site/j2s/jalview/io/AnnotationFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AnnotationFile", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.ColumnSelection", "$.GraphLine", "$.SequenceGroup", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "java.awt.Color", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "$.StringReader", "java.lang.Boolean", "$.Float", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.BitSet", "$.Date", "$.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.newline = null;\r
   5 this.text = null;\r
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.AnnotationFile.ViewDef")) {\r
   7 jalview.io.AnnotationFile.$AnnotationFile$ViewDef$ ();\r
   8 }\r
   9 this.refSeq = null;\r
  10 this.refSeqId = null;\r
  11 this.nlinesread = 0;\r
  12 this.lastread = "";\r
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  14 }, jalview.io, "AnnotationFile");\r
  15 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  16 this.newline = System.getProperty ("line.separator");\r
  17 });\r
  18 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  19 function () {\r
  20 this.init ();\r
  21 });\r
  22 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString", \r
  23 function (nl) {\r
  24 this.newline = nl;\r
  25 this.init ();\r
  26 }, "~S");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString", \r
  28 function () {\r
  29 return this.newline;\r
  30 });\r
  31 Clazz.defineMethod (c$, "init", \r
  32  function () {\r
  33 this.text =  new StringBuffer ("JALVIEW_ANNOTATION" + this.newline + "# Created: " +  new java.util.Date () + this.newline + this.newline);\r
  34 this.refSeq = null;\r
  35 this.refSeqId = null;\r
  36 });\r
  37 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotations", \r
  38 function (annotations, list, properties) {\r
  39 return this.printAnnotations (annotations, list, properties, null, null, null);\r
  40 }, "~A,java.util.List,java.util.Hashtable");\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotations", \r
  42 function (annotations, list, properties, cs, al, view) {\r
  43 if (view != null) {\r
  44 if (view.viewname != null) {\r
  45 this.text.append ("VIEW_DEF\t" + view.viewname + "\n");\r
  46 }if (list == null) {\r
  47 list = view.visibleGroups;\r
  48 }if (cs == null) {\r
  49 cs = view.hiddencols;\r
  50 }if (al == null) {\r
  51 }}if (al != null && al.hasSeqrep ()) {\r
  52 this.text.append ("VIEW_SETREF\t" + al.getSeqrep ().getName () + "\n");\r
  53 }if (cs != null && cs.hasHiddenColumns ()) {\r
  54 this.text.append ("VIEW_HIDECOLS\t");\r
  55 var hc = cs.getHiddenColumns ();\r
  56 var comma = false;\r
  57 for (var r, $r = hc.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {\r
  58 if (!comma) {\r
  59 comma = true;\r
  60 } else {\r
  61 this.text.append (",");\r
  62 }this.text.append (r[0]);\r
  63 this.text.append ("-");\r
  64 this.text.append (r[1]);\r
  65 }\r
  66 this.text.append ("\n");\r
  67 }if (annotations != null) {\r
  68 var oneColour = true;\r
  69 var row;\r
  70 var comma;\r
  71 var refSeq = null;\r
  72 var refGroup = null;\r
  73 var colours =  new StringBuffer ();\r
  74 var graphLine =  new StringBuffer ();\r
  75 var rowprops =  new StringBuffer ();\r
  76 var graphGroup =  new java.util.Hashtable ();\r
  77 var graphGroup_refs =  new java.util.Hashtable ();\r
  78 var graphGroupSeen =  new java.util.BitSet ();\r
  79 var color;\r
  80 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
  81 row = annotations[i];\r
  82 if (!row.visible && !row.hasScore () && !(row.graphGroup > -1 && graphGroupSeen.get (row.graphGroup))) {\r
  83 continue;\r
  84 }color = null;\r
  85 oneColour = true;\r
  86 this.writeSequence_Ref (refSeq, row.sequenceRef);\r
  87 refSeq = row.sequenceRef;\r
  88 this.writeGroup_Ref (refGroup, row.groupRef);\r
  89 refGroup = row.groupRef;\r
  90 var hasGlyphs = row.hasIcons;\r
  91 var hasLabels = row.hasText;\r
  92 var hasValues = row.$hasScore;\r
  93 var hasText = false;\r
  94 for (var j = 0; row.annotations != null && j < row.annotations.length && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++) {\r
  95 if (row.annotations[j] != null) {\r
  96 hasLabels = new Boolean (hasLabels | (row.annotations[j].displayCharacter != null && row.annotations[j].displayCharacter.length > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals (" "))).valueOf ();\r
  97 hasGlyphs = new Boolean (hasGlyphs | ((row.annotations[j].secondaryStructure).charCodeAt (0) != 0 && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')).valueOf ();\r
  98 hasValues = new Boolean (hasValues | (!Float.isNaN (row.annotations[j].value))).valueOf ();\r
  99 hasText = new Boolean (hasText | (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description.length > 0)).valueOf ();\r
 100 }}\r
 101 if (row.graph == 0) {\r
 102 this.text.append ("NO_GRAPH\t");\r
 103 hasValues = false;\r
 104 } else {\r
 105 if (row.graph == 1) {\r
 106 this.text.append ("BAR_GRAPH\t");\r
 107 hasGlyphs = false;\r
 108 } else if (row.graph == 2) {\r
 109 hasGlyphs = false;\r
 110 this.text.append ("LINE_GRAPH\t");\r
 111 }if (row.getThreshold () != null) {\r
 112 graphLine.append ("GRAPHLINE\t");\r
 113 graphLine.append (row.label);\r
 114 graphLine.append ("\t");\r
 115 graphLine.append (row.getThreshold ().value);\r
 116 graphLine.append ("\t");\r
 117 graphLine.append (row.getThreshold ().label);\r
 118 graphLine.append ("\t");\r
 119 graphLine.append (jalview.util.Format.getHexString (row.getThreshold ().colour));\r
