site/j2s/jalview/io/StockholmFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.StockholmFile", ["com.stevesoft.pat.Regex", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Mapping", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.DBRefUtils", "$.Format", "$.MapList", "$.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.FileReader", "$.IOException", "java.lang.Character", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.LinkedHashMap", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.result = null;\r
   5 this.out = null;\r
   6 this.al = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.io, "StockholmFile", jalview.io.AlignFile);\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function () {\r
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.StockholmFile, []);\r
  12 });\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function (al) {\r
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.StockholmFile, []);\r
  16 this.al = al;\r
  17 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  18 Clazz.defineMethod (c$, "parse_with_VARNA", \r
  19 function (inFile) {\r
  20 var fr = null;\r
  21 fr =  new java.io.FileReader (inFile);\r
  22 var r =  new java.io.BufferedReader (fr);\r
  23 this.result = null;\r
  24 try {\r
  25 this.result = RNAFactory.loadSecStrStockholm ();\r
  26 } catch (umcp) {\r
  27 if (Clazz.exceptionOf (umcp, ExceptionUnmatchedClosingParentheses)) {\r
  28 this.errormessage = "Unmatched parentheses in annotation. Aborting (" + umcp.getMessage () + ")";\r
  29 throw  new java.io.IOException (umcp);\r
  30 } else {\r
  31 throw umcp;\r
  32 }\r
  33 }\r
  34 var seqs =  new Array (this.result.size ());\r
  35 var id = null;\r
  36 for (var i = 0; i < this.result.size (); i++) {\r
  37 var current = this.result.get (i);\r
  38 var seq = current.getSeq ();\r
  39 var rna = current.getStructDBN (true);\r
  40 var begin = 0;\r
  41 var end = seq.length - 1;\r
  42 id = this.safeName (this.getDataName ());\r
  43 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (id, seq, begin, end);\r
  44 var annot =  new Array (rna.length);\r
  45 var ann =  new Array (rna.length);\r
  46 for (var j = 0; j < rna.length; j++) {\r
  47 annot[j] = rna.substring (j, j + 1);\r
  48 }\r
  49 for (var k = 0; k < rna.length; k++) {\r
  50 ann[k] =  new jalview.datamodel.Annotation (annot[k], "", jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState (annot[k]).charAt (0), 0);\r
  51 }\r
  52 var align =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Sec. str.", current.getID (), ann);\r
  53 seqs[i].addAlignmentAnnotation (align);\r
  54 seqs[i].setRNA (this.result.get (i));\r
  55 this.annotations.addElement (align);\r
  56 }\r
  57 this.setSeqs (seqs);\r
  58 }, "java.io.File");\r
  59 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
  60 function () {\r
  61 var treeString =  new StringBuffer ();\r
  62 var treeName = null;\r
  63 var line;\r
  64 var version;\r
  65 var seqAnn =  new java.util.Hashtable ();\r
  66 var seqs =  new java.util.LinkedHashMap ();\r
  67 var p;\r
  68 var r;\r
  69 var rend;\r
  70 var s;\r
  71 var x;\r
  72 r =  new com.stevesoft.pat.Regex ("# STOCKHOLM ([\\d\\.]+)");\r
  73 if (!r.search (this.nextLine ())) {\r
  74 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.stockholm_invalid_format"));\r
  75 } else {\r
  76 version = r.stringMatched (1);\r
  77 }rend =  new com.stevesoft.pat.Regex ("^\\s*\\/\\/");\r
