site/j2s/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignViewportI", "jalview.structure.CommandListener", "$.VamsasSource", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "jalview.viewmodel.styles.ViewStyle", "jalview.workers.AlignCalcManager", "java.beans.PropertyChangeSupport", "java.util.ArrayDeque", "$.HashMap"], "jalview.viewmodel.AlignmentViewport", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.AlignmentView", "$.CigarArray", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.Blosum62ColourScheme", "$.PIDColourScheme", "$.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.MappingUtils", "jalview.workers.ComplementConsensusThread", "$.ConsensusThread", "$.ConservationThread", "$.StrucConsensusThread", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList", "$.BitSet", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.viewStyle = null;
   5 this.codingComplement = null;
   6 this.featuresDisplayed = null;
   7 this.historyList = null;
   8 this.redoList = null;
   9 this.alignment = null;
  10 this.sequenceSetID = null;
  11 this.$isDataset = false;
  12 this.hiddenRepSequences = null;
  13 this.colSel = null;
  14 this.autoCalculateConsensus = true;
  15 this.autoCalculateStrucConsensus = true;
  16 this.ignoreGapsInConsensusCalculation = false;
  17 this.globalColourScheme = null;
  18 this.consensus = null;
  19 this.complementConsensus = null;
  20 this.strucConsensus = null;
  21 this.conservation = null;
  22 this.quality = null;
  23 this.groupConsensus = null;
  24 this.groupConservation = null;
  25 this.hconsensus = null;
  26 this.hcomplementConsensus = null;
  27 this.hStrucConsensus = null;
  28 this.hconservation = null;
  29 this.ConsPercGaps = 25;
  30 this.calculator = null;
  31 this.showGroupConservation = false;
  32 this.showGroupConsensus = false;
  33 this.showSequenceLogo = false;
  34 this.normaliseSequenceLogo = false;
  35 this.showConsensusHistogram = true;
  36 this.padGaps = false;
  37 this.sortByTree = false;
  38 this.selectionGroup = null;
  39 this.viewId = null;
  40 this.sgrouphash = -1;
  41 this.colselhash = -1;
  42 this.changeSupport = null;
  43 this.showConservation = true;
  44 this.showQuality = true;
  45 this.showConsensus = true;
  46 this.sequenceColours = null;
  47 this.sortAnnotationsBy = null;
  48 this.showAutocalculatedAbove = false;
  49 this.followHighlight = true;
  50 this.startRes = 0;
  51 this.endRes = 0;
  52 this.startSeq = 0;
  53 this.endSeq = 0;
  54 Clazz.instantialize (this, arguments);
  55 }, jalview.viewmodel, "AlignmentViewport", null, [jalview.api.AlignViewportI, jalview.structure.CommandListener, jalview.structure.VamsasSource]);
  56 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  57 this.viewStyle =  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle ();
  58 this.historyList =  new java.util.ArrayDeque ();
  59 this.redoList =  new java.util.ArrayDeque ();
  60 this.colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
  61 this.calculator =  new jalview.workers.AlignCalcManager ();
  62 this.changeSupport =  new java.beans.PropertyChangeSupport (this);
  63 this.sequenceColours =  new java.util.HashMap ();
  64 });
  65 Clazz.defineMethod (c$, "setFontName",
  66 function (name) {
  67 this.viewStyle.setFontName (name);
  68 }, "~S");
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setFontStyle",
  70 function (style) {
  71 this.viewStyle.setFontStyle (style);
  72 }, "~N");
  73 Clazz.defineMethod (c$, "setFontSize",
  74 function (size) {
  75 this.viewStyle.setFontSize (size);
  76 }, "~N");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "getFontStyle",
  78 function () {
  79 return this.viewStyle.getFontStyle ();
  80 });
  81 Clazz.defineMethod (c$, "getFontName",
  82 function () {
  83 return this.viewStyle.getFontName ();
  84 });
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getFontSize",
  86 function () {
  87 return this.viewStyle.getFontSize ();
  88 });
  89 Clazz.defineMethod (c$, "setUpperCasebold",
  90 function (upperCasebold) {
  91 this.viewStyle.setUpperCasebold (upperCasebold);
  92 }, "~B");
  93 Clazz.defineMethod (c$, "isUpperCasebold",
  94 function () {
  95 return this.viewStyle.isUpperCasebold ();
  96 });
  97 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqNameItalics",
  98 function () {
  99 return this.viewStyle.isSeqNameItalics ();
 100 });
 101 Clazz.defineMethod (c$, "setColourByReferenceSeq",
 102 function (colourByReferenceSeq) {
 103 this.viewStyle.setColourByReferenceSeq (colourByReferenceSeq);
 104 }, "~B");
 105 Clazz.defineMethod (c$, "setColourAppliesToAllGroups",
 106 function (b) {
 107 this.viewStyle.setColourAppliesToAllGroups (b);
 108 }, "~B");
 109 Clazz.defineMethod (c$, "getColourAppliesToAllGroups",
 110 function () {
 111 return this.viewStyle.getColourAppliesToAllGroups ();
 112 });
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getAbovePIDThreshold",
 114 function () {
 115 return this.viewStyle.getAbovePIDThreshold ();
 116 });
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setIncrement",
 118 function (inc) {
 119 this.viewStyle.setIncrement (inc);
 120 }, "~N");
 121 Clazz.defineMethod (c$, "getIncrement",
 122 function () {
 123 return this.viewStyle.getIncrement ();
 124 });
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationSelected",
 126 function (b) {
 127 this.viewStyle.setConservationSelected (b);
 128 }, "~B");
 129 Clazz.defineMethod (c$, "setShowHiddenMarkers",
 130 function (show) {
 131 this.viewStyle.setShowHiddenMarkers (show);
 132 }, "~B");
 133 Clazz.defineMethod (c$, "getShowHiddenMarkers",
 134 function () {
 135 return this.viewStyle.getShowHiddenMarkers ();
 136 });
 137 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleRightWrapped",
 138 function (b) {
 139 this.viewStyle.setScaleRightWrapped (b);
 140 }, "~B");
 141 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleLeftWrapped",
 142 function (b) {
 143 this.viewStyle.setScaleLeftWrapped (b);
 144 }, "~B");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleAboveWrapped",
 146 function (b) {
 147 this.viewStyle.setScaleAboveWrapped (b);
 148 }, "~B");
 149 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleLeftWrapped",
