site/j2s/jalview/util/QuickSort.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.QuickSort", ["java.lang.Float", "java.util.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "QuickSort");\r
   4 c$.sortInt = Clazz.defineMethod (c$, "sortInt", \r
   5 function (arr, s) {\r
   6 jalview.util.QuickSort.sortInt (arr, 0, arr.length - 1, s);\r
   7 }, "~A,~A");\r
   8 c$.sortFloatObject = Clazz.defineMethod (c$, "sortFloatObject", \r
   9 function (arr, s) {\r
  10 jalview.util.QuickSort.sortFloat (arr, 0, arr.length - 1, s);\r
  11 }, "~A,~A");\r
  12 c$.sortDouble = Clazz.defineMethod (c$, "sortDouble", \r
  13 function (arr, s) {\r
  14 jalview.util.QuickSort.sortDouble (arr, 0, arr.length - 1, s);\r
  15 }, "~A,~A");\r
  16 c$.sort = Clazz.defineMethod (c$, "sort", \r
  17 function (arr, s) {\r
  18 jalview.util.QuickSort.stringSort (arr, 0, arr.length - 1, s);\r
  19 }, "~A,~A");\r
  20 c$.stringSort = Clazz.defineMethod (c$, "stringSort", \r
  21  function (arr, p, r, s) {\r
  22 var q;\r
  23 if (p < r) {\r
  24 q = jalview.util.QuickSort.stringPartition (arr, p, r, s);\r
  25 jalview.util.QuickSort.stringSort (arr, p, q, s);\r
  26 jalview.util.QuickSort.stringSort (arr, q + 1, r, s);\r
  27 }}, "~A,~N,~N,~A");\r
  28 c$.sortFloat = Clazz.defineMethod (c$, "sortFloat", \r
  29  function (arr, p, r, s) {\r
  30 var q;\r
  31 if (p < r) {\r
  32 q = jalview.util.QuickSort.partitionFloat (arr, p, r, s);\r
  33 jalview.util.QuickSort.sortFloat (arr, p, q, s);\r
  34 jalview.util.QuickSort.sortFloat (arr, q + 1, r, s);\r
  35 }}, "~A,~N,~N,~A");\r
  36 c$.sortInt = Clazz.defineMethod (c$, "sortInt", \r
  37  function (arr, p, r, s) {\r
  38 var q;\r
  39 if (p < r) {\r
  40 q = jalview.util.QuickSort.partitionInt (arr, p, r, s);\r
  41 jalview.util.QuickSort.sortInt (arr, p, q, s);\r
  42 jalview.util.QuickSort.sortInt (arr, q + 1, r, s);\r
  43 }}, "~A,~N,~N,~A");\r
  44 c$.partitionFloat = Clazz.defineMethod (c$, "partitionFloat", \r
  45  function (arr, p, r, s) {\r
  46 var x = arr[p];\r
  47 var i = p - 1;\r
  48 var j = r + 1;\r
  49 while (true) {\r
  50 do {\r
  51 j = j - 1;\r
  52 } while (arr[j] > x);\r
  53 do {\r
  54 i = i + 1;\r
  55 } while (arr[i] < x);\r
  56 if (i < j) {\r
  57 var tmp = arr[i];\r
  58 arr[i] = arr[j];\r
  59 arr[j] = tmp;\r
  60 var tmp2 = s[i];\r
  61 s[i] = s[j];\r
  62 s[j] = tmp2;\r
  63 } else {\r
  64 return j;\r
  65 }}\r
  66 }, "~A,~N,~N,~A");\r
  67 c$.partitionInt = Clazz.defineMethod (c$, "partitionInt", \r
  68  function (arr, p, r, s) {\r
  69 var x = arr[p];\r
  70 var i = p - 1;\r
  71 var j = r + 1;\r
  72 while (true) {\r
  73 do {\r
  74 j = j - 1;\r
  75 } while (arr[j] > x);\r
  76 do {\r
  77 i = i + 1;\r
  78 } while (arr[i] < x);\r
  79 if (i < j) {\r
  80 var tmp = arr[i];\r
  81 arr[i] = arr[j];\r
  82 arr[j] = tmp;\r
  83 var tmp2 = s[i];\r
  84 s[i] = s[j];\r
  85 s[j] = tmp2;\r
  86 } else {\r
  87 return j;\r
