site/j2s/jalview/util/MappingUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.MappingUtils", ["jalview.analysis.AlignmentSorter", "jalview.commands.EditCommand", "$.OrderCommand", "jalview.datamodel.AlignmentOrder", "$.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.util.Comparison", "$.StringUtils", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "MappingUtils");\r
   4 c$.mapCutOrPaste = Clazz.defineMethod (c$, "mapCutOrPaste", \r
   5 function (edit, undo, targetSeqs, result, mappings) {\r
   6 var action = edit.getAction ();\r
   7 if (undo) {\r
   8 action = action.getUndoAction ();\r
   9 }System.err.println ("MappingUtils.mapCutOrPaste not yet implemented");\r
  10 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,java.util.List,jalview.commands.EditCommand,java.util.Set");\r
  11 c$.mapEditCommand = Clazz.defineMethod (c$, "mapEditCommand", \r
  12 function (command, undo, mapTo, gapChar, mappings) {\r
  13 if (!mapTo.isNucleotide ()) {\r
  14 return null;\r
  15 }var targetCopies =  new java.util.HashMap ();\r
  16 for (var seq, $seq = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
  17 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
  18 if (ds != null) {\r
  19 var copy =  new jalview.datamodel.Sequence (seq);\r
  20 copy.setDatasetSequence (ds);\r
  21 targetCopies.put (ds, copy);\r
  22 }}\r
  23 var originalSequences = command.priorState (undo);\r
  24 var result =  new jalview.commands.EditCommand ();\r
  25 var edits = command.getEditIterator (!undo);\r
  26 while (edits.hasNext ()) {\r
  27 var edit = edits.next ();\r
  28 if (edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.CUT || edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE) {\r
  29 jalview.util.MappingUtils.mapCutOrPaste (edit, undo, mapTo.getSequences (), result, mappings);\r
  30 } else if (edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP || edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {\r
  31 jalview.util.MappingUtils.mapInsertOrDelete (edit, undo, originalSequences, mapTo.getSequences (), targetCopies, gapChar, result, mappings);\r
  32 }}\r
  33 return result.getSize () > 0 ? result : null;\r
  34 }, "jalview.commands.EditCommand,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,java.util.Set");\r
  35 c$.mapInsertOrDelete = Clazz.defineMethod (c$, "mapInsertOrDelete", \r
  36 function (edit, undo, originalSequences, targetSeqs, targetCopies, gapChar, result, mappings) {\r
  37 var action = edit.getAction ();\r
  38 if (undo) {\r
  39 action = action.getUndoAction ();\r
  40 }var count = edit.getNumber ();\r
  41 var editPos = edit.getPosition ();\r
  42 for (var seq, $seq = 0, $$seq = edit.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
  43 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
  44 if (ds == null) {\r
  45 continue;\r
  46 }var actedOn = originalSequences.get (ds);\r
  47 var seqpos = actedOn.findPosition (editPos);\r
  48 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (seq, seqpos, mappings);\r
  49 if (!sr.isEmpty ()) {\r
  50 for (var targetSeq, $targetSeq = targetSeqs.iterator (); $targetSeq.hasNext () && ((targetSeq = $targetSeq.next ()) || true);) {\r
  51 ds = targetSeq.getDatasetSequence ();\r
  52 if (ds == null) {\r
  53 continue;\r
  54 }var copyTarget = targetCopies.get (ds);\r
  55 var match = sr.getResults (copyTarget, 0, copyTarget.getLength ());\r
  56 if (match != null) {\r
  57 var ratio = 3;\r
  58 var mappedCount = count * 3;\r
  59 var mappedEditPos = action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP ? match[0] - mappedCount : match[0];\r
  60 var e = resultClazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, action,  Clazz.newArray (-1, [targetSeq]), mappedEditPos, mappedCount, gapChar);\r
  61 result.addEdit (e);\r
  62 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {\r
  63 copyTarget.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (copyTarget.getSequence (), mappedEditPos, mappedCount, gapChar)));\r
  64 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {\r
  65 copyTarget.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (copyTarget.getSequence (), mappedEditPos, mappedEditPos + mappedCount)));\r
  66 }}}\r
  67 }if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {\r
  68 actedOn.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (actedOn.getSequence (), editPos, count, gapChar)));\r
  69 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {\r
  70 actedOn.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (actedOn.getSequence (), editPos, editPos + count)));\r
