site/j2s/jalview/util/MapList.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList"], "jalview.util.MapList", ["java.lang.StringBuilder", "java.util.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.fromShifts = null;
   5 this.toShifts = null;
   6 this.fromRatio = 0;
   7 this.toRatio = 0;
   8 this.fromLowest = 0;
   9 this.fromHighest = 0;
  10 this.toLowest = 0;
  11 this.toHighest = 0;
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.util, "MapList");
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  15 this.fromShifts =  new java.util.ArrayList ();
  16 this.toShifts =  new java.util.ArrayList ();
  17 });
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "equals",
  19 function (o) {
  20 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.util.MapList))) {
  21 return false;
  22 }var obj = o;
  23 if (obj === this) {
  24 return true;
  25 }if (obj.fromRatio != this.fromRatio || obj.toRatio != this.toRatio || obj.fromShifts == null || obj.toShifts == null) {
  26 return false;
  27 }return java.util.Arrays.deepEquals (this.fromShifts.toArray (), obj.fromShifts.toArray ()) && java.util.Arrays.deepEquals (this.toShifts.toArray (), obj.toShifts.toArray ());
  28 }, "~O");
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getFromRanges",
  30 function () {
  31 return this.fromShifts;
  32 });
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getToRanges",
  34 function () {
  35 return this.toShifts;
  36 });
  37 c$.getRanges = Clazz.defineMethod (c$, "getRanges",
  38 function (shifts) {
  39 var rnges =  Clazz.newIntArray (2 * shifts.size (), 0);
  40 var i = 0;
  41 for (var r, $r = shifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
  42 rnges[i++] = r[0];
  43 rnges[i++] = r[1];
  44 }
  45 return rnges;
  46 }, "java.util.List");
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getFromRatio",
  48 function () {
  49 return this.fromRatio;
  50 });
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getToRatio",
  52 function () {
  53 return this.toRatio;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getFromLowest",
  56 function () {
  57 return this.fromLowest;
  58 });
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getFromHighest",
  60 function () {
  61 return this.fromHighest;
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getToLowest",
  64 function () {
  65 return this.toLowest;
  66 });
  67 Clazz.defineMethod (c$, "getToHighest",
  68 function () {
  69 return this.toHighest;
  70 });
  71 Clazz.makeConstructor (c$,
  72 function (from, to, fromRatio, toRatio) {
  73 this.fromRatio = fromRatio;
  74 this.toRatio = toRatio;
  75 this.fromLowest = from[0];
  76 this.fromHighest = from[1];
  77 for (var i = 0; i < from.length; i += 2) {
  78 this.fromLowest = Math.min (this.fromLowest, from[i]);
  79 this.fromHighest = Math.max (this.fromHighest, from[i + 1]);
  80 this.fromShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [from[i], from[i + 1]]));
  81 }
  82 this.toLowest = to[0];
  83 this.toHighest = to[1];
  84 for (var i = 0; i < to.length; i += 2) {
  85 this.toLowest = Math.min (this.toLowest, to[i]);
  86 this.toHighest = Math.max (this.toHighest, to[i + 1]);
  87 this.toShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [to[i], to[i + 1]]));
  88 }
  89 }, "~A,~A,~N,~N");
  90 Clazz.makeConstructor (c$,
  91 function (map) {
  92 this.fromLowest = map.fromLowest;
  93 this.fromHighest = map.fromHighest;
  94 this.toLowest = map.toLowest;
  95 this.toHighest = map.toHighest;
  96 this.fromRatio = map.fromRatio;
  97 this.toRatio = map.toRatio;
  98 if (map.fromShifts != null) {
