site/j2s/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.Blosum62ColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.schemes, "Blosum62ColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   4 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
   5 function (res, j, seq) {\r
   6 if ('a' <= res && res <= 'z') {\r
   7 res = String.fromCharCode (res.charCodeAt (0) - (32));\r
   8 }if (this.consensus == null || j >= this.consensus.length || this.consensus[j] == null || (this.threshold != 0 && !this.aboveThreshold (res, j))) {\r
   9 return java.awt.Color.white;\r
  10 }var currentColour;\r
  11 if (!jalview.util.Comparison.isGap (res)) {\r
  12 var max = this.consensus[j].get ("R");\r
  13 if (max.indexOf (res) > -1) {\r
  14 currentColour =  new java.awt.Color (154, 154, 255);\r
  15 } else {\r
  16 var c = 0;\r
  17 var max_aa = 0;\r
  18 var n = max.length;\r
  19 do {\r
  20 c += jalview.schemes.ResidueProperties.getBLOSUM62 (max.charAt (max_aa), res);\r
  21 } while (++max_aa < n);\r
  22 if (c > 0) {\r
  23 currentColour =  new java.awt.Color (204, 204, 255);\r
  24 } else {\r
  25 currentColour = java.awt.Color.white;\r
  26 }}if (this.conservationColouring) {\r
  27 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  28 }} else {\r
  29 return java.awt.Color.white;\r
  30 }return currentColour;\r
  31 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "applyTo", \r
  33 function (sg, hiddenRepSequences) {\r
  34 var newcs = Clazz.superCall (this, jalview.schemes.Blosum62ColourScheme, "applyTo", [sg, hiddenRepSequences]);\r
  35 return newcs;\r
  36 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");\r
  37 });\r