  71 }}\r
  72 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,java.util.Map,java.util.List,java.util.Map,~S,jalview.commands.EditCommand,java.util.Set");\r
  73 c$.buildSearchResults = Clazz.defineMethod (c$, "buildSearchResults", \r
  74 function (seq, index, seqmappings) {\r
  75 var results =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
  76 jalview.util.MappingUtils.addSearchResults (results, seq, index, seqmappings);\r
  77 return results;\r
  78 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");\r
  79 c$.addSearchResults = Clazz.defineMethod (c$, "addSearchResults", \r
  80 function (results, seq, index, seqmappings) {\r
  81 if (index >= seq.getStart () && index <= seq.getEnd ()) {\r
  82 for (var acf, $acf = seqmappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
  83 acf.markMappedRegion (seq, index, results);\r
  84 }\r
  85 }}, "jalview.datamodel.SearchResults,jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");\r
  86 c$.mapSequenceGroup = Clazz.defineMethod (c$, "mapSequenceGroup", \r
  87 function (sg, mapFrom, mapTo) {\r
  88 var targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide ();\r
  89 var protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;\r
  90 var codonFrames = protein.getAlignment ().getCodonFrames ();\r
  91 var mappedGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);\r
  92 mappedGroup.cs = mapTo.getGlobalColourScheme ();\r
  93 mappedGroup.clear ();\r
  94 var minStartCol = -1;\r
  95 var maxEndCol = -1;\r
  96 var selectionStartRes = sg.getStartRes ();\r
  97 var selectionEndRes = sg.getEndRes ();\r
  98 for (var selected, $selected = sg.getSequences ().iterator (); $selected.hasNext () && ((selected = $selected.next ()) || true);) {\r
  99 var firstUngappedPos = selectionStartRes;\r
 100 while (firstUngappedPos <= selectionEndRes && jalview.util.Comparison.isGap (selected.getCharAt (firstUngappedPos))) {\r
 101 firstUngappedPos++;\r
 102 }\r
 103 if (firstUngappedPos > selectionEndRes) {\r
 104 continue;\r
 105 }var lastUngappedPos = selectionEndRes;\r
 106 while (lastUngappedPos >= selectionStartRes && jalview.util.Comparison.isGap (selected.getCharAt (lastUngappedPos))) {\r
 107 lastUngappedPos--;\r
 108 }\r
 109 var startResiduePos = selected.findPosition (firstUngappedPos);\r
 110 var endResiduePos = selected.findPosition (lastUngappedPos);\r
 111 for (var acf, $acf = codonFrames.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 112 var mappedSequence = targetIsNucleotide ? acf.getDnaForAaSeq (selected) : acf.getAaForDnaSeq (selected);\r
 113 if (mappedSequence != null) {\r
 114 for (var seq, $seq = mapTo.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 115 var mappedStartResidue = 0;\r
 116 var mappedEndResidue = 0;\r
 117 if (seq.getDatasetSequence () === mappedSequence) {\r
 118 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (selected, startResiduePos, java.util.Collections.singleton (acf));\r
 119 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
 120 mappedStartResidue = m.getStart ();\r
 121 mappedEndResidue = m.getEnd ();\r
 122 }\r
 123 sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (selected, endResiduePos, java.util.Collections.singleton (acf));\r
 124 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
 125 mappedStartResidue = Math.min (mappedStartResidue, m.getStart ());\r
 126 mappedEndResidue = Math.max (mappedEndResidue, m.getEnd ());\r
 127 }\r
 128 var mappedStartCol = seq.findIndex (mappedStartResidue) - 1;\r
 129 minStartCol = minStartCol == -1 ? mappedStartCol : Math.min (minStartCol, mappedStartCol);\r
 130 var mappedEndCol = seq.findIndex (mappedEndResidue) - 1;\r
 131 maxEndCol = maxEndCol == -1 ? mappedEndCol : Math.max (maxEndCol, mappedEndCol);\r
 132 mappedGroup.addSequence (seq, false);\r
 133 break;\r
 134 }}\r
 135 }}\r
 136 }\r
 137 mappedGroup.setStartRes (minStartCol < 0 ? 0 : minStartCol);\r
 138 mappedGroup.setEndRes (maxEndCol < 0 ? 0 : maxEndCol);\r
 139 return mappedGroup;\r
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignViewportI");\r
 141 c$.mapOrderCommand = Clazz.defineMethod (c$, "mapOrderCommand", \r
 142 function (command, undo, mapTo, mappings) {\r
 143 var sortOrder = command.getSequenceOrder (undo);\r
 144 var mappedOrder =  new java.util.ArrayList ();\r
 145 var j = 0;\r
 146 var mappingToNucleotide = mapTo.isNucleotide ();\r
 147 for (var seq, $seq = 0, $$seq = sortOrder; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
 148 for (var acf, $acf = mappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 149 var mappedSeq = mappingToNucleotide ? acf.getDnaForAaSeq (seq) : acf.getAaForDnaSeq (seq);\r