 150 function () {
 151 return this.viewStyle.getScaleLeftWrapped ();
 152 });
 153 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleAboveWrapped",
 154 function () {
 155 return this.viewStyle.getScaleAboveWrapped ();
 156 });
 157 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleRightWrapped",
 158 function () {
 159 return this.viewStyle.getScaleRightWrapped ();
 160 });
 161 Clazz.defineMethod (c$, "setAbovePIDThreshold",
 162 function (b) {
 163 this.viewStyle.setAbovePIDThreshold (b);
 164 }, "~B");
 165 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold",
 166 function (thresh) {
 167 this.viewStyle.setThreshold (thresh);
 168 }, "~N");
 169 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold",
 170 function () {
 171 return this.viewStyle.getThreshold ();
 172 });
 173 Clazz.defineMethod (c$, "getShowJVSuffix",
 174 function () {
 175 return this.viewStyle.getShowJVSuffix ();
 176 });
 177 Clazz.defineMethod (c$, "setShowJVSuffix",
 178 function (b) {
 179 this.viewStyle.setShowJVSuffix (b);
 180 }, "~B");
 181 Clazz.defineMethod (c$, "setWrapAlignment",
 182 function (state) {
 183 this.viewStyle.setWrapAlignment (state);
 184 }, "~B");
 185 Clazz.defineMethod (c$, "setShowText",
 186 function (state) {
 187 this.viewStyle.setShowText (state);
 188 }, "~B");
 189 Clazz.defineMethod (c$, "setRenderGaps",
 190 function (state) {
 191 this.viewStyle.setRenderGaps (state);
 192 }, "~B");
 193 Clazz.defineMethod (c$, "getColourText",
 194 function () {
 195 return this.viewStyle.getColourText ();
 196 });
 197 Clazz.defineMethod (c$, "setColourText",
 198 function (state) {
 199 this.viewStyle.setColourText (state);
 200 }, "~B");
 201 Clazz.defineMethod (c$, "getWrapAlignment",
 202 function () {
 203 return this.viewStyle.getWrapAlignment ();
 204 });
 205 Clazz.defineMethod (c$, "getShowText",
 206 function () {
 207 return this.viewStyle.getShowText ();
 208 });
 209 Clazz.defineMethod (c$, "getWrappedWidth",
 210 function () {
 211 return this.viewStyle.getWrappedWidth ();
 212 });
 213 Clazz.defineMethod (c$, "setWrappedWidth",
 214 function (w) {
 215 this.viewStyle.setWrappedWidth (w);
 216 }, "~N");
 217 Clazz.defineMethod (c$, "getCharHeight",
 218 function () {
 219 return this.viewStyle.getCharHeight ();
 220 });
 221 Clazz.defineMethod (c$, "setCharHeight",
 222 function (h) {
 223 this.viewStyle.setCharHeight (h);
 224 }, "~N");
 225 Clazz.defineMethod (c$, "getCharWidth",
 226 function () {
 227 return this.viewStyle.getCharWidth ();
 228 });
 229 Clazz.defineMethod (c$, "setCharWidth",
 230 function (w) {
 231 this.viewStyle.setCharWidth (w);
 232 }, "~N");
 233 Clazz.defineMethod (c$, "getShowBoxes",
 234 function () {
 235 return this.viewStyle.getShowBoxes ();
 236 });
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getShowUnconserved",
 238 function () {
 239 return this.viewStyle.getShowUnconserved ();
 240 });
 241 Clazz.defineMethod (c$, "setShowUnconserved",
 242 function (showunconserved) {
 243 this.viewStyle.setShowUnconserved (showunconserved);
 244 }, "~B");
 245 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqNameItalics",
 246 function (default1) {
 247 this.viewStyle.setSeqNameItalics (default1);
 248 }, "~B");
 249 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment",
 250 function () {
 251 return this.alignment;
 252 });
 253 Clazz.overrideMethod (c$, "getGapCharacter",
 254 function () {
 255 return this.alignment.getGapCharacter ();
 256 });
 257 Clazz.defineMethod (c$, "setDataset",
 258 function (b) {
 259 this.$isDataset = b;
 260 }, "~B");
 261 Clazz.defineMethod (c$, "isDataset",
 262 function () {
 263 return this.$isDataset;
 264 });
 265 Clazz.overrideMethod (c$, "setGlobalColourScheme",
 266 function (cs) {
 267 this.globalColourScheme = cs;
 268 var recalc = false;
 269 if (cs != null) {
 270 cs.setConservationApplied (recalc = this.getConservationSelected ());
 271 if (this.getAbovePIDThreshold () || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.PIDColourScheme) || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.Blosum62ColourScheme)) {
 272 recalc = true;
 273 cs.setThreshold (this.viewStyle.getThreshold (), this.ignoreGapsInConsensusCalculation);
 274 } else {
 275 cs.setThreshold (0, this.ignoreGapsInConsensusCalculation);
 276 }if (recalc) {
 277 cs.setConsensus (this.hconsensus);
 278 cs.setConservation (this.hconservation);
 279 }cs.alignmentChanged (this.alignment, this.hiddenRepSequences);
 280 }if (this.getColourAppliesToAllGroups ()) {
 281 for (var sg, $sg = this.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 282 if (cs == null) {
 283 sg.cs = null;
 284 continue;
 285 }sg.cs = cs.applyTo (sg, this.getHiddenRepSequences ());
 286 sg.setConsPercGaps (this.ConsPercGaps);
 287 if (this.getAbovePIDThreshold () || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.PIDColourScheme) || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.Blosum62ColourScheme)) {
 288 sg.cs.setThreshold (this.viewStyle.getThreshold (), this.isIgnoreGapsConsensus ());
 289 recalc = true;
 290 } else {
 291 sg.cs.setThreshold (0, this.isIgnoreGapsConsensus ());
 292 }if (this.getConservationSelected ()) {
 293 sg.cs.setConservationApplied (true);
 294 recalc = true;
 295 } else {
 296 sg.cs.setConservation (null);
 297 }if (recalc) {
 298 sg.recalcConservation ();
 299 } else {
 300 sg.cs.alignmentChanged (sg, this.hiddenRepSequences);
 301 }}
 302 }}, "jalview.schemes.ColourSchemeI");
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "getGlobalColourScheme",
 304 function () {
 305 return this.globalColourScheme;
 306 });
 307 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservation",
 308 function (cons) {
 309 this.hconservation = cons;
 310 }, "jalview.analysis.Conservation");
 311 Clazz.overrideMethod (c$, "getConsPercGaps",
 312 function () {
 313 return this.ConsPercGaps;
 314 });
 315 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceConsensusHash",
 316 function (hconsensus) {
 317 this.hconsensus = hconsensus;
 318 }, "~A");
 319 Clazz.overrideMethod (c$, "setComplementConsensusHash",
 320 function (hconsensus) {
 321 this.hcomplementConsensus = hconsensus;
 322 }, "~A");
