site/j2s/jalview/io/MSFfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.MSFfile", ["jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "MSFfile", jalview.io.AlignFile);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function () {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.MSFfile, []);\r
   7 });\r
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
   9 function () {\r
  10 var i = 0;\r
  11 var seqFlag = false;\r
  12 var key =  String.instantialize ();\r
  13 var headers =  new java.util.Vector ();\r
  14 var seqhash =  new java.util.Hashtable ();\r
  15 var line;\r
  16 try {\r
  17 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  18 var str =  new java.util.StringTokenizer (line);\r
  19 while (str.hasMoreTokens ()) {\r
  20 var inStr = str.nextToken ();\r
  21 if (inStr.indexOf ("Name:") != -1) {\r
  22 key = str.nextToken ();\r
  23 headers.addElement (key);\r
  24 }if (inStr.indexOf ("//") != -1) {\r
  25 seqFlag = true;\r
  26 }if ((inStr.indexOf ("//") == -1) && (seqFlag == true)) {\r
  27 key = inStr;\r
  28 var tempseq;\r
  29 if (seqhash.containsKey (key)) {\r
  30 tempseq = seqhash.get (key);\r
  31 } else {\r
  32 tempseq =  new StringBuffer ();\r
  33 seqhash.put (key, tempseq);\r
  34 }while (str.hasMoreTokens ()) {\r
  35 tempseq.append (str.nextToken ());\r
  36 }\r
  37 }}\r
  38 }\r
  39 } catch (e) {\r
  40 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
  41 System.err.println ("Exception parsing MSFFile " + e);\r
  42 e.printStackTrace ();\r
  43 } else {\r
  44 throw e;\r
  45 }\r
  46 }\r
  47 this.noSeqs = headers.size ();\r
  48 for (i = 0; i < headers.size (); i++) {\r
  49 if (seqhash.get (headers.elementAt (i)) != null) {\r
  50 var head = headers.elementAt (i).toString ();\r
  51 var seq = seqhash.get (head).toString ();\r
  52 if (this.maxLength < head.length) {\r
  53 this.maxLength = head.length;\r
  54 }seq = seq.$replace ('~', '-');\r
  55 var newSeq = this.parseId (head);\r
  56 newSeq.setSequence (seq);\r
  57 this.seqs.addElement (newSeq);\r
  58 } else {\r
  59 System.err.println ("MSFFile Parser: Can't find sequence for " + headers.elementAt (i));\r
  60 }}\r
  61 });\r
  62 Clazz.defineMethod (c$, "checkSum", \r
  63 function (seq) {\r
  64 var check = 0;\r
  65 var sequence = seq.toUpperCase ();\r
  66 for (var i = 0; i < sequence.length; i++) {\r
  67 try {\r
  68 var value = sequence.charCodeAt (i);\r
  69 if (value != -1) {\r
  70 check += (i % 57 + 1) * value;\r
  71 }} catch (e) {\r
  72 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  73 System.err.println ("Exception during MSF Checksum calculation");\r
  74 e.printStackTrace ();\r
  75 } else {\r
  76 throw e;\r
  77 }\r
  78 }\r
  79 }\r
  80 return check % 10000;\r
  81 }, "~S");\r
  82 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  83 function (seqs) {\r
  84 var is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide (seqs);\r
  85 var s =  new Array (seqs.length);\r
  86 var out =  new StringBuffer ("!!" + (is_NA ? "NA" : "AA") + "_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0");\r
  87 out.append (this.newline);\r
  88 out.append (this.newline);\r
  89 var max = 0;\r
  90 var maxid = 0;\r
  91 var i = 0;\r
  92 while ((i < seqs.length) && (seqs[i] != null)) {\r
  93 s[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (seqs[i].getName (), seqs[i].getSequenceAsString ().$replace ('-', '.'), seqs[i].getStart (), seqs[i].getEnd ());\r
  94 var sb =  new StringBuffer ();\r
  95 sb.append (s[i].getSequence ());\r
