site/j2s/jalview/schemes/PIDColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.PIDColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.pidColours = null;\r
   5 this.thresholds = null;\r
   6 this.group = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.schemes, "PIDColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function () {\r
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.PIDColourScheme, []);\r
  12 this.pidColours = jalview.schemes.ResidueProperties.pidColours;\r
  13 this.thresholds = jalview.schemes.ResidueProperties.pidThresholds;\r
  14 });\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  16 function (c, j, seq) {\r
  17 if ('a' <= c && c <= 'z') {\r
  18 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));\r
  19 }if (this.consensus == null || j >= this.consensus.length || this.consensus[j] == null) {\r
  20 return java.awt.Color.white;\r
  21 }if ((this.threshold != 0) && !this.aboveThreshold (c, j)) {\r
  22 return java.awt.Color.white;\r
  23 }var currentColour = java.awt.Color.white;\r
  24 var sc = 0;\r
  25 if (this.consensus.length <= j) {\r
  26 return java.awt.Color.white;\r
  27 }if ((Integer.parseInt (this.consensus[j].get ("C").toString ()) != -1) && this.consensus[j].contains (String.valueOf (c))) {\r
  28 sc = (this.consensus[j].get (this.ignoreGaps)).floatValue ();\r
  29 if (!jalview.util.Comparison.isGap (c)) {\r
  30 for (var i = 0; i < this.thresholds.length; i++) {\r
  31 if (sc > this.thresholds[i]) {\r
  32 currentColour = this.pidColours[i];\r
  33 break;\r
  34 }}\r
  35 }}if (this.conservationColouring) {\r
  36 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  37 }return currentColour;\r
  38 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  39 });\r