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceConsensusHash",
 324 function () {
 325 return this.hconsensus;
 326 });
 327 Clazz.overrideMethod (c$, "getComplementConsensusHash",
 328 function () {
 329 return this.hcomplementConsensus;
 330 });
 331 Clazz.overrideMethod (c$, "getRnaStructureConsensusHash",
 332 function () {
 333 return this.hStrucConsensus;
 334 });
 335 Clazz.overrideMethod (c$, "setRnaStructureConsensusHash",
 336 function (hStrucConsensus) {
 337 this.hStrucConsensus = hStrucConsensus;
 338 }, "~A");
 339 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentQualityAnnot",
 340 function () {
 341 return this.quality;
 342 });
 343 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentConservationAnnotation",
 344 function () {
 345 return this.conservation;
 346 });
 347 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentConsensusAnnotation",
 348 function () {
 349 return this.consensus;
 350 });
 351 Clazz.overrideMethod (c$, "getComplementConsensusAnnotation",
 352 function () {
 353 return this.complementConsensus;
 354 });
 355 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentStrucConsensusAnnotation",
 356 function () {
 357 return this.strucConsensus;
 358 });
 359 Clazz.defineMethod (c$, "updateConservation",
 360 function (ap) {
 361 if (this.alignment.isNucleotide () || this.conservation == null || !this.autoCalculateConsensus) {
 362 return;
 363 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ConservationThread) == null) {
 364 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ConservationThread (this, ap));
 365 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
 366 Clazz.defineMethod (c$, "updateConsensus",
 367 function (ap) {
 368 if (this.consensus == null || !this.autoCalculateConsensus) {
 369 return;
 370 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ConsensusThread) == null) {
 371 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ConsensusThread (this, ap));
 372 }var al = this.getAlignment ();
 373 if (!al.isNucleotide () && al.getCodonFrames () != null && !al.getCodonFrames ().isEmpty ()) {
 374 if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ComplementConsensusThread) == null) {
 375 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ComplementConsensusThread (this, ap));
 376 }}}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
 377 Clazz.defineMethod (c$, "updateStrucConsensus",
 378 function (ap) {
 379 if (this.autoCalculateStrucConsensus && this.strucConsensus == null && this.alignment.isNucleotide () && this.alignment.hasRNAStructure ()) {
 380 this.initRNAStructure ();
 381 }if (this.strucConsensus == null || !this.autoCalculateStrucConsensus) {
 382 return;
 383 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.StrucConsensusThread) == null) {
 384 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.StrucConsensusThread (this, ap));
 385 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
 386 Clazz.defineMethod (c$, "isCalcInProgress",
 387 function () {
 388 return this.calculator.isWorking ();
 389 });
 390 Clazz.overrideMethod (c$, "isCalculationInProgress",
 391 function (alignmentAnnotation) {
 392 if (!alignmentAnnotation.autoCalculated) {
 393 return false;
 394 }if (this.calculator.workingInvolvedWith (alignmentAnnotation)) {
 395 return true;
 396 }return false;
 397 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 398 Clazz.overrideMethod (c$, "isClosed",
 399 function () {
 400 return this.alignment == null;
 401 });
 402 Clazz.overrideMethod (c$, "getCalcManager",
 403 function () {
 404 return this.calculator;
 405 });
 406 Clazz.overrideMethod (c$, "isShowSequenceLogo",
 407 function () {
 408 return this.showSequenceLogo;
 409 });
 410 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceLogo",
 411 function (showSequenceLogo) {
 412 if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo) {
 413 this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 414 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.ConsensusThread);
 415 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.ComplementConsensusThread);
 416 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.StrucConsensusThread);
 417 }this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 418 }, "~B");
 419 Clazz.defineMethod (c$, "setShowConsensusHistogram",
 420 function (showConsensusHistogram) {
 421 this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
 422 }, "~B");
 423 Clazz.defineMethod (c$, "isShowGroupConservation",
 424 function () {
 425 return this.showGroupConservation;
 426 });
 427 Clazz.defineMethod (c$, "setShowGroupConservation",
 428 function (showGroupConservation) {
 429 this.showGroupConservation = showGroupConservation;
 430 }, "~B");
 431 Clazz.defineMethod (c$, "isShowGroupConsensus",
 432 function () {
 433 return this.showGroupConsensus;
 434 });
 435 Clazz.defineMethod (c$, "setShowGroupConsensus",
 436 function (showGroupConsensus) {
 437 this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;
 438 }, "~B");
 439 Clazz.overrideMethod (c$, "isShowConsensusHistogram",
 440 function () {
 441 return this.showConsensusHistogram;
 442 });
 443 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectionGroup",
 444 function () {
 445 return this.selectionGroup;
 446 });
 447 Clazz.overrideMethod (c$, "setSelectionGroup",
 448 function (sg) {
 449 this.selectionGroup = sg;
 450 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup");
 451 Clazz.defineMethod (c$, "setHiddenColumns",
 452 function (colsel) {
 453 this.colSel = colsel;
 454 }, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 455 Clazz.overrideMethod (c$, "getColumnSelection",
 456 function () {
 457 return this.colSel;
 458 });
 459 Clazz.overrideMethod (c$, "setColumnSelection",
 460 function (colSel) {
 461 this.colSel = colSel;
 462 if (colSel != null) {
 463 this.updateHiddenColumns ();
 464 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");
 465 Clazz.overrideMethod (c$, "getHiddenRepSequences",
 466 function () {
 467 return this.hiddenRepSequences;
 468 });
 469 Clazz.overrideMethod (c$, "setHiddenRepSequences",
 470 function (hiddenRepSequences) {
 471 this.hiddenRepSequences = hiddenRepSequences;
 472 }, "java.util.Map");
