site/j2s/jalview/util/DBRefUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (["java.util.HashMap"], "jalview.util.DBRefUtils", ["jalview.datamodel.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.PDBEntry", "jalview.jsdev.RegExp", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "DBRefUtils");
   4 c$.selectRefs = Clazz.defineMethod (c$, "selectRefs",
   5 function (dbrefs, sources) {
   6 if (dbrefs == null) {
   7 return null;
   8 }if (sources == null) {
   9 return dbrefs;
  10 }var srcs =  new java.util.HashMap ();
  11 var res =  new java.util.ArrayList ();
  12 for (var i = 0; i < sources.length; i++) {
  13 srcs.put ( String.instantialize (sources[i]),  new Integer (i));
  14 }
  15 for (var i = 0, j = dbrefs.length; i < j; i++) {
  16 if (srcs.containsKey (dbrefs[i].getSource ())) {
  17 res.add (dbrefs[i]);
  18 }}
  19 if (res.size () > 0) {
  20 var reply =  new Array (res.size ());
  21 return res.toArray (reply);
  22 }res = null;
  23 return null;
  24 }, "~A,~A");
  25 c$.isDasCoordinateSystem = Clazz.defineMethod (c$, "isDasCoordinateSystem",
  26 function (string, dBRefEntry) {
  27 if (string == null || dBRefEntry == null) {
  28 return false;
  29 }var coordsys = jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.get (string.toLowerCase ());
  30 return coordsys == null ? false : coordsys.equals (dBRefEntry.getSource ());
  31 }, "~S,jalview.datamodel.DBRefEntry");
  32 c$.getCanonicalName = Clazz.defineMethod (c$, "getCanonicalName",
  33 function (source) {
  34 if (source == null) {
  35 return null;
  36 }var canonical = jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.get (source.toLowerCase ());
  37 return canonical == null ? source : canonical;
  38 }, "~S");
  39 c$.searchRefs = Clazz.defineMethod (c$, "searchRefs",
  40 function (ref, entry) {
  41 return jalview.util.DBRefUtils.searchRefs (ref, entry, jalview.util.DBRefUtils.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList);
  42 }, "~A,jalview.datamodel.DBRefEntry");
  43 c$.searchRefs = Clazz.defineMethod (c$, "searchRefs",
  44 function (refs, entry, comparator) {
  45 if (refs == null || entry == null) {
  46 return null;
  47 }var rfs =  new java.util.ArrayList ();
  48 for (var i = 0; i < refs.length; i++) {
  49 if (comparator.matches (entry, refs[i])) {
  50 rfs.add (refs[i]);
  51 }}
  52 return rfs.size () == 0 ? null : rfs.toArray ( new Array (rfs.size ()));
  53 }, "~A,jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp");
  54 c$.parseToDbRef = Clazz.defineMethod (c$, "parseToDbRef",
  55 function (seq, dbname, version, acn) {
  56 var ref = null;
  57 if (dbname != null) {
  58 var locsrc = jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName (dbname);
  59 if (locsrc.equals (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB)) {
  60 var r = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["([0-9][0-9A-Za-z]{3})\\s*(.?)\\s*;\\s*([0-9]+)-([0-9]+)"]);
  61 if (r.search (acn.trim ())) {
  62 var pdbid = r.stringMatchedI (1);
  63 var chaincode = r.stringMatchedI (2);
  64 if (chaincode == null) {
  65 chaincode = " ";
  66 }if (chaincode.equals (" ")) {
  67 chaincode = "_";
  68 }ref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (locsrc, version, pdbid + chaincode);
  69 var pdbr =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();
  70 pdbr.setId (pdbid);
  71 pdbr.setType (jalview.datamodel.PDBEntry.Type.PDB);
  72 pdbr.setProperty ( new java.util.Hashtable ());
  73 pdbr.setChainCode (chaincode);
  74 seq.addPDBId (pdbr);
  75 } else {
  76 System.err.println ("Malformed PDB DR line:" + acn);
  77 }} else {
  78 ref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (locsrc, version, acn);
  79 }}if (ref != null) {
  80 seq.addDBRef (ref);
  81 }return ref;
  82 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S,~S");
  83 c$.$DBRefUtils$1$ = function () {
  84 Clazz.pu$h(self.c$);
  85 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$1", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
  86 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
  87 function (refa, refb) {
  88 if (refa.getSource () == null || refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
  89 if (refa.getVersion () == null || refb.getVersion ().equals (refa.getVersion ())) {
  90 if (refa.getAccessionId () == null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
  91 if (refa.getMap () == null || (refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {
  92 return true;
  93 }}}}return false;
  94 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
  95 c$ = Clazz.p0p ();
  96 };
  97 c$.$DBRefUtils$2$ = function () {
  98 Clazz.pu$h(self.c$);
  99 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$2", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
 100 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
 101 function (refa, refb) {
 102 if ((refa.getSource () == null || refb.getSource () == null) || refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
 103 if ((refa.getVersion () == null || refb.getVersion () == null) || refb.getVersion ().equals (refa.getVersion ())) {
 104 if ((refa.getAccessionId () == null || refb.getAccessionId () == null) || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
 105 if ((refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) || (refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {
