site/j2s/jalview/schemes/UserColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.UserColourScheme", ["jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "java.awt.Color", "java.util.StringTokenizer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.lowerCaseColours = null;
   5 this.schemeName = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.schemes, "UserColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function () {
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);
  11 });
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (newColors) {
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);
  15 this.colors = newColors;
  16 }, "~A");
  17 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo",
  18 function (sg, hiddenRepSequences) {
  19 var usc =  new jalview.schemes.UserColourScheme (this.colors);
  20 if (this.lowerCaseColours != null) {
  21 usc.schemeName =  String.instantialize (this.schemeName);
  22 usc.lowerCaseColours =  new Array (this.lowerCaseColours.length);
  23 System.arraycopy (this.lowerCaseColours, 0, usc.lowerCaseColours, 0, this.lowerCaseColours.length);
  24 }return usc;
  25 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (colour) {
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);
  29 var col = this.getColourFromString (colour);
  30 if (col == null) {
  31 System.out.println ("Unknown colour!! " + colour);
  32 col = this.createColourFromName (colour);
  33 }this.colors =  new Array (24);
  34 for (var i = 0; i < 24; i++) {
  35 this.colors[i] = col;
  36 }
  37 this.schemeName = colour;
  38 }, "~S");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "getColours",
  40 function () {
  41 return this.colors;
  42 });
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getLowerCaseColours",
  44 function () {
  45 return this.lowerCaseColours;
  46 });
  47 Clazz.defineMethod (c$, "setName",
  48 function (name) {
  49 this.schemeName = name;
  50 }, "~S");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getName",
  52 function () {
  53 return this.schemeName;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getColourFromString",
  56 function (colour) {
  57 colour = colour.trim ();
  58 var col = null;
  59 try {
  60 var value = Integer.parseInt (colour, 16);
  61 col =  new java.awt.Color (value);
  62 } catch (ex) {
  63 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
  64 } else {
  65 throw ex;
  66 }
  67 }
  68 if (col == null) {
  69 col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName (colour);
  70 }if (col == null) {
  71 try {
  72 var st =  new java.util.StringTokenizer (colour, ",");
  73 var r = Integer.parseInt (st.nextToken ());
  74 var g = Integer.parseInt (st.nextToken ());
  75 var b = Integer.parseInt (st.nextToken ());
  76 col =  new java.awt.Color (r, g, b);
  77 } catch (ex) {
  78 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  79 } else {
  80 throw ex;
  81 }
  82 }
  83 }return col;
  84 }, "~S");
  85 Clazz.defineMethod (c$, "createColourFromName",
  86 function (name) {
  87 var r;
  88 var g;
  89 var b;
  90 var lsize = name.length;
  91 var start = 0;
  92 var end = Clazz.doubleToInt (lsize / 3);
  93 var rgbOffset = Math.abs (name.hashCode () % 10) * 15;
  94 r = Math.abs (name.substring (start, end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;
  95 start = end;
  96 end += Clazz.doubleToInt (lsize / 3);
  97 if (end > lsize) {
  98 end = lsize;
  99 }g = Math.abs (name.substring (start, end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;
 100 b = Math.abs (name.substring (end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;
 101 var color =  new java.awt.Color (r, g, b);
 102 return color;
 103 }, "~S");
 104 Clazz.defineMethod (c$, "parseAppletParameter",
 105 function (paramValue) {
 106 var st =  new java.util.StringTokenizer (paramValue, ";");
 107 var st2;
 108 var token = null;
 109 var colour;
 110 var residues;
 111 try {
 112 while (st.hasMoreElements ()) {
 113 token = st.nextToken ().trim ();
 114 residues = token.substring (0, token.indexOf ("="));
 115 colour = token.substring (token.indexOf ("=") + 1);
 116 st2 =  new java.util.StringTokenizer (residues, " ,");
 117 while (st2.hasMoreTokens ()) {
 118 token = st2.nextToken ();
 119 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[token.charCodeAt (0)] == -1) {
 120 continue;
 121 }var colIndex = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[token.charCodeAt (0)];
 122 if (token.equalsIgnoreCase ("lowerCase")) {
 123 if (this.lowerCaseColours == null) {
 124 this.lowerCaseColours =  new Array (23);
 125 }for (var i = 0; i < 23; i++) {
 126 if (this.lowerCaseColours[i] == null) {
 127 this.lowerCaseColours[i] = this.getColourFromString (colour);
 128 }}
 129 continue;
 130 }if (token.equals (token.toLowerCase ())) {
 131 if (this.lowerCaseColours == null) {
 132 this.lowerCaseColours =  new Array (23);
 133 }this.lowerCaseColours[colIndex] = this.getColourFromString (colour);
 134 } else {
 135 this.colors[colIndex] = this.getColourFromString (colour);
 136 }}
 137 }
 138 } catch (ex) {
 139 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 140 System.out.println ("Error parsing userDefinedColours:\n" + token + "\n" + ex);
 141 } else {
 142 throw ex;
 143 }
 144 }
 145 }, "~S");
 146 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
 147 function (c, j, seq) {
 148 var currentColour;
 149 var index = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)];
 150 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {
 151 if (this.lowerCaseColours != null && 'a' <= c && c <= 'z') {
 152 currentColour = this.lowerCaseColours[index];
 153 } else {
 154 currentColour = this.colors[index];
 155 }} else {
 156 currentColour = java.awt.Color.white;
 157 }if (this.conservationColouring) {
 158 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
 159 }return currentColour;
 160 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
 161 Clazz.defineMethod (c$, "setLowerCaseColours",
 162 function (lcolours) {
 163 this.lowerCaseColours = lcolours;
 164 }, "~A");
 165 });