  96 for (var ii = 0; ii < sb.length (); ii++) {\r
  97 if (sb.charAt (ii) == '.') {\r
  98 sb.setCharAt (ii, '~');\r
  99 } else {\r
 100 break;\r
 101 }}\r
 102 for (var ii = sb.length () - 1; ii > 0; ii--) {\r
 103 if (sb.charAt (ii) == '.') {\r
 104 sb.setCharAt (ii, '~');\r
 105 } else {\r
 106 break;\r
 107 }}\r
 108 s[i].setSequence (sb.toString ());\r
 109 if (s[i].getSequence ().length > max) {\r
 110 max = s[i].getSequence ().length;\r
 111 }i++;\r
 112 }\r
 113 var maxLenpad =  new jalview.util.Format ("%" + ( String.instantialize ("" + max)).length + "d");\r
 114 var maxChkpad =  new jalview.util.Format ("%" + ( String.instantialize ("1" + max)).length + "d");\r
 115 i = 0;\r
 116 var bigChecksum = 0;\r
 117 var checksums =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);\r
 118 while (i < s.length) {\r
 119 checksums[i] = this.checkSum (s[i].getSequenceAsString ());\r
 120 bigChecksum += checksums[i];\r
 121 i++;\r
 122 }\r
 123 var maxNB = 0;\r
 124 out.append ("   MSF: " + s[0].getSequence ().length + "   Type: " + (is_NA ? "N" : "P") + "    Check:  " + (bigChecksum % 10000) + "   ..");\r
 125 out.append (this.newline);\r
 126 out.append (this.newline);\r
 127 out.append (this.newline);\r
 128 var nameBlock =  new Array (s.length);\r
 129 var idBlock =  new Array (s.length);\r
 130 i = 0;\r
 131 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 132 nameBlock[i] =  String.instantialize ("  Name: " + this.printId (s[i]) + " ");\r
 133 idBlock[i] =  String.instantialize ("Len: " + maxLenpad.formLong (s[i].getSequence ().length) + "  Check: " + maxChkpad.formLong (checksums[i]) + "  Weight: 1.00" + this.newline);\r
 134 if (s[i].getName ().length > maxid) {\r
 135 maxid = s[i].getName ().length;\r
 136 }if (nameBlock[i].length > maxNB) {\r
 137 maxNB = nameBlock[i].length;\r
 138 }i++;\r
 139 }\r
 140 if (maxid < 10) {\r
 141 maxid = 10;\r
 142 }if (maxNB < 15) {\r
 143 maxNB = 15;\r
 144 }var nbFormat =  new jalview.util.Format ("%-" + maxNB + "s");\r
 145 for (i = 0; (i < s.length) && (s[i] != null); i++) {\r
 146 out.append (nbFormat.form (nameBlock[i]) + idBlock[i]);\r
 147 }\r
 148 maxid++;\r
 149 out.append (this.newline);\r
 150 out.append (this.newline);\r
 151 out.append ("//");\r
 152 out.append (this.newline);\r
 153 out.append (this.newline);\r
 154 var len = 50;\r
 155 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (max / len)) + 1;\r
 156 if ((max % len) == 0) {\r
 157 nochunks--;\r
 158 }for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 159 var j = 0;\r
 160 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {\r
 161 var name = this.printId (s[j]);\r
 162 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (name + " "));\r
 163 for (var k = 0; k < 5; k++) {\r
 164 var start = (i * 50) + (k * 10);\r
 165 var end = start + 10;\r
 166 if ((end < s[j].getSequence ().length) && (start < s[j].getSequence ().length)) {\r
 167 out.append (s[j].getSequence (start, end));\r
 168 if (k < 4) {\r
 169 out.append (" ");\r
 170 } else {\r
 171 out.append (this.newline);\r
 172 }} else {\r
 173 if (start < s[j].getSequence ().length) {\r
 174 out.append (s[j].getSequenceAsString ().substring (start));\r
 175 out.append (this.newline);\r
 176 } else {\r
 177 if (k == 0) {\r
 178 out.append (this.newline);\r
 179 }}}}\r
 180 j++;\r
 181 }\r
 182 out.append (this.newline);\r
 183 }\r
 184 return out.toString ();\r
 185 }, "~A");\r
 186 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 187 function () {\r
 188 return this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
 189 });\r
 190 });\r