site/j2s/jalview/io/AppletFormatAdapter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AppletFormatAdapter", ["MCview.PDBfile", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.io.FileParse", "$.IdentifyFile", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Exception", "$.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.viewpanel = null;
   5 this.annotFromStructure = false;
   6 this.localSecondaryStruct = false;
   7 this.serviceSecondaryStruct = false;
   8 this.alignFile = null;
   9 this.inFile = null;
  10 this.newline = null;
  11 this.exportSettings = null;
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.io, "AppletFormatAdapter");
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  15 this.newline = System.getProperty ("line.separator");
  16 });
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function () {
  19 });
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (viewpanel) {
  22 this.viewpanel = viewpanel;
  23 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
  24 Clazz.makeConstructor (c$,
  25 function (alignPanel, settings) {
  26 this.viewpanel = alignPanel;
  27 this.exportSettings = settings;
  28 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel,jalview.api.AlignExportSettingI");
  29 c$.prettyPrint = Clazz.defineMethod (c$, "prettyPrint",
  30 function (els) {
  31 var list =  new StringBuffer ();
  32 for (var i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++) {
  33 list.append (els[i]);
  34 list.append (", ");
  35 }
  36 list.append (" and " + els[els.length - 1] + ".");
  37 return list.toString ();
  38 }, "~A");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString",
  40 function (nl) {
  41 this.newline = nl;
  42 }, "~S");
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString",
  44 function () {
  45 return this.newline;
  46 });
  47 c$.isValidFormat = Clazz.defineMethod (c$, "isValidFormat",
  48 function (format) {
  49 return jalview.io.AppletFormatAdapter.isValidFormat (format, false);
  50 }, "~S");
  51 c$.isValidFormat = Clazz.defineMethod (c$, "isValidFormat",
  52 function (format, forwriting) {
  53 var valid = false;
  54 var format_list = (forwriting) ? jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS : jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FORMATS;
  55 for (var element, $element = 0, $$element = format_list; $element < $$element.length && ((element = $$element[$element]) || true); $element++) {
  56 if (element.equalsIgnoreCase (format)) {
  57 return true;
  58 }}
  59 return valid;
  60 }, "~S,~B");
  61 Clazz.defineMethod (c$, "readFile",
  62 function (inFile, type, format) {
  63 this.inFile = inFile;
  64 try {
  65 if (format.equals ("FASTA")) {
  66 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [inFile, type]);
  67 } else if (format.equals ("MSF")) {
  68 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", [inFile, type]);
  69 } else if (format.equals ("PileUp")) {
  70 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", [inFile, type]);
  71 } else if (format.equals ("CLUSTAL")) {
  72 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", [inFile, type]);
  73 } else if (format.equals ("BLC")) {
  74 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", [inFile, type]);
  75 } else if (format.equals ("PIR")) {
  76 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", [inFile, type]);
  77 } else if (format.equals ("PFAM")) {
  78 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", [inFile, type]);
  79 } else if (format.equals ("JnetFile")) {
  80 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [inFile, type]);
  81 (this.alignFile).removeNonSequences ();
  82 } else if (format.equals ("PDB")) {
  83 this.alignFile =  new MCview.PDBfile (this.annotFromStructure, this.localSecondaryStruct, this.serviceSecondaryStruct, inFile, type);
  84 } else if (format.equals ("STH")) {
  85 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [inFile, type]);
  86 } else if (format.equals ("SimpleBLAST")) {
  87 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("SimpleBlastFile", [inFile, type]);
  88 } else if (format.equals ("PHYLIP")) {
  89 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", [inFile, type]);
  90 } else if (format.equals ("JSON")) {
  91 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", [inFile, type]);
  92 } else if (format.equals ("HTML")) {
  93 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("HtmlFile", [inFile, type]);
  94 } else if (format.equals ("RNAML")) {