  88 }}\r
  89 }, "~A,~N,~N,~A");\r
  90 c$.stringPartition = Clazz.defineMethod (c$, "stringPartition", \r
  91  function (arr, p, r, s) {\r
  92 var x = arr[p];\r
  93 var i = p - 1;\r
  94 var j = r + 1;\r
  95 while (true) {\r
  96 do {\r
  97 j = j - 1;\r
  98 } while (arr[j].compareTo (x) < 0);\r
  99 do {\r
 100 i = i + 1;\r
 101 } while (arr[i].compareTo (x) > 0);\r
 102 if (i < j) {\r
 103 var tmp = arr[i];\r
 104 arr[i] = arr[j];\r
 105 arr[j] = tmp;\r
 106 var tmp2 = s[i];\r
 107 s[i] = s[j];\r
 108 s[j] = tmp2;\r
 109 } else {\r
 110 return j;\r
 111 }}\r
 112 }, "~A,~N,~N,~A");\r
 113 c$.sortFloatChar = Clazz.defineMethod (c$, "sortFloatChar", \r
 114 function (arr, s) {\r
 115 var f1 =  Clazz.newFloatArray (arr.length, 0);\r
 116 var s1 =  Clazz.newCharArray (s.length, '\0');\r
 117 var nextZeroValue = 0;\r
 118 var nextNonZeroValue = arr.length - 1;\r
 119 for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
 120 var val = arr[i];\r
 121 if (val > 0) {\r
 122 f1[nextNonZeroValue] = val;\r
 123 s1[nextNonZeroValue] = s[i];\r
 124 nextNonZeroValue--;\r
 125 } else {\r
 126 f1[nextZeroValue] = val;\r
 127 s1[nextZeroValue] = s[i];\r
 128 nextZeroValue++;\r
 129 }}\r
 130 System.arraycopy (f1, 0, arr, 0, nextZeroValue);\r
 131 System.arraycopy (s1, 0, s, 0, nextZeroValue);\r
 132 if (nextZeroValue == arr.length) {\r
 133 return;\r
 134 }var nonZeroFloats = java.util.Arrays.copyOfRange (f1, nextZeroValue, f1.length);\r
 135 var nonZeroChars = java.util.Arrays.copyOfRange (s1, nextZeroValue, s1.length);\r
 136 jalview.util.QuickSort.externalSortFloat (nonZeroFloats, nonZeroChars);\r
 137 System.arraycopy (nonZeroFloats, 0, arr, nextZeroValue, nonZeroFloats.length);\r
 138 System.arraycopy (nonZeroChars, 0, s, nextZeroValue, nonZeroChars.length);\r
 139 }, "~A,~A");\r
 140 c$.externalSortFloat = Clazz.defineMethod (c$, "externalSortFloat", \r
 141  function (arr, s) {\r
 142 var length = arr.length;\r
 143 var indices = jalview.util.QuickSort.makeIndexArray (length);\r
 144 java.util.Arrays.sort (indices,  new jalview.util.QuickSort.FloatComparator (arr));\r
 145 var sortedFloats =  Clazz.newFloatArray (length, 0);\r
 146 var sortedChars =  Clazz.newCharArray (s.length, '\0');\r
 147 for (var i = 0; i < length; i++) {\r
 148 sortedFloats[i] = arr[indices[i]];\r
 149 sortedChars[i] = s[indices[i]];\r
 150 }\r
 151 System.arraycopy (sortedFloats, 0, arr, 0, length);\r
 152 System.arraycopy (sortedChars, 0, s, 0, s.length);\r
 153 }, "~A,~A");\r
 154 c$.makeIndexArray = Clazz.defineMethod (c$, "makeIndexArray", \r
 155  function (length) {\r
 156 var indices =  new Array (length);\r
 157 for (var i = 0; i < length; i++) {\r
 158 indices[i] = new Integer (i);\r
 159 }\r
 160 return indices;\r
 161 }, "~N");\r
 162 c$.sortIntChar = Clazz.defineMethod (c$, "sortIntChar", \r
 163 function (arr, s) {\r
 164 var f1 =  Clazz.newIntArray (arr.length, 0);\r
