site/j2s/jalview/io/JPredFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.JPredFile", ["jalview.datamodel.Alignment", "$.Sequence", "jalview.io.JnetAnnotationMaker", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.ids = null;\r
   5 this.conf = null;\r
   6 this.Scores = null;\r
   7 this.Symscores = null;\r
   8 this.QuerySeqPosition = 0;\r
   9 this.annotSeqs = null;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.io, "JPredFile", jalview.io.AlignFile);\r
  12 Clazz.defineMethod (c$, "setQuerySeqPosition", \r
  13 function (QuerySeqPosition) {\r
  14 this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;\r
  15 }, "~N");\r
  16 Clazz.defineMethod (c$, "getQuerySeqPosition", \r
  17 function () {\r
  18 return this.QuerySeqPosition;\r
  19 });\r
  20 Clazz.defineMethod (c$, "getScores", \r
  21 function () {\r
  22 return this.Scores;\r
  23 });\r
  24 Clazz.defineMethod (c$, "getSymscores", \r
  25 function () {\r
  26 return this.Symscores;\r
  27 });\r
  28 Clazz.defineMethod (c$, "initData", \r
  29 function () {\r
  30 Clazz.superCall (this, jalview.io.JPredFile, "initData", []);\r
  31 this.Scores =  new java.util.Hashtable ();\r
  32 this.ids = null;\r
  33 this.conf = null;\r
  34 });\r
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
  36 function () {\r
  37 var line;\r
  38 this.QuerySeqPosition = -1;\r
  39 this.noSeqs = 0;\r
  40 var seq_entries =  new java.util.Vector ();\r
  41 var ids =  new java.util.Vector ();\r
  42 var Symscores =  new java.util.Hashtable ();\r
  43 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  44 var str =  new java.util.StringTokenizer (line, ":");\r
  45 var id = "";\r
  46 if (!str.hasMoreTokens ()) {\r
  47 continue;\r
  48 }id = str.nextToken ();\r
  49 var seqsym = str.nextToken ();\r
  50 var symbols =  new java.util.StringTokenizer (seqsym, ",");\r
  51 var numSymbols = symbols.countTokens ();\r
  52 if (numSymbols == 0) {\r
  53 continue;\r
  54 }if (seqsym.length != (2 * numSymbols)) {\r
  55 if (this.Scores.containsKey (id)) {\r
  56 var i = 1;\r
  57 while (this.Scores.containsKey (id + "_" + i)) {\r
  58 i++;\r
  59 }\r
  60 id = id + "_" + i;\r
  61 }var scores =  new java.util.Vector ();\r
  62 var i = 0;\r
  63 var ascore = "dead";\r
  64 try {\r
  65 while (symbols.hasMoreTokens ()) {\r
  66 ascore = symbols.nextToken ();\r
  67 var score =  new Float (ascore);\r
  68 scores.addElement (score);\r
  69 }\r
  70 this.Scores.put (id, scores);\r
  71 } catch (e) {\r
  72 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  73 i = scores.size ();\r
  74 for (var j = 0; j < i; j++) {\r
  75 scores.setElementAt ((scores.elementAt (j)).toString (), j);\r
  76 }\r
  77 scores.addElement (ascore);\r
  78 while (symbols.hasMoreTokens ()) {\r
  79 ascore = symbols.nextToken ();\r
  80 scores.addElement (ascore);\r
  81 }\r
  82 this.Scores.put (id, scores);\r
  83 } else {\r
  84 throw e;\r
  85 }\r
  86 }\r
  87 } else if (id.equals ("jnetconf")) {\r
  88 id = "Prediction Confidence";\r
  89 this.conf =  new java.util.Vector (numSymbols);\r
  90 for (var i = 0; i < numSymbols; i++) {\r
  91 this.conf.setElementAt (symbols.nextToken (), i);\r
  92 }\r
  93 } else {\r
  94 var newseq =  new StringBuffer ();\r
  95 for (var i = 0; i < numSymbols; i++) {\r
  96 newseq.append (symbols.nextToken ());\r
  97 }\r
  98 if (id.indexOf (";") > -1) {\r
  99 seq_entries.addElement (newseq);\r
 100 var i = 1;\r