  95 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", [inFile, type]);
  96 } else if (format.equals ("GFF v2 or v3")) {
  97 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("Gff3File", [inFile, type]);
  98 }return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);
  99 } catch (e) {
 100 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 101 e.printStackTrace ();
 102 System.err.println ("Failed to read alignment using the '" + format + "' reader.\n" + e);
 103 if (e.getMessage () != null && e.getMessage ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {
 104 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());
 105 }if (type.equalsIgnoreCase ("Paste")) {
 106 try {
 107 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste"]);
 108 return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);
 109 } catch (ex) {
 110 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 111 if (ex.toString ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {
 112 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());
 113 }ex.printStackTrace ();
 114 } else {
 115 throw ex;
 116 }
 117 }
 118 }throw  new java.io.IOException (jalview.io.AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS);
 119 } else {
 120 throw e;
 121 }
 122 }
 123 }, "~S,~S,~S");
 124 Clazz.defineMethod (c$, "readFromFile",
 125 function (source, format) {
 126 this.inFile = source.getInFile ();
 127 var type = source.type;
 128 try {
 129 if (format.equals ("FASTA")) {
 130 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [source]);
 131 } else if (format.equals ("MSF")) {
 132 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", [source]);
 133 } else if (format.equals ("PileUp")) {
 134 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", [source]);
 135 } else if (format.equals ("CLUSTAL")) {
 136 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", [source]);
 137 } else if (format.equals ("BLC")) {
 138 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", [source]);
 139 } else if (format.equals ("PIR")) {
 140 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", [source]);
 141 } else if (format.equals ("PFAM")) {
 142 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", [source]);
 143 } else if (format.equals ("JnetFile")) {
 144 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [source]);
 145 (this.alignFile).removeNonSequences ();
 146 } else if (format.equals ("PDB")) {
 147 this.alignFile =  new MCview.PDBfile (this.annotFromStructure, this.localSecondaryStruct, this.serviceSecondaryStruct, source);
 148 } else if (format.equals ("STH")) {
 149 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [source]);
 150 } else if (format.equals ("RNAML")) {
 151 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", [source]);
 152 } else if (format.equals ("SimpleBLAST")) {
 153 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("SimpleBlastFile", [source]);
 154 } else if (format.equals ("PHYLIP")) {
 155 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", [source]);
 156 } else if (format.equals ("GFF v2 or v3")) {
 157 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("Gff3File", [this.inFile, type]);
 158 } else if (format.equals ("JSON")) {
 159 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", [source]);
 160 } else if (format.equals ("HTML")) {
 161 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("HtmlFile", [source]);
 162 }return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);
 163 } catch (e) {
 164 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 165 e.printStackTrace ();
 166 System.err.println ("Failed to read alignment using the '" + format + "' reader.\n" + e);
 167 if (e.getMessage () != null && e.getMessage ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {
 168 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());
 169 }if (type.equalsIgnoreCase ("Paste")) {
 170 try {
 171 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [">UNKNOWN\n" + this.inFile, "Paste"]);
 172 return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);
 173 } catch (ex) {
 174 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 175 if (ex.toString ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {
 176 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());
 177 }ex.printStackTrace ();
 178 } else {
 179 throw ex;
 180 }
 181 }
 182 }throw  new java.io.IOException (jalview.io.AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS);
 183 } else {
 184 throw e;
 185 }
 186 }
 187 }, "jalview.io.FileParse,~S");
 188 Clazz.defineMethod (c$, "buildAlignmentFrom",