 120 graphLine.append (this.newline);\r
 121 }if (row.graphGroup > -1) {\r
 122 graphGroupSeen.set (row.graphGroup);\r
 123 var key =  new Integer (row.graphGroup);\r
 124 if (graphGroup.containsKey (key)) {\r
 125 graphGroup.put (key, graphGroup.get (key) + "\t" + row.label);\r
 126 } else {\r
 127 graphGroup_refs.put (key,  Clazz.newArray (-1, [refSeq, refGroup]));\r
 128 graphGroup.put (key, row.label);\r
 129 }}}this.text.append (row.label + "\t");\r
 130 if (row.description != null) {\r
 131 this.text.append (row.description + "\t");\r
 132 }for (var j = 0; row.annotations != null && j < row.annotations.length; j++) {\r
 133 if (refSeq != null && jalview.util.Comparison.isGap (refSeq.getCharAt (j))) {\r
 134 continue;\r
 135 }if (row.annotations[j] != null) {\r
 136 comma = "";\r
 137 if (hasGlyphs) {\r
 138 this.text.append (comma);\r
 139 if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ') {\r
 140 this.text.append (row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 141 }comma = ",";\r
 142 }if (hasValues) {\r
 143 if (!Float.isNaN (row.annotations[j].value)) {\r
 144 this.text.append (comma + row.annotations[j].value);\r
 145 } else {\r
 146 System.err.println ("Skipping NaN - not valid value.");\r
 147 this.text.append (comma + 0);\r
 148 }comma = ",";\r
 149 }if (hasLabels) {\r
 150 if (row.annotations[j].displayCharacter != null && row.annotations[j].displayCharacter.length > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals (" ")) {\r
 151 this.text.append (comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 152 comma = ",";\r
 153 }}if (hasText) {\r
 154 if (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description.length > 0 && !row.annotations[j].description.equals (row.annotations[j].displayCharacter)) {\r
 155 this.text.append (comma + row.annotations[j].description);\r
 156 comma = ",";\r
 157 }}if (color != null && !color.equals (row.annotations[j].colour)) {\r
 158 oneColour = false;\r
 159 }color = row.annotations[j].colour;\r
 160 if (row.annotations[j].colour != null && row.annotations[j].colour !== java.awt.Color.black) {\r
 161 this.text.append (comma + "[" + jalview.util.Format.getHexString (row.annotations[j].colour) + "]");\r
 162 comma = ",";\r
 163 }}this.text.append ("|");\r
 164 }\r
 165 if (row.hasScore ()) {\r
 166 this.text.append ("\t" + row.score);\r
 167 }this.text.append (this.newline);\r
 168 if (color != null && color !== java.awt.Color.black && oneColour) {\r
 169 colours.append ("COLOUR\t");\r
 170 colours.append (row.label);\r
 171 colours.append ("\t");\r
 172 colours.append (jalview.util.Format.getHexString (color));\r
 173 colours.append (this.newline);\r
 174 }if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels || row.centreColLabels) {\r
 175 rowprops.append ("ROWPROPERTIES\t");\r
 176 rowprops.append (row.label);\r
 177 rowprops.append ("\tscaletofit=");\r
 178 rowprops.append (row.scaleColLabel);\r
 179 rowprops.append ("\tshowalllabs=");\r
 180 rowprops.append (row.showAllColLabels);\r
 181 rowprops.append ("\tcentrelabs=");\r
 182 rowprops.append (row.centreColLabels);\r
 183 rowprops.append (this.newline);\r
 184 }if (graphLine.length () > 0) {\r
 185 this.text.append (graphLine.toString ());\r
 186 graphLine.setLength (0);\r
 187 }}\r
 188 this.text.append (this.newline);\r
 189 this.text.append (colours.toString ());\r
 190 if (graphGroup.size () > 0) {\r
 191 var oldRefSeq = refSeq;\r
 192 var oldRefGroup = refGroup;\r
 193 for (var combine_statement, $combine_statement = graphGroup.entrySet ().iterator (); $combine_statement.hasNext () && ((combine_statement = $combine_statement.next ()) || true);) {\r
 194 var seqRefAndGroup = graphGroup_refs.get (combine_statement.getKey ());\r
 195 this.writeSequence_Ref (refSeq, seqRefAndGroup[0]);\r
 196 refSeq = seqRefAndGroup[0];\r
 197 this.writeGroup_Ref (refGroup, seqRefAndGroup[1]);\r
 198 refGroup = seqRefAndGroup[1];\r
 199 this.text.append ("COMBINE\t");\r
 200 this.text.append (combine_statement.getValue ());\r
 201 this.text.append (this.newline);\r
 202 }\r
 203 this.writeSequence_Ref (refSeq, oldRefSeq);\r
 204 refSeq = oldRefSeq;\r
 205 this.writeGroup_Ref (refGroup, oldRefGroup);\r
 206 refGroup = oldRefGroup;\r
 207 }this.text.append (rowprops.toString ());\r
 208 }if (list != null) {\r
 209 this.printGroups (list);\r
 210 }if (properties != null) {\r
 211 this.text.append (this.newline);\r
 212 this.text.append (this.newline);\r
 213 this.text.append ("ALIGNMENT");\r
 214 var en = properties.keys ();\r
 215 while (en.hasMoreElements ()) {\r
 216 var key = en.nextElement ().toString ();\r
 217 this.text.append ("\t");\r
 218 this.text.append (key);\r
 219 this.text.append ("=");\r
 220 this.text.append (properties.get (key));\r
 221 }\r
 222 }return this.text.toString ();\r
 223 }, "~A,java.util.List,java.util.Hashtable,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.io.AnnotationFile.ViewDef");\r
 224 Clazz.defineMethod (c$, "writeGroup_Ref", \r
 225  function (refGroup, next_refGroup) {\r
 226 if (next_refGroup == null) {\r
 227 if (refGroup != null) {\r
 228 this.text.append (this.newline);\r
 229 this.text.append ("GROUP_REF\t");\r
 230 this.text.append ("ALIGNMENT");\r
 231 this.text.append (this.newline);\r
 232 }return true;\r
 233 } else {\r
 234 if (refGroup == null || refGroup !== next_refGroup) {\r
 235 this.text.append (this.newline);\r
 236 this.text.append ("GROUP_REF\t");\r
 237 this.text.append (next_refGroup.getName ());\r
 238 this.text.append (this.newline);\r
