site/j2s/jalview/schemes/RNAHelicesColour.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.util.Hashtable"], "jalview.schemes.RNAHelicesColour", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.ColorUtils", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.helixcolorhash = null;\r
   5 this.positionsToHelix = null;\r
   6 this.numHelix = 0;\r
   7 this.annotation = null;\r
   8 this.lastrefresh = -1;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.schemes, "RNAHelicesColour", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  12 this.helixcolorhash =  new java.util.Hashtable ();\r
  13 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();\r
  14 });\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (annotation) {\r
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.RNAHelicesColour, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex]);\r
  18 this.annotation = annotation;\r
  19 this.refresh ();\r
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (alignment) {\r
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.RNAHelicesColour, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex]);\r
  24 this.alignmentChanged (alignment, null);\r
  25 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI");\r
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged", \r
  27 function (alignment, hiddenReps) {\r
  28 var annotations = alignment.getAlignmentAnnotation ();\r
  29 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
  30 if (annotations[i].getRNAStruc () != null) {\r
  31 this.annotation = annotations[i];\r
  32 break;\r
  33 }}\r
  34 this.refresh ();\r
  35 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "refresh", \r
  37 function () {\r
  38 if (this.annotation != null && ((this.annotation._rnasecstr == null || this.lastrefresh != this.annotation._rnasecstr.hashCode ()) && this.annotation.isValidStruc ())) {\r
  39 this.annotation.getRNAStruc ();\r
  40 this.lastrefresh = this.annotation._rnasecstr.hashCode ();\r
  41 this.numHelix = 0;\r
  42 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();\r
  43 for (var x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++) {\r
  44 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getBegin ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  45 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getEnd ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  46 if (Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ()) > this.numHelix) {\r
  47 this.numHelix = Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  48 }}\r
  49 for (var j = 0; j <= this.numHelix; j++) {\r
  50 if (!this.helixcolorhash.containsKey (Integer.toString (j))) {\r
  51 this.helixcolorhash.put (Integer.toString (j), jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor (java.awt.Color.white));\r
  52 }}\r
  53 }});\r
  54 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  55 function (c) {\r
  56 return jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidine[jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  57 }, "~S");\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  59 function (c, j, seq) {\r
  60 this.refresh ();\r
  61 var currentColour = java.awt.Color.white;\r
  62 var currentHelix = null;\r
  63 currentHelix = this.positionsToHelix.get (new Integer (j));\r
  64 if (currentHelix != null) {\r
  65 currentColour = this.helixcolorhash.get (currentHelix);\r
  66 }return currentColour;\r
  67 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  68 });\r