site/j2s/jalview/io/AppletFormatAdapter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AppletFormatAdapter", ["MCview.PDBfile", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.io.FileParse", "$.IdentifyFile", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Exception", "$.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.viewpanel = null;\r
   5 this.annotFromStructure = false;\r
   6 this.localSecondaryStruct = false;\r
   7 this.serviceSecondaryStruct = false;\r
   8 this.alignFile = null;\r
   9 this.inFile = null;\r
  10 this.newline = null;\r
  11 this.exportSettings = null;\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.io, "AppletFormatAdapter");\r
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  15 this.newline = System.getProperty ("line.separator");\r
  16 });\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function () {\r
  19 });\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (viewpanel) {\r
  22 this.viewpanel = viewpanel;\r
  23 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (alignPanel, settings) {\r
  26 this.viewpanel = alignPanel;\r
  27 this.exportSettings = settings;\r
  28 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel,jalview.api.AlignExportSettingI");\r
  29 c$.prettyPrint = Clazz.defineMethod (c$, "prettyPrint", \r
  30 function (els) {\r
  31 var list =  new StringBuffer ();\r
  32 for (var i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++) {\r
  33 list.append (els[i]);\r
  34 list.append (", ");\r
  35 }\r
  36 list.append (" and " + els[els.length - 1] + ".");\r
  37 return list.toString ();\r
  38 }, "~A");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString", \r
  40 function (nl) {\r
  41 this.newline = nl;\r
  42 }, "~S");\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString", \r
  44 function () {\r
  45 return this.newline;\r
  46 });\r
  47 c$.isValidFormat = Clazz.defineMethod (c$, "isValidFormat", \r
  48 function (format) {\r
  49 return jalview.io.AppletFormatAdapter.isValidFormat (format, false);\r
  50 }, "~S");\r
  51 c$.isValidFormat = Clazz.defineMethod (c$, "isValidFormat", \r
  52 function (format, forwriting) {\r
  53 var valid = false;\r
  54 var format_list = (forwriting) ? jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS : jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FORMATS;\r
  55 for (var element, $element = 0, $$element = format_list; $element < $$element.length && ((element = $$element[$element]) || true); $element++) {\r
  56 if (element.equalsIgnoreCase (format)) {\r
  57 return true;\r
  58 }}\r
  59 return valid;\r
  60 }, "~S,~B");\r
  61 Clazz.defineMethod (c$, "readFile", \r
  62 function (inFile, type, format) {\r
  63 this.inFile = inFile;\r
  64 try {\r
  65 if (format.equals ("FASTA")) {\r
  66 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [inFile, type]);\r
  67 } else if (format.equals ("MSF")) {\r
  68 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", [inFile, type]);\r
  69 } else if (format.equals ("PileUp")) {\r
  70 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", [inFile, type]);\r
  71 } else if (format.equals ("CLUSTAL")) {\r
  72 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", [inFile, type]);\r
  73 } else if (format.equals ("BLC")) {\r
  74 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", [inFile, type]);\r
  75 } else if (format.equals ("PIR")) {\r
  76 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", [inFile, type]);\r
  77 } else if (format.equals ("PFAM")) {\r
  78 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", [inFile, type]);\r
  79 } else if (format.equals ("JnetFile")) {\r
  80 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [inFile, type]);\r
  81 (this.alignFile).removeNonSequences ();\r
  82 } else if (format.equals ("PDB")) {\r
  83 this.alignFile =  new MCview.PDBfile (this.annotFromStructure, this.localSecondaryStruct, this.serviceSecondaryStruct, inFile, type);\r
  84 } else if (format.equals ("STH")) {\r
  85 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [inFile, type]);\r
  86 } else if (format.equals ("SimpleBLAST")) {\r
  87 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("SimpleBlastFile", [inFile, type]);\r
  88 } else if (format.equals ("PHYLIP")) {\r
  89 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", [inFile, type]);\r
  90 } else if (format.equals ("JSON")) {\r
  91 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", [inFile, type]);\r
  92 } else if (format.equals ("HTML")) {\r
  93 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("HtmlFile", [inFile, type]);\r
  94 } else if (format.equals ("RNAML")) {\r
  95 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", [inFile, type]);\r
  96 } else if (format.equals ("GFF v2 or v3")) {\r