 239 return true;\r
 240 }}return false;\r
 241 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 242 Clazz.defineMethod (c$, "writeSequence_Ref", \r
 243  function (refSeq, next_refSeq) {\r
 244 if (next_refSeq == null) {\r
 245 if (refSeq != null) {\r
 246 this.text.append (this.newline);\r
 247 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");\r
 248 this.text.append ("ALIGNMENT");\r
 249 this.text.append (this.newline);\r
 250 return true;\r
 251 }} else {\r
 252 if (refSeq == null || refSeq !== next_refSeq) {\r
 253 this.text.append (this.newline);\r
 254 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");\r
 255 this.text.append (next_refSeq.getName ());\r
 256 this.text.append (this.newline);\r
 257 return true;\r
 258 }}return false;\r
 259 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 260 Clazz.defineMethod (c$, "printGroups", \r
 261 function (list) {\r
 262 var seqrep = null;\r
 263 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 264 if (!sg.hasSeqrep ()) {\r
 265 this.text.append ("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName () + "\t" + (sg.getStartRes () + 1) + "\t" + (sg.getEndRes () + 1) + "\t" + "-1\t");\r
 266 seqrep = null;\r
 267 } else {\r
 268 seqrep = sg.getSeqrep ();\r
 269 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");\r
 270 this.text.append (seqrep.getName ());\r
 271 this.text.append (this.newline);\r
 272 this.text.append ("SEQUENCE_GROUP\t");\r
 273 this.text.append (sg.getName ());\r
 274 this.text.append ("\t");\r
 275 this.text.append ((seqrep.findPosition (sg.getStartRes ())));\r
 276 this.text.append ("\t");\r
 277 this.text.append ((seqrep.findPosition (sg.getEndRes ())));\r
 278 this.text.append ("\t");\r
 279 this.text.append ("-1\t");\r
 280 }for (var s = 0; s < sg.getSize (); s++) {\r
 281 this.text.append (sg.getSequenceAt (s).getName ());\r
 282 this.text.append ("\t");\r
 283 }\r
 284 this.text.append (this.newline);\r
 285 this.text.append ("PROPERTIES\t");\r
 286 this.text.append (sg.getName ());\r
 287 this.text.append ("\t");\r
 288 if (sg.getDescription () != null) {\r
 289 this.text.append ("description=");\r
 290 this.text.append (sg.getDescription ());\r
 291 this.text.append ("\t");\r
 292 }if (sg.cs != null) {\r
 293 this.text.append ("colour=");\r
 294 this.text.append (jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName (sg.cs));\r
 295 this.text.append ("\t");\r
 296 if (sg.cs.getThreshold () != 0) {\r
 297 this.text.append ("pidThreshold=");\r
 298 this.text.append (sg.cs.getThreshold ());\r
 299 }if (sg.cs.conservationApplied ()) {\r
 300 this.text.append ("consThreshold=");\r
 301 this.text.append (sg.cs.getConservationInc ());\r
 302 this.text.append ("\t");\r
 303 }}this.text.append ("outlineColour=");\r
 304 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.getOutlineColour ()));\r
 305 this.text.append ("\t");\r
 306 this.text.append ("displayBoxes=");\r
 307 this.text.append (sg.getDisplayBoxes ());\r
 308 this.text.append ("\t");\r
 309 this.text.append ("displayText=");\r
 310 this.text.append (sg.getDisplayText ());\r
 311 this.text.append ("\t");\r
 312 this.text.append ("colourText=");\r
 313 this.text.append (sg.getColourText ());\r
 314 this.text.append ("\t");\r
 315 this.text.append ("showUnconserved=");\r
 316 this.text.append (sg.getShowNonconserved ());\r
 317 this.text.append ("\t");\r
 318 if (sg.textColour !== java.awt.Color.black) {\r
 319 this.text.append ("textCol1=");\r
 320 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.textColour));\r
 321 this.text.append ("\t");\r
 322 }if (sg.textColour2 !== java.awt.Color.white) {\r
 323 this.text.append ("textCol2=");\r
 324 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.textColour2));\r
 325 this.text.append ("\t");\r
 326 }if (sg.thresholdTextColour != 0) {\r
 327 this.text.append ("textColThreshold=");\r
 328 this.text.append (sg.thresholdTextColour);\r
 329 this.text.append ("\t");\r
 330 }if (sg.idColour != null) {\r
 331 this.text.append ("idColour=");\r
 332 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.idColour));\r
 333 this.text.append ("\t");\r
 334 }if (sg.isHidereps ()) {\r
 335 this.text.append ("hide=true\t");\r
 336 }if (sg.isHideCols ()) {\r
 337 this.text.append ("hidecols=true\t");\r
 338 }if (seqrep != null) {\r
 339 this.text.append (this.newline);\r
 340 this.text.append ("SEQUENCE_REF");\r
 341 }this.text.append (this.newline);\r
 342 this.text.append (this.newline);\r
 343 }\r
 344 }, "java.util.List");\r
 345 Clazz.defineMethod (c$, "annotateAlignmentView", \r
 346 function (viewport, file, protocol) {\r
 347 var colSel = viewport.getColumnSelection ();\r
 348 if (colSel == null) {\r
 349 colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 350 }var rslt = this.readAnnotationFile (viewport.getAlignment (), colSel, file, protocol);\r
 351 if (rslt && (colSel.hasSelectedColumns () || colSel.hasHiddenColumns ())) {\r
 352 viewport.setColumnSelection (colSel);\r
 353 }return rslt;\r
 354 }, "jalview.api.AlignViewportI,~S,~S");\r
 355 Clazz.defineMethod (c$, "readAnnotationFile", \r
 356 function (al, file, protocol) {\r
 357 return this.readAnnotationFile (al, null, file, protocol);\r
 358 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~S");\r
 359 Clazz.defineMethod (c$, "readAnnotationFile", \r
 360 function (al, colSel, file, protocol) {\r
 361 var $in = null;\r
 362 try {\r
 363 if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE)) {\r
 364 $in = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getReader (file, false);\r
