site/j2s/jalview/ext/varna/VarnaCommands.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.ext.varna");
   2 Clazz.load (null, "jalview.ext.varna.VarnaCommands", ["jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.ext.varna, "VarnaCommands");
   4 c$.getColourBySequenceCommand = Clazz.defineMethod (c$, "getColourBySequenceCommand",
   5 function (ssm, files, sequence, sr, fr, alignment) {
   6 var str =  new java.util.ArrayList ();
   7 var command =  new StringBuffer ();
   8 for (var pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++) {
   9 var mapping = ssm.getMapping (files[pdbfnum]);
  10 if (mapping == null || mapping.length < 1) {
  11 continue;
  12 }var lastPos = -1;
  13 for (var s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++) {
  14 for (var sp, m = 0; m < mapping.length; m++) {
  15 if (mapping[m].getSequence () === sequence[pdbfnum][s] && (sp = alignment.findIndex (sequence[pdbfnum][s])) > -1) {
  16 var asp = alignment.getSequenceAt (sp);
  17 for (var r = 0; r < asp.getLength (); r++) {
  18 if (jalview.util.Comparison.isGap (asp.getCharAt (r))) {
  19 continue;
  20 }var pos = mapping[m].getPDBResNum (asp.findPosition (r));
  21 if (pos < 1 || pos == lastPos) {
  22 continue;
  23 }lastPos = pos;
  24 var col = sr.getResidueBoxColour (sequence[pdbfnum][s], r);
  25 if (fr != null) {
  26 col = fr.findFeatureColour (col, sequence[pdbfnum][s], r);
  27 }var newSelcom = (mapping[m].getChain () !== " " ? ":" + mapping[m].getChain () : "") + "/" + (pdbfnum + 1) + ".1" + ";color[" + col.getRed () + "," + col.getGreen () + "," + col.getBlue () + "]";
  28 if (command.length () > newSelcom.length && command.substring (command.length () - newSelcom.length).equals (newSelcom)) {
  29 command = jalview.ext.varna.VarnaCommands.condenseCommand (command, pos);
  30 continue;
  31 }command.append (";");
  32 if (command.length () > 51200) {
  33 str.add (command.toString ());
  34 command.setLength (0);
  35 }command.append ("select " + pos);
  36 command.append (newSelcom);
  37 }
  38 break;
  39 }}
  40 }
  41 }
  42 {
  43 str.add (command.toString ());
  44 command.setLength (0);
  45 }return str.toArray ( new Array (str.size ()));
  46 }, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A,~A,jalview.api.SequenceRenderer,jalview.api.FeatureRenderer,jalview.datamodel.AlignmentI");
  47 c$.condenseCommand = Clazz.defineMethod (c$, "condenseCommand",
  48 function (command, pos) {
  49 var p = command.length ();
  50 var q = p;
  51 do {
  52 p -= 6;
  53 if (p < 1) {
  54 p = 0;
  55 };} while ((q = command.indexOf ("select", p)) == -1 && p > 0);
  56 var sb =  new StringBuffer (command.substring (0, q + 7));
  57 command = command.$delete (0, q + 7);
  58 var start;
  59 if (command.indexOf ("-") > -1) {
  60 start = command.substring (0, command.indexOf ("-"));
  61 } else {
  62 start = command.substring (0, command.indexOf (":"));
  63 }sb.append (start + "-" + pos + command.substring (command.indexOf (":")));
  64 return sb;
  65 }, "StringBuffer,~N");
  66 });