site/j2s/jalview/util/ShiftList.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.ShiftList", ["java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.shifts = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.util, "ShiftList");
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function () {
   9 this.shifts =  new java.util.ArrayList ();
  10 });
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addShift",
  12 function (pos, shift) {
  13 {
  14 var sidx = 0;
  15 var rshift = null;
  16 while (sidx < this.shifts.size () && (rshift = this.shifts.get (sidx))[0] < pos) {
  17 sidx++;
  18 }
  19 if (sidx == this.shifts.size ()) {
  20 this.shifts.add (sidx,  Clazz.newIntArray (-1, [pos, shift]));
  21 } else {
  22 rshift[1] += shift;
  23 }}}, "~N,~N");
  24 Clazz.defineMethod (c$, "shift",
  25 function (pos) {
  26 if (this.shifts.size () == 0) {
  27 return pos;
  28 }var shifted = pos;
  29 var sidx = 0;
  30 var rshift;
  31 while (sidx < this.shifts.size () && (rshift = (this.shifts.get (sidx++)))[0] <= pos) {
  32 shifted += rshift[1];
  33 }
  34 return shifted;
  35 }, "~N");
  36 Clazz.defineMethod (c$, "clear",
  37 function () {
  38 this.shifts.clear ();
  39 });
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getInverse",
  41 function () {
  42 var inverse =  new jalview.util.ShiftList ();
  43 {
  44 if (this.shifts != null) {
  45 for (var sh, $sh = this.shifts.iterator (); $sh.hasNext () && ((sh = $sh.next ()) || true);) {
  46 if (sh != null) {
  47 inverse.shifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [sh[0], -sh[1]]));
  48 }}
  49 }}return inverse;
  50 });
  51 c$.parseMap = Clazz.defineMethod (c$, "parseMap",
  52 function (gapMap) {
  53 var shiftList = null;
  54 if (gapMap != null && gapMap.length > 0) {
  55 shiftList =  new jalview.util.ShiftList ();
  56 for (var i = 0, p = 0; i < gapMap.length; p++, i++) {
  57 if (p != gapMap[i]) {
  58 shiftList.addShift (p, gapMap[i] - p);
  59 p = gapMap[i];
  60 }}
  61 }return shiftList;
  62 }, "~A");
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getShifts",
  64 function () {
  65 return this.shifts;
  66 });
  67 });