site/j2s/jalview/workers/ConservationThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConservationThread", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.ConsPercGaps = 25;\r
   5 this.cons = null;\r
   6 this.conservation = null;\r
   7 this.quality = null;\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.workers, "ConservationThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);\r
  10 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker", \r
  11 function () {\r
  12 return  new jalview.workers.ConservationThread (this.alignViewport, this.ap);\r
  13 });\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (alignViewport, alignPanel) {\r
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.workers.ConservationThread, [alignViewport, alignPanel]);\r
  17 this.ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps ();\r
  18 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  19 Clazz.overrideMethod (c$, "run1", \r
  20 function (state) {\r
  21 while (!Thread.interrupted ()) {\r
  22 try {\r
  23 switch (state) {\r
  24 case 0:\r
  25 if (this.calcMan.isPending (this)) return;\r
  26 this.calcMan.notifyStart (this);\r
  27 state = 3;\r
  28 break;\r
  29 case 3:\r
  30 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {\r
  31 if (this.ap != null) {\r
  32 this.ap.paintAlignment (false);\r
  33 }try {\r
  34 if (this.sleepAndReturn (200, state)) return;\r
  35 } catch (e) {\r
  36 if (Clazz.exceptionOf (e, InterruptedException)) {\r
  37 state = 2;\r
  38 break;\r
  39 } else {\r
  40 throw e;\r
  41 }\r
  42 }\r
  43 }\r
  44 if (this.alignViewport.isClosed ()) {\r
  45 this.abortAndDestroy ();\r
  46 state = 2;\r
  47 break;\r
  48 }var ourAnnot =  new java.util.ArrayList ();\r
  49 this.alignment = this.alignViewport.getAlignment ();\r
  50 this.conservation = this.alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation ();\r
  51 this.quality = this.alignViewport.getAlignmentQualityAnnot ();\r
  52 ourAnnot.add (this.conservation);\r
  53 ourAnnot.add (this.quality);\r
  54 this.ourAnnots = ourAnnot;\r
  55 this.ConsPercGaps = this.alignViewport.getConsPercGaps ();\r
  56 if (this.alignment == null || (this.aWidth = this.alignment.getWidth ()) < 0) {\r
  57 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  58 return;\r
  59 }state = 4;\r
  60 break;\r
  61 case 4:\r
  62 this.iFirst = this.iLast;\r
  63 this.nPer = this.aWidth + 1;\r
  64 this.iLast = Math.min (this.iLast + this.nPer, this.aWidth);\r
  65 if (this.iLast == this.iFirst) {\r
  66 state = 2;\r
  67 } else {\r
  68 this.computeConsensus ();\r
  69 if (this.sleepAndReturn (0, state)) return;\r
  70 }break;\r
  71 case 2:\r
  72 this.updateResultAnnotation (true);\r
  73 this.notifyDone ();\r
  74 return;\r
  75 }\r
  76 } catch (e$$) {\r
  77 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {\r
  78 var error = e$$;\r
  79 {\r
  80 this.calcMan.workerCannotRun (this);\r
  81 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating conservation", error);\r
  82 }\r
  83 } else {\r
  84 var e = e$$;\r
  85 {\r
  86 System.out.println ("Error in ConsensusThread: " + e);\r
  87 e.printStackTrace ();\r
  88 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  89 }\r
  90 }\r
  91 }\r
  92 }\r
  93 }, "~N");\r
  94 Clazz.defineMethod (c$, "computeConsensus", \r
  95  function () {\r
  96 this.cons = jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("All", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.alignment.getSequences (), 0, this.aWidth - 1, false, this.ConsPercGaps, this.quality != null);\r
  97 });\r
  98 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation", \r
  99  function (b) {\r
 100 if (b || !this.calcMan.isWorking (this) && this.cons != null && this.conservation != null && this.quality != null) {\r
 101 this.alignViewport.setConservation (this.cons);\r
 102 this.cons.completeAnnotations (this.conservation, this.quality, 0, this.aWidth);\r
 103 }}, "~B");\r
 104 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation", \r
 105 function () {\r
 106 this.updateResultAnnotation (false);\r
 107 });\r
 108 });\r