site/j2s/jalview/structure/AtomSpec.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");
   2 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   3 this.pdbFile = null;
   4 this.chain = null;
   5 this.pdbResNum = 0;
   6 this.atomIndex = 0;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.structure, "AtomSpec");
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function (pdbFile, chain, resNo, atomNo) {
  11 this.pdbFile = pdbFile;
  12 this.chain = chain;
  13 this.pdbResNum = resNo;
  14 this.atomIndex = atomNo;
  15 }, "~S,~S,~N,~N");
  16 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbFile",
  17 function () {
  18 return this.pdbFile;
  19 });
  20 Clazz.defineMethod (c$, "getChain",
  21 function () {
  22 return this.chain;
  23 });
  24 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbResNum",
  25 function () {
  26 return this.pdbResNum;
  27 });
  28 Clazz.defineMethod (c$, "getAtomIndex",
  29 function () {
  30 return this.atomIndex;
  31 });
  32 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  33 function () {
  34 return "pdbFile: " + this.pdbFile + ", chain: " + this.chain + ", res: " + this.pdbResNum + ", atom: " + this.atomIndex;
  35 });