
 502 var sq =  new jalview.datamodel.Sequence ("Group" + this.getName () + " Consensus", seqs.toString ());
 503 sq.setDescription ("Percentage Identity Consensus " + ((this.ignoreGapsInConsensus) ? " without gaps" : ""));
 504 return sq;
 505 });
 506 Clazz.defineMethod (c$, "setIgnoreGapsConsensus",
 507 function (state) {
 508 if (this.ignoreGapsInConsensus != state && this.consensus != null) {
 509 this.ignoreGapsInConsensus = state;
 510 this.recalcConservation ();
 511 }this.ignoreGapsInConsensus = state;
 512 }, "~B");
 513 Clazz.defineMethod (c$, "getIgnoreGapsConsensus",
 514 function () {
 515 return this.ignoreGapsInConsensus;
 516 });
 517 Clazz.defineMethod (c$, "setshowSequenceLogo",
 518 function (showSequenceLogo) {
 519 if (this.showSequenceLogo != showSequenceLogo && this.consensus != null) {
 520 this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 521 this.recalcConservation ();
 522 }this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 523 }, "~B");
 524 Clazz.defineMethod (c$, "setShowConsensusHistogram",
 525 function (showConsHist) {
 526 if (this.showConsensusHistogram != showConsHist && this.consensus != null) {
 527 this.showConsensusHistogram = showConsHist;
 528 this.recalcConservation ();
 529 }this.showConsensusHistogram = showConsHist;
 530 }, "~B");
 531 Clazz.defineMethod (c$, "isShowConsensusHistogram",
 532 function () {
 533 return this.showConsensusHistogram;
 534 });
 535 Clazz.defineMethod (c$, "setNormaliseSequenceLogo",
 536 function (norm) {
 537 this.normaliseSequenceLogo = norm;
 538 }, "~B");
 539 Clazz.defineMethod (c$, "isNormaliseSequenceLogo",
 540 function () {
 541 return this.normaliseSequenceLogo;
 542 });
 543 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentAnnotation",
 544 function () {
 545 var annot =  new java.util.ArrayList ();
 546 {
 547 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 548 var aa = seq.getAnnotation ();
 549 if (aa != null) {
 550 for (var al, $al = 0, $$al = aa; $al < $$al.length && ((al = $$al[$al]) || true); $al++) {
 551 if (al.groupRef === this) {
 552 annot.add (al);
 553 }}
 554 }}
 555 if (this.consensus != null) {
 556 annot.add (this.consensus);
 557 }if (this.conservation != null) {
 558 annot.add (this.conservation);
 559 }}return annot.toArray ( new Array (0));
 560 });
 561 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotation",
 562 function (calcId) {
 563 var aa =  new java.util.ArrayList ();
 564 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {
 565 if (a.getCalcId () === calcId) {
 566 aa.add (a);
 567 }}
 568 return aa;
 569 }, "~S");
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotations",
 571 function (seq, calcId, label) {
 572 var aa =  new java.util.ArrayList ();
 573 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {
 574 if (ann.getCalcId () != null && ann.getCalcId ().equals (calcId) && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef === seq && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {
 575 aa.add (ann);
 576 }}
 577 return aa;
 578 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");
 579 Clazz.defineMethod (c$, "hasAnnotation",
 580 function (calcId) {
 581 if (calcId != null && !"".equals (calcId)) {
 582 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {
 583 if (a.getCalcId () === calcId) {
 584 return true;
 585 }}
 586 }return false;
 587 }, "~S");
 588 Clazz.defineMethod (c$, "clear",
 589 function () {
 590 {
 591 this.sequences.clear ();
 592 }});
 593 Clazz.defineMethod (c$, "setContext",
 594 function (context) {
 595 this.context = context;
 596 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI");
 597 Clazz.overrideMethod (c$, "getContext",
 598 function () {
 599 return this.context;
 600 });
 601 });