  78 p =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\/(\\d+)\\-(\\d+)");\r
  79 s =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\s+(\\S*)\\s+(.*)");\r
  80 r =  new com.stevesoft.pat.Regex ("#=(G[FSRC]?)\\s+(.*)");\r
  81 x =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\S+)\\s+(\\S+)");\r
  82 var openparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|\\[)", "(");\r
  83 var closeparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(>|\\])", ")");\r
  84 var detectbrackets =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");\r
  85 rend.optimize ();\r
  86 p.optimize ();\r
  87 s.optimize ();\r
  88 r.optimize ();\r
  89 x.optimize ();\r
  90 openparen.optimize ();\r
  91 closeparen.optimize ();\r
  92 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  93 if (line.length == 0) {\r
  94 continue;\r
  95 }if (rend.search (line)) {\r
  96 this.noSeqs = seqs.size ();\r
  97 var seqdb;\r
  98 var dbsource = null;\r
  99 var pf =  new com.stevesoft.pat.Regex ("PF[0-9]{5}(.*)");\r
 100 var rf =  new com.stevesoft.pat.Regex ("RF[0-9]{5}(.*)");\r
 101 if (this.getAlignmentProperty ("AC") != null) {\r
 102 var dbType = this.getAlignmentProperty ("AC").toString ();\r
 103 if (pf.search (dbType)) {\r
 104 dbsource = "PFAM";\r
 105 } else if (rf.search (dbType)) {\r
 106 dbsource = "RFAM";\r
 107 }}for (var skey, $skey = seqs.entrySet ().iterator (); $skey.hasNext () && ((skey = $skey.next ()) || true);) {\r
 108 var acc = skey.getKey ();\r
 109 var seq = skey.getValue ();\r
 110 if (this.maxLength < seq.length) {\r
 111 this.maxLength = seq.length;\r
 112 }var start = 1;\r
 113 var end = -1;\r
 114 var sid = acc;\r
 115 var accAnnotations = null;\r
 116 if (seqAnn != null && seqAnn.containsKey (acc)) {\r
 117 accAnnotations = seqAnn.remove (acc);\r
 118 }if (p.search (acc)) {\r
 119 sid = p.stringMatched (1);\r
 120 start = Integer.parseInt (p.stringMatched (2));\r
 121 end = Integer.parseInt (p.stringMatched (3));\r
 122 }var seqO =  new jalview.datamodel.Sequence (sid, seq, start, end);\r
 123 if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("DE")) {\r
 124 var desc = accAnnotations.get ("DE");\r
 125 seqO.setDescription ((desc == null) ? "" : desc);\r
 126 }if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("DR")) {\r
 127 var dbr = accAnnotations.get ("DR");\r
 128 if (dbr != null && dbr.indexOf (";") > -1) {\r
 129 var src = dbr.substring (0, dbr.indexOf (";"));\r
 130 var acn = dbr.substring (dbr.indexOf (";") + 1);\r
 131 jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, src, "0", acn);\r
 132 }}if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey ("AC")) {\r
 133 if (dbsource != null) {\r
 134 var dbr = accAnnotations.get ("AC");\r
 135 if (dbr != null) {\r
 136 this.guessDatabaseFor (seqO, dbr, dbsource);\r
 137 }}}var features = null;\r
 138 try {\r
 139 features = accAnnotations.remove ("features");\r
 140 } catch (e) {\r
 141 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {\r
 142 } else {\r
 143 throw e;\r
 144 }\r
 145 }\r
 146 if (features != null) {\r
 147 var posmap = seqO.findPositionMap ();\r
 148 var i = features.keys ();\r
 149 while (i.hasMoreElements ()) {\r
 150 var type = i.nextElement ().toString ();\r
 151 var content = features.remove (type);\r
 152 var key = jalview.io.StockholmFile.type2id (type);\r
 153 if (key != null) {\r
 154 if (accAnnotations != null && accAnnotations.containsKey (key)) {\r
 155 var vv = accAnnotations.get (key);\r
 156 for (var ii = 0; ii < vv.size (); ii++) {\r