 473 Clazz.overrideMethod (c$, "hasHiddenColumns",
 474 function () {
 475 return this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ();
 476 });
 477 Clazz.defineMethod (c$, "updateHiddenColumns",
 478 function () {
 479 });
 480 Clazz.overrideMethod (c$, "hasHiddenRows",
 481 function () {
 482 return this.alignment.getHiddenSequences ().getSize () > 0;
 483 });
 484 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceSetId",
 485 function (newid) {
 486 if (this.sequenceSetID != null) {
 487 System.err.println ("Warning - overwriting a sequenceSetId for a viewport!");
 488 }this.sequenceSetID =  String.instantialize (newid);
 489 }, "~S");
 490 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceSetId",
 491 function () {
 492 if (this.sequenceSetID == null) {
 493 this.sequenceSetID = this.alignment.hashCode () + "";
 494 }return this.sequenceSetID;
 495 });
 496 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewId",
 497 function () {
 498 if (this.viewId == null) {
 499 this.viewId = this.getSequenceSetId () + "." + this.hashCode () + "";
 500 }return this.viewId;
 501 });
 502 Clazz.defineMethod (c$, "setIgnoreGapsConsensus",
 503 function (b, ap) {
 504 this.ignoreGapsInConsensusCalculation = b;
 505 if (ap != null) {
 506 this.updateConsensus (ap);
 507 if (this.globalColourScheme != null) {
 508 this.globalColourScheme.setThreshold (this.globalColourScheme.getThreshold (), this.ignoreGapsInConsensusCalculation);
 509 }}}, "~B,jalview.api.AlignmentViewPanel");
 510 Clazz.defineMethod (c$, "isSelectionGroupChanged",
 511 function (b) {
 512 var hc = (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () == 0) ? -1 : this.selectionGroup.hashCode ();
 513 if (hc != -1 && hc != this.sgrouphash) {
 514 if (b) {
 515 this.sgrouphash = hc;
 516 }return true;
 517 }return false;
 518 }, "~B");
 519 Clazz.defineMethod (c$, "isColSelChanged",
 520 function (b) {
 521 var hc = (this.colSel == null || this.colSel.size () == 0) ? -1 : this.colSel.hashCode ();
 522 if (hc != -1 && hc != this.colselhash) {
 523 if (b) {
 524 this.colselhash = hc;
 525 }return true;
 526 }return false;
 527 }, "~B");
 528 Clazz.overrideMethod (c$, "isIgnoreGapsConsensus",
 529 function () {
 530 return this.ignoreGapsInConsensusCalculation;
 531 });
 532 Clazz.defineMethod (c$, "addPropertyChangeListener",
 533 function (listener) {
 534 this.changeSupport.addPropertyChangeListener (listener);
 535 }, "java.beans.PropertyChangeListener");
 536 Clazz.defineMethod (c$, "removePropertyChangeListener",
 537 function (listener) {
 538 this.changeSupport.removePropertyChangeListener (listener);
 539 }, "java.beans.PropertyChangeListener");
 540 Clazz.defineMethod (c$, "firePropertyChange",
 541 function (prop, oldvalue, newvalue) {
 542 this.changeSupport.firePropertyChange (prop, oldvalue, newvalue);
 543 }, "~S,~O,~O");
 544 Clazz.defineMethod (c$, "hideSelectedColumns",
 545 function () {
 546 if (this.colSel.size () < 1) {
 547 return;
 548 }this.colSel.hideSelectedColumns ();
 549 this.setSelectionGroup (null);
 550 });
 551 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns",
 552 function (start, end) {
 553 if (start == end) {
 554 this.colSel.hideColumns (start);
 555 } else {
 556 this.colSel.hideColumns (start, end);
 557 }}, "~N,~N");
 558 Clazz.defineMethod (c$, "showColumn",
 559 function (col) {
 560 this.colSel.revealHiddenColumns (col);
 561 }, "~N");
 562 Clazz.defineMethod (c$, "showAllHiddenColumns",
 563 function () {
 564 this.colSel.revealAllHiddenColumns ();
 565 });
 566 Clazz.defineMethod (c$, "showAllHiddenSeqs",
 567 function () {
 568 if (this.alignment.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {
 569 if (this.selectionGroup == null) {
 570 this.selectionGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 571 this.selectionGroup.setEndRes (this.alignment.getWidth () - 1);
 572 }var tmp = this.alignment.getHiddenSequences ().showAll (this.hiddenRepSequences);
 573 for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 574 this.selectionGroup.addSequence (seq, false);
 575 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq, true);
 576 }
 577 this.hiddenRepSequences = null;
 578 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());
 579 this.sendSelection ();
 580 }});
 581 Clazz.defineMethod (c$, "showSequence",
 582 function (index) {
 583 var tmp = this.alignment.getHiddenSequences ().showSequence (index, this.hiddenRepSequences);
 584 if (tmp.size () > 0) {
 585 if (this.selectionGroup == null) {
 586 this.selectionGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 587 this.selectionGroup.setEndRes (this.alignment.getWidth () - 1);
 588 }for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 589 this.selectionGroup.addSequence (seq, false);
 590 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq, true);
 591 }
 592 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());
 593 this.sendSelection ();
 594 }}, "~N");
 595 Clazz.defineMethod (c$, "hideAllSelectedSeqs",
 596 function () {
 597 if (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () < 1) {
 598 return;
 599 }var seqs = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);
 600 this.hideSequence (seqs);
 601 this.setSelectionGroup (null);
 602 });
 603 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequence",
 604 function (seq) {
 605 if (seq != null) {
 606 for (var i = 0; i < seq.length; i++) {
 607 this.alignment.getHiddenSequences ().hideSequence (seq[i]);
 608 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq[i], false);
 609 }
 610 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());
 611 }}, "~A");
 612 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceAnnotationsVisible",
 613 function (sequenceI, visible) {
 614 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.alignment.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {
 615 if (ann.sequenceRef === sequenceI) {
 616 ann.visible = visible;
 617 }}
 618 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");
 619 Clazz.defineMethod (c$, "hideRepSequences",
 620 function (repSequence, sg) {
 621 var sSize = sg.getSize ();
 622 if (sSize < 2) {
 623 return;
 624 }if (this.hiddenRepSequences == null) {
 625 this.hiddenRepSequences =  new java.util.Hashtable ();