  97 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("Gff3File", [inFile, type]);\r
  98 }return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);\r
  99 } catch (e) {\r
 100 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 101 e.printStackTrace ();\r
 102 System.err.println ("Failed to read alignment using the '" + format + "' reader.\n" + e);\r
 103 if (e.getMessage () != null && e.getMessage ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {\r
 104 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());\r
 105 }if (type.equalsIgnoreCase ("Paste")) {\r
 106 try {\r
 107 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste"]);\r
 108 return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);\r
 109 } catch (ex) {\r
 110 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 111 if (ex.toString ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {\r
 112 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());\r
 113 }ex.printStackTrace ();\r
 114 } else {\r
 115 throw ex;\r
 116 }\r
 117 }\r
 118 }throw  new java.io.IOException (jalview.io.AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS);\r
 119 } else {\r
 120 throw e;\r
 121 }\r
 122 }\r
 123 }, "~S,~S,~S");\r
 124 Clazz.defineMethod (c$, "readFromFile", \r
 125 function (source, format) {\r
 126 this.inFile = source.getInFile ();\r
 127 var type = source.type;\r
 128 try {\r
 129 if (format.equals ("FASTA")) {\r
 130 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [source]);\r
 131 } else if (format.equals ("MSF")) {\r
 132 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", [source]);\r
 133 } else if (format.equals ("PileUp")) {\r
 134 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", [source]);\r
 135 } else if (format.equals ("CLUSTAL")) {\r
 136 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", [source]);\r
 137 } else if (format.equals ("BLC")) {\r
 138 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", [source]);\r
 139 } else if (format.equals ("PIR")) {\r
 140 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", [source]);\r
 141 } else if (format.equals ("PFAM")) {\r
 142 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", [source]);\r
 143 } else if (format.equals ("JnetFile")) {\r
 144 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [source]);\r
 145 (this.alignFile).removeNonSequences ();\r
 146 } else if (format.equals ("PDB")) {\r
 147 this.alignFile =  new MCview.PDBfile (this.annotFromStructure, this.localSecondaryStruct, this.serviceSecondaryStruct, source);\r
 148 } else if (format.equals ("STH")) {\r
 149 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [source]);\r
 150 } else if (format.equals ("RNAML")) {\r
 151 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", [source]);\r
 152 } else if (format.equals ("SimpleBLAST")) {\r
 153 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("SimpleBlastFile", [source]);\r
 154 } else if (format.equals ("PHYLIP")) {\r
 155 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", [source]);\r
 156 } else if (format.equals ("GFF v2 or v3")) {\r
 157 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("Gff3File", [this.inFile, type]);\r
 158 } else if (format.equals ("JSON")) {\r
 159 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", [source]);\r
 160 } else if (format.equals ("HTML")) {\r
 161 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("HtmlFile", [source]);\r
 162 }return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);\r
 163 } catch (e) {\r
 164 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 165 e.printStackTrace ();\r
 166 System.err.println ("Failed to read alignment using the '" + format + "' reader.\n" + e);\r
 167 if (e.getMessage () != null && e.getMessage ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {\r
 168 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());\r
 169 }if (type.equalsIgnoreCase ("Paste")) {\r
 170 try {\r
 171 this.alignFile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", [">UNKNOWN\n" + this.inFile, "Paste"]);\r
 172 return this.buildAlignmentFrom (this.alignFile);\r
 173 } catch (ex) {\r
 174 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 175 if (ex.toString ().startsWith (jalview.io.AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS)) {\r
 176 throw  new java.io.IOException (e.getMessage ());\r
 177 }ex.printStackTrace ();\r
 178 } else {\r
 179 throw ex;\r
 180 }\r
 181 }\r
 182 }throw  new java.io.IOException (jalview.io.AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS);\r
 183 } else {\r
 184 throw e;\r
 185 }\r
 186 }\r
 187 }, "jalview.io.FileParse,~S");\r
 188 Clazz.defineMethod (c$, "buildAlignmentFrom", \r
 189  function (alignFile2) {\r
 190 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (this.alignFile.getSeqsAsArray ());\r