 365 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.URL)) {\r
 366 $in = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getReader (file, true);\r
 367 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 368 $in =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.StringReader (file));\r
 369 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)) {\r
 370 var is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + file);\r
 371 if (is != null) {\r
 372 $in =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (is));\r
 373 }}if ($in != null) {\r
 374 return this.parseAnnotationFrom (al, colSel, $in);\r
 375 }} catch (ex) {\r
 376 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 377 ex.printStackTrace ();\r
 378 System.out.println ("Problem reading annotation file: " + ex);\r
 379 if (this.nlinesread > 0) {\r
 380 System.out.println ("Last read line " + this.nlinesread + ": '" + this.lastread + "' (first 80 chars) ...");\r
 381 }return false;\r
 382 } else {\r
 383 throw ex;\r
 384 }\r
 385 }\r
 386 return false;\r
 387 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,~S,~S");\r
 388 Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotationFrom", \r
 389 function (al, colSel, $in) {\r
 390 this.nlinesread = 0;\r
 391 var combineAnnotation_calls =  new java.util.ArrayList ();\r
 392 var deferredAnnotation_calls =  new java.util.ArrayList ();\r
 393 var modified = false;\r
 394 var groupRef = null;\r
 395 var groupRefRows =  new java.util.Hashtable ();\r
 396 var autoAnnots =  new java.util.Hashtable ();\r
 397 {\r
 398 var line;\r
 399 var label;\r
 400 var description;\r
 401 var token;\r
 402 var graphStyle;\r
 403 var index;\r
 404 var refSeqIndex = 1;\r
 405 var existingAnnotations = 0;\r
 406 var overrideAutoAnnot = false;\r
 407 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {\r
 408 existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation ().length;\r
 409 if (existingAnnotations > 0) {\r
 410 var aa = al.getAlignmentAnnotation ();\r
 411 for (var aai = 0; aai < aa.length; aai++) {\r
 412 if (aa[aai].autoCalculated) {\r
 413 autoAnnots.put (this.autoAnnotsKey (aa[aai], aa[aai].sequenceRef, (aa[aai].groupRef == null ? null : aa[aai].groupRef.getName ())),  new Integer (1));\r
 414 }}\r
 415 }}var alWidth = al.getWidth ();\r
 416 var st;\r
 417 var annotations;\r
 418 var annotation = null;\r
 419 var jvAnnotationFile = false;\r
 420 while ((line = $in.readLine ()) != null) {\r
 421 this.nlinesread++;\r
 422 this.lastread =  String.instantialize (line);\r
 423 if (line.indexOf ("#") == 0) {\r
 424 continue;\r
 425 }if (line.indexOf ("JALVIEW_ANNOTATION") > -1) {\r
 426 jvAnnotationFile = true;\r
 427 break;\r
 428 }}\r
 429 if (!jvAnnotationFile) {\r
 430 $in.close ();\r
 431 return false;\r
 432 }while ((line = $in.readLine ()) != null) {\r
 433 this.nlinesread++;\r
 434 this.lastread =  String.instantialize (line);\r
 435 if (line.indexOf ("#") == 0 || line.indexOf ("JALVIEW_ANNOTATION") > -1 || line.length == 0) {\r
 436 continue;\r
 437 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "\t");\r
 438 token = st.nextToken ();\r
 439 if (token.equalsIgnoreCase ("COLOUR")) {\r
 440 this.colourAnnotations (al, st.nextToken (), st.nextToken ());\r
 441 modified = true;\r
 442 continue;\r
 443 } else if (token.equalsIgnoreCase (jalview.io.AnnotationFile.COMBINE)) {\r
 444 combineAnnotation_calls.add ( Clazz.newArray (-1, [st, this.refSeq, groupRef]));\r
 445 modified = true;\r
 446 continue;\r
 447 } else if (token.equalsIgnoreCase ("ROWPROPERTIES")) {\r
 448 this.addRowProperties (al, st);\r
 449 modified = true;\r
 450 continue;\r
 451 } else if (token.equalsIgnoreCase (jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE)) {\r
 452 deferredAnnotation_calls.add ( Clazz.newArray (-1, [jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE, st, this.refSeq, groupRef]));\r
 453 modified = true;\r
 454 continue;\r
 455 } else if (token.equalsIgnoreCase ("SEQUENCE_REF")) {\r
 456 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 457 this.refSeq = al.findName (this.refSeqId = st.nextToken ());\r
 458 if (this.refSeq == null) {\r
 459 this.refSeqId = null;\r
 460 }try {\r
 461 refSeqIndex = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
 462 if (refSeqIndex < 1) {\r
 463 refSeqIndex = 1;\r
 464 System.out.println ("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 465 }} catch (ex) {\r
 466 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 467 refSeqIndex = 1;\r
 468 } else {\r
 469 throw ex;\r
 470 }\r
 471 }\r
 472 } else {\r
 473 this.refSeq = null;\r
 474 this.refSeqId = null;\r
 475 }continue;\r
 476 } else if (token.equalsIgnoreCase ("GROUP_REF")) {\r
 477 groupRef = null;\r
 478 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 479 groupRef = st.nextToken ();\r
 480 if (groupRef.length < 1) {\r
 481 groupRef = null;\r
 482 } else {\r
 483 if (groupRefRows.get (groupRef) == null) {\r
 484 groupRefRows.put (groupRef,  new java.util.Vector ());\r
 485 }}}continue;\r
 486 } else if (token.equalsIgnoreCase ("SEQUENCE_GROUP")) {\r
 487 this.addGroup (al, st);\r
 488 modified = true;\r
 489 continue;\r
 490 } else if (token.equalsIgnoreCase ("PROPERTIES")) {\r
 491 this.addProperties (al, st);\r
 492 modified = true;\r
 493 continue;\r
 494 } else if (token.equalsIgnoreCase ("BELOW_ALIGNMENT")) {\r
 495 this.setBelowAlignment (al, st);\r
 496 modified = true;\r
 497 continue;\r
 498 } else if (token.equalsIgnoreCase ("ALIGNMENT")) {\r
