site/j2s/jalview/structure/AtomSpec.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");\r
   2 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   3 this.pdbFile = null;\r
   4 this.chain = null;\r
   5 this.pdbResNum = 0;\r
   6 this.atomIndex = 0;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.structure, "AtomSpec");\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function (pdbFile, chain, resNo, atomNo) {\r
  11 this.pdbFile = pdbFile;\r
  12 this.chain = chain;\r
  13 this.pdbResNum = resNo;\r
  14 this.atomIndex = atomNo;\r
  15 }, "~S,~S,~N,~N");\r
  16 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbFile", \r
  17 function () {\r
  18 return this.pdbFile;\r
  19 });\r
  20 Clazz.defineMethod (c$, "getChain", \r
  21 function () {\r
  22 return this.chain;\r
  23 });\r
  24 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbResNum", \r
  25 function () {\r
  26 return this.pdbResNum;\r
  27 });\r
  28 Clazz.defineMethod (c$, "getAtomIndex", \r
  29 function () {\r
  30 return this.atomIndex;\r
  31 });\r
  32 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  33 function () {\r
  34 return "pdbFile: " + this.pdbFile + ", chain: " + this.chain + ", res: " + this.pdbResNum + ", atom: " + this.atomIndex;\r
  35 });\r