site/j2s/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.FollowerColourScheme"], "jalview.schemes.AnnotationColourGradient", ["jalview.datamodel.AlignmentI", "$.GraphLine", "jalview.renderer.AnnotationRenderer", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color", "java.util.IdentityHashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.annotation = null;
   5 this.aboveAnnotationThreshold = -1;
   6 this.thresholdIsMinMax = false;
   7 this.annotationThreshold = null;
   8 this.r1 = 0;
   9 this.g1 = 0;
  10 this.b1 = 0;
  11 this.rr = 0;
  12 this.gg = 0;
  13 this.bb = 0;
  14 this.predefinedColours = false;
  15 this.seqAssociated = false;
  16 this.noGradient = false;
  17 this.seqannot = null;
  18 this.aamin = 0;
  19 this.aamax = 0;
  20 Clazz.instantialize (this, arguments);
  21 }, jalview.schemes, "AnnotationColourGradient", jalview.schemes.FollowerColourScheme);
  22 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo",
  23 function (sg, hiddenRepSequences) {
  24 var acg =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.annotation, this.colourScheme, this.aboveAnnotationThreshold);
  25 acg.thresholdIsMinMax = this.thresholdIsMinMax;
  26 acg.annotationThreshold = (this.annotationThreshold == null) ? null :  new jalview.datamodel.GraphLine (this.annotationThreshold);
  27 acg.r1 = this.r1;
  28 acg.g1 = this.g1;
  29 acg.b1 = this.b1;
  30 acg.rr = this.rr;
  31 acg.gg = this.gg;
  32 acg.bb = this.bb;
  33 acg.predefinedColours = this.predefinedColours;
  34 acg.seqAssociated = this.seqAssociated;
  35 acg.noGradient = this.noGradient;
  36 return acg;
  37 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  38 Clazz.makeConstructor (c$,
  39 function (annotation, originalColour, aboveThreshold) {
  40 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.AnnotationColourGradient, []);
  41 if (Clazz.instanceOf (originalColour, jalview.schemes.AnnotationColourGradient)) {
  42 this.colourScheme = (originalColour).colourScheme;
  43 } else {
  44 this.colourScheme = originalColour;
  45 }this.annotation = annotation;
  46 this.aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;
  47 if (aboveThreshold != -1 && annotation.threshold != null) {
  48 this.annotationThreshold = annotation.threshold;
  49 }this.r1 = 254;
  50 this.g1 = 254;
  51 this.b1 = 254;
  52 this.rr = 0;
  53 this.gg = 0;
  54 this.bb = 0;
  55 this.noGradient = true;
  56 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.schemes.ColourSchemeI,~N");
  57 Clazz.makeConstructor (c$,
  58 function (annotation, minColour, maxColour, aboveThreshold) {
  59 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.AnnotationColourGradient, []);
  60 this.annotation = annotation;
  61 this.aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;
  62 if (aboveThreshold != -1 && annotation.threshold != null) {
  63 this.annotationThreshold = annotation.threshold;
  64 }this.r1 = minColour.getRed ();
  65 this.g1 = minColour.getGreen ();
  66 this.b1 = minColour.getBlue ();
  67 this.rr = maxColour.getRed () - this.r1;
  68 this.gg = maxColour.getGreen () - this.g1;
  69 this.bb = maxColour.getBlue () - this.b1;
  70 this.noGradient = false;
  71 this.aamax = annotation.graphMax;
  72 this.aamin = annotation.graphMin;
  73 if (annotation.isRNA ()) {
  74 jalview.schemes.ColourSchemeProperty.initRnaHelicesShading (1 + Clazz.floatToInt (this.aamax));
  75 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,java.awt.Color,java.awt.Color,~N");
  76 Clazz.defineMethod (c$, "alignmentChanged",
  77 function (alignment, hiddenReps) {
  78 Clazz.superCall (this, jalview.schemes.AnnotationColourGradient, "alignmentChanged", [alignment, hiddenReps]);
  79 if (this.seqAssociated && this.annotation.getCalcId () != null) {
  80 if (this.seqannot != null) {
  81 this.seqannot.clear ();
  82 } else {
  83 this.seqannot =  new java.util.IdentityHashMap ();
  84 }var alcontext = Clazz.instanceOf (alignment, jalview.datamodel.AlignmentI) ? alignment : alignment.getContext ();
  85 var f = true;
  86 var rna = false;
  87 for (var alan, $alan = alcontext.findAnnotation (this.annotation.getCalcId ()).iterator (); $alan.hasNext () && ((alan = $alan.next ()) || true);) {
  88 if (alan.sequenceRef != null && (alan.label != null && this.annotation != null && alan.label.equals (this.annotation.label))) {
  89 if (!rna && alan.isRNA ()) {
  90 rna = true;
  91 }this.seqannot.put (alan.sequenceRef, alan);
  92 if (f || alan.graphMax > this.aamax) {
  93 this.aamax = alan.graphMax;
  94 }if (f || alan.graphMin < this.aamin) {
  95 this.aamin = alan.graphMin;
  96 }f = false;
  97 }}
  98 if (rna) {
  99 jalview.schemes.ColourSchemeProperty.initRnaHelicesShading (1 + Clazz.floatToInt (this.aamax));
 100 }}}, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
 101 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation",
 102 function () {
 103 return this.annotation.label;