 157 var an = vv.elementAt (ii);\r
 158 seqO.addAlignmentAnnotation (an);\r
 159 this.annotations.add (an);\r
 160 }\r
 161 }}var j = content.keys ();\r
 162 while (j.hasMoreElements ()) {\r
 163 var desc = j.nextElement ().toString ();\r
 164 var ns = content.get (desc).toString ();\r
 165 var byChar = ns.toCharArray ();\r
 166 for (var k = 0; k < byChar.length; k++) {\r
 167 var c = byChar[k];\r
 168 if (!(c == ' ' || c == '_' || c == '-' || c == '.')) {\r
 169 var new_pos = posmap[k];\r
 170 var feat =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, new_pos, new_pos, 0, null);\r
 171 seqO.addSequenceFeature (feat);\r
 172 }}\r
 173 }\r
 174 }\r
 175 }this.seqs.addElement (seqO);\r
 176 }\r
 177 return;\r
 178 } else if (!r.search (line)) {\r
 179 if (!x.search (line)) {\r
 180 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.couldnt_parse_sequence_line",  Clazz.newArray (-1, [line])));\r
 181 }var ns = seqs.get (x.stringMatched (1));\r
 182 if (ns == null) {\r
 183 ns = "";\r
 184 }ns += x.stringMatched (2);\r
 185 seqs.put (x.stringMatched (1), ns);\r
 186 } else {\r
 187 var annType = r.stringMatched (1);\r
 188 var annContent = r.stringMatched (2);\r
 189 if (annType.equals ("GF")) {\r
 190 var an =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(\\w+)\\s*(.*)");\r
 191 if (an.search (annContent)) {\r
 192 if (an.stringMatched (1).equals ("NH")) {\r
 193 treeString.append (an.stringMatched (2));\r
 194 } else if (an.stringMatched (1).equals ("TN")) {\r
 195 if (treeString.length () > 0) {\r
 196 if (treeName == null) {\r
 197 treeName = "Tree " + (this.getTreeCount () + 1);\r
 198 }this.addNewickTree (treeName, treeString.toString ());\r
 199 }treeName = an.stringMatched (2);\r
 200 treeString =  new StringBuffer ();\r
 201 }this.setAlignmentProperty (an.stringMatched (1), an.stringMatched (2));\r
 202 }} else if (annType.equals ("GS")) {\r
 203 if (s.search (annContent)) {\r
 204 var acc = s.stringMatched (1);\r
 205 var type = s.stringMatched (2);\r
 206 var content = s.stringMatched (3);\r
 207 var ann;\r
 208 if (seqAnn.containsKey (acc)) {\r
 209 ann = seqAnn.get (acc);\r
 210 } else {\r
 211 ann =  new java.util.Hashtable ();\r
 212 }ann.put (type, content);\r
 213 seqAnn.put (acc, ann);\r
 214 } else {\r
 215 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.error_parsing_line",  Clazz.newArray (-1, [line])));\r
 216 }} else if (annType.equals ("GC")) {\r
 217 if (x.search (annContent)) {\r
 218 jalview.io.StockholmFile.parseAnnotationRow (this.annotations, x.stringMatched (1), x.stringMatched (2));\r
 219 }} else if (annType.equals ("GR")) {\r
 220 if (s.search (annContent)) {\r
 221 var acc = s.stringMatched (1);\r
 222 var type = s.stringMatched (2);\r
 223 var seq =  String.instantialize (s.stringMatched (3));\r
 224 var description = null;\r
 225 var sep =  new java.util.StringTokenizer (seq, " \t");\r
 226 description = sep.nextToken ();\r
 227 if (sep.hasMoreTokens ()) {\r
 228 seq = sep.nextToken ();\r
 229 } else {\r
 230 seq = description;\r
 231 description =  String.instantialize ();\r
 232 }var ann;\r
 233 if (seqAnn.containsKey (acc)) {\r
 234 ann = seqAnn.get (acc);\r
 235 } else {\r
 236 ann =  new java.util.Hashtable ();\r
 237 seqAnn.put (acc, ann);\r
 238 }var features;\r
 239 if (ann.containsKey ("features")) {\r
 240 features = ann.get ("features");\r
 241 } else {\r
 242 features =  new java.util.Hashtable ();\r
 243 ann.put ("features", features);\r
 244 }var content;\r