 191 this.alignFile.addAnnotations (al);\r
 192 this.alignFile.addGroups (al);\r
 193 return al;\r
 194 }, "jalview.io.AlignFile");\r
 195 Clazz.defineMethod (c$, "formatSequences", \r
 196 function (format, jvsuffix, ap, selectedOnly) {\r
 197 var selvew = ap.getAlignViewport ().getAlignmentView (selectedOnly, false);\r
 198 var aselview = selvew.getVisibleAlignment (ap.getAlignViewport ().getGapCharacter ());\r
 199 var ala = (ap.getAlignViewport ().getVisibleAlignmentAnnotation (selectedOnly));\r
 200 if (ala != null) {\r
 201 for (var aa, $aa = ala.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {\r
 202 aselview.addAnnotation (aa);\r
 203 }\r
 204 }this.viewpanel = ap;\r
 205 return this.formatSequences (format, aselview, jvsuffix);\r
 206 }, "~S,~B,jalview.api.AlignmentViewPanel,~B");\r
 207 Clazz.defineMethod (c$, "formatSequences", \r
 208 function (format, alignment, jvsuffix) {\r
 209 try {\r
 210 var afile = null;\r
 211 if (format.equalsIgnoreCase ("FASTA")) {\r
 212 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", []);\r
 213 } else if (format.equalsIgnoreCase ("MSF")) {\r
 214 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("MSFfile", []);\r
 215 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PileUp")) {\r
 216 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PileUpfile", []);\r
 217 } else if (format.equalsIgnoreCase ("CLUSTAL")) {\r
 218 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("ClustalFile", []);\r
 219 } else if (format.equalsIgnoreCase ("BLC")) {\r
 220 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("BLCFile", []);\r
 221 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PIR")) {\r
 222 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PIRFile", []);\r
 223 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PFAM")) {\r
 224 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PfamFile", []);\r
 225 } else if (format.equalsIgnoreCase ("STH")) {\r
 226 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("StockholmFile", [alignment]);\r
 227 } else if (format.equalsIgnoreCase ("AMSA")) {\r
 228 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("AMSAFile", [alignment]);\r
 229 } else if (format.equalsIgnoreCase ("PHYLIP")) {\r
 230 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("PhylipFile", []);\r
 231 } else if (format.equalsIgnoreCase ("JSON")) {\r
 232 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JSONFile", []);\r
 233 } else if (format.equalsIgnoreCase ("RNAML")) {\r
 234 afile = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("RnamlFile", []);\r
 235 } else {\r
 236 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));\r
 237 }afile.setNewlineString (this.newline);\r
 238 afile.addJVSuffix (jvsuffix);\r
 239 afile.setExportSettings (this.exportSettings);\r
 240 afile.configureForView (this.viewpanel);\r
 241 if (this.viewpanel == null || this.viewpanel.getAlignment () == null || this.viewpanel.getAlignment () !== alignment) {\r
 242 afile.setSeqs (alignment.getSequencesArray ());\r
 243 } else {\r
 244 afile.setSeqs (this.viewpanel.getAlignment ().getSequencesArray ());\r
 245 }var afileresp = afile.print ();\r
 246 if (afile.hasWarningMessage ()) {\r
 247 System.err.println ("Warning raised when writing as " + format + " : " + afile.getWarningMessage ());\r
 248 }return afileresp;\r
 249 } catch (e) {\r
 250 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 251 System.err.println ("Failed to write alignment as a '" + format + "' file\n");\r
 252 e.printStackTrace ();\r
 253 } else {\r
 254 throw e;\r
 255 }\r
 256 }\r
 257 return null;\r
 258 }, "~S,jalview.datamodel.AlignmentI,~B");\r
 259 c$.checkProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "checkProtocol", \r
 260 function (file) {\r
 261 var protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE;\r
 262 var ft = file.toLowerCase ().trim ();\r
 263 if (ft.indexOf ("http:") == 0 || ft.indexOf ("https:") == 0 || ft.indexOf ("file:") == 0) {\r
 264 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;\r
 265 }return protocol;\r
 266 }, "~S");\r
 267 c$.resolveProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "resolveProtocol", \r
 268 function (file, format) {\r
 269 return jalview.io.AppletFormatAdapter.resolveProtocol (file, format, false);\r
 270 }, "~S,~S");\r
 271 c$.resolveProtocol = Clazz.defineMethod (c$, "resolveProtocol", \r
 272 function (file, format, debug) {\r
 273 var protocol = null;\r
 274 if (debug) {\r
 275 System.out.println ("resolving datasource started with:\n>>file\n" + file + ">>endfile");\r
 276 }try {\r
 277 var rtn = false;\r
 278 var is = System.getSecurityManager ().getClass ().getResourceAsStream ("/" + file);\r
 279 if (is != null) {\r
 280 rtn = true;\r