 626 }this.hiddenRepSequences.put (repSequence, sg);
 627 var seqs =  new Array (sSize - 1);
 628 var index = 0;
 629 for (var i = 0; i < sSize; i++) {
 630 if (sg.getSequenceAt (i) !== repSequence) {
 631 if (index == sSize - 1) {
 632 return;
 633 }seqs[index++] = sg.getSequenceAt (i);
 634 }}
 635 sg.setSeqrep (repSequence);
 636 sg.setHidereps (true);
 637 this.hideSequence (seqs);
 638 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 639 Clazz.defineMethod (c$, "isHiddenRepSequence",
 640 function (seq) {
 641 return this.alignment.getSeqrep () === seq || (this.hiddenRepSequences != null && this.hiddenRepSequences.containsKey (seq));
 642 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 643 Clazz.defineMethod (c$, "getRepresentedSequences",
 644 function (seq) {
 645 return (this.hiddenRepSequences == null ? null : this.hiddenRepSequences.get (seq));
 646 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 647 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustForHiddenSeqs",
 648 function (alignmentIndex) {
 649 return this.alignment.getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);
 650 }, "~N");
 651 Clazz.overrideMethod (c$, "invertColumnSelection",
 652 function () {
 653 this.colSel.invertColumnSelection (0, this.alignment.getWidth ());
 654 });
 655 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectionAsNewSequence",
 656 function () {
 657 var sequences;
 658 if (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () == 0) {
 659 sequences = this.alignment.getSequencesArray ();
 660 var annots = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();
 661 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {
 662 sequences[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (sequences[i], annots);
 663 }
 664 } else {
 665 sequences = this.selectionGroup.getSelectionAsNewSequences (this.alignment);
 666 }return sequences;
 667 });
 668 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceSelection",
 669 function () {
 670 var sequences = null;
 671 if (this.selectionGroup != null) {
 672 sequences = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);
 673 }if (sequences == null) {
 674 sequences = this.alignment.getSequencesArray ();
 675 }return sequences;
 676 });
 677 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewAsCigars",
 678 function (selectedRegionOnly) {
 679 return  new jalview.datamodel.CigarArray (this.alignment, this.colSel, (selectedRegionOnly ? this.selectionGroup : null));
 680 }, "~B");
 681 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentView",
 682 function (selectedOnly) {
 683 return this.getAlignmentView (selectedOnly, false);
 684 }, "~B");
 685 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentView",
 686 function (selectedOnly, markGroups) {
 687 return  new jalview.datamodel.AlignmentView (this.alignment, this.colSel, this.selectionGroup, this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns (), selectedOnly, markGroups);
 688 }, "~B,~B");
 689 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewAsString",
 690 function (selectedRegionOnly) {
 691 var selection = null;
 692 var seqs = null;
 693 var i;
 694 var iSize;
 695 var start = 0;
 696 var end = 0;
 697 if (selectedRegionOnly && this.selectionGroup != null) {
 698 iSize = this.selectionGroup.getSize ();
 699 seqs = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);
 700 start = this.selectionGroup.getStartRes ();
 701 end = this.selectionGroup.getEndRes () + 1;
 702 } else {
 703 iSize = this.alignment.getHeight ();
 704 seqs = this.alignment.getSequencesArray ();
 705 end = this.alignment.getWidth ();
 706 }selection =  new Array (iSize);
 707 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {
 708 selection = this.colSel.getVisibleSequenceStrings (start, end, seqs);
 709 } else {
 710 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 711 selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString (start, end);
 712 }
 713 }return selection;
 714 }, "~B");
 715 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleRegionBoundaries",
 716 function (min, max) {
 717 var regions =  new java.util.ArrayList ();
 718 var start = min;
 719 var end = max;
 720 do {
 721 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {
 722 if (start == 0) {
 723 start = this.colSel.adjustForHiddenColumns (start);
 724 }end = this.colSel.getHiddenBoundaryRight (start);
 725 if (start == end) {
 726 end = max;
 727 }if (end > max) {
 728 end = max;
 729 }}regions.add ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]));
 730 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {
 731 start = this.colSel.adjustForHiddenColumns (end);
 732 start = this.colSel.getHiddenBoundaryLeft (start) + 1;
 733 }} while (end < max);
 734 var startEnd =  Clazz.newIntArray (regions.size (), 2, 0);
 735 return regions;
 736 }, "~N,~N");
 737 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleAlignmentAnnotation",
 738 function (selectedOnly) {
 739 var ala =  new java.util.ArrayList ();
 740 var aa;
 741 if ((aa = this.alignment.getAlignmentAnnotation ()) != null) {
 742 for (var annot, $annot = 0, $$annot = aa; $annot < $$annot.length && ((annot = $$annot[$annot]) || true); $annot++) {
 743 var clone =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annot);
 744 if (selectedOnly && this.selectionGroup != null) {
 745 this.colSel.makeVisibleAnnotation (this.selectionGroup.getStartRes (), this.selectionGroup.getEndRes (), clone);
 746 } else {
 747 this.colSel.makeVisibleAnnotation (clone);
 748 }ala.add (clone);
 749 }
 750 }return ala;
 751 }, "~B");
 752 Clazz.overrideMethod (c$, "isPadGaps",
 753 function () {
 754 return this.padGaps;
 755 });
 756 Clazz.overrideMethod (c$, "setPadGaps",
 757 function (padGaps) {
 758 this.padGaps = padGaps;
 759 }, "~B");
 760 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged",
 761 function (ap) {
 762 if (this.isPadGaps ()) {
 763 this.alignment.padGaps ();
 764 }if (this.autoCalculateConsensus) {
 765 this.updateConsensus (ap);
 766 }if (this.hconsensus != null && this.autoCalculateConsensus) {
 767 this.updateConservation (ap);
 768 }if (this.autoCalculateStrucConsensus) {
 769 this.updateStrucConsensus (ap);
