site/j2s/jalview/workers/AlignCalcWorker.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "swingjs.JSThread"], "jalview.workers.AlignCalcWorker", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.iFirst = 0;
   5 this.iLast = 0;
   6 this.nPer = 2;
   7 this.started = 0;
   8 this.alignment = null;
   9 this.aWidth = 0;
  10 this.alignViewport = null;
  11 this.calcMan = null;
  12 this.ap = null;
  13 this.ourAnnots = null;
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);
  15 }, jalview.workers, "AlignCalcWorker", swingjs.JSThread, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (alignViewport, alignPanel) {
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.workers.AlignCalcWorker, [null, "AlignCalcWorker"]);
  19 this.alignViewport = alignViewport;
  20 this.calcMan = alignViewport.getCalcManager ();
  21 this.ap = alignPanel;
  22 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  23 Clazz.defineMethod (c$, "abortAndDestroy",
  24 function () {
  25 if (this.calcMan != null) {
  26 this.calcMan.workerComplete (this);
  27 }this.alignViewport = null;
  28 this.calcMan = null;
  29 this.ap = null;
  30 });
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "involves",
  32 function (i) {
  33 return this.ourAnnots != null && this.ourAnnots.contains (i);
  34 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "removeOurAnnotation",
  36 function () {
  37 if (this.ourAnnots != null && this.alignViewport != null) {
  38 var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  39 {
  40 for (var aa, $aa = this.ourAnnots.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
  41 alignment.deleteAnnotation (aa, true);
  42 }
  43 }}});
  44 Clazz.defineMethod (c$, "notifyDone",
  45 function () {
  46 if (this.ap != null) {
  47 this.ap.paintAlignment (true);
  48 }this.calcMan.workerComplete (this);
  49 });
  50 Clazz.defineStatics (c$,
  51 "LOOP_STANDBY", 3,
  52 "LOOP_CALCULATE", 4,
  53 "MS_MAX", 500);
  54 });