 499 this.addAlignmentDetails (al, st);\r
 500 modified = true;\r
 501 continue;\r
 502 } else if (token.equalsIgnoreCase ("VIEW_SETREF")) {\r
 503 if (this.refSeq != null) {\r
 504 al.setSeqrep (this.refSeq);\r
 505 }modified = true;\r
 506 continue;\r
 507 } else if (token.equalsIgnoreCase ("VIEW_HIDECOLS")) {\r
 508 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 509 if (colSel == null) {\r
 510 colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 511 }this.parseHideCols (colSel, st.nextToken ());\r
 512 }modified = true;\r
 513 continue;\r
 514 } else if (token.equalsIgnoreCase ("HIDE_INSERTIONS")) {\r
 515 var sr = this.refSeq == null ? al.getSeqrep () : this.refSeq;\r
 516 if (sr == null) {\r
 517 sr = al.getSequenceAt (0);\r
 518 }if (sr != null) {\r
 519 if (colSel == null) {\r
 520 System.err.println ("Cannot process HIDE_INSERTIONS without an alignment view: Ignoring line: " + line);\r
 521 } else {\r
 522 colSel.hideInsertionsFor (sr);\r
 523 }}modified = true;\r
 524 continue;\r
 525 }graphStyle = jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString (token);\r
 526 label = st.nextToken ();\r
 527 index = 0;\r
 528 annotations =  new Array (alWidth);\r
 529 description = null;\r
 530 var score = NaN;\r
 531 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 532 line = st.nextToken ();\r
 533 if (line.indexOf ("|") == -1) {\r
 534 description = line;\r
 535 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 536 line = st.nextToken ();\r
 537 }}if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 538 score = Float.$valueOf (st.nextToken ()).floatValue ();\r
 539 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "|", true);\r
 540 var emptyColumn = true;\r
 541 var onlyOneElement = (st.countTokens () == 1);\r
 542 while (st.hasMoreElements () && index < alWidth) {\r
 543 token = st.nextToken ().trim ();\r
 544 if (onlyOneElement) {\r
 545 try {\r
 546 score = Float.$valueOf (token).floatValue ();\r
 547 break;\r
 548 } catch (ex) {\r
 549 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 550 } else {\r
 551 throw ex;\r
 552 }\r
 553 }\r
 554 }if (token.equals ("|")) {\r
 555 if (emptyColumn) {\r
 556 index++;\r
 557 }emptyColumn = true;\r
 558 } else {\r
 559 annotations[index++] = this.parseAnnotation (token, graphStyle);\r
 560 emptyColumn = false;\r
 561 }}\r
 562 }annotation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (label, description, (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);\r
 563 annotation.score = score;\r
 564 if (!overrideAutoAnnot && autoAnnots.containsKey (this.autoAnnotsKey (annotation, this.refSeq, groupRef))) {\r
 565 continue;\r
 566 }if (this.refSeq != null) {\r
 567 annotation.belowAlignment = false;\r
 568 var referedSeq = this.refSeq;\r
 569 do {\r
 570 var ann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annotation);\r
 571 annotation.createSequenceMapping (referedSeq, refSeqIndex, false);\r
 572 annotation.adjustForAlignment ();\r
 573 referedSeq.addAlignmentAnnotation (annotation);\r
 574 al.addAnnotation (annotation);\r
 575 al.setAnnotationIndex (annotation, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);\r
 576 if (groupRef != null) {\r
 577 (groupRefRows.get (groupRef)).addElement (annotation);\r
 578 }annotation = ann;\r
 579 } while (this.refSeqId != null && (referedSeq = al.findName (referedSeq, this.refSeqId, true)) != null);\r
 580 } else {\r
 581 al.addAnnotation (annotation);\r
 582 al.setAnnotationIndex (annotation, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);\r
 583 if (groupRef != null) {\r
 584 (groupRefRows.get (groupRef)).addElement (annotation);\r
 585 }}modified = true;\r
 586 }\r
 587 var groupRefLookup =  new java.util.Hashtable ();\r
 588 var en = groupRefRows.keys ();\r
 589 while (en.hasMoreElements ()) {\r
 590 groupRef = en.nextElement ();\r
 591 var matched = false;\r
 592 for (var theGroup, $theGroup = al.getGroups ().iterator (); $theGroup.hasNext () && ((theGroup = $theGroup.next ()) || true);) {\r
 593 if (theGroup.getName ().equals (groupRef)) {\r
 594 if (matched) {\r
 595 System.err.println ("Ignoring 1:many group reference mappings for group name '" + groupRef + "'");\r
 596 } else {\r
 597 matched = true;\r
 598 var rowset = groupRefRows.get (groupRef);\r
 599 groupRefLookup.put (groupRef, theGroup);\r
 600 if (rowset != null && rowset.size () > 0) {\r
 601 var alan = null;\r
 602 for (var elm = 0, elmSize = rowset.size (); elm < elmSize; elm++) {\r
 603 alan = rowset.elementAt (elm);\r
 604 alan.groupRef = theGroup;\r
 605 }\r
 606 }}}}\r
 607 (groupRefRows.get (groupRef)).removeAllElements ();\r
 608 }\r
 609 for (var _deferred_args, $_deferred_args = deferredAnnotation_calls.iterator (); $_deferred_args.hasNext () && ((_deferred_args = $_deferred_args.next ()) || true);) {\r
 610 if (_deferred_args[0] === jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE) {\r
 611 this.addLine (al, _deferred_args[1], _deferred_args[2], (_deferred_args[3] == null) ? null : groupRefLookup.get (_deferred_args[3]));\r
 612 }}\r
 613 var combinecount = 0;\r
 614 for (var _combine_args, $_combine_args = combineAnnotation_calls.iterator (); $_combine_args.hasNext () && ((_combine_args = $_combine_args.next ()) || true);) {\r
 615 this.combineAnnotations (al, ++combinecount, _combine_args[0], _combine_args[1], (_combine_args[2] == null) ? null : groupRefLookup.get (_combine_args[2]));\r
 616 }\r
 617 }return modified;\r
 618 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.io.BufferedReader");\r