 770 }var alWidth = this.alignment.getWidth ();
 771 var groups = this.alignment.getGroups ();
 772 if (groups != null) {
 773 for (var sg, $sg = groups.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 774 if (sg.getEndRes () > alWidth) {
 775 sg.setEndRes (alWidth - 1);
 776 }}
 777 }if (this.selectionGroup != null && this.selectionGroup.getEndRes () > alWidth) {
 778 this.selectionGroup.setEndRes (alWidth - 1);
 779 }this.resetAllColourSchemes ();
 780 this.calculator.restartWorkers ();
 781 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
 782 Clazz.defineMethod (c$, "resetAllColourSchemes",
 783 function () {
 784 var cs = this.globalColourScheme;
 785 if (cs != null) {
 786 cs.alignmentChanged (this.alignment, this.hiddenRepSequences);
 787 cs.setConsensus (this.hconsensus);
 788 if (cs.conservationApplied ()) {
 789 cs.setConservation (jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("All", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.alignment.getSequences (), 0, this.alignment.getWidth (), false, this.getConsPercGaps (), false));
 790 }}for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 791 if (sg.cs != null) {
 792 sg.cs.alignmentChanged (sg, this.hiddenRepSequences);
 793 }sg.recalcConservation ();
 794 }
 795 });
 796 Clazz.defineMethod (c$, "initAutoAnnotation",
 797 function () {
 798 if (this.hconsensus == null && !this.$isDataset) {
 799 if (!this.alignment.isNucleotide ()) {
 800 this.initConservation ();
 801 this.initQuality ();
 802 } else {
 803 this.initRNAStructure ();
 804 }this.consensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Consensus", "PID",  new Array (1), 0, 100, 1);
 805 this.initConsensus (this.consensus);
 806 this.initComplementConsensus ();
 807 }});
 808 Clazz.defineMethod (c$, "initComplementConsensus",
 809 function () {
 810 if (!this.alignment.isNucleotide ()) {
 811 var codonMappings = this.alignment.getCodonFrames ();
 812 if (codonMappings != null && !codonMappings.isEmpty ()) {
 813 this.complementConsensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("cDNA Consensus", "PID for cDNA",  new Array (1), 0, 100, 1);
 814 this.initConsensus (this.complementConsensus);
 815 }}});
 816 Clazz.defineMethod (c$, "initConsensus",
 817  function (aa) {
 818 aa.hasText = true;
 819 aa.autoCalculated = true;
 820 if (this.showConsensus) {
 821 this.alignment.addAnnotation (aa);
 822 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 823 Clazz.defineMethod (c$, "initConservation",
 824  function () {
 825 if (this.showConservation) {
 826 if (this.conservation == null) {
 827 this.conservation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Conservation", "Conservation of total alignment less than " + this.getConsPercGaps () + "% gaps",  new Array (1), 0, 11, 1);
 828 this.conservation.hasText = true;
 829 this.conservation.autoCalculated = true;
 830 this.alignment.addAnnotation (this.conservation);
 831 }}});
 832 Clazz.defineMethod (c$, "initQuality",
 833  function () {
 834 if (this.showQuality) {
 835 if (this.quality == null) {
 836 this.quality =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Quality", "Alignment Quality based on Blosum62 scores",  new Array (1), 0, 11, 1);
 837 this.quality.hasText = true;
 838 this.quality.autoCalculated = true;
 839 this.alignment.addAnnotation (this.quality);
 840 }}});
 841 Clazz.defineMethod (c$, "initRNAStructure",
 842  function () {
 843 if (this.alignment.hasRNAStructure () && this.strucConsensus == null) {
 844 this.strucConsensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("StrucConsensus", "PID",  new Array (1), 0, 100, 1);
 845 this.strucConsensus.hasText = true;
 846 this.strucConsensus.autoCalculated = true;
 847 if (this.showConsensus) {
 848 this.alignment.addAnnotation (this.strucConsensus);
 849 }}});
 850 Clazz.overrideMethod (c$, "calcPanelHeight",
 851 function () {
 852 var anns = this.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 853 var height = 0;
 854 var charHeight = this.getCharHeight ();
 855 if (anns != null) {
 856 var graphgrp =  new java.util.BitSet ();
 857 for (var aa, $aa = 0, $$aa = anns; $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {
 858 if (aa == null) {
 859 System.err.println ("Null annotation row: ignoring.");
 860 continue;
 861 }if (!aa.visible) {
 862 continue;
 863 }if (aa.graphGroup > -1) {
 864 if (graphgrp.get (aa.graphGroup)) {
 865 continue;
 866 } else {
 867 graphgrp.set (aa.graphGroup);
 868 }}aa.height = 0;
 869 if (aa.hasText) {
 870 aa.height += charHeight;
 871 }if (aa.hasIcons) {
 872 aa.height += 16;
 873 }if (aa.graph > 0) {
 874 aa.height += aa.graphHeight;
 875 }if (aa.height == 0) {
 876 aa.height = 20;
 877 }height += aa.height;
 878 }
 879 }if (height == 0) {
 880 height = 20;
 881 }return height;
 882 });
 883 Clazz.overrideMethod (c$, "updateGroupAnnotationSettings",
 884 function (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings) {
 885 var updateCalcs = false;
 886 var conv = this.isShowGroupConservation ();
 887 var cons = this.isShowGroupConsensus ();
 888 var showprf = this.isShowSequenceLogo ();
 889 var showConsHist = this.isShowConsensusHistogram ();
 890 var normLogo = this.isNormaliseSequenceLogo ();
 891 var sortg = true;
 892 var aan = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();
 893 var oldrfs =  new java.util.ArrayList ();
 894 if (aan != null) {
 895 for (var an = 0; an < aan.length; an++) {
 896 if (aan[an].autoCalculated && aan[an].groupRef != null) {
 897 oldrfs.add (aan[an].groupRef);
 898 this.alignment.deleteAnnotation (aan[an], false);
 899 }}
 900 }if (this.alignment.getGroups () != null) {
 901 for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 902 updateCalcs = false;
 903 if (applyGlobalSettings || (!preserveNewGroupSettings && !oldrfs.contains (sg))) {
 904 sg.setshowSequenceLogo (showprf);
 905 sg.setShowConsensusHistogram (showConsHist);
 906 sg.setNormaliseSequenceLogo (normLogo);
 907 }if (conv) {
 908 updateCalcs = true;
 909 this.alignment.addAnnotation (sg.getConservationRow (), 0);
 910 }if (cons) {
 911 updateCalcs = true;
 912 this.alignment.addAnnotation (sg.getConsensus (), 0);
 913 }if (updateCalcs) {
 914 sg.recalcConservation ();
 915 }}
