site/j2s/jalview/schemes/ScoreColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.ScoreColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.min = 0;\r
   5 this.max = 0;\r
   6 this.scores = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.schemes, "ScoreColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function (symbolIndex, scores, min, max) {\r
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.ScoreColourScheme, [symbolIndex]);\r
  12 this.scores = scores;\r
  13 this.min = min;\r
  14 this.max = max;\r
  15 var i;\r
  16 var iSize = scores.length;\r
  17 this.colors =  new Array (scores.length);\r
  18 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
  19 var red = (scores[i] - min) / (max - min);\r
  20 if (red > 1.0) {\r
  21 red = 1.0;\r
  22 }if (red < 0.0) {\r
  23 red = 0.0;\r
  24 }this.colors[i] = this.makeColour (red);\r
  25 }\r
  26 }, "~A,~A,~N,~N");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  28 function (c, j, seq) {\r
  29 if (this.threshold > 0) {\r
  30 if (!this.aboveThreshold (c, j)) {\r
  31 return java.awt.Color.white;\r
  32 }}if (jalview.util.Comparison.isGap (c)) {\r
  33 return java.awt.Color.white;\r
  34 }var currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  35 if (this.conservationColouring) {\r
  36 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  37 }return currentColour;\r
  38 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "makeColour", \r
  40 function (c) {\r
  41 return  new java.awt.Color (c, 0.0, 1.0 - c);\r
  42 }, "~N");\r
  43 });\r