site/j2s/jalview/structure/StructureMapping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");
   2 Clazz.load (null, "jalview.structure.StructureMapping", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.mappingDetails = null;
   5 this.sequence = null;
   6 this.pdbfile = null;
   7 this.pdbid = null;
   8 this.pdbchain = null;
   9 this.mapping = null;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.structure, "StructureMapping");
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (seq, pdbfile, pdbid, chain, mapping, mappingDetails) {
  14 this.sequence = seq;
  15 this.pdbfile = pdbfile;
  16 this.pdbid = pdbid;
  17 this.pdbchain = chain;
  18 this.mapping = mapping;
  19 this.mappingDetails = mappingDetails;
  20 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S,~S,~A,~S");
  21 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence",
  22 function () {
  23 return this.sequence;
  24 });
  25 Clazz.defineMethod (c$, "getChain",
  26 function () {
  27 return this.pdbchain;
  28 });
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbId",
  30 function () {
  31 return this.pdbid;
  32 });
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getAtomNum",
  34 function (seqpos) {
  35 if (this.mapping.length > seqpos) {
  36 return this.mapping[seqpos][1];
  37 } else {
  38 return 0;
  39 }}, "~N");
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getPDBResNum",
  41 function (seqpos) {
  42 if (this.mapping.length > seqpos) {
  43 return this.mapping[seqpos][0];
  44 } else {
  45 return 0;
  46 }}, "~N");
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqPos",
  48 function (pdbResNum) {
  49 for (var i = 0; i < this.mapping.length; i++) {
  50 if (this.mapping[i][0] == pdbResNum) {
  51 return i;
  52 }}
  53 return -1;
  54 }, "~N");
  55 Clazz.defineMethod (c$, "transfer",
  56 function (ana) {
  57 var ala_copy =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);
  58 var ds = this.sequence;
  59 while (ds.getDatasetSequence () != null) {
  60 ds = ds.getDatasetSequence ();
  61 }
  62 ala_copy.remap (ds, this.mapping, -1, -1, 0);
  63 ds.addAlignmentAnnotation (ala_copy);
  64 if (ds !== this.sequence) {
  65 ala_copy =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ala_copy);
  66 this.sequence.addAlignmentAnnotation (ala_copy);
  67 }return ala_copy;
  68 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  69 });