 245 if (features.containsKey (this.id2type (type))) {\r
 246 content = features.get (this.id2type (type));\r
 247 } else {\r
 248 content =  new java.util.Hashtable ();\r
 249 features.put (this.id2type (type), content);\r
 250 }var ns = content.get (description);\r
 251 if (ns == null) {\r
 252 ns = "";\r
 253 }ns += seq;\r
 254 content.put (description, ns);\r
 255 var strucAnn;\r
 256 if (seqAnn.containsKey (acc)) {\r
 257 strucAnn = seqAnn.get (acc);\r
 258 } else {\r
 259 strucAnn =  new java.util.Hashtable ();\r
 260 }var newStruc =  new java.util.Vector ();\r
 261 jalview.io.StockholmFile.parseAnnotationRow (newStruc, type, ns);\r
 262 for (var alan, $alan = newStruc.iterator (); $alan.hasNext () && ((alan = $alan.next ()) || true);) {\r
 263 alan.visible = false;\r
 264 }\r
 265 strucAnn.put (type, newStruc);\r
 266 seqAnn.put (acc, strucAnn);\r
 267 } else {\r
 268 System.err.println ("Warning - couldn't parse sequence annotation row line:\n" + line);\r
 269 }} else {\r
 270 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.unknown_annotation_detected",  Clazz.newArray (-1, [annType, annContent])));\r
 271 }}}\r
 272 if (treeString.length () > 0) {\r
 273 if (treeName == null) {\r
 274 treeName = "Tree " + (1 + this.getTreeCount ());\r
 275 }this.addNewickTree (treeName, treeString.toString ());\r
 276 }});\r
 277 Clazz.defineMethod (c$, "guessDatabaseFor", \r
 278  function (seqO, dbr, dbsource) {\r
 279 var dbrf = null;\r
 280 var dbrs =  new java.util.ArrayList ();\r
 281 var seqdb = "Unknown";\r
 282 var sdbac = "" + dbr;\r
 283 var st = -1;\r
 284 var en = -1;\r
 285 var p;\r
 286 if ((st = sdbac.indexOf ("/")) > -1) {\r
 287 var num;\r
 288 var range = sdbac.substring (st + 1);\r
 289 sdbac = sdbac.substring (0, st);\r
 290 if ((p = range.indexOf ("-")) > -1) {\r
 291 p++;\r
 292 if (p < range.length) {\r
 293 num = range.substring (p).trim ();\r
 294 try {\r
 295 en = Integer.parseInt (num);\r
 296 } catch (x) {\r
 297 if (Clazz.exceptionOf (x, NumberFormatException)) {\r
 298 en = -1;\r
 299 } else {\r
 300 throw x;\r
 301 }\r
 302 }\r
 303 }} else {\r
 304 p = range.length;\r
 305 }num = range.substring (0, p).trim ();\r
 306 try {\r
 307 st = Integer.parseInt (num);\r
 308 } catch (x) {\r
 309 if (Clazz.exceptionOf (x, NumberFormatException)) {\r
 310 st = -1;\r
 311 } else {\r
 312 throw x;\r
 313 }\r
 314 }\r
 315 }if (dbsource.equals ("PFAM")) {\r
 316 seqdb = "UNIPROT";\r
 317 if (sdbac.indexOf (".") > -1) {\r
 318 sdbac = sdbac.substring (0, sdbac.indexOf ("."));\r
 319 dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, seqdb, dbsource, sdbac);\r
 320 if (dbrf != null) {\r
 321 dbrs.add (dbrf);\r
 322 }}dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, dbsource, dbsource, dbr);\r
 323 if (dbr != null) {\r
 324 dbrs.add (dbrf);\r
 325 }} else {\r
 326 seqdb = "EMBL";\r
 327 if (sdbac.indexOf (".") > -1) {\r
 328 sdbac = sdbac.substring (0, sdbac.indexOf ("."));\r
 329 dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, seqdb, dbsource, sdbac);\r
 330 if (dbrf != null) {\r
 331 dbrs.add (dbrf);\r
 332 }}dbrf = jalview.util.DBRefUtils.parseToDbRef (seqO, dbsource, dbsource, dbr);\r
 333 if (dbrf != null) {\r
 334 dbrs.add (dbrf);\r
 335 }}if (st != -1 && en != -1) {\r
 336 for (var d, $d = dbrs.iterator (); $d.hasNext () && ((d = $d.next ()) || true);) {\r
 337 var mp =  new jalview.util.MapList ( Clazz.newIntArray (-1, [seqO.getStart (), seqO.getEnd ()]),  Clazz.newIntArray (-1, [st, en]), 1, 1);\r