 106 return true;
 107 }}}}return false;
 108 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
 109 c$ = Clazz.p0p ();
 110 };
 111 c$.$DBRefUtils$3$ = function () {
 112 Clazz.pu$h(self.c$);
 113 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$3", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
 114 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
 115 function (refa, refb) {
 116 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
 117 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
 118 if ((refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) || (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {
 119 return true;
 120 }}}return false;
 121 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
 122 c$ = Clazz.p0p ();
 123 };
 124 c$.$DBRefUtils$4$ = function () {
 125 Clazz.pu$h(self.c$);
 126 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$4", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
 127 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
 128 function (refa, refb) {
 129 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
 130 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
 131 if ((refa.getMap () == null && refb.getMap () == null) || (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null)) {
 132 if ((refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && refb.getMap ().getMap ().getInverse ().equals (refa.getMap ().getMap ()))) {
 133 return true;
 134 }}}}return false;
 135 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
 136 c$ = Clazz.p0p ();
 137 };
 138 c$.$DBRefUtils$5$ = function () {
 139 Clazz.pu$h(self.c$);
 140 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$5", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
 141 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
 142 function (refa, refb) {
 143 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
 144 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
 145 if (refa.getMap () == null && refb.getMap () == null) {
 146 return true;
 147 }if (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null && ((refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && refb.getMap ().getMap ().equals (refa.getMap ().getMap ())))) {
 148 return true;
 149 }}}return false;
 150 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
 151 c$ = Clazz.p0p ();
 152 };
 153 c$.$DBRefUtils$6$ = function () {
 154 Clazz.pu$h(self.c$);
 155 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$6", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);
 156 Clazz.defineMethod (c$, "matches",
 157 function (refa, refb) {
 158 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {
 159 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {
 160 if (refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) {
 161 return true;
 162 }if ((refa.getMap () != null && refb.getMap () != null) && (refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && (refb.getMap ().getMap ().equals (refa.getMap ().getMap ())))) {
 163 return true;
 164 }}}return false;
 165 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");
 166 c$ = Clazz.p0p ();
 167 };
 168 Clazz.declareInterface (jalview.util.DBRefUtils, "DbRefComp");
 169 c$.canonicalSourceNameLookup = c$.prototype.canonicalSourceNameLookup =  new java.util.HashMap ();
 170 c$.dasCoordinateSystemsLookup = c$.prototype.dasCoordinateSystemsLookup =  new java.util.HashMap ();
 171 {
 172 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("uniprotkb/swiss-prot", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
 173 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("uniprotkb/trembl", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
 174 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("pdb", jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
 175 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("pdbresnum", jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
 176 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("uniprot", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
 177 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("embl", jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL);
 178 }c$.matchNonNullonA = c$.prototype.matchNonNullonA = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$1") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$1, this, null));
 179 c$.matchEitherNonNull = c$.prototype.matchEitherNonNull = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$2") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$2, this, null));
 180 c$.matchDbAndIdAndEitherMap = c$.prototype.matchDbAndIdAndEitherMap = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$3") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$3, this, null));
 181 c$.matchDbAndIdAndComplementaryMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndComplementaryMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$4") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$4, this, null));
 182 c$.matchDbAndIdAndEquivalentMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndEquivalentMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$5") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$5, this, null));
 183 c$.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$6") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$6, this, null));
 184 });