 165 var s1 =  Clazz.newCharArray (s.length, '\0');\r
 166 var nextZeroValue = 0;\r
 167 var nextNonZeroValue = arr.length - 1;\r
 168 for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
 169 var val = arr[i];\r
 170 if (val > 0) {\r
 171 f1[nextNonZeroValue] = val;\r
 172 s1[nextNonZeroValue] = s[i];\r
 173 nextNonZeroValue--;\r
 174 } else {\r
 175 f1[nextZeroValue] = val;\r
 176 s1[nextZeroValue] = s[i];\r
 177 nextZeroValue++;\r
 178 }}\r
 179 System.arraycopy (f1, 0, arr, 0, nextZeroValue);\r
 180 System.arraycopy (s1, 0, s, 0, nextZeroValue);\r
 181 if (nextZeroValue == arr.length) {\r
 182 return;\r
 183 }var nonZeroInts = java.util.Arrays.copyOfRange (f1, nextZeroValue, f1.length);\r
 184 var nonZeroChars = java.util.Arrays.copyOfRange (s1, nextZeroValue, s1.length);\r
 185 jalview.util.QuickSort.externalSortInt (nonZeroInts, nonZeroChars);\r
 186 System.arraycopy (nonZeroInts, 0, arr, nextZeroValue, nonZeroInts.length);\r
 187 System.arraycopy (nonZeroChars, 0, s, nextZeroValue, nonZeroChars.length);\r
 188 }, "~A,~A");\r
 189 c$.externalSortInt = Clazz.defineMethod (c$, "externalSortInt", \r
 190  function (arr, s) {\r
 191 var length = arr.length;\r
 192 var indices = jalview.util.QuickSort.makeIndexArray (length);\r
 193 java.util.Arrays.sort (indices,  new jalview.util.QuickSort.IntComparator (arr));\r
 194 var sortedInts =  Clazz.newIntArray (length, 0);\r
 195 var sortedChars =  Clazz.newCharArray (s.length, '\0');\r
 196 for (var i = 0; i < length; i++) {\r
 197 sortedInts[i] = arr[indices[i]];\r
 198 sortedChars[i] = s[indices[i]];\r
 199 }\r
 200 System.arraycopy (sortedInts, 0, arr, 0, length);\r
 201 System.arraycopy (sortedChars, 0, s, 0, s.length);\r
 202 }, "~A,~A");\r
 203 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 204 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 205 this.values = null;\r
 206 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 207 }, jalview.util.QuickSort, "FloatComparator", null, java.util.Comparator);\r
 208 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 209 function (a) {\r
 210 this.values = a;\r
 211 }, "~A");\r
 212 Clazz.overrideMethod (c$, "compare", \r
 213 function (a, b) {\r
 214 return Float.compare (this.values[a.intValue ()], this.values[b]);\r
 215 }, "Integer,Integer");\r
 216 c$ = Clazz.p0p ();\r
 217 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 218 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 219 this.values = null;\r
 220 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 221 }, jalview.util.QuickSort, "IntComparator", null, java.util.Comparator);\r
 222 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 223 function (a) {\r
 224 this.values = a;\r
 225 }, "~A");\r
 226 Clazz.overrideMethod (c$, "compare", \r
 227 function (a, b) {\r
 228 return Integer.compare (this.values[a], this.values[b]);\r
 229 }, "Integer,Integer");\r
 230 c$ = Clazz.p0p ();\r
 231 });\r