 916 }oldrfs.clear ();
 917 }, "~B,~B");
 918 Clazz.defineMethod (c$, "isDisplayReferenceSeq",
 919 function () {
 920 return this.alignment.hasSeqrep () && this.viewStyle.isDisplayReferenceSeq ();
 921 });
 922 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayReferenceSeq",
 923 function (displayReferenceSeq) {
 924 this.viewStyle.setDisplayReferenceSeq (displayReferenceSeq);
 925 }, "~B");
 926 Clazz.defineMethod (c$, "isColourByReferenceSeq",
 927 function () {
 928 return this.alignment.hasSeqrep () && this.viewStyle.isColourByReferenceSeq ();
 929 });
 930 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceColour",
 931 function (seq) {
 932 var sqc = this.sequenceColours.get (seq);
 933 return (sqc == null ? java.awt.Color.white : sqc);
 934 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 935 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceColour",
 936 function (seq, col) {
 937 if (col == null) {
 938 this.sequenceColours.remove (seq);
 939 } else {
 940 this.sequenceColours.put (seq, col);
 941 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,java.awt.Color");
 942 Clazz.overrideMethod (c$, "updateSequenceIdColours",
 943 function () {
 944 for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 945 if (sg.idColour != null) {
 946 for (var s, $s = sg.getSequences (this.getHiddenRepSequences ()).iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
 947 this.sequenceColours.put (s, sg.idColour);
 948 }
 949 }}
 950 });
 951 Clazz.overrideMethod (c$, "clearSequenceColours",
 952 function () {
 953 this.sequenceColours.clear ();
 954 });
 955 Clazz.defineMethod (c$, "getCodingComplement",
 956 function () {
 957 return this.codingComplement;
 958 });
 959 Clazz.defineMethod (c$, "setCodingComplement",
 960 function (av) {
 961 if (this === av) {
 962 System.err.println ("Ignoring recursive setCodingComplement request");
 963 } else {
 964 this.codingComplement = av;
 965 if (av.getCodingComplement () !== this) {
 966 av.setCodingComplement (this);
 967 }}}, "jalview.api.AlignViewportI");
 968 Clazz.overrideMethod (c$, "isNucleotide",
 969 function () {
 970 return this.getAlignment () == null ? false : this.getAlignment ().isNucleotide ();
 971 });
 972 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeaturesDisplayed",
 973 function () {
 974 return this.featuresDisplayed;
 975 });
 976 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeaturesDisplayed",
 977 function (featuresDisplayedI) {
 978 this.featuresDisplayed = featuresDisplayedI;
 979 }, "jalview.api.FeaturesDisplayedI");
 980 Clazz.overrideMethod (c$, "areFeaturesDisplayed",
 981 function () {
 982 return this.featuresDisplayed != null && this.featuresDisplayed.getRegisterdFeaturesCount () > 0;
 983 });
 984 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceFeatures",
 985 function (b) {
 986 this.viewStyle.setShowSequenceFeatures (b);
 987 }, "~B");
 988 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeatures",
 989 function () {
 990 return this.viewStyle.isShowSequenceFeatures ();
 991 });
 992 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceFeaturesHeight",
 993 function (selected) {
 994 this.viewStyle.setShowSequenceFeaturesHeight (selected);
 995 }, "~B");
 996 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeaturesHeight",
 997 function () {
 998 return this.viewStyle.isShowSequenceFeaturesHeight ();
 999 });
1000 Clazz.defineMethod (c$, "setShowAnnotation",
1001 function (b) {
1002 this.viewStyle.setShowAnnotation (b);
1003 }, "~B");
1004 Clazz.defineMethod (c$, "isShowAnnotation",
1005 function () {
1006 return this.viewStyle.isShowAnnotation ();
1007 });
1008 Clazz.defineMethod (c$, "isRightAlignIds",
1009 function () {
1010 return this.viewStyle.isRightAlignIds ();
1011 });
1012 Clazz.defineMethod (c$, "setRightAlignIds",
1013 function (rightAlignIds) {
1014 this.viewStyle.setRightAlignIds (rightAlignIds);
1015 }, "~B");
1016 Clazz.defineMethod (c$, "getConservationSelected",
1017 function () {
1018 return this.viewStyle.getConservationSelected ();
1019 });
1020 Clazz.defineMethod (c$, "setShowBoxes",
1021 function (state) {
1022 this.viewStyle.setShowBoxes (state);
1023 }, "~B");
1024 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour",
1025 function () {
1026 return this.viewStyle.getTextColour ();
1027 });
1028 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour2",
1029 function () {
1030 return this.viewStyle.getTextColour2 ();
1031 });
1032 Clazz.defineMethod (c$, "getThresholdTextColour",
1033 function () {
1034 return this.viewStyle.getThresholdTextColour ();
1035 });
1036 Clazz.defineMethod (c$, "isConservationColourSelected",
1037 function () {
1038 return this.viewStyle.isConservationColourSelected ();
1039 });
1040 Clazz.defineMethod (c$, "isRenderGaps",
1041 function () {
1042 return this.viewStyle.isRenderGaps ();
1043 });
1044 Clazz.defineMethod (c$, "isShowColourText",
1045 function () {
1046 return this.viewStyle.isShowColourText ();
1047 });
1048 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationColourSelected",
1049 function (conservationColourSelected) {
1050 this.viewStyle.setConservationColourSelected (conservationColourSelected);
1051 }, "~B");
1052 Clazz.defineMethod (c$, "setShowColourText",
1053 function (showColourText) {
1054 this.viewStyle.setShowColourText (showColourText);
1055 }, "~B");
1056 Clazz.defineMethod (c$, "setTextColour",
1057 function (textColour) {
1058 this.viewStyle.setTextColour (textColour);
1059 }, "java.awt.Color");
1060 Clazz.defineMethod (c$, "setThresholdTextColour",
1061 function (thresholdTextColour) {
1062 this.viewStyle.setThresholdTextColour (thresholdTextColour);
1063 }, "~N");
1064 Clazz.defineMethod (c$, "setTextColour2",
1065 function (textColour2) {
1066 this.viewStyle.setTextColour2 (textColour2);
1067 }, "java.awt.Color");
1068 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewStyle",
1069 function () {
1070 return  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle (this.viewStyle);
1071 });
1072 Clazz.overrideMethod (c$, "setViewStyle",
1073 function (settingsForView) {
1074 this.viewStyle =  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle (settingsForView);
1075 }, "jalview.api.ViewStyleI");