 101 var name = id.substring (id.indexOf (";") + 1);\r
 102 while (ids.lastIndexOf (name) > -1) {\r
 103 name = id.substring (id.indexOf (";") + 1) + "_" + ++i;\r
 104 }\r
 105 if (this.QuerySeqPosition == -1) this.QuerySeqPosition = ids.size ();\r
 106 ids.addElement (name);\r
 107 this.noSeqs++;\r
 108 } else {\r
 109 if (id.equals ("JNETPRED")) {\r
 110 id = "Predicted Secondary Structure";\r
 111 }seq_entries.addElement (newseq.toString ());\r
 112 ids.addElement (id);\r
 113 Symscores.put (id,  new Integer (ids.size () - 1));\r
 114 }}}\r
 115 this.maxLength = seq_entries.elementAt (0).toString ().length;\r
 116 for (var i = 0; i < ids.size (); i++) {\r
 117 var newSeq =  new jalview.datamodel.Sequence (ids.elementAt (i).toString (), seq_entries.elementAt (i).toString (), 1, seq_entries.elementAt (i).toString ().length);\r
 118 if (this.maxLength != seq_entries.elementAt (i).toString ().length) {\r
 119 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns",  Clazz.newArray (-1, [ids.elementAt (i).toString ()])));\r
 120 }if ((newSeq.getName ().startsWith ("QUERY") || newSeq.getName ().startsWith ("align;")) && (this.QuerySeqPosition == -1)) {\r
 121 this.QuerySeqPosition = this.seqs.size ();\r
 122 }this.seqs.addElement (newSeq);\r
 123 }\r
 124 if (this.seqs.size () > 0 && this.QuerySeqPosition > -1) {\r
 125 var tal =  new jalview.datamodel.Alignment (this.getSeqsAsArray ());\r
 126 try {\r
 127 jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation (this, tal, this.QuerySeqPosition, true);\r
 128 } catch (e) {\r
 129 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 130 tal = null;\r
 131 var ex =  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction",  Clazz.newArray (-1, [e.getMessage ()])));\r
 132 e.printStackTrace ();\r
 133 throw ex;\r
 134 } else {\r
 135 throw e;\r
 136 }\r
 137 }\r
 138 this.annotations =  new java.util.Vector ();\r
 139 var aan = tal.getAlignmentAnnotation ();\r
 140 for (var aai = 0; aan != null && aai < aan.length; aai++) {\r
 141 this.annotations.addElement (aan[aai]);\r
 142 }\r
 143 }});\r
 144 Clazz.overrideMethod (c$, "print", \r
 145 function () {\r
 146 return "Not Supported";\r
 147 });\r
 148 c$.main = Clazz.defineMethod (c$, "main", \r
 149 function (args) {\r
 150 try {\r
 151 var blc =  new jalview.io.JPredFile (args[0], "File");\r
 152 for (var i = 0; i < blc.seqs.size (); i++) {\r
 153 System.out.println ((blc.seqs.elementAt (i)).getName () + "\n" + (blc.seqs.elementAt (i)).getSequenceAsString () + "\n");\r
 154 }\r
 155 } catch (e) {\r
 156 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
 157 System.err.println ("Exception " + e);\r
 158 } else {\r
 159 throw e;\r
 160 }\r
 161 }\r
 162 }, "~A");\r
 163 Clazz.defineMethod (c$, "removeNonSequences", \r
 164 function () {\r
 165 if (this.annotSeqs != null) {\r
 166 return;\r
 167 }this.annotSeqs =  new java.util.Vector ();\r
 168 var newseqs =  new java.util.Vector ();\r
 169 var i = 0;\r
 170 var j = this.seqs.size ();\r
 171 for (; i < this.QuerySeqPosition; i++) {\r
 172 this.annotSeqs.addElement (this.seqs.elementAt (i));\r
 173 }\r
 174 {\r
 175 var sq = this.seqs.elementAt (j - 1);\r
 176 if (sq.getName ().toUpperCase ().startsWith ("JPRED")) {\r
 177 this.annotSeqs.addElement (sq);\r
 178 this.seqs.removeElementAt (--j);\r
 179 }}for (; i < j; i++) {\r
 180 newseqs.addElement (this.seqs.elementAt (i));\r
 181 }\r
 182 this.seqs.removeAllElements ();\r
 183 this.seqs = newseqs;\r
 184 });\r
 185 });\r