  99 for (var r, $r = map.fromShifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
 100 this.fromShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [r[0], r[1]]));
 101 }
 102 }if (map.toShifts != null) {
 103 for (var r, $r = map.toShifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
 104 this.toShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [r[0], r[1]]));
 105 }
 106 }}, "jalview.util.MapList");
 107 Clazz.makeConstructor (c$,
 108 function (fromRange, toRange, fromRatio, toRatio) {
 109 this.fromShifts = fromRange;
 110 this.toShifts = toRange;
 111 this.fromRatio = fromRatio;
 112 this.toRatio = toRatio;
 113 this.fromLowest = 2147483647;
 114 this.fromHighest = 0;
 115 for (var range, $range = fromRange.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {
 116 this.fromLowest = Math.min (this.fromLowest, range[0]);
 117 this.fromHighest = Math.max (this.fromHighest, range[1]);
 118 }
 119 this.toLowest = 2147483647;
 120 this.toHighest = 0;
 121 for (var range, $range = toRange.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {
 122 this.toLowest = Math.min (this.toLowest, range[0]);
 123 this.toHighest = Math.max (this.toHighest, range[1]);
 124 }
 125 }, "java.util.List,java.util.List,~N,~N");
 126 Clazz.defineMethod (c$, "makeFromMap",
 127 function () {
 128 return this.posMap (this.fromShifts, this.fromRatio, this.toShifts, this.toRatio);
 129 });
 130 Clazz.defineMethod (c$, "makeToMap",
 131 function () {
 132 return this.posMap (this.toShifts, this.toRatio, this.fromShifts, this.fromRatio);
 133 });
 134 Clazz.defineMethod (c$, "posMap",
 135  function (shiftTo, ratio, shiftFrom, toRatio) {
 136 var iv = 0;
 137 var ivSize = shiftTo.size ();
 138 if (iv >= ivSize) {
 139 return null;
 140 }var intv = shiftTo.get (iv++);
 141 var from = intv[0];
 142 var to = intv[1];
 143 if (from > to) {
 144 from = intv[1];
 145 to = intv[0];
 146 }while (iv < ivSize) {
 147 intv = shiftTo.get (iv++);
 148 if (intv[0] < from) {
 149 from = intv[0];
 150 }if (intv[1] < from) {
 151 from = intv[1];
 152 }if (intv[0] > to) {
 153 to = intv[0];
 154 }if (intv[1] > to) {
 155 to = intv[1];
 156 }}
 157 var tF = 0;
 158 var tT = 0;
 159 var mp =  Clazz.newIntArray (to - from + 2, 0);
 160 for (var i = 0; i < mp.length; i++) {
 161 var m = jalview.util.MapList.shift (i + from, shiftTo, ratio, shiftFrom, toRatio);
 162 if (m != null) {
 163 if (i == 0) {
 164 tF = tT = m[0];
 165 } else {
 166 if (m[0] < tF) {
 167 tF = m[0];
 168 }if (m[0] > tT) {
 169 tT = m[0];
 170 }}}mp[i] = m;
 171 }
 172 var map =  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [from, to, tF, tT]),  Clazz.newIntArray (to - from + 2, 0)]);
 173 map[0][2] = tF;
 174 map[0][3] = tT;
 175 for (var i = 0; i < mp.length; i++) {
 176 if (mp[i] != null) {
 177 map[1][i] = mp[i][0] - tF;
 178 } else {
 179 map[1][i] = -1;
 180 }}
 181 return map;
 182 }, "java.util.List,~N,java.util.List,~N");
 183 Clazz.defineMethod (c$, "shiftFrom",
 184 function (pos) {
 185 return jalview.util.MapList.shift (pos, this.fromShifts, this.fromRatio, this.toShifts, this.toRatio);
 186 }, "~N");
 187 Clazz.defineMethod (c$, "shiftTo",
 188 function (pos) {
 189 return jalview.util.MapList.shift (pos, this.toShifts, this.toRatio, this.fromShifts, this.fromRatio);
 190 }, "~N");
 191 c$.shift = Clazz.defineMethod (c$, "shift",
 192 function (pos, shiftTo, fromRatio, shiftFrom, toRatio) {
 193 var fromCount = jalview.util.MapList.countPos (shiftTo, pos);
 194 if (fromCount == null) {
 195 return null;
 196 }var fromRemainder = (fromCount[0] - 1) % fromRatio;