 189  function (alignFile2) {
 190 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (this.alignFile.getSeqsAsArray ());
 191 this.alignFile.addAnnotations (al);
 192 this.alignFile.addGroups (al);
 193 return al;
 194 }, "jalview.io.AlignFile");
 195 Clazz.defineMethod (c$, "formatSequences",
 196 function (format, jvsuffix, ap, selectedOnly) {
 197 var selvew = ap.getAlignViewport ().getAlignmentView (selectedOnly, false);
 198 var aselview = selvew.getVisibleAlignment (ap.getAlignViewport ().getGapCharacter ());
 199 var ala = (ap.getAlignViewport ().getVisibleAlignmentAnnotation (selectedOnly));
 200 if (ala != null) {
 201 for (var aa, $aa = ala.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
 202 aselview.addAnnotation (aa);
 203 }
 204 }this.viewpanel = ap;
 205 return this.formatSequences (format, aselview, jvsuffix);
 206 }, "~S,~B,jalview.api.AlignmentViewPanel,~B");
 207 Clazz.defineMethod (c$, "formatSequences",
 208 function (format, alignment, jvsuffix) {
 209 try {
 210 var afile = null;
 211 if (format.equalsIgnoreCase ("FASTA")) {
 212 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", []);
 213 } else if (format.equalsIgnoreCase ("MSF")) {
 214 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", []);
 215 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PileUp")) {
 216 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", []);
 217 } else if (format.equalsIgnoreCase ("CLUSTAL")) {
 218 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", []);
 219 } else if (format.equalsIgnoreCase ("BLC")) {
 220 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", []);
 221 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PIR")) {
 222 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", []);
 223 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PFAM")) {
 224 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", []);
 225 } else if (format.equalsIgnoreCase ("STH")) {
 226 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [alignment]);
 227 } else if (format.equalsIgnoreCase ("AMSA")) {
 228 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("AMSAFile", [alignment]);
 229 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PHYLIP")) {
 230 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", []);
 231 } else if (format.equalsIgnoreCase ("JSON")) {
 232 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", []);
 233 } else if (format.equalsIgnoreCase ("RNAML")) {
 234 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", []);
 235 } else {
 236 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 237 }afile.setNewlineString (this.newline);
 238 afile.addJVSuffix (jvsuffix);
 239 afile.setExportSettings (this.exportSettings);
 240 afile.configureForView (this.viewpanel);
 241 if (this.viewpanel == null || this.viewpanel.getAlignment () == null || this.viewpanel.getAlignment () !== alignment) {
 242 afile.setSeqs (alignment.getSequencesArray ());
 243 } else {
 244 afile.setSeqs (this.viewpanel.getAlignment ().getSequencesArray ());
 245 }var afileresp = afile.print ();
 246 if (afile.hasWarningMessage ()) {
 247 System.err.println ("Warning raised when writing as " + format + " : " + afile.getWarningMessage ());
 248 }return afileresp;
 249 } catch (e) {
 250 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 251 System.err.println ("Failed to write alignment as a '" + format + "' file\n");
 252 e.printStackTrace ();
 253 } else {
 254 throw e;
 255 }
 256 }
 257 return null;
 258 }, "~S,jalview.datamodel.AlignmentI,~B");
 259 c$.checkProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "checkProtocol",
 260 function (file) {
 261 var protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE;
 262 var ft = file.toLowerCase ().trim ();
 263 if (ft.indexOf ("http:") == 0 || ft.indexOf ("https:") == 0 || ft.indexOf ("file:") == 0) {
 264 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;
 265 }return protocol;
 266 }, "~S");
 267 c$.resolveProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "resolveProtocol",
 268 function (file, format) {
 269 return jalview.io.AppletFormatAdapter.resolveProtocol (file, format, false);
 270 }, "~S,~S");
 271 c$.resolveProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "resolveProtocol",
 272 function (file, format, debug) {
 273 var protocol = null;
 274 if (debug) {
 275 System.out.println ("resolving datasource started with:\n>>file\n" + file + ">>endfile");
 276 }try {
 277 var rtn = false;
 278 var is = System.getSecurityManager ().getClass ().getResourceAsStream ("/" + file);
 279 if (is != null) {