 281 is.close ();\r
 282 }if (debug) {\r
 283 System.err.println ("Resource '" + file + "' was " + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");\r
 284 };if (rtn) {\r
 285 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 286 }} catch (ex) {\r
 287 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 288 System.err.println ("Exception checking resources: " + file + " " + ex);\r
 289 } else {\r
 290 throw ex;\r
 291 }\r
 292 }\r
 293 if (file.indexOf ("://") > -1) {\r
 294 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;\r
 295 } else {\r
 296 protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE;\r
 297 }var fp = null;\r
 298 try {\r
 299 if (debug) {\r
 300 System.out.println ("Trying to get contents of resource as " + protocol + ":");\r
 301 }fp =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);\r
 302 if (!fp.isValid ()) {\r
 303 fp = null;\r
 304 } else {\r
 305 if (debug) {\r
 306 System.out.println ("Successful.");\r
 307 }}} catch (e) {\r
 308 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 309 if (debug) {\r
 310 System.err.println ("Exception when accessing content: " + e);\r
 311 }fp = null;\r
 312 } else {\r
 313 throw e;\r
 314 }\r
 315 }\r
 316 if (fp == null) {\r
 317 if (debug) {\r
 318 System.out.println ("Accessing as paste.");\r
 319 }protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE;\r
 320 fp = null;\r
 321 try {\r
 322 fp =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);\r
 323 if (!fp.isValid ()) {\r
 324 fp = null;\r
 325 }} catch (e) {\r
 326 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 327 System.err.println ("Failed to access content as paste!");\r
 328 e.printStackTrace ();\r
 329 fp = null;\r
 330 } else {\r
 331 throw e;\r
 332 }\r
 333 }\r
 334 }if (fp == null) {\r
 335 return null;\r
 336 }if (format == null || format.length == 0) {\r
 337 return protocol;\r
 338 } else {\r
 339 try {\r
 340 var idformat =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (file, protocol);\r
 341 if (idformat == null) {\r
 342 if (debug) {\r
 343 System.out.println ("Format not identified. Inaccessible file.");\r
 344 }return null;\r
 345 }if (debug) {\r
 346 System.out.println ("Format identified as " + idformat + "and expected as " + format);\r
 347 }if (idformat.equals (format)) {\r
 348 if (debug) {\r
 349 System.out.println ("Protocol identified as " + protocol);\r
 350 }return protocol;\r
 351 } else {\r
 352 if (debug) {\r
 353 System.out.println ("File deemed not accessible via " + protocol);\r
 354 }fp.close ();\r
 355 return null;\r
 356 }} catch (e) {\r
 357 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 358 if (debug) {\r
 359 System.err.println ("File deemed not accessible via " + protocol);\r
 360 e.printStackTrace ();\r
 361 };} else {\r
 362 throw e;\r
 363 }\r
 364 }\r
 365 }return null;\r
 366 }, "~S,~S,~B");\r
 367 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignFile", \r
 368 function () {\r
 369 return this.alignFile;\r
 370 });\r
 371 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignFile", \r
 372 function (alignFile) {\r
 373 this.alignFile = alignFile;\r
 374 }, "jalview.io.AlignFile");\r
 375 Clazz.defineStatics (c$,\r
 376 "FILE", "File",\r
 377 "URL", "URL",\r
 378 "PASTE", "Paste",\r
 379 "CLASSLOADER", "ClassLoader");\r
 380 c$.READABLE_FORMATS = c$.prototype.READABLE_FORMATS =  Clazz.newArray (-1, ["BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH", "PDB", "JnetFile", "RNAML", "PHYLIP", "JSON", "GFF v2 or v3", "HTML"]);\r
 381 c$.READABLE_EXTENSIONS = c$.prototype.READABLE_EXTENSIONS =  Clazz.newArray (-1, ["fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa", "sto,stk", "xml,rnaml", "phy", "json", ".gff2,gff3", "jar,jvp", "html"]);\r
 382 c$.READABLE_FNAMES = c$.prototype.READABLE_FNAMES =  Clazz.newArray (-1, ["Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm", "RNAML", "PHYLIP", "JSON", "GFF v2 or v3", "Jalview", "HTML"]);\r
 383 c$.WRITEABLE_FORMATS = c$.prototype.WRITEABLE_FORMATS =  Clazz.newArray (-1, ["BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA", "STH", "PHYLIP", "JSON"]);\r
 384 c$.WRITABLE_EXTENSIONS = c$.prototype.WRITABLE_EXTENSIONS =  Clazz.newArray (-1, ["fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa", "sto,stk", "phy", "json", "jvp"]);\r
 385 c$.WRITABLE_FNAMES = c$.prototype.WRITABLE_FNAMES =  Clazz.newArray (-1, ["Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH", "PHYLIP", "JSON", "Jalview"]);\r
 386 Clazz.defineStatics (c$,\r
 387 "INVALID_CHARACTERS", "Contains invalid characters");\r
 388 c$.SUPPORTED_FORMATS = c$.prototype.SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" + jalview.io.AppletFormatAdapter.prettyPrint (jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FORMATS);\r
 389 });\r