site/j2s/jalview/javascript/JsSelectionSender.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.javascript");\r
   2 Clazz.load (["jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsCallBack", "jalview.structure.SelectionListener"], "jalview.javascript.JsSelectionSender", ["jalview.appletgui.AlignViewport", "netscape.javascript.JSException"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this._af = null;\r
   5 this._listener = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.javascript, "JsSelectionSender", jalview.javascript.JSFunctionExec, [jalview.structure.SelectionListener, jalview.javascript.JsCallBack]);\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function (jvlite, af, listener) {\r
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.javascript.JsSelectionSender, [jvlite]);\r
  11 this._af = af;\r
  12 this._listener = listener;\r
  13 }, "jalview.bin.JalviewLite,jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
  14 Clazz.overrideMethod (c$, "selection", \r
  15 function (seqsel, colsel, source) {\r
  16 try {\r
  17 var setid = "";\r
  18 var viewid = "";\r
  19 var src = this._af;\r
  20 if (source != null) {\r
  21 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignViewport) && (source).applet.currentAlignFrame.viewport === source) {\r
  22 src = (source).applet.currentAlignFrame;\r
  23 }}var seqs =  Clazz.newArray (-1, []);\r
  24 var cols =  Clazz.newArray (-1, []);\r
  25 var strt = 0;\r
  26 var end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av.getAlignment ().getWidth ();\r
  27 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {\r
  28 seqs =  new Array (seqsel.getSize ());\r
  29 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  30 seqs[i] = seqsel.getSequenceAt (i).getName ();\r
  31 }\r
  32 if (strt < seqsel.getStartRes ()) {\r
  33 strt = seqsel.getStartRes ();\r
  34 }if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes ()) {\r
  35 end = seqsel.getEndRes ();\r
  36 }}if (colsel != null && colsel.size () > 0) {\r
  37 if (end == -1) {\r
  38 end = colsel.getMax () + 1;\r
  39 }cols =  new Array (colsel.getSelected ().size ());\r
  40 var d = 0;\r
  41 var r = -1;\r
  42 for (var i = 0; i < cols.length; i++) {\r
  43 cols[i] = "" + (1 + colsel.getSelected ().elementAt (i).intValue ());\r
  44 }\r
  45 } else {\r
  46 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {\r
  47 cols =  new Array (2);\r
  48 cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);\r
  49 };}System.err.println ("Relaying selection to jsfunction:" + this._listener);\r
  50 this.executeJavascriptFunction (this._listener,  Clazz.newArray (-1, [src, setid, this.jvlite.arrayToSeparatorList (seqs), this.jvlite.arrayToSeparatorList (cols)]));\r
  51 } catch (ex) {\r
  52 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  53 System.err.println ("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '" + this._listener + "'");\r
  54 ex.printStackTrace ();\r
  55 if (Clazz.instanceOf (ex, netscape.javascript.JSException)) {\r
  56 System.err.println ("Javascript Exception: " + (ex).getCause ().toString ());\r
  57 }} else {\r
  58 throw ex;\r
  59 }\r
  60 }\r
  61 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");\r
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignFrame", \r
  63 function () {\r
  64 return this._af;\r
  65 });\r
  66 Clazz.overrideMethod (c$, "getListenerFunction", \r
  67 function () {\r
  68 return this._listener;\r
  69 });\r
  70 });\r