 104 });
 105 Clazz.defineMethod (c$, "getAboveThreshold",
 106 function () {
 107 return this.aboveAnnotationThreshold;
 108 });
 109 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationThreshold",
 110 function () {
 111 if (this.annotationThreshold == null) {
 112 return 0;
 113 } else {
 114 return this.annotationThreshold.value;
 115 }});
 116 Clazz.defineMethod (c$, "getMinColour",
 117 function () {
 118 return  new java.awt.Color (Clazz.floatToInt (this.r1), Clazz.floatToInt (this.g1), Clazz.floatToInt (this.b1));
 119 });
 120 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxColour",
 121 function () {
 122 return  new java.awt.Color (Clazz.floatToInt (this.r1 + this.rr), Clazz.floatToInt (this.g1 + this.gg), Clazz.floatToInt (this.b1 + this.bb));
 123 });
 124 Clazz.overrideMethod (c$, "findColour",
 125 function (c) {
 126 return java.awt.Color.red;
 127 }, "~S");
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "findColourSeq",
 129 function (c, j, seq) {
 130 var currentColour = java.awt.Color.white;
 131 var annotation = (this.seqAssociated && this.seqannot != null ? this.seqannot.get (seq) : this.annotation);
 132 if (annotation == null) {
 133 return currentColour;
 134 }if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {
 135 if (annotation.annotations != null && j < annotation.annotations.length && annotation.annotations[j] != null && !jalview.util.Comparison.isGap (c)) {
 136 var aj = annotation.annotations[j];
 137 if (this.aboveAnnotationThreshold == -1 || (this.annotationThreshold != null && (this.aboveAnnotationThreshold == 1 ? aj.value >= this.annotationThreshold.value : aj.value <= this.annotationThreshold.value))) {
 138 if (this.predefinedColours && aj.colour != null && !aj.colour.equals (java.awt.Color.black)) {
 139 currentColour = aj.colour;
 140 } else if (annotation.hasIcons && annotation.graph == 0) {
 141 if (aj.secondaryStructure > ' ' && aj.secondaryStructure != '.' && aj.secondaryStructure != '-') {
 142 if (this.colourScheme != null) {
 143 currentColour = this.colourScheme.findColourSeq (c, j, seq);
 144 } else {
 145 if (annotation.isRNA ()) {
 146 currentColour = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.rnaHelices[Clazz.floatToInt (aj.value)];
 147 } else {
 148 currentColour = annotation.annotations[j].secondaryStructure == 'H' ? jalview.renderer.AnnotationRenderer.HELIX_COLOUR : annotation.annotations[j].secondaryStructure == 'E' ? jalview.renderer.AnnotationRenderer.SHEET_COLOUR : jalview.renderer.AnnotationRenderer.STEM_COLOUR;
 149 }}} else {
 150 return java.awt.Color.white;
 151 }} else if (this.noGradient) {
 152 if (this.colourScheme != null) {
 153 currentColour = this.colourScheme.findColourSeq (c, j, seq);
 154 } else {
 155 if (aj.colour != null) {
 156 currentColour = aj.colour;
 157 }}} else {
 158 currentColour = this.shadeCalculation (annotation, j);
 159 }}if (this.conservationColouring) {
 160 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
 161 }}}return currentColour;
 162 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
 163 Clazz.defineMethod (c$, "shadeCalculation",
 164  function (annotation, j) {
 165 var range = 1;
 166 if (this.thresholdIsMinMax && annotation.threshold != null && this.aboveAnnotationThreshold == 1 && annotation.annotations[j].value >= annotation.threshold.value) {
 167 range = (annotation.annotations[j].value - annotation.threshold.value) / (annotation.graphMax - annotation.threshold.value);
 168 } else if (this.thresholdIsMinMax && annotation.threshold != null && this.aboveAnnotationThreshold == 0 && annotation.annotations[j].value >= annotation.graphMin) {
 169 range = (annotation.annotations[j].value - annotation.graphMin) / (annotation.threshold.value - annotation.graphMin);
 170 } else {
 171 if (annotation.graphMax != annotation.graphMin) {
 172 range = (annotation.annotations[j].value - annotation.graphMin) / (annotation.graphMax - annotation.graphMin);
 173 } else {
 174 range = 0;
 175 }}var dr = Clazz.floatToInt (this.rr * range + this.r1);
 176 var dg = Clazz.floatToInt (this.gg * range + this.g1);
 177 var db = Clazz.floatToInt (this.bb * range + this.b1);
 178 return  new java.awt.Color (dr, dg, db);
 179 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");
 180 Clazz.defineMethod (c$, "isPredefinedColours",
 181 function () {
 182 return this.predefinedColours;
 183 });
 184 Clazz.defineMethod (c$, "setPredefinedColours",
 185 function (predefinedColours) {
 186 this.predefinedColours = predefinedColours;
 187 }, "~B");
 188 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqAssociated",
 189 function () {
 190 return this.seqAssociated;
 191 });
 192 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqAssociated",
 193 function (sassoc) {
 194 this.seqAssociated = sassoc;
 195 }, "~B");
 196 Clazz.defineStatics (c$,
 197 "NO_THRESHOLD", -1,
 198 "BELOW_THRESHOLD", 0,
 199 "ABOVE_THRESHOLD", 1);
 200 });