 197 var toCount = 1 + ((Clazz.doubleToInt ((fromCount[0] - 1) / fromRatio)) * toRatio);
 198 var toPos = jalview.util.MapList.countToPos (shiftFrom, toCount);
 199 if (toPos == null) {
 200 return null;
 201 }return  Clazz.newIntArray (-1, [toPos[0], fromRemainder, toPos[1]]);
 202 }, "~N,java.util.List,~N,java.util.List,~N");
 203 c$.countPos = Clazz.defineMethod (c$, "countPos",
 204 function (shiftTo, pos) {
 205 var count = 0;
 206 var intv;
 207 var iv = 0;
 208 var ivSize = shiftTo.size ();
 209 while (iv < ivSize) {
 210 intv = shiftTo.get (iv++);
 211 if (intv[0] <= intv[1]) {
 212 if (pos >= intv[0] && pos <= intv[1]) {
 213 return  Clazz.newIntArray (-1, [count + pos - intv[0] + 1, 1]);
 214 } else {
 215 count += intv[1] - intv[0] + 1;
 216 }} else {
 217 if (pos >= intv[1] && pos <= intv[0]) {
 218 return  Clazz.newIntArray (-1, [count + intv[0] - pos + 1, -1]);
 219 } else {
 220 count += intv[0] - intv[1] + 1;
 221 }}}
 222 return null;
 223 }, "java.util.List,~N");
 224 c$.countToPos = Clazz.defineMethod (c$, "countToPos",
 225 function (shiftFrom, pos) {
 226 var count = 0;
 227 var diff = 0;
 228 var iv = 0;
 229 var ivSize = shiftFrom.size ();
 230 var intv =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0]);
 231 while (iv < ivSize) {
 232 intv = shiftFrom.get (iv++);
 233 diff = intv[1] - intv[0];
 234 if (diff >= 0) {
 235 if (pos <= count + 1 + diff) {
 236 return  Clazz.newIntArray (-1, [pos - count - 1 + intv[0], 1]);
 237 } else {
 238 count += 1 + diff;
 239 }} else {
 240 if (pos <= count + 1 - diff) {
 241 return  Clazz.newIntArray (-1, [intv[0] - (pos - count - 1), -1]);
 242 } else {
 243 count += 1 - diff;
 244 }}}
 245 return null;
 246 }, "java.util.List,~N");
 247 Clazz.defineMethod (c$, "locateInFrom",
 248 function (start, end) {
 249 var fromStart = this.shiftTo (start);
 250 var fromEnd = this.shiftTo (end);
 251 return jalview.util.MapList.getIntervals (this.fromShifts, fromStart, fromEnd, this.fromRatio);
 252 }, "~N,~N");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "locateInTo",
 254 function (start, end) {
 255 var toStart = this.shiftFrom (start);
 256 var toEnd = this.shiftFrom (end);
 257 return jalview.util.MapList.getIntervals (this.toShifts, toStart, toEnd, this.toRatio);
 258 }, "~N,~N");
 259 c$.getIntervals = Clazz.defineMethod (c$, "getIntervals",
 260 function (shiftFrom, fromStart, fromEnd, fromRatio2) {
 261 if (fromStart == null || fromEnd == null) {
 262 return null;
 263 }var startpos;
 264 var endpos;
 265 startpos = fromStart[0];
 266 endpos = fromEnd[0];
 267 var endindx = (fromRatio2 - 1);
 268 var intv = 0;
 269 var intvSize = shiftFrom.size ();
 270 var iv;
 271 var i = 0;
 272 var fs = -1;
 273 var fe_s = -1;
 274 var fe = -1;
 275 while (intv < intvSize && (fs == -1 || fe == -1)) {
 276 iv = shiftFrom.get (intv++);
 277 if (fe_s > -1) {
 278 endpos = iv[0];
 279 endindx--;
 280 }if (iv[0] <= iv[1]) {
 281 if (fs == -1 && startpos >= iv[0] && startpos <= iv[1]) {
 282 fs = i;
 283 }if (endpos >= iv[0] && endpos <= iv[1]) {
 284 if (fe_s == -1) {
 285 fe_s = i;
 286 }if (fe_s != -1) {
 287 if (endpos + endindx <= iv[1]) {
 288 fe = i;
 289 endpos = endpos + endindx;
 290 } else {
 291 endindx -= iv[1] - endpos;
 292 }}}} else {
 293 if (fs == -1 && startpos <= iv[0] && startpos >= iv[1]) {
 294 fs = i;
 295 }if (endpos <= iv[0] && endpos >= iv[1]) {
 296 if (fe_s == -1) {
 297 fe_s = i;
 298 }if (fe_s != -1) {
 299 if (endpos - endindx >= iv[1]) {
 300 fe = i;
 301 endpos = endpos - endindx;
 302 } else {
 303 endindx -= endpos - iv[1];
 304 }}}}i++;
 305 }
 306 if (fs == fe && fe == -1) {
 307 return null;