 619 Clazz.defineMethod (c$, "parseHideCols", \r
 620  function (colSel, nextToken) {\r
 621 var inval =  new java.util.StringTokenizer (nextToken, ",");\r
 622 while (inval.hasMoreTokens ()) {\r
 623 var range = inval.nextToken ().trim ();\r
 624 var from;\r
 625 var to = range.indexOf ("-");\r
 626 if (to == -1) {\r
 627 from = to = Integer.parseInt (range);\r
 628 if (from >= 0) {\r
 629 colSel.hideColumns (from, to);\r
 630 }} else {\r
 631 from = Integer.parseInt (range.substring (0, to));\r
 632 if (to < range.length - 1) {\r
 633 to = Integer.parseInt (range.substring (to + 1));\r
 634 } else {\r
 635 to = from;\r
 636 }if (from > 0 && to >= from) {\r
 637 colSel.hideColumns (from, to);\r
 638 }}}\r
 639 }, "jalview.datamodel.ColumnSelection,~S");\r
 640 Clazz.defineMethod (c$, "autoAnnotsKey", \r
 641  function (annotation, refSeq, groupRef) {\r
 642 return annotation.graph + "\t" + annotation.label + "\t" + annotation.description + "\t" + (refSeq != null ? refSeq.getDisplayId (true) : "");\r
 643 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 644 Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotation", \r
 645 function (string, graphStyle) {\r
 646 var hasSymbols = (graphStyle == 0);\r
 647 var desc = null;\r
 648 var displayChar = null;\r
 649 var ss = ' ';\r
 650 var value = 0;\r
 651 var parsedValue = false;\r
 652 var dcset = false;\r
 653 var colour = null;\r
 654 var i = string.indexOf ("[");\r
 655 var j = string.indexOf ("]");\r
 656 if (i > -1 && j > -1) {\r
 657 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();\r
 658 colour = ucs.getColourFromString (string.substring (i + 1, j));\r
 659 if (i > 0 && string.charAt (i - 1) == ',') {\r
 660 i--;\r
 661 }string = string.substring (0, i) + string.substring (j + 1);\r
 662 }var st =  new java.util.StringTokenizer (string, ",", true);\r
 663 var token;\r
 664 var seenContent = false;\r
 665 var pass = 0;\r
 666 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 667 pass++;\r
 668 token = st.nextToken ().trim ();\r
 669 if (token.equals (",")) {\r
 670 if (!seenContent && parsedValue && !dcset) {\r
 671 dcset = true;\r
 672 displayChar = " ";\r
 673 }seenContent = false;\r
 674 continue;\r
 675 } else {\r
 676 seenContent = true;\r
 677 }if (!parsedValue) {\r
 678 try {\r
 679 displayChar = token;\r
 680 value =  new Float (token).floatValue ();\r
 681 parsedValue = true;\r
 682 continue;\r
 683 } catch (ex) {\r
 684 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 685 } else {\r
 686 throw ex;\r
 687 }\r
 688 }\r
 689 } else {\r
 690 if (token.length == 1) {\r
 691 displayChar = token;\r
 692 }}if (hasSymbols && (token.equals ("H") || token.equals ("E") || token.equals ("S") || token.equals (" "))) {\r
 693 ss = token.charAt (0);\r
 694 if (displayChar.equals (token.substring (0, 1))) {\r
 695 displayChar = "";\r
 696 }} else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2)) {\r
 697 desc = token;\r
 698 }}\r
 699 if (displayChar != null && desc != null && desc.length == 1) {\r
 700 if (displayChar.length > 1) {\r
 701 var tmp = displayChar;\r
 702 displayChar = desc;\r
 703 desc = tmp;\r
 704 } else {\r
 705 if (displayChar.equals (desc)) {\r
 706 desc = null;\r
 707 }}}var anot =  new jalview.datamodel.Annotation (displayChar, desc, ss, value);\r
 708 anot.colour = colour;\r
 709 return anot;\r
 710 }, "~S,~N");\r
 711 Clazz.defineMethod (c$, "colourAnnotations", \r
 712 function (al, label, colour) {\r
 713 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colour);\r
 714 var annotations;\r
 715 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
 716 if (al.getAlignmentAnnotation ()[i].label.equalsIgnoreCase (label)) {\r
 717 annotations = al.getAlignmentAnnotation ()[i].annotations;\r
 718 for (var j = 0; j < annotations.length; j++) {\r
 719 if (annotations[j] != null) {\r
 720 annotations[j].colour = ucs.findColour ('A');\r
 721 }}\r
 722 }}\r
 723 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~S");\r
 724 Clazz.defineMethod (c$, "combineAnnotations", \r
 725 function (al, combineCount, st, seqRef, groupRef) {\r
 726 var group = st.nextToken ();\r
 727 var graphGroup = 0;\r
 728 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {\r
 729 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
 730 var aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];\r
 731 if (aa.graphGroup > graphGroup) {\r
 732 graphGroup = aa.graphGroup + 1;\r
 733 }if (aa.sequenceRef === seqRef && aa.groupRef === groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase (group)) {\r
 734 if (aa.graphGroup > -1) {\r
 735 graphGroup = aa.graphGroup;\r
 736 } else {\r
 737 if (graphGroup <= combineCount) {\r
 738 graphGroup = combineCount + 1;\r
 739 }aa.graphGroup = graphGroup;\r
 740 }break;\r
 741 }}\r
 742 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 743 group = st.nextToken ();\r
 744 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
 745 var aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];\r
 746 if (aa.sequenceRef === seqRef && aa.groupRef === groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase (group)) {\r
 747 aa.graphGroup = graphGroup;\r
 748 break;\r
 749 }}\r
 750 }\r
 751 } else {\r
 752 System.err.println ("Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");\r
 753 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,~N,java.util.StringTokenizer,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 754 Clazz.defineMethod (c$, "addLine", \r
 755 function (al, st, seqRef, groupRef) {\r