 338 var mping =  new jalview.datamodel.Mapping (mp);\r
 339 d.setMap (mping);\r
 340 }\r
 341 }}, "jalview.datamodel.Sequence,~S,~S");\r
 342 c$.parseAnnotationRow = Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotationRow", \r
 343 function (annotation, label, annots) {\r
 344 var convert1;\r
 345 var convert2 = null;\r
 346 var openparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|\\[)", "(");\r
 347 var closeparen =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(>|\\])", ")");\r
 348 var detectbrackets =  new com.stevesoft.pat.Regex ("(<|>|\\[|\\]|\\(|\\))");\r
 349 convert1 = openparen.replaceAll (annots);\r
 350 convert2 = closeparen.replaceAll (convert1);\r
 351 annots = convert2;\r
 352 var type = label;\r
 353 if (label.contains ("_cons")) {\r
 354 type = (label.indexOf ("_cons") == label.length - 5) ? label.substring (0, label.length - 5) : label;\r
 355 }var ss = false;\r
 356 type = jalview.io.StockholmFile.id2type (type);\r
 357 if (type.equals ("secondary structure")) {\r
 358 ss = true;\r
 359 }var els =  new Array (annots.length);\r
 360 for (var i = 0; i < annots.length; i++) {\r
 361 var pos = annots.substring (i, i + 1);\r
 362 var ann;\r
 363 ann =  new jalview.datamodel.Annotation (pos, "", ' ', 0);\r
 364 if (ss) {\r
 365 {\r
 366 if (detectbrackets.search (pos)) {\r
 367 ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties.getRNASecStrucState (pos).charAt (0);\r
 368 } else {\r
 369 ann.secondaryStructure = jalview.schemes.ResidueProperties.getDssp3state (pos).charAt (0);\r
 370 }if (ann.secondaryStructure == pos.charAt (0)) {\r
 371 ann.displayCharacter = "";\r
 372 } else {\r
 373 ann.displayCharacter = " " + ann.displayCharacter;\r
 374 }}}els[i] = ann;\r
 375 }\r
 376 var annot = null;\r
 377 var e = annotation.elements ();\r
 378 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 379 annot = e.nextElement ();\r
 380 if (annot.label.equals (type)) {\r
 381 break;\r
 382 }annot = null;\r
 383 }\r
 384 if (annot == null) {\r
 385 annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (type, type, els);\r
 386 annotation.addElement (annot);\r
 387 } else {\r
 388 var anns =  new Array (annot.annotations.length + els.length);\r
 389 System.arraycopy (annot.annotations, 0, anns, 0, annot.annotations.length);\r
 390 System.arraycopy (els, 0, anns, annot.annotations.length, els.length);\r
 391 annot.annotations = anns;\r
 392 }return annot;\r
 393 }, "java.util.Vector,~S,~S");\r
 394 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 395 function (s) {\r
 396 var max = 0;\r
 397 var maxid = 0;\r
 398 var $in = 0;\r
 399 var dataRef = null;\r
 400 while (($in < s.length) && (s[$in] != null)) {\r
 401 var tmp = this.printId (s[$in]);\r
 402 if (s[$in].getSequence ().length > max) {\r
 403 max = s[$in].getSequence ().length;\r
 404 }if (tmp.length > maxid) {\r
 405 maxid = tmp.length;\r
 406 }if (s[$in].getDBRef () != null) {\r
 407 for (var idb = 0; idb < s[$in].getDBRef ().length; idb++) {\r
 408 if (dataRef == null) {\r
 409 dataRef =  new java.util.Hashtable ();\r
 410 }var datAs1 = s[$in].getDBRef ()[idb].getSource ().toString () + " ; " + s[$in].getDBRef ()[idb].getAccessionId ().toString ();\r
 411 dataRef.put (tmp, datAs1);\r
 412 }\r
 413 }$in++;\r
 414 }\r
 415 maxid += 9;\r
 416 var i = 0;\r
 417 if (this.al.getProperties () != null) {\r
 418 if (!this.al.getProperties ().isEmpty ()) {\r
 419 var key = this.al.getProperties ().keys ();\r