 150 if (mappedSeq != null) {\r
 151 for (var seq2, $seq2 = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq2.hasNext () && ((seq2 = $seq2.next ()) || true);) {\r
 152 if (seq2.getDatasetSequence () === mappedSeq) {\r
 153 mappedOrder.add (seq2);\r
 154 j++;\r
 155 break;\r
 156 }}\r
 157 }}\r
 158 }\r
 159 if (j == 0) {\r
 160 return null;\r
 161 }if (j < mapTo.getHeight ()) {\r
 162 for (var seq, $seq = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 163 if (!mappedOrder.contains (seq)) {\r
 164 mappedOrder.add (seq);\r
 165 }}\r
 166 }var mappedOrderArray = mappedOrder.toArray ( new Array (mappedOrder.size ()));\r
 167 var oldOrder = mapTo.getSequencesArray ();\r
 168 jalview.analysis.AlignmentSorter.sortBy (mapTo,  new jalview.datamodel.AlignmentOrder (mappedOrderArray));\r
 169 var result =  new jalview.commands.OrderCommand (command.getDescription (), oldOrder, mapTo);\r
 170 return result;\r
 171 }, "jalview.commands.OrderCommand,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set");\r
 172 c$.mapColumnSelection = Clazz.defineMethod (c$, "mapColumnSelection", \r
 173 function (colsel, mapFrom, mapTo) {\r
 174 var targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide ();\r
 175 var protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;\r
 176 var codonFrames = protein.getAlignment ().getCodonFrames ();\r
 177 var mappedColumns =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 178 if (colsel == null) {\r
 179 return mappedColumns;\r
 180 }var fromGapChar = mapFrom.getAlignment ().getGapCharacter ();\r
 181 for (var obj, $obj = colsel.getSelected ().iterator (); $obj.hasNext () && ((obj = $obj.next ()) || true);) {\r
 182 var col = (obj).intValue ();\r
 183 var mappedToMin = 2147483647;\r
 184 var mappedToMax = -2147483648;\r
 185 for (var fromSeq, $fromSeq = mapFrom.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $fromSeq.hasNext () && ((fromSeq = $fromSeq.next ()) || true);) {\r
 186 if (fromSeq.getCharAt (col) == fromGapChar) {\r
 187 continue;\r
 188 }var residuePos = fromSeq.findPosition (col);\r
 189 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (fromSeq, residuePos, codonFrames);\r
 190 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
 191 var mappedStartResidue = m.getStart ();\r
 192 var mappedEndResidue = m.getEnd ();\r
 193 var mappedSeq = m.getSequence ();\r
 194 for (var toSeq, $toSeq = mapTo.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $toSeq.hasNext () && ((toSeq = $toSeq.next ()) || true);) {\r
 195 if (toSeq.getDatasetSequence () === mappedSeq) {\r
 196 var mappedStartCol = toSeq.findIndex (mappedStartResidue);\r
 197 var mappedEndCol = toSeq.findIndex (mappedEndResidue);\r
 198 mappedToMin = Math.min (mappedToMin, mappedStartCol);\r
 199 mappedToMax = Math.max (mappedToMax, mappedEndCol);\r
 200 break;\r
 201 }}\r
 202 }\r
 203 }\r
 204 for (var i = mappedToMin; i <= mappedToMax; i++) {\r
 205 mappedColumns.addElement (i - 1);\r
 206 }\r
 207 }\r
 208 return mappedColumns;\r
 209 }, "jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignViewportI");\r
 210 c$.findCodonFor = Clazz.defineMethod (c$, "findCodonFor", \r
 211 function (seq, col, mappings) {\r
 212 var dsPos = seq.findPosition (col);\r
 213 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {\r
 214 if (mapping.involvesSequence (seq)) {\r
 215 return mapping.getMappedCodon (seq.getDatasetSequence (), dsPos);\r
 216 }}\r
 217 return null;\r
 218 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");\r
 219 c$.flattenRanges = Clazz.defineMethod (c$, "flattenRanges", \r
 220 function (ranges) {\r
 221 var count = 0;\r
 222 for (var i = 0; i < ranges.length - 1; i += 2) {\r
 223 count += ranges[i + 1] - ranges[i] + 1;\r
 224 }\r
 225 var result =  Clazz.newIntArray (count, 0);\r
 226 var k = 0;\r
 227 for (var i = 0; i < ranges.length - 1; i += 2) {\r
 228 for (var j = ranges[i]; j <= ranges[i + 1]; j++) {\r
 229 result[k++] = j;\r
 230 }\r
 231 }\r
 232 return result;\r
 233 }, "~A");\r
 234 c$.findMappingsForSequence = Clazz.defineMethod (c$, "findMappingsForSequence", \r
 235 function (sequence, mappings) {\r
 236 var result =  new java.util.ArrayList ();\r
 237 if (sequence == null || mappings == null) {\r
 238 return result;\r
 239 }for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {\r
 240 if (mapping.involvesSequence (sequence)) {\r
 241 result.add (mapping);\r
 242 }}\r
 243 return result;\r
 244 }, "jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Set");\r
 245 });\r