 756 var group = st.nextToken ();\r
 757 var annotation = null;\r
 758 var alannot = al.getAlignmentAnnotation ();\r
 759 var value =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();\r
 760 var label = st.hasMoreTokens () ? st.nextToken () : null;\r
 761 var colour = null;\r
 762 if (st.hasMoreTokens ()) {\r
 763 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (st.nextToken ());\r
 764 colour = ucs.findColour ('A');\r
 765 }if (alannot != null) {\r
 766 for (var i = 0; i < alannot.length; i++) {\r
 767 if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase (group) && (seqRef == null || alannot[i].sequenceRef === seqRef) && (groupRef == null || alannot[i].groupRef === groupRef)) {\r
 768 alannot[i].setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine (value, label, colour));\r
 769 }}\r
 770 }if (annotation == null) {\r
 771 return;\r
 772 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 773 Clazz.defineMethod (c$, "addGroup", \r
 774 function (al, st) {\r
 775 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 776 sg.setName (st.nextToken ());\r
 777 var rng = "";\r
 778 try {\r
 779 rng = st.nextToken ();\r
 780 if (rng.length > 0 && !rng.startsWith ("*")) {\r
 781 sg.setStartRes (Integer.parseInt (rng) - 1);\r
 782 } else {\r
 783 sg.setStartRes (0);\r
 784 }rng = st.nextToken ();\r
 785 if (rng.length > 0 && !rng.startsWith ("*")) {\r
 786 sg.setEndRes (Integer.parseInt (rng) - 1);\r
 787 } else {\r
 788 sg.setEndRes (al.getWidth () - 1);\r
 789 }} catch (e) {\r
 790 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 791 System.err.println ("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '" + rng + "' - assuming alignment width for group.");\r
 792 sg.setStartRes (0);\r
 793 sg.setEndRes (al.getWidth () - 1);\r
 794 } else {\r
 795 throw e;\r
 796 }\r
 797 }\r
 798 var index = st.nextToken ();\r
 799 if (index.equals ("-1")) {\r
 800 while (st.hasMoreElements ()) {\r
 801 sg.addSequence (al.findName (st.nextToken ()), false);\r
 802 }\r
 803 } else {\r
 804 var st2 =  new java.util.StringTokenizer (index, ",");\r
 805 while (st2.hasMoreTokens ()) {\r
 806 var tmp = st2.nextToken ();\r
 807 if (tmp.equals ("*")) {\r
 808 for (var i = 0; i < al.getHeight (); i++) {\r
 809 sg.addSequence (al.getSequenceAt (i), false);\r
 810 }\r
 811 } else if (tmp.indexOf ("-") >= 0) {\r
 812 var st3 =  new java.util.StringTokenizer (tmp, "-");\r
 813 var start = (Integer.parseInt (st3.nextToken ()));\r
 814 var end = (Integer.parseInt (st3.nextToken ()));\r
 815 if (end > start) {\r
 816 for (var i = start; i <= end; i++) {\r
 817 sg.addSequence (al.getSequenceAt (i - 1), false);\r
 818 }\r
 819 }} else {\r
 820 sg.addSequence (al.getSequenceAt (Integer.parseInt (tmp) - 1), false);\r
 821 }}\r
 822 }if (this.refSeq != null) {\r
 823 sg.setStartRes (this.refSeq.findIndex (sg.getStartRes () + 1) - 1);\r
 824 sg.setEndRes (this.refSeq.findIndex (sg.getEndRes () + 1) - 1);\r
 825 sg.setSeqrep (this.refSeq);\r
 826 }if (sg.getSize () > 0) {\r
 827 al.addGroup (sg);\r
 828 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");\r
 829 Clazz.defineMethod (c$, "addRowProperties", \r
 830 function (al, st) {\r
 831 var label = st.nextToken ();\r
 832 var keyValue;\r
 833 var key;\r
 834 var value;\r
 835 var scaletofit = false;\r
 836 var centerlab = false;\r
 837 var showalllabs = false;\r
 838 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 839 keyValue = st.nextToken ();\r
 840 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));\r
 841 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);\r
 842 if (key.equalsIgnoreCase ("scaletofit")) {\r
 843 scaletofit = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();\r
 844 }if (key.equalsIgnoreCase ("showalllabs")) {\r
 845 showalllabs = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();\r
 846 }if (key.equalsIgnoreCase ("centrelabs")) {\r
 847 centerlab = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();\r
 848 }var alr = al.getAlignmentAnnotation ();\r
 849 if (alr != null) {\r
 850 for (var i = 0; i < alr.length; i++) {\r
 851 if (alr[i].label.equalsIgnoreCase (label)) {\r
 852 alr[i].centreColLabels = centerlab;\r
 853 alr[i].scaleColLabel = scaletofit;\r
 854 alr[i].showAllColLabels = showalllabs;\r
 855 }}\r
 856 }}\r
 857 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");\r
 858 Clazz.defineMethod (c$, "addProperties", \r
 859 function (al, st) {\r
 860 if (al.getGroups () == null) {\r
 861 return;\r
 862 }var name = st.nextToken ();\r
 863 var sg = null;\r
 864 for (var _sg, $_sg = al.getGroups ().iterator (); $_sg.hasNext () && ((_sg = $_sg.next ()) || true);) {\r
 865 if ((sg = _sg).getName ().equals (name)) {\r
 866 break;\r
 867 } else {\r
 868 sg = null;\r
 869 }}\r
 870 if (sg != null) {\r
 871 var keyValue;\r
 872 var key;\r
 873 var value;\r
 874 var def = sg.cs;\r
 875 sg.cs = null;\r
 876 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 877 keyValue = st.nextToken ();\r
 878 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));\r
 879 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);\r
 880 if (key.equalsIgnoreCase ("description")) {\r
 881 sg.setDescription (value);\r
 882 } else if (key.equalsIgnoreCase ("colour")) {\r
 883 sg.cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (al, value);\r
 884 } else if (key.equalsIgnoreCase ("pidThreshold")) {\r
 885 sg.cs.setThreshold (Integer.parseInt (value), true);\r
 886 } else if (key.equalsIgnoreCase ("consThreshold")) {\r
 887 sg.cs.setConservationInc (Integer.parseInt (value));\r