 280 rtn = true;
 281 is.close ();
 282 }if (debug) {
 283 System.err.println ("Resource '" + file + "' was " + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 284 };if (rtn) {
 285 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 286 }} catch (ex) {
 287 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 288 System.err.println ("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 289 } else {
 290 throw ex;
 291 }
 292 }
 293 if (file.indexOf ("://") > -1) {
 294 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;
 295 } else {
 296 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE;
 297 }var fp = null;
 298 try {
 299 if (debug) {
 300 System.out.println ("Trying to get contents of resource as " + protocol + ":");
 301 }fp =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);
 302 if (!fp.isValid ()) {
 303 fp = null;
 304 } else {
 305 if (debug) {
 306 System.out.println ("Successful.");
 307 }}} catch (e) {
 308 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 309 if (debug) {
 310 System.err.println ("Exception when accessing content: " + e);
 311 }fp = null;
 312 } else {
 313 throw e;
 314 }
 315 }
 316 if (fp == null) {
 317 if (debug) {
 318 System.out.println ("Accessing as paste.");
 319 }protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE;
 320 fp = null;
 321 try {
 322 fp =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);
 323 if (!fp.isValid ()) {
 324 fp = null;
 325 }} catch (e) {
 326 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 327 System.err.println ("Failed to access content as paste!");
 328 e.printStackTrace ();
 329 fp = null;
 330 } else {
 331 throw e;
 332 }
 333 }
 334 }if (fp == null) {
 335 return null;
 336 }if (format == null || format.length == 0) {
 337 return protocol;
 338 } else {
 339 try {
 340 var idformat =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (file, protocol);
 341 if (idformat == null) {
 342 if (debug) {
 343 System.out.println ("Format not identified. Inaccessible file.");
 344 }return null;
 345 }if (debug) {
 346 System.out.println ("Format identified as " + idformat + "and expected as " + format);
 347 }if (idformat.equals (format)) {
 348 if (debug) {
 349 System.out.println ("Protocol identified as " + protocol);
 350 }return protocol;
 351 } else {
 352 if (debug) {
 353 System.out.println ("File deemed not accessible via " + protocol);
 354 }fp.close ();
 355 return null;
 356 }} catch (e) {
 357 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 358 if (debug) {
 359 System.err.println ("File deemed not accessible via " + protocol);
 360 e.printStackTrace ();
 361 };} else {
 362 throw e;
 363 }
 364 }
 365 }return null;
 366 }, "~S,~S,~B");
 367 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignFile",
 368 function () {
 369 return this.alignFile;
 370 });
 371 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignFile",
 372 function (alignFile) {
 373 this.alignFile = alignFile;
 374 }, "jalview.io.AlignFile");
 375 Clazz.defineStatics (c$,
 376 "FILE", "File",
 377 "URL", "URL",
 378 "PASTE", "Paste",
 379 "CLASSLOADER", "ClassLoader");
 380 c$.READABLE_FORMATS = c$.prototype.READABLE_FORMATS =  Clazz.newArray (-1, ["BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH", "PDB", "JnetFile", "RNAML", "PHYLIP", "JSON", "GFF v2 or v3", "HTML"]);
 381 c$.READABLE_EXTENSIONS = c$.prototype.READABLE_EXTENSIONS =  Clazz.newArray (-1, ["fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa", "sto,stk", "xml,rnaml", "phy", "json", ".gff2,gff3", "jar,jvp", "html"]);
 382 c$.READABLE_FNAMES = c$.prototype.READABLE_FNAMES =  Clazz.newArray (-1, ["Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm", "RNAML", "PHYLIP", "JSON", "GFF v2 or v3", "Jalview", "HTML"]);
 383 c$.WRITEABLE_FORMATS = c$.prototype.WRITEABLE_FORMATS =  Clazz.newArray (-1, ["BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA", "STH", "PHYLIP", "JSON"]);
 384 c$.WRITABLE_EXTENSIONS = c$.prototype.WRITABLE_EXTENSIONS =  Clazz.newArray (-1, ["fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa", "sto,stk", "phy", "json", "jvp"]);
 385 c$.WRITABLE_FNAMES = c$.prototype.WRITABLE_FNAMES =  Clazz.newArray (-1, ["Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH", "PHYLIP", "JSON", "Jalview"]);
 386 Clazz.defineStatics (c$,
 387 "INVALID_CHARACTERS", "Contains invalid characters");
 388 c$.SUPPORTED_FORMATS = c$.prototype.SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" + jalview.io.AppletFormatAdapter.prettyPrint (jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FORMATS);
 389 });