 420 var val = this.al.getProperties ().elements ();\r
 421 while (key.hasMoreElements ()) {\r
 422 this.out.append ("#=GF " + key.nextElement () + " " + val.nextElement ());\r
 423 this.out.append (this.newline);\r
 424 }\r
 425 }}if (dataRef != null) {\r
 426 var en = dataRef.keys ();\r
 427 while (en.hasMoreElements ()) {\r
 428 var idd = en.nextElement ();\r
 429 var type = dataRef.remove (idd);\r
 430 this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + (maxid - 2) + "s").form ("#=GS " + idd.toString () + " "));\r
 431 if (type.contains ("PFAM") || type.contains ("RFAM")) {\r
 432 this.out.append (" AC " + type.substring (type.indexOf (";") + 1));\r
 433 } else {\r
 434 this.out.append (" DR " + type + " ");\r
 435 }this.out.append (this.newline);\r
 436 }\r
 437 }while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 438 if (s[i].getDatasetSequence () != null) {\r
 439 var ds = s[i].getDatasetSequence ();\r
 440 var alAnot;\r
 441 var ann;\r
 442 var annot;\r
 443 alAnot = s[i].getAnnotation ();\r
 444 var feature = "";\r
 445 if (alAnot != null) {\r
 446 for (var j = 0; j < alAnot.length; j++) {\r
 447 if (ds.getSequenceFeatures () != null) {\r
 448 feature = ds.getSequenceFeatures ()[0].type;\r
 449 }var key = jalview.io.StockholmFile.type2id (feature);\r
 450 if (key == null) {\r
 451 continue;\r
 452 }this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form ("#=GR " + this.printId (s[i]) + " " + key + " "));\r
 453 ann = alAnot[j].annotations;\r
 454 var isrna = alAnot[j].isValidStruc ();\r
 455 var seq = "";\r
 456 for (var k = 0; k < ann.length; k++) {\r
 457 seq += this.outputCharacter (key, k, isrna, ann, s[i]);\r
 458 }\r
 459 this.out.append (seq);\r
 460 this.out.append (this.newline);\r
 461 }\r
 462 }}this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (this.printId (s[i]) + " "));\r
 463 this.out.append (s[i].getSequenceAsString ());\r
 464 this.out.append (this.newline);\r
 465 i++;\r
 466 }\r
 467 var aa;\r
 468 if (this.al.getAlignmentAnnotation () != null) {\r
 469 for (var ia = 0; ia < this.al.getAlignmentAnnotation ().length; ia++) {\r
 470 aa = this.al.getAlignmentAnnotation ()[ia];\r
 471 if (aa.autoCalculated || !aa.visible || aa.sequenceRef != null) {\r
 472 continue;\r
 473 }var seq = "";\r
 474 var label;\r
 475 var key = "";\r
 476 if (aa.label.equals ("seq")) {\r
 477 label = "seq_cons";\r
 478 } else {\r
 479 key = jalview.io.StockholmFile.type2id (aa.label.toLowerCase ());\r
 480 if (key == null) {\r
 481 label = aa.label;\r
 482 } else {\r
 483 label = key + "_cons";\r
 484 }}if (label == null) {\r
 485 label = aa.label;\r
 486 }label = label.$replace (" ", "_");\r
 487 this.out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form ("#=GC " + label + " "));\r
 488 var isrna = aa.isValidStruc ();\r
 489 for (var j = 0; j < aa.annotations.length; j++) {\r
 490 seq += this.outputCharacter (key, j, isrna, aa.annotations, null);\r
 491 }\r
 492 this.out.append (seq);\r
 493 this.out.append (this.newline);\r
 494 }\r
 495 }return this.out.toString ();\r
 496 }, "~A");\r
 497 Clazz.defineMethod (c$, "outputCharacter", \r
 498  function (key, k, isrna, ann, sequenceI) {\r
 499 var seq = ' ';\r
 500 var annot = ann[k];\r
 501 var ch = (annot == null) ? ((sequenceI == null) ? "-" : Character.toString (sequenceI.getCharAt (k))) : annot.displayCharacter;\r
 502 if (key != null && key.equals ("SS")) {\r
 503 if (annot == null) {\r
 504 return sequenceI == null ? '-' : sequenceI.getCharAt (k);\r