1076 Clazz.defineMethod (c$, "sameStyle",
1077 function (them) {
1078 return this.viewStyle.sameStyle (them);
1079 }, "jalview.api.ViewStyleI");
1080 Clazz.defineMethod (c$, "getIdWidth",
1081 function () {
1082 return this.viewStyle.getIdWidth ();
1083 });
1084 Clazz.defineMethod (c$, "setIdWidth",
1085 function (i) {
1086 this.viewStyle.setIdWidth (i);
1087 }, "~N");
1088 Clazz.defineMethod (c$, "isCentreColumnLabels",
1089 function () {
1090 return this.viewStyle.isCentreColumnLabels ();
1091 });
1092 Clazz.defineMethod (c$, "setCentreColumnLabels",
1093 function (centreColumnLabels) {
1094 this.viewStyle.setCentreColumnLabels (centreColumnLabels);
1095 }, "~B");
1096 Clazz.defineMethod (c$, "setShowDBRefs",
1097 function (showdbrefs) {
1098 this.viewStyle.setShowDBRefs (showdbrefs);
1099 }, "~B");
1100 Clazz.defineMethod (c$, "isShowDBRefs",
1101 function () {
1102 return this.viewStyle.isShowDBRefs ();
1103 });
1104 Clazz.defineMethod (c$, "isShowNPFeats",
1105 function () {
1106 return this.viewStyle.isShowNPFeats ();
1107 });
1108 Clazz.defineMethod (c$, "setShowNPFeats",
1109 function (shownpfeats) {
1110 this.viewStyle.setShowNPFeats (shownpfeats);
1111 }, "~B");
1112 Clazz.defineMethod (c$, "addToHistoryList",
1113 function (command) {
1114 if (this.historyList != null) {
1115 this.historyList.push (command);
1116 this.broadcastCommand (command, false);
1117 }}, "jalview.commands.CommandI");
1118 Clazz.defineMethod (c$, "broadcastCommand",
1119 function (command, undo) {
1120 this.getStructureSelectionManager ().commandPerformed (command, undo, this.getVamsasSource ());
1121 }, "jalview.commands.CommandI,~B");
1122 Clazz.defineMethod (c$, "addToRedoList",
1123 function (command) {
1124 if (this.redoList != null) {
1125 this.redoList.push (command);
1126 }this.broadcastCommand (command, true);
1127 }, "jalview.commands.CommandI");
1128 Clazz.defineMethod (c$, "clearRedoList",
1129 function () {
1130 if (this.redoList != null) {
1131 this.redoList.clear ();
1132 }});
1133 Clazz.defineMethod (c$, "setHistoryList",
1134 function (list) {
1135 this.historyList = list;
1136 }, "java.util.Deque");
1137 Clazz.defineMethod (c$, "getHistoryList",
1138 function () {
1139 return this.historyList;
1140 });
1141 Clazz.defineMethod (c$, "setRedoList",
1142 function (list) {
1143 this.redoList = list;
1144 }, "java.util.Deque");
1145 Clazz.defineMethod (c$, "getRedoList",
1146 function () {
1147 return this.redoList;
1148 });
1149 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource",
1150 function () {
1151 return this;
1152 });
1153 Clazz.defineMethod (c$, "getSortAnnotationsBy",
1154 function () {
1155 return this.sortAnnotationsBy;
1156 });
1157 Clazz.defineMethod (c$, "setSortAnnotationsBy",
1158 function (sortAnnotationsBy) {
1159 this.sortAnnotationsBy = sortAnnotationsBy;
1160 }, "jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");
1161 Clazz.defineMethod (c$, "isShowAutocalculatedAbove",
1162 function () {
1163 return this.showAutocalculatedAbove;
1164 });
1165 Clazz.defineMethod (c$, "setShowAutocalculatedAbove",
1166 function (showAutocalculatedAbove) {
1167 this.showAutocalculatedAbove = showAutocalculatedAbove;
1168 }, "~B");
1169 Clazz.defineMethod (c$, "isScaleProteinAsCdna",
1170 function () {
1171 return this.viewStyle.isScaleProteinAsCdna ();
1172 });
1173 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleProteinAsCdna",
1174 function (b) {
1175 this.viewStyle.setScaleProteinAsCdna (b);
1176 }, "~B");
1177 Clazz.defineMethod (c$, "isFollowHighlight",
1178 function () {
1179 return this.followHighlight;
1180 });
1181 Clazz.overrideMethod (c$, "setFollowHighlight",
1182 function (b) {
1183 this.followHighlight = b;
1184 }, "~B");
1185 Clazz.defineMethod (c$, "getStartRes",
1186 function () {
1187 return this.startRes;
1188 });
1189 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes",
1190 function () {
1191 return this.endRes;
1192 });
1193 Clazz.defineMethod (c$, "getStartSeq",
1194 function () {
1195 return this.startSeq;
1196 });
1197 Clazz.defineMethod (c$, "setStartRes",
1198 function (res) {
1199 this.startRes = res;
1200 }, "~N");
1201 Clazz.defineMethod (c$, "setStartSeq",
1202 function (seq) {
1203 this.startSeq = seq;
1204 }, "~N");
1205 Clazz.defineMethod (c$, "setEndRes",
1206 function (res) {
1207 if (res > this.alignment.getWidth () - 1) {
1208 res = this.alignment.getWidth () - 1;
1209 }if (res < 0) {
1210 res = 0;
1211 }this.endRes = res;
1212 }, "~N");
1213 Clazz.defineMethod (c$, "setEndSeq",
1214 function (seq) {
1215 if (seq > this.alignment.getHeight ()) {
1216 seq = this.alignment.getHeight ();
1217 }if (seq < 0) {
1218 seq = 0;
1219 }this.endSeq = seq;
1220 }, "~N");
1221 Clazz.defineMethod (c$, "getEndSeq",
1222 function () {
1223 return this.endSeq;
1224 });
1225 Clazz.defineMethod (c$, "findComplementScrollTarget",
1226 function (sr) {
1227 var complement = this.getCodingComplement ();
1228 if (complement == null || !complement.isFollowHighlight ()) {
1229 return 0;
1230 }var iAmProtein = !this.getAlignment ().isNucleotide ();
1231 var proteinAlignment = iAmProtein ? this.getAlignment () : complement.getAlignment ();
1232 if (proteinAlignment == null) {
1233 return 0;
1234 }var mappings = proteinAlignment.getCodonFrames ();
1235 var seqOffset = 0;
1236 var sequence = null;
1237 var middleColumn = this.getStartRes () + Clazz.doubleToInt ((this.getEndRes () - this.getStartRes ()) / 2);
1238 var hiddenSequences = this.getAlignment ().getHiddenSequences ();
1239 for (var seqNo = this.getStartSeq (); seqNo < this.getEndSeq (); seqNo++, seqOffset++) {
1240 sequence = this.getAlignment ().getSequenceAt (seqNo);
1241 if (hiddenSequences != null && hiddenSequences.isHidden (sequence)) {
1242 continue;
1243 }if (jalview.util.Comparison.isGap (sequence.getCharAt (middleColumn))) {
1244 continue;
1245 }var seqMappings = jalview.util.MappingUtils.findMappingsForSequence (sequence, mappings);
1246 if (!seqMappings.isEmpty ()) {
1247 break;
1248 }}
1249 if (sequence == null) {
1250 return 0;
1251 }jalview.util.MappingUtils.addSearchResults (sr, sequence, sequence.findPosition (middleColumn), mappings);
1252 return seqOffset;
1253 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
1254 });