 308 }var ranges =  new java.util.ArrayList ();
 309 if (fs <= fe) {
 310 intv = fs;
 311 i = fs;
 312 iv = shiftFrom.get (intv++);
 313 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[0], iv[1]]);
 314 if (i == fs) {
 315 iv[0] = startpos;
 316 }while (i != fe) {
 317 ranges.add (iv);
 318 iv = shiftFrom.get (intv++);
 319 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[0], iv[1]]);
 320 i++;
 321 }
 322 if (i == fe) {
 323 iv[1] = endpos;
 324 }ranges.add (iv);
 325 } else {
 326 i = shiftFrom.size () - 1;
 327 while (i > fs) {
 328 i--;
 329 }
 330 iv = shiftFrom.get (i);
 331 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[1], iv[0]]);
 332 if (i == fs) {
 333 iv[0] = startpos;
 334 }while (--i != fe) {
 335 ranges.add (iv);
 336 iv = shiftFrom.get (i);
 337 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[1], iv[0]]);
 338 }
 339 if (i == fe) {
 340 iv[1] = endpos;
 341 }ranges.add (iv);
 342 }var range = null;
 343 if (ranges != null && ranges.size () > 0) {
 344 range =  Clazz.newIntArray (ranges.size () * 2, 0);
 345 intv = 0;
 346 intvSize = ranges.size ();
 347 i = 0;
 348 while (intv < intvSize) {
 349 iv = ranges.get (intv);
 350 range[i++] = iv[0];
 351 range[i++] = iv[1];
 352 ranges.set (intv++, null);
 353 }
 354 }return range;
 355 }, "java.util.List,~A,~A,~N");
 356 Clazz.defineMethod (c$, "getToPosition",
 357 function (mpos) {
 358 var mp = this.shiftTo (mpos);
 359 if (mp != null) {
 360 return mp[0];
 361 }return mpos;
 362 }, "~N");
 363 Clazz.defineMethod (c$, "getToWord",
 364 function (mpos) {
 365 var mp = this.shiftTo (mpos);
 366 if (mp != null) {
 367 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.getFromRatio () - 1)]);
 368 }return null;
 369 }, "~N");
 370 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition",
 371 function (pos) {
 372 var mp = this.shiftFrom (pos);
 373 if (mp != null) {
 374 return mp[0];
 375 }return pos;
 376 }, "~N");
 377 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWord",
 378 function (pos) {
 379 var mp = this.shiftFrom (pos);
 380 if (mp != null) {
 381 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.getToRatio () - 1)]);
 382 }return null;
 383 }, "~N");
 384 Clazz.defineMethod (c$, "getInverse",
 385 function () {
 386 return  new jalview.util.MapList (this.getToRanges (), this.getFromRanges (), this.getToRatio (), this.getFromRatio ());
 387 });
 388 Clazz.defineMethod (c$, "containsEither",
 389 function (local, map) {
 390 if (local) {
 391 return ((this.getFromLowest () >= map.getFromLowest () && this.getFromHighest () <= map.getFromHighest ()) || (this.getFromLowest () <= map.getFromLowest () && this.getFromHighest () >= map.getFromHighest ()));
 392 } else {
 393 return ((this.getToLowest () >= map.getToLowest () && this.getToHighest () <= map.getToHighest ()) || (this.getToLowest () <= map.getToLowest () && this.getToHighest () >= map.getToHighest ()));
 394 }}, "~B,jalview.util.MapList");
 395 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 396 function () {
 397 var sb =  new StringBuilder (64);
 398 sb.append ("From (").append (this.fromRatio).append (":").append (this.toRatio).append (") [");
 399 for (var shift, $shift = this.fromShifts.iterator (); $shift.hasNext () && ((shift = $shift.next ()) || true);) {
 400 sb.append (" ").append (java.util.Arrays.toString (shift));
 401 }
 402 sb.append (" ] To [");
 403 for (var shift, $shift = this.toShifts.iterator (); $shift.hasNext () && ((shift = $shift.next ()) || true);) {
 404 sb.append (" ").append (java.util.Arrays.toString (shift));
 405 }
 406 sb.append (" ]");
 407 return sb.toString ();
 408 });
 409 });