 505 } else {\r
 506 if (annot.secondaryStructure > ' ' && ch.length < 2) {\r
 507 return annot.secondaryStructure;\r
 508 }}}if (ch.length == 0) {\r
 509 seq = '.';\r
 510 } else if (ch.length == 1) {\r
 511 seq = ch.charAt (0);\r
 512 } else if (ch.length > 1) {\r
 513 seq = ch.charAt (1);\r
 514 }return seq;\r
 515 }, "~S,~N,~B,~A,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 516 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 517 function () {\r
 518 this.out =  new StringBuffer ();\r
 519 this.out.append ("# STOCKHOLM 1.0");\r
 520 this.out.append (this.newline);\r
 521 this.print (this.getSeqsAsArray ());\r
 522 this.out.append ("//");\r
 523 this.out.append (this.newline);\r
 524 return this.out.toString ();\r
 525 });\r
 526 c$.id2type = Clazz.defineMethod (c$, "id2type", \r
 527 function (id) {\r
 528 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds.containsKey (id)) {\r
 529 return jalview.io.StockholmFile.typeIds.get (id);\r
 530 }System.err.println ("Warning : Unknown Stockholm annotation type code " + id);\r
 531 return id;\r
 532 }, "~S");\r
 533 c$.type2id = Clazz.defineMethod (c$, "type2id", \r
 534 function (type) {\r
 535 var key = null;\r
 536 var e = jalview.io.StockholmFile.typeIds.keys ();\r
 537 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 538 var ll = e.nextElement ();\r
 539 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds.get (ll).toString ().equals (type)) {\r
 540 key = ll;\r
 541 break;\r
 542 }}\r
 543 if (key != null) {\r
 544 return key;\r
 545 }System.err.println ("Warning : Unknown Stockholm annotation type: " + type);\r
 546 return key;\r
 547 }, "~S");\r
 548 Clazz.defineMethod (c$, "safeName", \r
 549  function (dataName) {\r
 550 var b = 0;\r
 551 while ((b = dataName.indexOf ("/")) > -1 && b < dataName.length) {\r
 552 dataName = dataName.substring (b + 1).trim ();\r
 553 }\r
 554 var e = (dataName.length - dataName.indexOf (".")) + 1;\r
 555 dataName = dataName.substring (1, e).trim ();\r
 556 return dataName;\r
 557 }, "~S");\r
 558 Clazz.defineStatics (c$,\r
 559 "typeIds", null);\r
 560 {\r
 561 if (jalview.io.StockholmFile.typeIds == null) {\r
 562 jalview.io.StockholmFile.typeIds =  new java.util.Hashtable ();\r
 563 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("SS", "secondary structure");\r
 564 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("SA", "surface accessibility");\r
 565 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("TM", "transmembrane");\r
 566 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("PP", "posterior probability");\r
 567 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("LI", "ligand binding");\r
 568 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("AS", "active site");\r
 569 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("IN", "intron");\r
 570 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("IR", "interacting residue");\r
 571 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("AC", "accession");\r
 572 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("OS", "organism");\r
 573 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("CL", "class");\r
 574 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("DE", "description");\r
 575 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("DR", "reference");\r
 576 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("LO", "look");\r
 577 jalview.io.StockholmFile.typeIds.put ("RF", "reference positions");\r
 578 }}});\r