 888 var c =  new jalview.analysis.Conservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (null), sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1);\r
 889 c.calculate ();\r
 890 c.verdict (false, 25);\r
 891 sg.cs.setConservation (c);\r
 892 } else if (key.equalsIgnoreCase ("outlineColour")) {\r
 893 sg.setOutlineColour ( new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A'));\r
 894 } else if (key.equalsIgnoreCase ("displayBoxes")) {\r
 895 sg.setDisplayBoxes (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());\r
 896 } else if (key.equalsIgnoreCase ("showUnconserved")) {\r
 897 sg.setShowNonconserved (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());\r
 898 } else if (key.equalsIgnoreCase ("displayText")) {\r
 899 sg.setDisplayText (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());\r
 900 } else if (key.equalsIgnoreCase ("colourText")) {\r
 901 sg.setColourText (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());\r
 902 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textCol1")) {\r
 903 sg.textColour =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A');\r
 904 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textCol2")) {\r
 905 sg.textColour2 =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A');\r
 906 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textColThreshold")) {\r
 907 sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt (value);\r
 908 } else if (key.equalsIgnoreCase ("idColour")) {\r
 909 sg.setIdColour ((def =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value)).findColour ('A'));\r
 910 } else if (key.equalsIgnoreCase ("hide")) {\r
 911 sg.setHidereps (true);\r
 912 } else if (key.equalsIgnoreCase ("hidecols")) {\r
 913 sg.setHideCols (true);\r
 914 }sg.recalcConservation ();\r
 915 }\r
 916 if (sg.cs == null) {\r
 917 sg.cs = def;\r
 918 }}}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");\r
 919 Clazz.defineMethod (c$, "setBelowAlignment", \r
 920 function (al, st) {\r
 921 var token;\r
 922 var aa;\r
 923 var ala = al.getAlignmentAnnotation ();\r
 924 if (ala == null) {\r
 925 System.err.print ("Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");\r
 926 }while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 927 token = st.nextToken ();\r
 928 if (ala == null) {\r
 929 System.err.print (" " + token);\r
 930 } else {\r
 931 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
 932 aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];\r
 933 if (aa.sequenceRef === this.refSeq && aa.label.equals (token)) {\r
 934 aa.belowAlignment = true;\r
 935 }}\r
 936 }}\r
 937 if (ala == null) {\r
 938 System.err.print ("\n");\r
 939 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");\r
 940 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentDetails", \r
 941 function (al, st) {\r
 942 var keyValue;\r
 943 var key;\r
 944 var value;\r
 945 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 946 keyValue = st.nextToken ();\r
 947 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));\r
 948 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);\r
 949 al.setProperty (key, value);\r
 950 }\r
 951 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");\r
 952 Clazz.defineMethod (c$, "printCSVAnnotations", \r
 953 function (annotations) {\r
 954 var sp =  new StringBuffer ();\r
 955 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
 956 var atos = annotations[i].toString ();\r
 957 var p = 0;\r
 958 do {\r
 959 var cp = atos.indexOf ("\n", p);\r
 960 sp.append (annotations[i].label);\r
 961 sp.append (",");\r
 962 if (cp > p) {\r
 963 sp.append (atos.substring (p, cp + 1));\r
 964 } else {\r
 965 sp.append (atos.substring (p));\r
 966 sp.append (this.newline);\r
 967 }p = cp + 1;\r
 968 } while (p > 0);\r
 969 }\r
 970 return sp.toString ();\r
 971 }, "~A");\r
 972 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotationsForView", \r
 973 function (viewport) {\r
 974 return this.printAnnotations (viewport.isShowAnnotation () ? viewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () : null, viewport.getAlignment ().getGroups (), viewport.getAlignment ().getProperties (), viewport.getColumnSelection (), viewport.getAlignment (), null);\r
 975 }, "jalview.api.AlignViewportI");\r
 976 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotationsForAlignment", \r
 977 function (al) {\r
 978 return this.printAnnotations (al.getAlignmentAnnotation (), al.getGroups (), al.getProperties (), null, al, null);\r
 979 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 980 c$.$AnnotationFile$ViewDef$ = function () {\r
 981 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 982 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 983 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 984 this.viewname = null;\r
 985 this.hidseqs = null;\r
 986 this.hiddencols = null;\r
 987 this.visibleGroups = null;\r
 988 this.hiddenRepSeqs = null;\r
 989 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 990 }, jalview.io.AnnotationFile, "ViewDef");\r
 991 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 992 function (a, b, c, d) {\r
 993 this.viewname = a;\r
 994 this.hidseqs = b;\r
 995 this.hiddencols = c;\r
 996 this.hiddenRepSeqs = d;\r
 997 }, "~S,jalview.datamodel.HiddenSequences,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.util.Hashtable");\r
 998 c$ = Clazz.p0p ();\r
 999 };\r
1000 Clazz.defineStatics (c$,\r
1001 "GRAPHLINE", "GRAPHLINE",\r
1002 "COMBINE", "COMBINE");\r
1003 });\r